Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
GSMATVPVYCVCRLPYDVTRFMIECDACKDWFHGSCVGVEEEEAPDIDIYHCPNCEKTHGKSTLKKKRTWH

The query sequence (length=71) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 8f8y:B 433 65 0.9014 0.1478 0.9846 1.57e-42 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
2 3kv4:A 432 63 0.7183 0.1181 0.8095 8.69e-34 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
3 3kv6:D 448 64 0.6901 0.1094 0.7656 3.80e-32 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
4 1wep:A 79 70 0.6479 0.5823 0.6571 7.06e-31
5 2f6j:A 168 57 0.3803 0.1607 0.4737 2.56e-16 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
6 9c0o:A 63 53 0.3521 0.3968 0.4717 6.53e-14
7 1wem:A 76 60 0.3803 0.3553 0.4500 2.89e-12 4l7x:A, 2m3h:A
8 5z8l:A 204 50 0.3239 0.1127 0.4600 6.53e-12 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
9 5znp:B 186 50 0.3099 0.1183 0.4400 6.75e-12 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
10 5wlf:A 60 54 0.3521 0.4167 0.4630 2.37e-11 5wle:A
11 6j2p:A 98 49 0.2676 0.1939 0.3878 2.41e-08 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
12 1we9:A 64 53 0.2958 0.3281 0.3962 5.09e-08
13 5tab:A 53 46 0.2394 0.3208 0.3696 1.48e-06
14 5y20:A 52 44 0.2535 0.3462 0.4091 3.15e-06
15 6wxk:B 51 49 0.2535 0.3529 0.3673 1.30e-05 6wxk:A, 6wxk:C, 6wxk:D, 6wxk:E
16 5yc3:A 60 38 0.2394 0.2833 0.4474 1.45e-05 5yc4:A
17 2lv9:A 80 56 0.2817 0.2500 0.3571 4.00e-05 4l58:A
18 5tbn:A 57 39 0.2254 0.2807 0.4103 1.03e-04
19 3o70:A 55 42 0.2113 0.2727 0.3571 4.07e-04 3o7a:A
20 5tdr:A 70 61 0.2958 0.3000 0.3443 0.002 5tdw:A
21 2k16:A 75 44 0.2535 0.2400 0.4091 0.006 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
22 3n9m:A 503 33 0.1831 0.0258 0.3939 0.006 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
23 7y0i:A 56 49 0.2535 0.3214 0.3673 0.007
24 5c11:A 52 45 0.2676 0.3654 0.4222 0.013 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
25 5xfr:A 309 29 0.1972 0.0453 0.4828 0.017 5xfr:B
26 1wee:A 72 37 0.1831 0.1806 0.3514 0.020
27 5oqd:C 192 43 0.1690 0.0625 0.2791 0.031 5oqd:B, 5oqd:A, 5oqd:D, 5oqd:E, 5oqd:F
28 5xfo:A 315 29 0.1549 0.0349 0.3793 0.14 8h43:A, 8h43:B, 8h43:C, 4hcz:A, 4hcz:B, 7lky:B, 7lky:H, 7lky:A, 7lky:C, 7lky:D, 7lky:E, 7lky:F, 7lky:G, 6wat:AA, 6wat:AC, 6wat:BA, 6wat:BC, 6wat:CA, 6wat:CC, 6wat:DA, 6wat:DC, 6wat:EC, 6wat:EA, 6wat:FA, 6wat:FC, 6wat:GA, 6wat:GC, 6wat:HA, 6wat:HC, 6wat:IA, 6wat:IC, 6wat:JA, 6wat:JC, 6wat:KA, 6wat:KC, 6wat:OC, 6wat:LA, 6wat:LC, 6wat:MA, 6wat:MC, 6wat:NA, 6wat:NC, 6wat:OA, 6wav:A, 6wav:C, 6wav:B, 6wav:D, 5xfn:A, 5xfp:B, 5xfp:A, 5xfp:E, 5xfq:A, 5xfq:B
29 6o7g:B 60 42 0.1831 0.2167 0.3095 0.19 8u2y:B
30 2ma5:A 61 34 0.2254 0.2623 0.4706 0.19
31 1weu:A 91 61 0.2817 0.2198 0.3279 0.27 3c6w:A, 3c6w:C, 2k1j:A, 2m1r:A, 2pnx:A, 2pnx:C, 2vnf:A, 2vnf:C, 1wen:A
32 3lqi:C 181 44 0.1831 0.0718 0.2955 0.31 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
33 1wes:A 71 61 0.2817 0.2817 0.3279 0.56 2g6q:A
34 2l5u:A 61 36 0.1972 0.2295 0.3889 0.59
35 2qic:A 51 50 0.2254 0.3137 0.3200 0.74
36 2mum:A 50 38 0.2113 0.3000 0.3947 0.86
37 2jmi:A 60 60 0.2958 0.3500 0.3500 0.86 2jmj:A
38 2m85:A 65 33 0.1549 0.1692 0.3333 0.92
39 5hh7:A 192 38 0.2254 0.0833 0.4211 0.97
40 6ryr:W 708 59 0.2254 0.0226 0.2712 1.2 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
41 6mlc:C 85 43 0.1690 0.1412 0.2791 1.2 6mlc:A, 6mlc:B, 6mlc:D
42 1x4i:A 70 67 0.3099 0.3143 0.3284 1.4 7zmx:A, 7zmx:B
43 1f62:A 51 35 0.1831 0.2549 0.3714 1.6
44 8i02:G 284 55 0.1972 0.0493 0.2545 1.7 8ifg:P
45 8i02:G 284 30 0.1549 0.0387 0.3667 4.2 8ifg:P
46 5fub:A 337 36 0.2113 0.0445 0.4167 1.7 5g02:A
47 2xb1:C 97 32 0.1690 0.1237 0.3750 3.5 4up0:A, 4up5:A, 2xb1:A
48 7ul2:R 287 20 0.1408 0.0348 0.5000 3.8
49 6fhq:A 58 54 0.2535 0.3103 0.3333 4.3 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
50 7kbu:A 221 38 0.2394 0.0769 0.4474 4.4 7kbu:B
51 2miq:A 94 39 0.1831 0.1383 0.3333 4.4
52 2xzl:A 756 16 0.0986 0.0093 0.4375 4.7
53 8aaf:e 1527 13 0.0986 0.0046 0.5385 5.9 8agt:e, 8agu:e, 8agv:e, 8agw:e, 8agx:e, 8agz:e
54 7cfs:A 426 21 0.1268 0.0211 0.4286 6.4 7cfs:B, 7cfs:C, 6cmc:A, 4ntw:A, 4ntx:A, 2qts:C, 2qts:B, 2qts:A, 2qts:D, 2qts:E, 2qts:F, 6x9h:A, 6x9h:B, 6x9h:C
55 6yvr:AAA 470 28 0.1549 0.0234 0.3929 6.7 4buo:A, 4bv0:A, 4bv0:B, 4bwb:A, 4bwb:B, 7dne:A, 6yvr:BBB, 6z4s:AAA, 6z4v:AAA, 6z8n:AAA, 6za8:AAA, 3zev:A, 3zev:B, 6zin:AAA
56 2e6s:A 77 37 0.1268 0.1169 0.2432 7.0
57 8u0u:A 1126 19 0.1268 0.0080 0.4737 7.0 8u0u:F
58 6up7:R 322 49 0.2254 0.0497 0.3265 7.0 8jpb:R, 8jpc:R, 8jpf:R, 6os9:R, 6osa:R
59 6z4q:AAA 438 19 0.1408 0.0228 0.5263 7.9
60 5t04:A 458 19 0.1408 0.0218 0.5263 7.9 4grv:A
61 4xes:A 471 19 0.1408 0.0212 0.5263 7.9 4buo:B, 8fmz:A, 8fn0:A, 8fn1:A, 7l0p:C, 7l0q:C, 7l0r:C, 7l0s:C, 4xee:A
62 7aor:aa 1558 20 0.1549 0.0071 0.5500 8.4
63 4gy5:A 215 34 0.1549 0.0512 0.3235 8.8 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218