Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSSGSSGRETYPDAVKICNICHSLLIQGQSCETCGIRMHLPCVAKYFQSNAEPRCPHCNDYWPHEIPKSGPSSG

The query sequence (length=74) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2ct0:A 74 74 1.0000 1.0000 1.0000 1.14e-51
2 5hvq:C 236 61 0.8243 0.2585 1.0000 1.10e-47 5wy5:A
3 7dg2:A 231 59 0.4595 0.1472 0.5763 1.50e-21
4 8aaf:e 1527 52 0.2297 0.0111 0.3269 1.94e-05 8agt:e, 8agu:e, 8agv:e, 8agw:e, 8agx:e, 8agz:e
5 2yur:A 74 77 0.3784 0.3784 0.3636 3.64e-04
6 2ct1:A 77 84 0.3919 0.3766 0.3452 6.24e-04
7 2djb:A 72 58 0.2703 0.2778 0.3448 0.001
8 4xm5:A 267 59 0.2162 0.0599 0.2712 0.002 4xlg:A
9 2ea5:A 68 82 0.3649 0.3971 0.3293 0.003
10 6xgu:B 134 44 0.1892 0.1045 0.3182 0.003 1c1y:B, 1faq:A, 1far:A, 1gua:B, 7jhp:C, 3kuc:B, 6pts:D, 6ptw:D, 8t75:B, 8t75:D, 8t75:F, 8t75:H, 6xgv:B, 6xha:B, 6xhb:B, 6xi7:B
11 8dgt:A 431 75 0.3243 0.0557 0.3200 0.005 9axx:B, 9axy:A, 6b8u:A, 9bfb:A, 3c4c:A, 3c4c:B, 8c7x:A, 8c7x:B, 8c7y:A, 8c7y:B, 5c9c:A, 5csw:A, 5csx:A, 5ct7:A, 5ct7:B, 3d4q:A, 3d4q:B, 4dbn:A, 4dbn:B, 8dgs:A, 4e26:A, 4e26:B, 4e4x:A, 4e4x:B, 4ehe:A, 4ehe:B, 4ehg:A, 4ehg:B, 8f7o:A, 8f7o:B, 8f7p:A, 8f7p:B, 2fb8:A, 2fb8:B, 4fc0:B, 5fd2:A, 4g9c:A, 4g9c:B, 4g9r:A, 4g9r:B, 4h58:A, 5hid:A, 5hid:B, 5hie:A, 5hie:B, 3idp:B, 3idp:A, 3ii5:A, 3ii5:B, 5j18:A, 5j2r:A, 5jrq:A, 5jsm:A, 5jsm:B, 5jsm:C, 5jsm:D, 5jt2:A, 4jvg:B, 4jvg:A, 4jvg:C, 4jvg:D, 7k0v:A, 7k0v:B, 7k0v:C, 7k0v:D, 4ksp:A, 4ksp:B, 4ksq:A, 4ksq:B, 7m0t:A, 7m0u:A, 7m0v:A, 7m0w:A, 7m0x:A, 7m0y:A, 7m0z:A, 4mbj:A, 4mbj:B, 7mfd:A, 7mfe:A, 7mff:A, 7mff:B, 4mnf:A, 4mnf:B, 6n0p:A, 6n0p:B, 6n0q:A, 6nsq:A, 6nyb:A, 6p3d:A, 7p3v:A, 7p3v:B, 6p7g:A, 6p7g:B, 6p7g:C, 6p7g:D, 3ppj:A, 3ppj:B, 3ppk:A, 3ppk:B, 4pp7:A, 4pp7:B, 6pp9:A, 3prf:A, 3prf:B, 3pri:A, 3pri:B, 3psb:A, 3psb:B, 3psd:A, 3psd:B, 3q4c:A, 3q96:B, 8qqg:A, 8qqg:B, 8qqg:C, 4r5y:A, 4r5y:B, 4rzv:A, 4rzv:B, 7shv:A, 7shv:B, 3skc:A, 3skc:B, 3tv4:A, 3tv4:B, 3tv6:A, 3tv6:B, 6u2g:B, 6u2h:C, 6u2h:D, 6uuo:A, 1uwh:A, 1uwh:B, 1uwj:A, 1uwj:B, 6v2u:A, 6v2w:A, 6v34:A, 5vam:A, 5vam:B, 4wo5:A, 4wo5:B, 6xfp:A, 6xlo:A, 4xv9:A, 4yht:A, 4yht:B
12 3j92:0 36 32 0.1486 0.3056 0.3438 0.018
13 2enz:A 65 57 0.2838 0.3231 0.3684 0.022
14 2ep4:A 74 76 0.3108 0.3108 0.3026 0.088
15 1wee:A 72 80 0.3784 0.3889 0.3500 0.13
16 2d8t:A 71 80 0.3919 0.4085 0.3625 0.17
17 2yqm:A 89 18 0.1216 0.1011 0.5000 0.27 2yw8:A
18 2yql:A 56 62 0.2973 0.3929 0.3548 0.37
19 2yuu:A 83 91 0.3243 0.2892 0.2637 0.38
20 2d8s:A 80 69 0.2973 0.2750 0.3188 0.39
21 3pfq:A 523 30 0.1757 0.0249 0.4333 0.44 1a25:A, 1a25:B, 2i0e:A, 2i0e:B
22 8i3x:A 60 25 0.1216 0.1500 0.3600 1.1 8i3x:B
23 2ct2:A 88 88 0.3784 0.3182 0.3182 1.1 5fey:A, 5fey:B
24 7cli:B 296 19 0.1622 0.0405 0.6316 1.1 1a3q:A, 1a3q:B, 7cli:A, 3do7:B, 7vup:A, 7vup:B, 7vuq:B, 7vuq:A, 7w7l:A, 7w7l:B
25 2dj7:A 80 84 0.3514 0.3250 0.3095 1.2
26 1kbe:A 49 28 0.1216 0.1837 0.3214 1.3 1kbf:A
27 5jc3:A 668 56 0.2162 0.0240 0.2857 1.3 5jc3:B, 5jc7:B, 5jcf:A, 5jcf:B, 5jch:A, 5jch:B
28 6l55:C 170 31 0.1351 0.0588 0.3226 1.4 6kzy:A, 6kzy:B, 6kzy:C, 6kzy:D, 6l55:A, 6l55:B, 6l55:D, 6l55:E, 6l55:F, 6l55:G, 6l55:H, 6l55:I, 6l55:J, 6l55:K, 6l55:L, 6l56:A, 6l56:B, 6l56:C, 6l56:D, 6l56:E, 6l56:F, 6l56:G, 6l56:H, 6l56:I, 6l56:J, 6l56:K, 6l56:L, 6l56:M, 6l56:N, 6l56:O, 6l56:P, 6l56:Q, 6l56:R, 6l56:S, 6l56:T, 6l56:U, 6l56:V, 6l56:W, 6l56:X, 6l58:A, 6l58:C, 6l58:B, 6l58:D
29 3cc2:3 92 22 0.1486 0.1196 0.5000 1.8 3cc4:3, 3cc7:3, 3cce:3, 3ccj:3, 3ccl:3, 3ccm:3, 3ccq:3, 3ccr:3, 3ccs:3, 3ccu:3, 3ccv:3, 3cd6:3, 3cma:3, 3cme:3, 3cpw:2, 3cxc:2, 1ffk:Z, 3g4s:3, 3g6e:3, 3g71:3, 3i55:3, 3i56:3, 1jj2:2, 1k73:4, 1k8a:4, 1k9m:4, 1kc8:4, 1kd1:4, 1kqs:2, 1m1k:4, 1m90:4, 1n8r:4, 1nji:4, 2otj:3, 2otl:3, 3ow2:2, 1q7y:4, 1q81:4, 1q82:4, 1q86:4, 2qa4:3, 2qex:3, 1qvf:2, 1qvg:2, 1s72:3, 4v9f:3, 1vq4:3, 1vq5:3, 1vq6:3, 1vq7:3, 1vq8:3, 1vq9:3, 1vqk:3, 1vql:3, 1vqm:3, 1vqn:3, 1vqo:3, 1vqp:3, 1w2b:2, 1yhq:3, 1yi2:3, 1yij:3, 1yit:3, 1yj9:3, 1yjn:3, 1yjw:3
30 6uwa:A 187 31 0.1757 0.0695 0.4194 1.9 1dsy:A, 3gpe:A, 2nce:A, 3twy:A, 5w4s:A
31 1hqm:D 1175 41 0.1351 0.0085 0.2439 1.9 1i6v:D
32 4xln:J 1367 41 0.1351 0.0073 0.2439 1.9 3aoh:D, 3aoh:N, 3aoi:D, 3aoi:N, 6asg:D, 4gzy:D, 4gzz:D, 5i2d:D, 5i2d:O, 4mq9:D, 7rdq:D, 4wqt:D, 4wqt:I, 4wqt:N, 4xlp:J, 4xlq:J, 4xlr:J, 4xls:J
33 5tjg:D 1475 41 0.1351 0.0068 0.2439 1.9
34 1x4u:A 84 90 0.4189 0.3690 0.3444 2.1
35 4wqs:D 1151 41 0.1351 0.0087 0.2439 2.1
36 2o5j:D 1264 41 0.1351 0.0079 0.2439 2.1 2o5j:N
37 4wqs:N 1288 41 0.1351 0.0078 0.2439 2.1
38 3aoh:I 1289 41 0.1351 0.0078 0.2439 2.1 3aoi:I
39 3eql:D 1321 41 0.1351 0.0076 0.2439 2.1 3eql:N, 8hsg:J, 8hsh:J, 8hsl:J, 8hsr:J, 6m6a:D, 6m6b:D, 6m6c:D, 2o5i:D, 2o5i:N, 2ppb:D, 2ppb:N
40 2a68:D 1392 41 0.1351 0.0072 0.2439 2.1 2a68:N, 2a69:D, 2a69:N, 2a6e:D, 2a6e:N, 2a6h:D, 2a6h:N, 2be5:D, 2be5:N, 2cw0:D, 2cw0:N, 1iw7:D, 1iw7:N, 1smy:D, 1smy:N, 1zyr:D, 1zyr:N
41 5x22:D 1438 41 0.1351 0.0070 0.2439 2.1
42 3dxj:D 1504 41 0.1351 0.0066 0.2439 2.1 6cuu:D, 5d4c:D, 5d4c:N, 5d4d:D, 5d4d:N, 5d4e:D, 5d4e:N, 3dxj:N, 5e17:D, 5e18:D, 7eh0:D, 7eh1:D, 7eh2:D, 7eh2:N, 4g7h:D, 4g7h:N, 4g7o:D, 4g7o:N, 4g7z:D, 4g7z:N, 6kqd:D, 6kqd:N, 6kqe:D, 6kqf:D, 6kqg:D, 6kqh:D, 6kql:D, 6kqm:D, 6kqn:D, 6l74:D, 6lts:D, 7mlb:D, 7mli:D, 7mlj:D, 4oin:D, 4oio:D, 4oip:D, 4oiq:D, 4oir:D, 6ovr:D, 6ovy:D, 6ow3:D, 6oy5:D, 6oy6:D, 6oy7:D, 6p70:D, 6p71:D, 4q4z:D, 4q5s:D, 5tmc:D, 5tmf:D, 5vo8:D, 5voi:D, 8w8n:D, 8w8o:D, 8w8p:D, 3wod:D, 6wox:D, 6woy:D, 5x21:D, 5x22:N, 5xj0:D, 4xln:D, 4xlp:D, 4xlq:D, 4xlr:D, 4xls:D, 1ynj:D, 1ynn:D
43 2ecn:A 70 80 0.3514 0.3714 0.3250 2.1 5xek:A
44 2eli:A 85 31 0.1757 0.1529 0.4194 2.2
45 3uej:A 65 33 0.1892 0.2154 0.4242 3.4 7knd:A, 7knj:A, 7ko6:A, 7l92:A, 7l92:D, 7l92:G, 7l92:J, 7l92:M, 7l92:V, 7l92:P, 7l92:S, 7lcb:A, 7leo:A, 7leo:D, 7lf3:A, 1ptq:A, 1ptr:A, 3uej:B, 3uey:A, 3uey:B, 3uff:A, 3uff:B, 3ugd:A, 3ugd:B, 3ugi:A, 3ugi:B, 3ugl:A, 3ugl:B
46 2cor:A 79 87 0.3378 0.3165 0.2874 3.6
47 5ue8:A 847 48 0.2162 0.0189 0.3333 4.0 5ue8:B, 1y8f:A
48 1x63:A 82 87 0.3649 0.3293 0.3103 4.7
49 3m83:A 325 24 0.1351 0.0308 0.4167 4.7 5jib:A, 5jib:B, 5jib:C, 5jib:D, 5jib:E, 5jib:F, 3m81:A, 3m81:C, 3m81:B, 3m81:D, 3m81:E, 3m81:F, 3m82:A, 3m82:C, 3m82:B, 3m82:D, 3m82:E, 3m82:F, 3m83:B, 3m83:C, 3m83:D, 3m83:E, 3m83:F
50 7wfx:A 493 14 0.0946 0.0142 0.5000 6.0 7wfx:B, 7wg1:A, 7wg1:B, 7wg2:A, 7wg4:A
51 7w1m:H 322 42 0.1757 0.0404 0.3095 6.6 5k5h:A, 5k5i:A, 5k5j:A, 5k5l:E, 5k5l:G, 5k5l:F, 5kkq:A, 5kkq:D, 8ssq:A, 8ssq:D, 8ssr:A, 8ssr:D, 8sss:A, 8sss:D, 8sst:A, 8sst:D, 8ssu:A, 5t00:A, 5t00:D, 5t0u:A, 5t0u:D, 5und:A, 5und:B, 5yef:A, 5yef:B, 5yef:G, 5yef:J, 5yeg:A, 5yeg:B, 5yeh:A, 5yeh:B, 5yel:B, 5yel:A
52 1weo:A 93 68 0.3108 0.2473 0.3382 7.2
53 7cq3:A 298 38 0.1757 0.0436 0.3421 7.4 7cq2:B, 7cq4:A
54 3jva:B 354 28 0.1486 0.0311 0.3929 7.5 3jva:A, 3jva:C, 3jva:D, 3jva:E, 3jva:F, 3jva:G, 3jva:H, 3jw7:A, 3jw7:B, 3jw7:C, 3jw7:D, 3jw7:E, 3jw7:F, 3jw7:G, 3jw7:H, 3jzu:A, 3jzu:B, 3jzu:C, 3jzu:D, 3jzu:E, 3jzu:F, 3jzu:G, 3jzu:H, 3k1g:A, 3k1g:B, 3k1g:C, 3k1g:D, 3k1g:E, 3k1g:F, 3k1g:G, 3k1g:H, 3kum:A, 3kum:B, 3kum:C, 3kum:D, 3kum:E, 3kum:F, 3kum:G, 3kum:H
55 2ect:A 78 60 0.2432 0.2308 0.3000 8.3
56 7qcd:D 326 19 0.1351 0.0307 0.5263 8.6
57 7cq2:A 274 38 0.1757 0.0474 0.3421 8.9
58 3na7:A 237 33 0.1351 0.0422 0.3030 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218