Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSFTEGWVRFSPGPNAAAYLTLENPGDLPLRLVGARTPVAERVELHETFMREVEGKKVMGMRPVPFLEVPPKGRVELKPG
GYHFMLLGLKRPLKAGEEVELDLLFAGGKVLKVVLPVEAR

The query sequence (length=120) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2k6z:A 120 120 1.0000 1.0000 1.0000 2.41e-81 2k70:A
2 1x9l:A 149 104 0.3667 0.2953 0.4231 4.53e-21
3 3zja:A 114 104 0.3167 0.3333 0.3654 1.36e-11
4 6p16:B 120 91 0.2500 0.2500 0.3297 1.19e-05 6p16:A
5 6p1g:A 127 107 0.2333 0.2205 0.2617 4.24e-04 6p1g:B
6 6ymv:A 887 60 0.1583 0.0214 0.3167 0.039
7 8c5s:A 924 60 0.1583 0.0206 0.3167 0.041 8ap1:A, 8att:A, 8atv:A, 8atw:A, 8c5u:A, 8q63:A, 6ymw:A
8 5lmn:X 168 97 0.2583 0.1845 0.3196 0.23 5lmo:X, 5lmp:X, 5lmq:X, 5lmr:X, 5lms:X, 5lmt:X, 5lmu:X, 5lmv:X
9 7aor:as 252 108 0.2500 0.1190 0.2778 0.58
10 1iug:A 348 57 0.1833 0.0632 0.3860 1.4 1iug:B
11 2ijd:1 644 53 0.1167 0.0217 0.2642 2.3 4dcd:A, 2ijd:2, 2ily:A, 2ilz:A, 2im0:A, 2im1:A, 2im2:A, 2im3:A, 4k4s:A, 4k4s:E, 4k4t:A, 4k4t:E, 4k4u:A, 4k4u:E, 4k4v:A, 4k4v:E, 4k4w:A, 4k4w:E, 3ol6:A, 3ol6:E, 3ol6:I, 3ol6:M, 3ol7:A, 3ol7:E, 3ol7:I, 3ol7:M, 3ol8:A, 3ol8:E, 3ol8:I, 3ol8:M, 3ol9:A, 3ol9:E, 3ol9:I, 3ol9:M, 3ola:A, 3ola:E, 3ola:I, 3ola:M, 3olb:A, 3olb:E, 3olb:I, 3olb:M, 1ra7:A
12 2x3b:A 295 100 0.2333 0.0949 0.2800 5.8 2x3a:A, 2x3b:B, 2x3c:A
13 5sd6:A 187 68 0.2083 0.1337 0.3676 7.4 6a7c:A, 6a7e:A, 1boz:A, 2c2s:A, 2c2s:B, 2c2t:A, 2c2t:B, 6dav:A, 6dav:B, 4ddr:A, 6de4:A, 6de4:B, 2dhf:A, 2dhf:B, 1dlr:A, 1dls:A, 3eig:A, 7ese:A, 3f8y:A, 3f8z:A, 3f91:A, 3fs6:A, 4g95:A, 3ghc:A, 3ghv:A, 3ghw:A, 3gi2:A, 3gyf:A, 1hfp:A, 1hfq:A, 1hfr:A, 5hpb:A, 5hqy:A, 5hqz:A, 5hsr:A, 5hsu:A, 5ht4:A, 5ht5:A, 5hui:A, 5hvb:A, 5hve:A, 4kak:A, 4kak:B, 4kbn:A, 4kbn:B, 4kd7:A, 4kd7:B, 4keb:A, 4keb:B, 4kfj:A, 4kfj:B, 1kms:A, 1kmv:A, 3l3r:A, 4m6j:A, 4m6k:A, 4m6l:A, 1mvs:A, 1mvt:A, 3n0h:A, 3ntz:A, 3nu0:A, 3nxo:A, 3nxr:A, 3nxt:A, 3nxv:A, 3nxx:A, 3nxy:A, 3nzd:A, 3oaf:A, 1ohj:A, 1ohk:A, 1pd8:A, 1pd9:A, 4qhv:A, 4qjc:A, 1s3u:A, 1s3v:A, 1s3w:A, 3s3v:A, 3s7a:A, 5sd7:A, 5sd8:A, 5sd9:A, 5sda:A, 5sdb:A, 5sdb:B, 1u71:A, 1u72:A, 6vcj:A, 6vcj:B, 6vcj:C, 6vcj:D, 2w3a:A, 2w3a:B, 2w3b:A, 2w3b:B, 2w3m:A, 2w3m:B, 8wgn:A, 7xi7:A, 1yho:A
14 5aij:A 630 61 0.1833 0.0349 0.3607 7.6 5a23:A, 5a23:B, 5a23:C, 5a23:D, 5ajl:A, 5ajl:B, 2cfu:A, 2cfz:A, 2cg2:A, 2cg3:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218