Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSHMAMAYVIRDEWGNQIWICPGCNKPDDGSPMIGCDDCDDWYHWPCVGIMAAPPEEMQWFCPKCANKIKKDKKH

The query sequence (length=75) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2k16:A 75 75 1.0000 1.0000 1.0000 6.04e-52 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
2 6j2p:A 98 56 0.2933 0.2245 0.3929 1.47e-07 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
3 5wlf:A 60 58 0.2933 0.3667 0.3793 3.50e-07 5wle:A
4 9c0o:A 63 46 0.2267 0.2698 0.3696 5.07e-07
5 1x4i:A 70 51 0.2667 0.2857 0.3922 1.36e-06 7zmx:A, 7zmx:B
6 2f6j:A 168 46 0.2667 0.1190 0.4348 2.69e-06 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
7 2miq:A 94 48 0.2400 0.1915 0.3750 1.83e-05
8 1wee:A 72 41 0.2133 0.2222 0.3902 2.25e-05
9 1weu:A 91 39 0.2267 0.1868 0.4359 2.76e-05 3c6w:A, 3c6w:C, 2k1j:A, 2m1r:A, 2pnx:A, 2pnx:C, 2vnf:A, 2vnf:C, 1wen:A
10 1wem:A 76 48 0.2267 0.2237 0.3542 4.32e-05 4l7x:A, 2m3h:A
11 8ge0:A 188 53 0.2667 0.1064 0.3774 5.81e-05 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
12 3o70:A 55 42 0.2267 0.3091 0.4048 1.65e-04 3o7a:A
13 3kv6:D 448 45 0.2400 0.0402 0.4000 1.86e-04 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
14 3kv4:A 432 44 0.2267 0.0394 0.3864 2.15e-04 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
15 8f8y:B 433 44 0.2267 0.0393 0.3864 3.96e-04 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
16 5yc3:A 60 50 0.2533 0.3167 0.3800 5.53e-04 5yc4:A
17 5vab:A 54 47 0.2133 0.2963 0.3404 6.50e-04
18 2qic:A 51 48 0.2533 0.3725 0.3958 6.82e-04
19 1we9:A 64 36 0.2267 0.2656 0.4722 0.001
20 3n9m:A 503 34 0.2000 0.0298 0.4412 0.001 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
21 5b79:A 118 51 0.2133 0.1356 0.3137 0.001 5vdc:A
22 2mny:A 55 51 0.2133 0.2909 0.3137 0.002 2mnz:A
23 2e6r:A 92 47 0.2267 0.1848 0.3617 0.002
24 6wxk:B 51 42 0.2133 0.3137 0.3810 0.002 6wxk:A, 6wxk:C, 6wxk:D, 6wxk:E
25 1wes:A 71 45 0.2400 0.2535 0.4000 0.003 2g6q:A
26 7klo:A 59 49 0.2000 0.2542 0.3061 0.003 7klr:A
27 5z8l:A 204 42 0.2133 0.0784 0.3810 0.004 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
28 5szb:A 115 50 0.2267 0.1478 0.3400 0.005 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
29 5y20:A 52 35 0.2133 0.3077 0.4571 0.005
30 9atn:A 98 71 0.2933 0.2245 0.3099 0.005
31 9atn:A 98 45 0.1600 0.1224 0.2667 0.62
32 4gy5:A 215 50 0.2000 0.0698 0.3000 0.009 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
33 2ysm:A 111 45 0.2000 0.1351 0.3333 0.012
34 2ysm:A 111 46 0.1867 0.1261 0.3043 0.11
35 7xga:A 126 55 0.2133 0.1270 0.2909 0.017 6vfo:A
36 2jmi:A 60 45 0.2000 0.2500 0.3333 0.026 2jmj:A
37 6fhq:A 58 48 0.2133 0.2759 0.3333 0.044 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
38 5znp:B 186 40 0.1867 0.0753 0.3500 0.049 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
39 1wev:A 88 47 0.1467 0.1250 0.2340 0.070
40 2ma5:A 61 59 0.2400 0.2951 0.3051 0.077
41 1mm3:A 61 50 0.2000 0.2459 0.3000 0.083
42 5c11:A 52 28 0.1467 0.2115 0.3929 0.084 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
43 1f62:A 51 45 0.1733 0.2549 0.2889 0.094
44 8bpb:C 126 57 0.1867 0.1111 0.2456 0.10 8bpc:C
45 4tvr:A 222 46 0.2000 0.0676 0.3261 0.12
46 1wep:A 79 34 0.1867 0.1772 0.4118 0.13
47 7d87:A 202 65 0.2667 0.0990 0.3077 0.14 7d86:A, 7d8a:A
48 2puy:B 60 55 0.1867 0.2333 0.2545 0.14 2puy:A
49 5tab:A 53 38 0.1467 0.2075 0.2895 0.15
50 8bpa:C 213 58 0.1867 0.0657 0.2414 0.20 8c60:C
51 5tdr:A 70 42 0.1867 0.2000 0.3333 0.23 5tdw:A
52 2e6s:A 77 34 0.1733 0.1688 0.3824 0.26
53 8qkh:A 268 41 0.1867 0.0522 0.3415 0.39 8q01:S, 8qek:S, 8qgr:B
54 5hh7:A 192 65 0.2933 0.1146 0.3385 0.43
55 6q3m:C 219 43 0.1733 0.0594 0.3023 0.49 6q3m:A, 6q3m:B
56 5b73:A 313 33 0.1600 0.0383 0.3636 0.51 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
57 6guu:B 204 43 0.1733 0.0637 0.3023 0.55 6guu:A
58 3lqi:C 181 45 0.1733 0.0718 0.2889 0.56 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
59 6ryr:W 708 38 0.1600 0.0169 0.3158 0.59 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
60 4q6f:A 56 45 0.2000 0.2679 0.3333 0.64 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
61 2l5u:A 61 45 0.1867 0.2295 0.3111 0.72
62 5tbn:A 57 28 0.1200 0.1579 0.3214 0.96
63 2yql:A 56 36 0.1333 0.1786 0.2778 1.00
64 6f92:A 760 59 0.2267 0.0224 0.2881 1.0 6f91:A, 6f91:B, 6f91:C, 6f91:D, 6f91:E, 6f91:F, 6f91:G, 6f91:H, 6f92:B, 6f92:C, 6f92:D
65 2lv9:A 80 52 0.2133 0.2000 0.3077 1.1 4l58:A
66 2mum:A 50 36 0.1733 0.2600 0.3611 1.2
67 8joj:A 523 21 0.1200 0.0172 0.4286 1.9 4c3x:A, 4c3x:B, 4c3x:C, 4c3x:D, 4c3x:E, 4c3x:F, 4c3x:G, 4c3x:H, 4c3y:A, 4c3y:B, 4c3y:C, 4c3y:D, 4c3y:E, 4c3y:F, 4c3y:G, 4c3y:H, 8jbz:AAA, 8ju4:A, 8kcz:A
68 7e0l:A 491 53 0.1733 0.0265 0.2453 2.3 7e0l:B, 7e0l:K, 7e0l:M, 7wsx:A, 7wsx:B
69 8hxx:N 375 60 0.2000 0.0400 0.2500 3.3 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
70 8hxx:N 375 51 0.1867 0.0373 0.2745 5.7 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
71 8ihn:M 357 60 0.2000 0.0420 0.2500 3.6 8kd4:E
72 8ihn:M 357 51 0.1867 0.0392 0.2745 6.7 8kd4:E
73 2m85:A 65 37 0.1467 0.1692 0.2973 3.8
74 6f2p:A 1040 18 0.1067 0.0077 0.4444 4.5
75 7yi2:D 321 60 0.2000 0.0467 0.2500 5.5 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
76 5zb8:A 400 14 0.1067 0.0200 0.5714 5.9 7k30:A, 7k31:A, 7k32:A, 7k33:A, 5zb8:B, 5zb8:C, 5zb8:D, 5zb8:E
77 7y0i:A 56 42 0.1733 0.2321 0.3095 6.8
78 7lqy:A 659 28 0.1467 0.0167 0.3929 8.2 8gf8:A, 8gf8:B, 8gf8:C, 8gf8:D, 8gf9:A, 8gf9:B, 8gf9:C, 8gf9:D, 8gfa:A, 8gfa:B, 8gfa:C, 8gfa:D, 8jqr:A, 8jqr:B, 8jqr:C, 8jqr:D, 7l2h:A, 7l2h:D, 7l2h:B, 7l2h:C, 7l2i:A, 7l2i:C, 7l2i:D, 7l2i:B, 7l2j:A, 7l2j:B, 7l2j:C, 7l2j:D, 7l2p:A, 7l2p:B, 7l2p:D, 7l2p:C, 7l2r:A, 7l2r:B, 7l2r:C, 7l2r:D, 7l2s:D, 7l2s:A, 7l2s:B, 7l2s:C, 7l2t:A, 7l2t:D, 7l2t:B, 7l2t:C, 7l2u:A, 7l2u:B, 7l2u:D, 7l2u:C, 7l2v:A, 7l2v:D, 7l2v:B, 7l2v:C, 7l2w:A, 7l2w:D, 7l2w:B, 7l2w:C, 7l2x:A, 7l2x:D, 7l2x:B, 7l2x:C, 7lp9:A, 7lp9:B, 7lp9:C, 7lp9:D, 7lqy:B, 7lqy:C, 7lqy:D, 7lqz:A, 7lqz:B, 7lqz:C, 7lqz:D, 7lr0:A, 7lr0:B, 7lr0:C, 7lr0:D, 7mz6:A, 7mz6:B, 7mz6:D, 7mz6:C, 7mz7:A, 7mz7:D, 7mz7:B, 7mz7:C, 7mz9:A, 7mz9:D, 7mz9:C, 7mz9:B, 7mza:A, 7mza:D, 7mza:B, 7mza:C, 7mzb:A, 7mzb:D, 7mzb:B, 7mzb:C, 7mzc:A, 7mzc:D, 7mzc:C, 7mzc:B, 7mzd:A, 7mzd:D, 7mzd:B, 7mzd:C, 7mze:A, 7mze:D, 7mze:B, 7mze:C, 2nyj:A, 2pnn:A, 7rqw:A, 7rqw:C, 7rqw:D, 7rqw:B, 7rqy:A, 7rqy:C, 7rqy:B, 7rqy:D, 7rqz:A, 7rqz:C, 7rqz:B, 7rqz:D, 8t0c:A, 8t0c:D, 8t0c:B, 8t0c:C, 8t0e:A, 8t0e:D, 8t0e:B, 8t0e:C, 8u30:A, 8u30:D, 8u30:B, 8u30:C, 8u3a:D, 8u3c:D, 8u43:A, 8u43:B, 8u43:C, 8u43:D, 8u4d:A, 8u4d:D, 8u4d:C, 8u4d:B, 8x94:A, 8x94:B, 8x94:C, 8x94:D
79 8kd6:E 301 60 0.2000 0.0498 0.2500 8.4 8kd2:E
80 2ke1:A 66 44 0.1467 0.1667 0.2500 8.5 2kft:A, 1xwh:A
81 6qxz:A 79 38 0.1467 0.1392 0.2895 8.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218