Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSSGSSGEPPKLVNDKPHKFKDHFFKKPKFCDVCARMIVLNNKFGLRCKNCKTNIHEHCQSYVEMQRCSGPSSG

The query sequence (length=74) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2db6:A 74 74 1.0000 1.0000 1.0000 3.52e-51
2 2yuu:A 83 73 0.3919 0.3494 0.3973 2.01e-12
3 2enz:A 65 64 0.3514 0.4000 0.4062 6.83e-11
4 2enn:A 77 78 0.3919 0.3766 0.3718 8.72e-10
5 2e73:A 77 74 0.3919 0.3766 0.3919 5.26e-09
6 1xa6:A 399 49 0.2432 0.0451 0.3673 1.09e-07
7 3cxl:A 402 49 0.2297 0.0423 0.3469 1.23e-06
8 4fkd:A 65 47 0.2297 0.2615 0.3617 1.38e-06
9 4l9m:A 522 47 0.2703 0.0383 0.4255 3.24e-06
10 3uej:A 65 47 0.2297 0.2615 0.3617 4.91e-06 7knd:A, 7knj:A, 7ko6:A, 7l92:A, 7l92:D, 7l92:G, 7l92:J, 7l92:M, 7l92:V, 7l92:P, 7l92:S, 7lcb:A, 7leo:A, 7leo:D, 7lf3:A, 1ptq:A, 1ptr:A, 3uej:B, 3uey:A, 3uey:B, 3uff:A, 3uff:B, 3ugd:A, 3ugd:B, 3ugi:A, 3ugi:B, 3ugl:A, 3ugl:B
11 6ra0:A 138 43 0.2162 0.1159 0.3721 5.07e-06
12 6uwa:A 187 42 0.2162 0.0856 0.3810 2.54e-05 1dsy:A, 3gpe:A, 2nce:A, 3twy:A, 5w4s:A
13 3pfq:A 523 42 0.2162 0.0306 0.3810 3.65e-05 1a25:A, 1a25:B, 2i0e:A, 2i0e:B
14 1tbn:A 66 46 0.2162 0.2424 0.3478 3.98e-05 1tbo:A
15 2fnf:X 59 59 0.2297 0.2881 0.2881 4.10e-05 1rfh:A
16 2eli:A 85 53 0.2432 0.2118 0.3396 1.92e-04
17 6xgu:B 134 46 0.2568 0.1418 0.4130 2.76e-04 1c1y:B, 1faq:A, 1far:A, 1gua:B, 7jhp:C, 3kuc:B, 6pts:D, 6ptw:D, 8t75:B, 8t75:D, 8t75:F, 8t75:H, 6xgv:B, 6xha:B, 6xhb:B, 6xi7:B
18 1r79:A 84 86 0.3784 0.3333 0.3256 5.18e-04
19 5ue8:A 847 60 0.2432 0.0213 0.3000 8.82e-04 5ue8:B, 1y8f:A
20 7z6e:C 534 54 0.2162 0.0300 0.2963 0.015 7z6e:A, 7z6e:B, 7z6e:D, 7z6e:E
21 2csh:A 110 55 0.2297 0.1545 0.3091 0.15
22 8dgt:A 431 48 0.1892 0.0325 0.2917 0.16 9axx:B, 9axy:A, 6b8u:A, 9bfb:A, 3c4c:A, 3c4c:B, 8c7x:A, 8c7x:B, 8c7y:A, 8c7y:B, 5c9c:A, 5csw:A, 5csx:A, 5ct7:A, 5ct7:B, 3d4q:A, 3d4q:B, 4dbn:A, 4dbn:B, 8dgs:A, 4e26:A, 4e26:B, 4e4x:A, 4e4x:B, 4ehe:A, 4ehe:B, 4ehg:A, 4ehg:B, 8f7o:A, 8f7o:B, 8f7p:A, 8f7p:B, 2fb8:A, 2fb8:B, 4fc0:B, 5fd2:A, 4g9c:A, 4g9c:B, 4g9r:A, 4g9r:B, 4h58:A, 5hid:A, 5hid:B, 5hie:A, 5hie:B, 3idp:B, 3idp:A, 3ii5:A, 3ii5:B, 5j18:A, 5j2r:A, 5jrq:A, 5jsm:A, 5jsm:B, 5jsm:C, 5jsm:D, 5jt2:A, 4jvg:B, 4jvg:A, 4jvg:C, 4jvg:D, 7k0v:A, 7k0v:B, 7k0v:C, 7k0v:D, 4ksp:A, 4ksp:B, 4ksq:A, 4ksq:B, 7m0t:A, 7m0u:A, 7m0v:A, 7m0w:A, 7m0x:A, 7m0y:A, 7m0z:A, 4mbj:A, 4mbj:B, 7mfd:A, 7mfe:A, 7mff:A, 7mff:B, 4mnf:A, 4mnf:B, 6n0p:A, 6n0p:B, 6n0q:A, 6nsq:A, 6nyb:A, 6p3d:A, 7p3v:A, 7p3v:B, 6p7g:A, 6p7g:B, 6p7g:C, 6p7g:D, 3ppj:A, 3ppj:B, 3ppk:A, 3ppk:B, 4pp7:A, 4pp7:B, 6pp9:A, 3prf:A, 3prf:B, 3pri:A, 3pri:B, 3psb:A, 3psb:B, 3psd:A, 3psd:B, 3q4c:A, 3q96:B, 8qqg:A, 8qqg:B, 8qqg:C, 4r5y:A, 4r5y:B, 4rzv:A, 4rzv:B, 7shv:A, 7shv:B, 3skc:A, 3skc:B, 3tv4:A, 3tv4:B, 3tv6:A, 3tv6:B, 6u2g:B, 6u2h:C, 6u2h:D, 6uuo:A, 1uwh:A, 1uwh:B, 1uwj:A, 1uwj:B, 6v2u:A, 6v2w:A, 6v34:A, 5vam:A, 5vam:B, 4wo5:A, 4wo5:B, 6xfp:A, 6xlo:A, 4xv9:A, 4yht:A, 4yht:B
23 5ijj:A 175 50 0.2162 0.0914 0.3200 0.30 5ijj:B
24 6nf1:A 550 50 0.1622 0.0218 0.2400 0.32 3bji:A, 3bji:B, 3ky9:A, 3ky9:B, 6new:A, 6nfa:A, 2vrw:B
25 4b6d:A 60 48 0.1757 0.2167 0.2708 1.0 4b6d:B, 4b6d:C, 4b6d:D, 4b6d:E, 4b6d:F
26 6agg:Z 420 44 0.1892 0.0333 0.3182 1.4 3amt:A, 3amu:A, 3au7:A, 4rvz:Z, 5xob:Z
27 2dj7:A 80 93 0.3378 0.3125 0.2688 2.2
28 1kbe:A 49 31 0.1351 0.2041 0.3226 2.9 1kbf:A
29 1wil:A 89 38 0.2027 0.1685 0.3947 3.7 5xht:A
30 7oni:H 380 39 0.1486 0.0289 0.2821 4.8
31 1v87:A 114 45 0.1757 0.1140 0.2889 5.1
32 2eoz:A 46 49 0.1892 0.3043 0.2857 6.9
33 2epx:A 47 49 0.2027 0.3191 0.3061 7.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218