Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
GSAMGEPDYEVDEDIFRKKRLTIMDLHPGAGKTKRILPSIVREALKRRLRTLILAPTRVVAAEMEEALRGLPIRYQTPAV
KSDHTGREIVDLMCHATFTTRLLSSTRVPNYNLIVMDEAHFTDPCSVAARGYISTRVEMGEAAAIFMTATPPGSIDPFPQ
SNSPIEDIEREIPERSWNTGFDWITDYQGKTVWFVPSIKAGNDIANCLRKSGKRVIQLSRKTFDTEYPKTKLTDWDFVVT
TDISEMGANFRAGRVIDPRRCLKPVILTDGPERVILAGPIPVTPASAAQRRGRIGRNPAQEDDQYVFSGDPLKNDEDHAH
WTEAKMLLDNIYTPEGIIPTLFGPEREKTQAIDGEFRLRGEQRKTFVELMRRGDLPVWLSYKVASAGISYKDREWCFTGE
RNNQILEENMEVEIWTREGEKKKLRPKWLDARVYADPMALKDFKEFASGRK

The query sequence (length=451) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 2vbc:A 600 448 0.9889 0.7433 0.9955 0.0 2jlr:A, 2jls:A, 2jlu:A, 2jlu:B, 2jlv:A, 2jlv:B, 2jlw:A, 2jlw:B, 2jlx:A, 2jlx:B, 2jly:A, 2jly:B, 2jlz:A, 2jlz:B, 2whx:A, 2wzq:A, 5xc6:A, 5xc6:B, 5yvj:B
2 8gzr:B 443 442 0.8115 0.8262 0.8281 0.0
3 2bhr:B 439 446 0.7849 0.8064 0.7937 0.0 2bhr:A
4 5jrz:A 443 437 0.6962 0.7088 0.7185 0.0 6adx:A, 6ady:A, 7g9k:A, 7g9l:A, 7g9m:A, 7g9o:A, 7g9p:A, 7g9q:A, 7g9r:A, 7g9s:A, 7g9t:A, 7g9u:A, 7g9v:A, 7g9w:A, 7g9x:A, 7g9y:A, 7ga0:A, 7ga1:A, 7ga2:A, 7ga3:A, 7ga5:A, 7ga6:A, 7ga7:A, 5gjb:A, 5gjc:A, 5k8i:A, 5k8l:A, 5k8t:A, 5k8u:A, 5mfx:A, 5rhg:A, 5rhi:A, 5rhj:A, 5rhk:A, 5rhl:A, 5rhm:A, 5rho:A, 5rhp:A, 5rhq:A, 5rhr:A, 5rhs:A, 5rht:A, 5rhu:A, 5rhv:A, 5rhw:A, 5rhx:A, 6rwz:A, 6s0j:A, 8um3:A, 7v2z:A, 8v7r:A, 8v7u:A, 5y4z:A, 5y6m:A, 5y6n:A
5 2v6i:A 421 433 0.5876 0.6295 0.6120 0.0
6 7bm0:A 427 435 0.4479 0.4731 0.4644 7.05e-128 7blv:A, 7nxu:A
7 7v4r:A 437 434 0.4435 0.4577 0.4608 2.30e-125
8 4ojq:B 420 161 0.0976 0.1048 0.2733 1.94e-04 1hei:B, 4ok6:B
9 4b6f:A 645 254 0.1353 0.0946 0.2402 0.007 1a1v:A, 4a1t:A, 4a1t:B, 4a1v:A, 4a1v:B, 4a1x:A, 4a1x:B, 4a92:A, 4a92:B, 4b6e:B, 4b6f:B, 4b71:A, 4b71:B, 4b73:A, 4b73:B, 4b74:A, 4b74:B, 4b75:A, 4b75:B, 4b76:A, 4b76:B, 1bt7:A, 1cu1:A, 1cu1:B, 1dxp:A, 1dxp:B, 1dxw:A, 1dy8:A, 1dy8:B, 1dy9:A, 1dy9:B, 5e4f:A, 5e4f:B, 2f55:A, 2f55:B, 2f55:C, 6fe6:A, 5fps:A, 5fps:B, 5fpt:A, 5fpt:B, 5fpy:A, 5fpy:B, 1hei:A, 4i31:A, 4i31:B, 4i32:A, 4i32:B, 4i33:A, 4i33:B, 4jmy:A, 4jmy:B, 1jxp:A, 1jxp:B, 2k1q:A, 4k8b:A, 4k8b:B, 3kee:A, 3kee:B, 3kee:C, 3kee:D, 3kqh:B, 3kqh:A, 3kqk:B, 3kqk:A, 3kql:A, 3kql:B, 3kqn:A, 3kqu:A, 3kqu:B, 3kqu:C, 3kqu:D, 3kqu:E, 3kqu:F, 4ktc:A, 4ktc:C, 1ns3:A, 1ns3:B, 3o8b:A, 3o8b:B, 3o8c:A, 3o8c:B, 3o8d:A, 3o8d:B, 3o8r:A, 3o8r:B, 4ojq:A, 4ok3:A, 4ok5:A, 4ok6:A, 4oks:A, 4oks:B, 3oyp:A, 3oyp:B, 3p8n:A, 3p8n:B, 3p8o:A, 3p8o:B, 3rvb:A, 4tyd:A, 4tyd:D, 4tyd:B, 4tyd:E, 4tyd:C, 4tyd:F, 4tyd:G, 4tyd:M, 4tyd:H, 4tyd:J, 4tyd:L, 4tyd:K, 4u01:A, 4u01:B, 4u01:C, 4u01:D, 4u01:E, 4u01:F, 4u01:G, 4u01:H, 4u01:J, 1w3c:A, 1w3c:B, 4wxp:A, 4wxr:A, 4wxr:B, 2zjo:A
10 5wdx:A 642 188 0.1153 0.0810 0.2766 0.22
11 6aic:A 202 69 0.0532 0.1188 0.3478 0.27
12 3n92:A 550 84 0.0643 0.0527 0.3452 0.31 3n98:A
13 8cnt:A 620 129 0.0776 0.0565 0.2713 0.32
14 8ia0:CW 540 65 0.0421 0.0352 0.2923 1.0 8i9z:CW
15 6o5f:A 417 102 0.0665 0.0719 0.2941 1.3 6o5f:B
16 1jro:B 760 46 0.0355 0.0211 0.3478 1.9 1jro:D, 1jro:F, 1jro:H, 1jrp:B, 1jrp:D, 1jrp:F, 1jrp:H, 2w3r:B, 2w3r:D, 2w3r:F, 2w3r:H, 2w3s:B, 2w3s:D, 2w3s:F, 2w3s:H, 2w54:B, 2w54:D, 2w54:F, 2w54:H, 2w55:B, 2w55:D, 2w55:F, 2w55:H
17 4b3g:A 614 53 0.0377 0.0277 0.3208 2.4 4b3g:B
18 1qor:A 326 69 0.0443 0.0613 0.2899 3.9 1qor:B
19 3ex7:C 392 56 0.0421 0.0485 0.3393 5.1 8c6j:7, 3ex7:H, 9fmd:7, 2hyi:C, 2hyi:I, 8i0w:u, 6icz:u, 2j0q:A, 2j0q:B, 2j0s:A, 2j0u:A, 6qdv:7, 2xb2:A, 2xb2:X, 5xjc:u, 5yzg:u, 7znj:A, 7znj:a, 7znj:F, 7znj:f, 7znj:K, 7znj:k
20 1wa7:A 60 39 0.0333 0.2500 0.3846 5.3
21 2p88:A 369 53 0.0421 0.0515 0.3585 5.6 2p88:B, 2p88:C, 2p88:D, 2p88:E, 2p88:F, 2p88:G, 2p88:H, 2p8b:A, 2p8c:A
22 2e7z:A 727 40 0.0355 0.0220 0.4000 5.8
23 1xzq:A 449 73 0.0355 0.0356 0.2192 6.8 1xzq:B
24 2xdq:A 425 79 0.0443 0.0471 0.2532 6.9
25 4hse:A 369 54 0.0377 0.0461 0.3148 7.9
26 3awj:A 380 40 0.0288 0.0342 0.3250 8.7
27 1d3y:B 290 109 0.0621 0.0966 0.2569 9.3 1d3y:A
28 7orc:B 1299 48 0.0355 0.0123 0.3333 9.3 5epg:A, 7opn:A, 7opn:B, 7orc:A, 6q6q:A, 4uhw:A, 4uhx:A
29 8emt:B 1221 48 0.0355 0.0131 0.3333 9.3
30 8emt:A 1254 48 0.0355 0.0128 0.3333 9.7

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218