Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPQDNPYERGPDPTEDSIEAIRGPFSVATERVSSFASGFGGGTIYYPRETDEGTFGAVAVAPGFTASQGSMSWYGERVAS
QGFIVFTIDTNTRLDQPGQRGRQLLAALDYLVERSDRKVRERLDPNRLAVMGHAMGGGGSLEATVMRPSLKASIPLTPWN
LDKTWGQVQVPTFIIGAELDTIAPVSTHAKPFYESLPSSLPKAYMELDGATHFAPNIPNTTIAKYVISWLKRFVDEDTRY
SQFLCPNPTDRAIEEYRSTCPYK

The query sequence (length=263) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5zrq:A 263 263 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 7cef:A, 7cef:B, 7ceh:A, 7cts:A, 8ibl:A, 8ibl:B, 8ibm:A, 8ibm:B, 4wfj:A, 4wfk:A, 5zno:A, 5zno:B, 5zrr:A, 5zrs:A
2 5lui:A 264 262 0.6502 0.6477 0.6527 2.86e-128 5luk:A, 5lul:A, 7xtt:B, 7xtv:A, 7xtv:B
3 8xho:A 262 261 0.6616 0.6641 0.6667 1.80e-126 8xho:B
4 8a2c:A 268 262 0.6540 0.6418 0.6565 7.84e-126 8a2c:B
5 7qjt:A 267 261 0.6350 0.6255 0.6398 6.47e-125
6 6aid:A 261 262 0.6312 0.6360 0.6336 1.17e-123 3wyn:A, 3wyn:B
7 7yko:A 259 262 0.6236 0.6332 0.6260 2.98e-119
8 8bra:B 259 259 0.6540 0.6641 0.6641 1.80e-115 8brb:A, 8brb:B, 7w6c:A, 7w6c:B, 7w6o:A, 7w6o:B, 7w6q:B
9 7vvc:B 263 257 0.5475 0.5475 0.5603 8.73e-98 8jmo:A, 8jmo:B, 8jmp:A, 8qrj:A, 7vvc:A, 7vve:A, 7vve:B, 7w45:A, 7w45:B
10 7vpb:A 270 273 0.4867 0.4741 0.4689 1.32e-78 7vpb:B
11 7vmd:A 266 265 0.4639 0.4586 0.4604 3.56e-78 7vme:A
12 8ian:A 270 271 0.4867 0.4741 0.4723 1.69e-76 8ian:B
13 8d1d:A 262 258 0.4563 0.4580 0.4651 5.07e-70 8d1d:C, 8h5m:A, 5xh2:A, 5xh3:A, 7xtw:A
14 3f98:A 377 130 0.1103 0.0769 0.2231 0.001 3f97:A, 3f97:B, 3f98:B, 3f98:C, 3f9c:A, 3f9c:B, 5i8p:A, 5i8p:B, 5i9i:A, 5i9i:B, 5jad:A, 5jah:A, 5jal:A, 5jan:A, 5jao:A, 5jap:A, 5jar:A, 5jas:A, 5jat:A, 5jau:A, 5lp1:A, 5lyy:A, 5lz2:A, 5lz4:A, 5lz5:A, 5lz7:A, 5lz8:A, 5lz9:A, 6m06:A, 6m06:B, 6m07:A, 6m07:B, 6m08:B, 5ye7:B, 5ye7:A, 5ye8:B, 5ye8:A, 5ye9:A, 5ye9:B, 5yea:A, 5yea:B
15 3fcx:B 275 46 0.0570 0.0545 0.3261 0.054 3fcx:A
16 2cjp:B 319 88 0.0951 0.0784 0.2841 0.12
17 8k9t:A 961 196 0.1939 0.0531 0.2602 0.42 8k9r:A
18 1q0r:A 297 86 0.0913 0.0808 0.2791 0.71 1q0z:A
19 7amv:W 637 41 0.0608 0.0251 0.3902 0.84
20 3i6y:A 278 90 0.1027 0.0971 0.3000 0.92 3i6y:B, 3s8y:A
21 8k9q:A 927 196 0.1901 0.0539 0.2551 0.95
22 7cof:A 320 86 0.0913 0.0750 0.2791 1.3 7cog:A, 7cog:B, 7cog:C, 7cog:D, 1hqd:A, 2lip:A, 3lip:A, 4lip:D, 4lip:E, 5lip:A, 2nw6:A, 1oil:A, 1oil:B, 1ys1:X, 1ys2:X
23 6w32:B 288 63 0.0837 0.0764 0.3492 1.3 6w32:A, 6w32:C
24 3fcy:A 317 48 0.0570 0.0473 0.3125 1.5 3fcy:C
25 7auy:B 245 100 0.1217 0.1306 0.3200 1.8
26 7at3:A 295 100 0.1217 0.1085 0.3200 2.2 7at3:B, 7at4:A, 7atd:B, 7atf:A, 7atf:B, 7atq:A, 7auy:A, 7av5:AAA, 7av5:BBB, 7nb5:A
27 1tah:B 318 86 0.0913 0.0755 0.2791 2.3 1cvl:A, 2es4:A, 2es4:B, 1qge:E, 1tah:A, 1tah:C, 1tah:D
28 1ibj:A 380 160 0.1521 0.1053 0.2500 3.4 1ibj:C
29 5yp2:A 724 109 0.1179 0.0428 0.2844 5.3 5yp2:B, 5yp3:A, 5yp3:B, 5yp3:C, 5yp3:D, 5yp4:A, 5yp4:B, 5yp4:C, 5yp4:D
30 3e38:B 343 119 0.0989 0.0758 0.2185 5.5 3e38:A
31 7xrt:A 268 62 0.0646 0.0634 0.2742 5.5 7xrt:B, 7xrt:C, 7xrt:D, 7xrt:E, 7xrt:F, 7xrt:G, 7xrt:H, 7xrt:I, 7xrt:J, 7xrv:A, 7xrv:B, 7xrv:D, 7xrv:E, 7xrv:F, 7xrv:G, 7xrv:H, 7xrv:I, 7xrv:J
32 7a9f:A 279 50 0.0570 0.0538 0.3000 6.2 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
33 3e4d:A 278 27 0.0380 0.0360 0.3704 8.1 3e4d:B, 3e4d:C, 3e4d:E, 3e4d:D, 3e4d:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218