Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSSGVTKELKSPGNGVDFPKKGDFVTIHYTGRLTDGSKFDSSVDRNEPFQTQIGTGRVIKGWDEGVPQMSLGEKAVLTIT
PDYGYGARGFPGVIPGNSTLIFEVELLGINNKRA

The query sequence (length=114) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7u0s:A 124 114 1.0000 0.9194 1.0000 4.33e-80 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
2 6tz8:C 111 111 0.7018 0.7207 0.7207 8.14e-51 6tz8:F
3 5hua:A 113 107 0.6140 0.6195 0.6542 3.14e-46 1yat:A
4 6vrx:A 108 107 0.6140 0.6481 0.6542 3.01e-45 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
5 5b8i:C 119 120 0.6316 0.6050 0.6000 8.61e-43
6 8xi9:A 201 107 0.5439 0.3085 0.5794 7.15e-42 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
7 1c9h:A 107 106 0.5702 0.6075 0.6132 1.30e-41 5hkg:A
8 8p3c:B 126 107 0.5351 0.4841 0.5701 1.37e-33
9 5hw8:B 122 114 0.5000 0.4672 0.5000 2.76e-33 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
10 4nnr:A 102 93 0.4474 0.5000 0.5484 3.93e-32 4nnr:B
11 6mke:A 117 103 0.4561 0.4444 0.5049 6.92e-32 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
12 8z38:B 113 99 0.5263 0.5310 0.6061 1.40e-31 8z38:A
13 4giv:A 192 108 0.5263 0.3125 0.5556 1.68e-31 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
14 4lax:A 237 105 0.4561 0.2194 0.4952 1.44e-30 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
15 5njx:A 413 104 0.4825 0.1332 0.5288 3.36e-29 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
16 5njx:A 413 106 0.3246 0.0896 0.3491 1.83e-07 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
17 3pa7:A 124 107 0.4561 0.4194 0.4860 1.89e-27 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
18 5d75:A 120 113 0.4386 0.4167 0.4425 4.27e-27 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
19 4qt3:A 125 92 0.4211 0.3840 0.5217 9.13e-27 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
20 7f2j:A 117 90 0.3684 0.3590 0.4667 1.08e-19 7f2j:B, 6j2m:A
21 1q6i:A 210 109 0.4035 0.2190 0.4220 4.89e-18 1q6i:B
22 8bk4:A 163 109 0.3947 0.2761 0.4128 5.34e-18 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
23 4msp:A 189 95 0.3772 0.2275 0.4526 3.23e-17 4msp:B
24 8bjd:A 208 107 0.3596 0.1971 0.3832 5.66e-15 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
25 5mgx:G 266 93 0.2807 0.1203 0.3441 3.43e-09 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 3htx:D 795 63 0.1842 0.0264 0.3333 0.002 3htx:A
27 7d80:5 432 70 0.1930 0.0509 0.3143 0.004 7d6z:h, 1w2b:5
28 8wt1:C 651 62 0.1754 0.0307 0.3226 1.4 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
29 8yla:A 328 56 0.1404 0.0488 0.2857 1.4 8yla:B
30 3n0a:A 335 38 0.1228 0.0418 0.3684 2.4
31 5fui:A 124 33 0.0789 0.0726 0.2727 2.4
32 7co7:D 329 68 0.1930 0.0669 0.3235 3.0 7co2:A, 7co3:A, 7co5:H, 7co5:B, 7co5:D, 7co5:F, 7co5:J, 7co5:L
33 7bjv:D 240 36 0.1053 0.0500 0.3333 4.2 7bju:D, 7bjv:E, 7bjv:F, 3ixp:D, 1r1k:D, 1r20:D, 2r40:D, 4umm:G
34 7b9p:A 899 34 0.1140 0.0145 0.3824 4.9
35 7b9q:A 868 34 0.1140 0.0150 0.3824 5.0 7b9q:B
36 3w36:B 471 46 0.1316 0.0318 0.3261 6.1 3w36:A
37 5clt:A 646 38 0.1316 0.0232 0.3947 8.7 5clt:B, 5clt:C, 5clw:A, 5clw:C, 5clw:B
38 4odq:A 106 58 0.1404 0.1509 0.2759 9.2 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218