Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPVWRKHYITYRINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDDHAFDGKGGILAHAF
GPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYG

The query sequence (length=158) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3ba0:A 365 158 1.0000 0.4329 1.0000 1.09e-114 8b2n:A, 8b2n:C, 5cxa:A, 5czm:A, 5d2b:A, 5d3c:A, 4efs:A, 3ehx:A, 3ehy:A, 6ekn:A, 6ela:A, 6ela:B, 6ela:C, 6ela:D, 6enm:A, 6enm:B, 6eox:A, 3f15:A, 3f16:A, 3f17:A, 3f18:A, 3f19:A, 3f1a:A, 4gql:A, 4gr0:A, 4gr3:A, 4gr8:A, 4guy:A, 4h30:A, 4h30:B, 4h49:A, 4h49:B, 4h49:C, 4h49:D, 4h76:A, 4h84:A, 4h84:B, 2hu6:A, 4i03:A, 5i0l:A, 5i0l:B, 5i2z:A, 5i2z:B, 5i2z:C, 5i2z:D, 5i3m:A, 5i3m:B, 5i3m:C, 5i3m:D, 5i43:A, 5i43:B, 5i43:C, 5i43:D, 5i4o:A, 5i4o:C, 5i4o:B, 5i4o:D, 4ijo:A, 1jiz:A, 1jiz:B, 1jk3:A, 2jxy:A, 2k2g:A, 2k9c:A, 2krj:A, 5l79:A, 5l7f:A, 5l7f:B, 5lab:A, 3lik:A, 3lil:A, 3lir:A, 3ljg:A, 3lk8:A, 3lka:A, 2mlr:A, 2mls:A, 3n2u:A, 3n2v:A, 5n5j:A, 5n5k:A, 2n8r:A, 3nx7:A, 1os2:A, 1os2:B, 1os2:C, 1os2:D, 1os2:E, 1os2:F, 1os9:A, 1os9:B, 1os9:C, 1os9:D, 1os9:E, 1os9:F, 7ovy:A, 2oxu:A, 2oxw:A, 2oxz:A, 2poj:A, 6rd0:A, 8rij:A, 6rly:A, 1rmz:A, 1ros:A, 1ros:B, 3rts:A, 3rtt:A, 3ts4:A, 3tsk:A, 1utt:A, 1utz:A, 1utz:B, 3uvc:A, 3uvc:B, 2w0d:A, 2w0d:B, 2w0d:C, 2w0d:D, 2wo8:A, 2wo8:B, 2wo8:C, 2wo8:D, 2wo9:A, 2wo9:B, 2wo9:C, 2wo9:D, 2woa:A, 2woa:B, 2woa:C, 2woa:D, 1y93:A, 1ycm:A, 2z2d:A, 1z3j:A
2 1slm:A 226 158 0.5949 0.4159 0.5949 4.34e-65 1b3d:A, 1b3d:B, 1b8y:A, 1biw:A, 1biw:B, 1bm6:A, 1bqo:A, 1bqo:B, 1c3i:A, 1c3i:B, 1c8t:A, 1c8t:B, 1caq:A, 1ciz:A, 1cqr:A, 1cqr:B, 2d1o:A, 2d1o:B, 1d5j:A, 1d5j:B, 1d7x:A, 1d7x:B, 1d8f:A, 1d8f:B, 1d8m:A, 1d8m:B, 4dpe:A, 4dpe:B, 1g05:A, 1g05:B, 1g49:A, 1g49:B, 1g4k:A, 1g4k:B, 1g4k:C, 4g9l:A, 4g9l:B, 1hfs:A, 1hy7:A, 1hy7:B, 4ja1:A, 4ja1:B, 2jnp:A, 2jt5:A, 2jt6:A, 6mav:A, 6n9d:A, 3ohl:A, 3oho:A, 1qia:A, 1qia:B, 1qia:C, 1qia:D, 1qic:A, 1qic:B, 1qic:C, 1qic:D, 7s7l:A, 7s7m:A, 1sln:A, 2srt:A, 1uea:A, 1uea:C, 1ums:A, 1umt:A, 1usn:A, 2usn:A, 3usn:A
3 1q3a:B 160 158 0.5759 0.5687 0.5759 3.77e-64 4ilw:D, 4ilw:F, 1q3a:A, 1q3a:C, 3v96:B
4 2jsd:A 160 157 0.5443 0.5375 0.5478 3.22e-63
5 1fbl:A 367 157 0.5949 0.2561 0.5987 9.93e-63
6 8h78:A 168 158 0.5949 0.5595 0.5949 1.53e-62 3ayu:A, 8h78:B, 1hov:A, 1qib:A, 7xgj:A, 7xgj:B, 7xgj:C, 7xjo:A, 7xjo:B
7 1bzs:A 165 157 0.5380 0.5152 0.5414 2.88e-61 1a85:A, 1a86:A, 3dng:A, 3dng:B, 3dpe:A, 3dpf:A, 3dpf:B, 5h8x:A, 1i73:A, 1i76:A, 1jan:A, 1jao:A, 1jap:A, 1jaq:A, 1jh1:A, 1jj9:A, 1kbc:A, 1kbc:B, 1mmb:A, 1mnc:A, 2oy2:A, 2oy2:F, 2oy4:A, 2oy4:F, 4qkz:A, 3tt4:A, 1zp5:A, 1zs0:A, 1zvx:A
8 1su3:B 416 158 0.5823 0.2212 0.5823 8.88e-61 966c:A, 4auo:A, 4auo:B, 1ayk:A, 2ayk:A, 3ayk:A, 4ayk:A, 1cge:A, 1cgf:A, 1cgf:B, 1cgl:A, 1cgl:B, 2clt:A, 2clt:B, 1hfc:A, 2j0t:A, 2j0t:B, 2j0t:C, 3shi:A, 3shi:G, 3shi:M, 1su3:A, 2tcl:A
9 4fu4:A 368 155 0.5696 0.2446 0.5806 2.80e-60 830c:A, 830c:B, 456c:A, 456c:B, 4a7b:A, 4a7b:B, 5b5o:A, 5b5o:B, 5b5p:A, 5b5p:B, 5bot:A, 5bot:B, 5boy:A, 5boy:B, 5bpa:A, 5bpa:B, 1cxv:A, 1cxv:B, 2d1n:A, 2d1n:B, 2e2d:A, 3elm:A, 3elm:B, 1eub:A, 1fls:A, 1fm1:A, 4fu4:B, 4fvl:A, 4fvl:B, 4g0d:A, 4g0d:B, 4g0d:C, 4g0d:D, 6hv2:A, 3i7g:A, 3i7g:B, 3i7i:A, 3i7i:B, 4jp4:A, 4jp4:B, 4jpa:A, 4jpa:B, 7ju8:A, 7ju8:B, 3kec:A, 3kec:B, 3kej:A, 3kej:B, 3kek:A, 3kek:B, 3kry:A, 3kry:B, 3kry:C, 3kry:D, 4l19:A, 4l19:B, 3ljz:A, 3ljz:B, 3ljz:C, 3ljz:D, 3o2x:A, 3o2x:B, 3o2x:C, 3o2x:D, 2ow9:A, 2ow9:B, 2ozr:A, 2ozr:B, 2ozr:C, 2ozr:D, 2ozr:E, 2ozr:F, 2ozr:G, 2ozr:H, 1pex:A, 2pjt:A, 2pjt:B, 2pjt:C, 2pjt:D, 3tvc:A, 5uwk:A, 5uwk:B, 5uwl:A, 5uwl:B, 5uwm:A, 5uwm:B, 5uwn:A, 5uwn:B, 5uwn:C, 5uwn:D, 5uwn:E, 3wv1:A, 3wv1:B, 3wv2:A, 3wv2:B, 3wv3:A, 3wv3:B, 1xuc:A, 1xuc:B, 1xud:A, 1xud:B, 1xur:A, 1xur:B, 2yig:A, 2yig:B, 1you:A, 1you:B, 1ztq:A, 1ztq:B, 1ztq:C, 1ztq:D, 3zxh:A, 3zxh:B
10 2mze:A 250 158 0.5633 0.3560 0.5633 2.82e-58 2ddy:A, 8jud:A, 8juf:A, 8jug:A, 8k4z:A, 1mmp:A, 1mmp:B, 1mmq:A, 1mmr:A, 2mzh:A, 2mzi:A, 5ue2:A, 5ue5:A, 7wxx:A, 2y6c:A, 2y6d:A
11 1rm8:A 169 168 0.5443 0.5089 0.5119 5.18e-55
12 1bqq:M 174 169 0.5316 0.4828 0.4970 7.98e-53 1buv:M, 5h0u:A, 3ma2:D, 3ma2:A
13 8k5v:B 232 156 0.5063 0.3448 0.5128 3.91e-50 5cuh:A, 5cuh:B, 6esm:A, 1gkc:A, 1gkc:B, 1gkd:A, 1gkd:B, 4h1q:A, 4h1q:B, 4h2e:A, 4h2e:B, 4h3x:A, 4h3x:B, 4h82:A, 4h82:B, 4h82:C, 4h82:D, 4hma:A, 4hma:B, 5i12:A, 4jij:A, 4jij:B, 4jqg:A, 4jqg:B, 8k5v:A, 8k5w:A, 8k5w:B, 8k5x:A, 8k5x:B, 8k5y:A, 8k5y:B, 2ovx:A, 2ovx:B, 2ovz:A, 2ovz:B, 2ow0:A, 2ow0:B, 2ow1:A, 2ow1:B, 2ow2:A, 2ow2:B, 5th6:A, 5th6:B, 5th6:C, 5th6:D, 5th9:A, 5th9:B, 5th9:C, 5ue3:A, 5ue3:B, 5ue4:A, 5ue4:B, 4wzv:A, 4wzv:B, 4xct:A
14 1hv5:E 165 156 0.4937 0.4727 0.5000 7.03e-45 1hv5:A, 1hv5:B, 1hv5:C, 1hv5:D, 1hv5:F
15 1gxd:A 624 102 0.3924 0.0994 0.6078 5.03e-38 1ck7:A, 1eak:A, 1eak:B, 1eak:D, 1eak:C, 1gen:A, 1gxd:B, 1rtg:A
16 1gxd:A 624 70 0.2278 0.0577 0.5143 8.23e-15 1ck7:A, 1eak:A, 1eak:B, 1eak:D, 1eak:C, 1gen:A, 1gxd:B, 1rtg:A
17 4r3v:A 179 162 0.3987 0.3520 0.3889 6.25e-31 8b2q:A, 4in9:A, 4r3v:B, 2xs3:A, 2xs3:B, 2xs4:A
18 1l6j:A 405 100 0.3291 0.1284 0.5200 1.09e-29
19 1l6j:A 405 70 0.2025 0.0790 0.4571 1.01e-11
20 3hda:P 382 144 0.2722 0.1126 0.2986 0.008 3hbv:P
21 1af0:A 470 161 0.2722 0.0915 0.2671 0.010 5d7w:A, 4i35:A, 1sat:A, 1smp:A, 1srp:A
22 5gwd:A 239 99 0.1582 0.1046 0.2525 0.016 5czw:A, 5gwd:B, 5zjk:A, 5zjk:B, 5zjk:C, 5zjk:D, 5zjk:E, 5zjk:F, 5zjk:G, 5zjk:H, 5zjk:I, 5zjk:J, 5zjk:K, 5zjk:L, 5zjk:M, 5zjk:N, 5zjk:O, 5zjk:P, 5zjk:Q, 5zjk:R
23 1go7:P 462 112 0.1962 0.0671 0.2768 0.023 1go8:P, 3hb2:P, 3hbu:P, 1k7g:A, 1k7i:A, 1k7q:A
24 3lmc:A 191 46 0.1013 0.0838 0.3478 0.051
25 7pol:B 336 23 0.0759 0.0357 0.5217 0.063 8wen:C, 8wen:A
26 6qig:A 581 35 0.0886 0.0241 0.4000 0.28 3ghm:A, 3ghn:A, 3vn4:A
27 4axq:A 163 22 0.0823 0.0798 0.5909 0.37 4a3w:A, 3zvs:A, 3zvs:B, 3zvs:C
28 2x7m:A 180 19 0.0696 0.0611 0.5789 0.57
29 8hgg:C 1484 41 0.1013 0.0108 0.3902 1.2 8hgg:D, 8hgh:A, 8hgh:B
30 1r54:A 206 21 0.0823 0.0631 0.6190 1.4 1r55:A
31 8h3x:C 357 23 0.0633 0.0280 0.4348 3.0 8h3y:A, 8h3y:B, 8h3y:C, 3p24:A, 3p24:B, 3p24:C, 3p24:D, 7pnd:A, 7pnd:B, 7pol:A, 7poo:A, 7poo:B, 7poq:A, 7poq:B, 7pou:A, 7pou:B, 8wem:C, 8wem:A, 8weo:B, 8weo:A
32 8a7e:C 1524 41 0.0949 0.0098 0.3659 3.1 8a7d:C, 8a7e:Q, 7y5n:C, 7y5q:B
33 1wni:A 198 27 0.0759 0.0606 0.4444 3.4
34 4j4m:B 200 23 0.0696 0.0550 0.4783 3.5 4j4m:A
35 4on1:A 334 85 0.1646 0.0778 0.3059 4.4 4on1:B
36 1akl:A 470 20 0.0759 0.0255 0.6000 4.8 1jiw:P, 1kap:P, 3vi1:A, 3vi1:B
37 6ixx:A 463 20 0.0759 0.0259 0.6000 4.9 1g9k:A, 1h71:P, 1o0q:A, 1o0t:A, 1om6:A, 1om7:A, 1om8:A, 1omj:A, 3u1r:A
38 6f3k:A 353 80 0.1329 0.0595 0.2625 5.3 1xfo:A, 1xfo:B, 1xfo:C, 1xfo:D, 1y0r:A, 1y0y:A
39 7uy7:E 783 39 0.0696 0.0140 0.2821 5.4
40 2zzv:A 330 51 0.0949 0.0455 0.2941 6.9 2zzv:B, 2zzw:A, 2zzw:B, 2zzx:C
41 3sm4:C 229 60 0.0949 0.0655 0.2500 7.1 3slp:A, 3slp:B, 3slp:C, 3sm4:A, 3sm4:B, 4wuz:A, 4wuz:B, 4wuz:C
42 7ufg:A 1151 41 0.0949 0.0130 0.3659 7.9
43 7ufg:B 1182 41 0.0949 0.0127 0.3659 8.0 8d8o:B
44 7e9y:A 563 51 0.0949 0.0266 0.2941 8.0
45 1kuf:A 201 29 0.0696 0.0547 0.3793 9.7 1kug:A, 1kui:A, 1kuk:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218