Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSHMVKKLRHLSDGYWDSAARLGVHGAVLQAVPGGRLSAPDGRVAVNMSSYSYLGLDESPRIIDAAIAALRSNMVLNSSL
GRVRMTLPLLEEAECALGDLFGADVATLNSCSAAAWATLPVLASGLLTDGVAPVMVFDKRAHFCMASLKSLCADETRVET
IRHNDVDALADICRKNKRVAYVCDSVYSTGGTLAPLEELFALQKEFGLFLYFDEAHSTSVIGDMGRGYVLDRMGAINDST
MLITSLNKGFGASGGAIVFGPRDDDRKRKIIQRSSGPLMWSQRLNTPALGAIIESAKLHRSEALPELQAKLHSNIALFDG
LVRAAGQGNSVPIRYLELGSEVDTLEASAYLFDNGFYVEPDFFPIVSRGAAGLRARIRSSMSTADIEQFAHVWHKLGV

The query sequence (length=398) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8xha:A 401 398 0.9975 0.9900 0.9975 0.0 8i7u:C, 8i7u:F, 8i7u:A, 8i7u:E, 8i7u:B, 8i7u:D, 8xha:B, 8xhd:A, 8xhd:B, 8xhk:C, 8xhk:A, 8xhk:B, 8xhk:E, 8xhk:D, 8xhk:F
2 7bxq:A 399 396 0.2638 0.2632 0.2652 1.34e-17 7bxq:B, 7bxr:A, 7bxr:B, 7bxs:A, 7bxs:B
3 1fc4:A 401 388 0.2462 0.2444 0.2526 2.44e-16 1fc4:B
4 3hqt:B 386 399 0.2588 0.2668 0.2581 7.85e-16 3hqt:A, 3kki:A, 3kki:B, 2wk8:A, 2wk9:A, 2wk9:B, 2wka:A, 2wka:B
5 7poa:A 398 378 0.2412 0.2412 0.2540 2.72e-15 7poa:B, 7pob:A, 7pob:D, 7pob:B, 7pob:C, 7poc:A, 7poc:D, 7poc:B, 7poc:C
6 2wk8:B 364 396 0.2638 0.2885 0.2652 5.54e-15
7 1dj9:A 383 372 0.2462 0.2559 0.2634 1.22e-14 1dje:A, 8dle:A, 2g6w:A
8 6hrh:A 429 350 0.2236 0.2075 0.2543 2.26e-14 6hrh:B, 5qqq:B, 5qqq:A, 5qqr:B, 5qqr:A, 5qqs:B, 5qqs:A, 5qqt:B, 5qqt:A, 5qqu:B, 5qqu:A, 5qqv:B, 5qqv:A, 5qqw:B, 5qqw:A, 5qqx:B, 5qqx:A, 5qqy:B, 5qqy:A, 5qqz:B, 5qqz:A, 5qr0:B, 5qr0:A, 5qr1:B, 5qr1:A, 5qr2:B, 5qr2:A, 5qr3:B, 5qr3:A, 5qr4:B, 5qr4:A, 5qr5:B, 5qr5:A, 5qr6:B, 5qr6:A, 5qr7:B, 5qr7:A, 5qr8:B, 5qr8:A, 5qr9:B, 5qr9:A, 5qra:B, 5qra:A, 5qrb:B, 5qrb:A, 5qrc:B, 5qrc:A, 5qrd:B, 5qrd:A, 5qre:B, 5qre:A, 5qt3:B, 5qt3:A
9 2bwo:B 399 361 0.2437 0.2431 0.2687 6.25e-14 2bwn:A, 2bwn:B, 2bwn:D, 2bwn:E, 2bwo:A, 2bwo:D, 2bwo:E, 2bwp:A, 2bwp:B, 2bwp:D, 2bwp:E
10 3tqx:A 396 374 0.2286 0.2298 0.2433 7.95e-14 3tqx:B
11 8c81:C 561 298 0.1960 0.1390 0.2617 2.64e-12 8c80:C, 8c82:C, 8c82:G, 8iaj:B, 8iaj:F, 8iak:B, 8iak:F, 8iam:B, 8iam:F, 8qof:C, 8qof:G, 8qog:C
12 4bmk:A 398 377 0.2337 0.2337 0.2467 3.83e-12 4bmk:B, 2jg2:A, 2w8j:A, 2w8t:A, 2w8u:A, 2w8v:A, 2w8w:A, 2xbn:A
13 7yj1:B 502 270 0.1709 0.1355 0.2519 8.43e-12 7cqi:T, 7cqk:T, 7k0i:B, 7k0i:E, 7k0j:B, 7k0k:B, 7k0l:B, 7k0m:B, 7k0m:F, 7k0n:B, 7k0n:F, 7k0o:B, 7k0o:F, 7k0p:B, 7k0p:F, 7k0q:B, 6m4n:B, 6m4n:F, 6m4o:T, 7yiu:B, 7yiy:B, 7yj2:B
14 7u7h:A 423 364 0.2337 0.2199 0.2555 9.25e-12 7u7h:B
15 7k0n:A 464 236 0.1508 0.1293 0.2542 1.19e-11 7cqi:S, 7cqk:S, 7k0i:A, 7k0i:D, 7k0j:A, 7k0k:A, 7k0l:A, 7k0n:E, 7k0o:A, 7k0o:E, 7k0p:A, 7k0p:E, 7k0q:A, 6m4n:A, 6m4n:E, 7yiy:A, 7yj2:A
16 2x8u:A 399 226 0.1508 0.1504 0.2655 1.25e-11 2x8u:B
17 7yjk:A 445 326 0.1910 0.1708 0.2331 1.21e-10 7yjk:E, 7yjn:A, 7yjo:A
18 8guh:A 394 363 0.2261 0.2284 0.2479 5.00e-10 3a2b:A, 8h1q:A, 8h1y:A, 8h20:A, 8h21:A, 8h29:A, 8iyp:A, 8iyt:A
19 7v58:B 400 358 0.2111 0.2100 0.2346 9.61e-10 7v58:A, 7v5i:A, 7v5i:B, 7v5i:C, 7v5i:D
20 7yjm:B 471 276 0.1683 0.1423 0.2428 1.37e-09 7yjk:B, 7yjk:F, 7yjn:B, 7yjo:B
21 8qog:B 500 119 0.0829 0.0660 0.2773 5.41e-06 8iaj:A, 8iaj:E, 8iak:A, 8iak:E, 8qof:F, 8qof:B
22 5txr:A 479 366 0.2261 0.1879 0.2459 7.86e-06 8eim:A, 8eim:B, 5txr:B
23 7nl1:D 400 33 0.0352 0.0350 0.4242 0.12 8bis:C, 8bis:A, 8biu:G, 8biu:A, 8biv:A, 8biv:E, 8biw:E, 8biw:A, 8bix:C, 8bix:A, 8biz:E, 8biz:A, 7nl1:A, 7nl1:B, 7nl1:C, 7nl1:E, 7nl1:F, 7nl1:G, 7nl1:H
24 2cfb:A 360 135 0.0879 0.0972 0.2593 0.34
25 7f06:A 181 153 0.1131 0.2486 0.2941 2.4 7f06:B
26 2po3:A 393 174 0.1281 0.1298 0.2931 3.1 2po3:B
27 1mdx:A 366 122 0.0804 0.0874 0.2623 3.1 1mdo:A, 1mdz:A, 4oca:A
28 4en4:A 310 44 0.0352 0.0452 0.3182 6.4 2ajp:A, 2ajp:B, 4en4:B, 4eoh:A, 4eoh:B, 3fhx:A, 3fhx:B, 3fhy:A, 3fhy:B, 3keu:A, 3keu:B, 8wr2:A, 8wr2:B, 2yxt:A, 2yxt:B, 2yxu:A, 2yxu:B
29 6itk:A 318 154 0.0955 0.1195 0.2468 6.6 6itk:B
30 1jgt:B 500 32 0.0352 0.0280 0.4375 7.9 1jgt:A, 1mb9:A, 1mb9:B, 1mbz:A, 1mbz:B, 1mc1:A, 1mc1:B
31 6gtv:A 279 30 0.0327 0.0466 0.4333 8.9 5aal:A, 5aal:B, 5aap:A, 5abz:A, 5abz:B, 4att:A, 4auj:A, 4auy:A, 4auy:B, 4av0:A, 4av0:B, 4av4:A, 4av5:A, 4av5:B, 4av5:C, 4av5:D, 4avh:A, 4avh:B, 4avi:A, 4avi:B, 4avj:A, 4avj:B, 4avk:A, 4avk:B, 7ayn:A, 7ayn:B, 7ayn:C, 7ayn:D, 7bhd:A, 7bhd:B, 4buq:A, 4buq:B, 8bvd:A, 8bvd:B, 8bvd:C, 8bvd:D, 8bxy:A, 8bxy:B, 8by3:A, 8by3:C, 8by3:B, 8by3:D, 4ca4:A, 4ca4:B, 5cgb:A, 5cgb:B, 4css:A, 4cst:A, 5f2f:A, 5f3f:A, 5fs5:A, 5fwr:A, 5fwr:B, 5fwr:C, 5fwr:D, 5fwr:E, 5fwr:F, 5fwr:G, 5fwr:H, 6g2r:A, 6g2r:B, 6g2s:A, 6g2s:B, 6g2s:C, 6g2s:D, 6g2s:E, 6g2s:F, 6g2s:G, 6g2s:H, 6g2s:I, 6gtv:C, 6gtw:C, 6gtw:B, 6gtw:A, 6gtw:D, 6gtx:A, 6gtx:B, 6gtx:C, 6gtx:D, 6gty:A, 6gty:B, 6gty:C, 6gty:D, 6gty:E, 6gtz:A, 6gtz:C, 6gu0:A, 5jcq:A, 5jcq:B, 5jcr:A, 5jcr:B, 5jqi:H, 5jqi:B, 5jqi:D, 5jqi:F, 5jr4:A, 1kiu:B, 1kiu:D, 1kiu:F, 1kiu:H, 1kiu:J, 1kiu:L, 1kiu:N, 1kiu:P, 1klf:B, 1klf:D, 1klf:F, 1klf:H, 1klf:J, 1klf:L, 1klf:N, 1klf:P, 5l4t:A, 5l4t:B, 5l4u:A, 5l4u:B, 5l4v:A, 5l4v:B, 5l4v:C, 5l4w:A, 5l4w:B, 5l4w:C, 5l4x:A, 5l4x:B, 5l4y:A, 5l4y:B, 4lov:A, 3mcy:A, 3mcy:D, 3mcy:B, 3mcy:C, 5mts:A, 5mts:B, 5muc:A, 5muc:B, 7q3n:F, 7quo:A, 7quo:C, 7quo:B, 7quo:D, 1tr7:B, 1tr7:A, 1uwf:A, 2vco:A, 2vco:B, 4x50:A, 4x50:B, 4x5p:A, 4x5q:A, 4x5r:A, 4x5r:B, 4x5r:C, 4xo8:A, 4xo8:B, 4xo9:A, 4xoa:A, 4xoa:G, 4xoa:C, 4xoa:E, 4xob:A, 4xob:C, 4xob:E, 4xob:G, 4xoc:A, 4xoc:B, 4xod:A, 4xoe:A, 6yhw:A, 6yhw:B, 3zl1:A, 3zl1:B, 3zl2:A
32 7nds:A 294 55 0.0402 0.0544 0.2909 9.2 7ndr:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218