Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GSAPKYIEHFSKFSPSPLSMKQFLDFGSACEKTSFTFLRQELPVRLANIMKEINLLPDRVLSTPSVQLVQSWYVQSLLDI
MEFLDKDPEDHRTLSQFTDALVTIRNRHNDVVPTMAQGVLEYKDTYGDDPVSNQNIQYFLDRFYLSRISIRMLINQHTLI
FDKHIGSIDPNCNVSEVVKDAYDMAKLLCDKYYMASPDLEIQEINAANSKQPIHMVYVPSHLYHMLFELFKNAMRATVES
HESSLILPPIKVMVALGEEDLSIKMSDRGGGVPLRKIERLFSYMYSTAPGYGLPISRLYAKYFQGDLQLFSMEGFGTDAV
IYLKALSTDSVERLPVYNKSA

The query sequence (length=341) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3crl:B 383 355 0.9707 0.8642 0.9324 0.0 2bu2:A, 2bu5:A, 2bu6:A, 2bu7:A, 2bu8:A, 3crk:A, 3crk:B, 3crl:A, 7ea0:A, 7eas:A, 7ebh:A, 5j6a:A, 1jm6:A, 1jm6:B, 6lil:A, 6lil:B, 6lin:A, 6lin:B, 6lin:C, 6lin:D, 6lio:A, 6lio:B, 5m4k:A, 5m4m:A, 5m4n:A, 5m4p:A, 4mp2:A, 4mp7:A, 4mpc:A, 4mpe:A, 4mpn:A, 6tmp:AAA, 6tmq:AAA, 6tmz:AAA, 6tn0:AAA, 6tn2:AAA, 4v25:A, 4v26:A, 7vbu:A, 7vbv:A, 7vbv:B, 7vbx:A, 8zm1:A, 8zm2:A
2 5j71:A 338 341 0.9589 0.9675 0.9589 0.0
3 2q8g:A 368 357 0.7185 0.6658 0.6863 0.0 2q8h:A
4 3d2r:B 362 355 0.6804 0.6409 0.6535 1.01e-176 3d2r:A, 2e0a:A, 2e0a:B, 7eat:A, 7eat:B, 7ebb:A, 7ebb:B, 7ebg:B, 2zdx:B, 2zdy:A, 2zdy:B, 2zkj:A, 2zkj:B
5 1y8p:A 381 356 0.6979 0.6247 0.6685 1.60e-176 2q8i:A, 1y8n:A, 1y8o:A
6 7ebg:A 337 341 0.6569 0.6647 0.6569 1.82e-171 2zdx:A
7 2pnr:B 341 347 0.6657 0.6657 0.6542 1.21e-165
8 8f5f:A 326 300 0.2962 0.3098 0.3367 1.95e-47 4dzy:A, 4e00:A, 4e01:A, 4e02:A, 8egd:A, 8egf:A, 8egq:A, 8egu:A, 8f4q:A, 8f5f:B, 8f5j:A, 8f5s:A, 8f5s:B, 1gjv:A, 1gkz:A, 4h7q:A, 4h81:A, 4h85:A, 3tz0:A, 3tz2:A, 3tz4:A, 3tz5:A, 3vad:A
9 3sl2:A 145 63 0.0645 0.1517 0.3492 4.15e-04
10 4gcz:B 378 80 0.0645 0.0582 0.2750 0.11 4gcz:A
11 7pqi:A 198 52 0.0499 0.0859 0.3269 0.14 7pql:A, 7pql:B, 7pqm:A, 7pqm:B
12 8a6x:B 368 80 0.0645 0.0598 0.2750 0.14 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
13 4jav:A 246 128 0.0821 0.1138 0.2188 0.30 6azr:A, 6azr:C, 2c2a:A, 3dge:A, 3dge:B, 4jas:A, 4jau:A, 4jav:B, 6rfv:A, 6rfv:B, 6rgy:A, 6rgy:B, 6rgz:A, 6rgz:B, 6rh0:A, 6rh0:B, 6rh1:A, 6rh1:B, 6rh2:A, 6rh2:B, 6rh7:A, 6rh7:B, 6rh8:A, 6rh8:B, 5uht:A, 5uht:C
14 8dx0:B 139 61 0.0587 0.1439 0.3279 0.33
15 8pxv:B 634 109 0.0616 0.0331 0.1927 0.49 8pxv:C
16 5c93:A 235 66 0.0557 0.0809 0.2879 0.96 5c93:B, 4u7o:A, 4u7o:B, 4zki:B
17 8iff:A 868 60 0.0528 0.0207 0.3000 2.8 8f5z:B, 8f5z:A, 8iff:B, 8isj:A, 8isj:B
18 8gvg:A 203 72 0.0616 0.1034 0.2917 4.0 8gvb:A, 4h1l:I, 4h1l:G, 3vxm:D
19 5knn:A 450 16 0.0293 0.0222 0.6250 6.3 5knn:B, 5knn:C, 5knn:D, 5knn:E, 5knn:F, 5knn:G, 5knn:H, 5v59:A, 4xem:A, 4xeo:A, 4xeo:B
20 4d9k:A 366 38 0.0352 0.0328 0.3158 6.5 4d9k:B, 4d9k:C
21 5csl:B 2072 85 0.0645 0.0106 0.2588 6.8 5ctb:A, 5ctb:C, 5ctc:A, 5ctc:B, 5ctc:C, 5cte:B, 5cte:C, 3h0s:A, 3k8x:A, 3k8x:B, 3k8x:C, 1od2:A, 1od2:B, 3pgq:A, 3pgq:C, 3tv5:A, 3tv5:B, 3tv5:C, 3tvu:A, 3tvu:B, 3tvu:C, 3tvw:A, 3tvw:B, 3tvw:C, 3tz3:A, 3tz3:B, 3tz3:C, 1w96:A, 1w96:B, 1w96:C, 4wyo:B, 4wyo:C, 4wz8:B, 4wz8:C
22 4fea:A 170 45 0.0469 0.0941 0.3556 7.1
23 9gbv:B 782 54 0.0440 0.0192 0.2778 7.4 1aj6:A, 7c7n:A, 7c7o:A, 7dor:A, 7dor:B, 7dpr:A, 7dpr:B, 7dps:A, 7dps:B, 7dqf:A, 7dqf:B, 7dqh:A, 7dqh:B, 7dqi:A, 7dqi:B, 7dqj:A, 7dqj:B, 7dql:A, 7dql:B, 7dqm:A, 7dqm:B, 7dqs:A, 7dqs:B, 7dqu:A, 7dqu:B, 7dqw:A, 7dqw:B, 4duh:A, 4duh:B, 1ei1:A, 1ei1:B, 6eng:A, 6eng:B, 6f86:A, 6f8j:A, 6f94:A, 6f96:A, 3g7e:A, 9gbv:D, 9ggq:D, 9ggq:B, 4hyp:A, 4hyp:B, 4hyp:C, 4hyp:D, 6j90:A, 4kfg:A, 4kfg:B, 1kzn:A, 6kzv:A, 6kzx:A, 6kzz:A, 6l01:A, 5l3j:A, 5mmn:A, 5mmo:A, 5mmp:A, 7p2m:A, 7p2n:A, 7p2w:A, 7p2x:A, 4prv:A, 4prx:A, 4pu9:A, 8qdx:B, 8qdx:D, 8qqi:D, 8qqi:B, 8qqs:B, 8qqs:D, 8qqu:D, 6rku:D, 6rku:B, 6rkv:D, 6rkv:B, 6rkw:D, 6rkw:B, 4wub:A, 4wuc:A, 4wud:A, 4xtj:A, 6yd9:A, 5z4h:A, 5z4h:B, 5z4o:A, 5z4o:B, 5z9b:A, 5z9b:B, 5z9e:A, 5z9e:B, 5z9f:A, 5z9f:B, 5z9l:A, 5z9l:B, 5z9m:A, 5z9m:B, 5z9n:A, 5z9q:A, 5z9q:B, 7z9c:D, 7z9c:B, 7z9g:D, 7z9g:B, 7z9k:B, 7z9k:D, 7z9m:B, 7z9m:D, 4zvi:A, 5zxm:A, 5zxm:B
24 4dh2:B 72 71 0.0528 0.2500 0.2535 7.7 4dh2:D
25 5yud:A 1238 96 0.0821 0.0226 0.2917 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218