Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPLGSDASTKKLSESLKRIGDELDSNMELQRMIAAVSPREVFFRVAADMFSDGNFNWGRVVALFYFASKLVLK

The query sequence (length=73) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2k7w:A 192 75 0.9315 0.3542 0.9067 7.08e-42 4bd6:A, 8spe:C, 8spe:D, 8spe:J, 8spe:M, 8srx:B, 8srx:D, 4zie:A, 4zif:A, 4zig:A, 4zih:A, 4zii:A
2 6yld:C 152 75 0.3973 0.1908 0.3867 1.57e-09 6yld:A
3 6ovc:A 164 75 0.3699 0.1646 0.3600 2.30e-07
4 5vwv:A 170 79 0.3562 0.1529 0.3291 2.65e-07 8czf:A, 8czg:A, 8czg:B, 8czg:C, 8czg:D, 8czh:A, 5fmi:A, 8gsv:A, 8gsv:C, 8gsv:E, 8gsv:G, 8gsv:I, 8gsv:K, 8gsv:W, 8gsv:Q, 8gsv:O, 8gsv:U, 8gsv:S, 8gsv:M, 8igc:A, 2ims:A, 2imt:A, 2m5b:A, 7m5a:A, 7m5b:A, 7m5b:C, 7m5c:A, 7m5c:C, 7m5c:E, 7m5c:K, 7m5c:M, 7m5c:O, 7m5c:Q, 7m5c:S, 8srx:A, 8srx:C, 6uxn:A, 6uxn:B, 6uxn:D, 6uxn:C, 6uxn:E, 6uxn:F, 6uxn:G, 6uxn:H, 6uxn:K, 6uxn:I, 6uxn:J, 6uxn:L, 6uxq:A, 6uxq:B, 6uxq:C, 6uxq:D, 6uxr:A, 6uxr:B, 5vww:A, 5vwx:C, 5vwy:A, 5vwz:A, 5vwz:C, 5vx0:A, 5vx0:C
5 4g35:A 129 68 0.3425 0.1938 0.3676 6.93e-07
6 8g3s:A 518 75 0.3699 0.0521 0.3600 8.96e-07 6b4l:A, 6b4l:B, 6b4u:A, 9bcg:A, 4bpi:A, 4bpj:A, 6bw2:A, 6bw2:B, 6bw2:C, 6bw2:D, 6bw8:A, 6bw8:B, 6bw8:C, 6bw8:D, 5c3f:A, 5c6h:A, 5c6h:C, 5c6h:I, 5c6h:E, 5c6h:G, 5c6h:K, 5c6h:M, 5c6h:O, 5c6h:Q, 5c6h:U, 5c6h:S, 5c6h:W, 3d7v:A, 6dm8:A, 6dm8:B, 6dm8:C, 6dm8:D, 6dm8:E, 6dm8:F, 6dm8:G, 6dm8:H, 8ekx:A, 8el0:A, 8el1:A, 8el1:B, 8el1:C, 8el1:D, 5fc4:A, 5fdo:A, 5fdo:B, 5fdo:C, 5fdo:D, 5fdr:A, 5fdr:B, 5fdr:C, 5fdr:D, 6fs0:A, 6fs1:A, 6fs1:B, 6fs2:A, 6fs2:B, 8g3t:A, 8g3u:A, 8g3w:A, 8g3x:A, 8g3y:A, 8h7b:A, 8h7b:B, 4hw2:A, 4hw2:B, 4hw2:C, 4hw2:D, 4hw2:E, 4hw2:F, 4hw3:A, 4hw3:B, 4hw3:C, 4hw3:D, 4hw3:E, 4hw3:F, 4hw3:G, 4hw3:H, 4hw3:I, 4hw3:J, 4hw3:K, 4hw3:L, 4hw4:A, 4hw4:B, 5iez:A, 5iez:B, 5iez:C, 5iez:D, 5if4:A, 5if4:B, 3io9:A, 8iqm:A, 3kj0:A, 3kj1:A, 3kj2:A, 5ku9:A, 5ku9:B, 3kz0:A, 3kz0:B, 5lof:A, 6mbd:A, 6mbd:B, 6mbe:A, 5mes:A, 5mev:A, 3mk8:A, 7nb4:A, 7nb7:A, 7nb7:B, 7nb7:C, 7nb7:D, 6ne5:A, 6ne5:B, 6ne5:C, 6ne5:D, 2nl9:A, 2nla:A, 6o4u:A, 6o4u:B, 6o6f:A, 6o6f:B, 6o6g:A, 4oq5:A, 4oq5:F, 4oq5:B, 4oq5:C, 4oq5:D, 4oq5:E, 4oq6:A, 4oq6:B, 6oqb:A, 6oqc:A, 6oqc:B, 6oqd:A, 6oqn:A, 6oqn:B, 6p3p:A, 3pk1:A, 3pk1:C, 2pqk:A, 6qb4:A, 6qfi:A, 6qfm:A, 6qfq:A, 6qgd:A, 8qso:A, 6qxj:A, 6qyk:A, 6qyl:A, 6qyn:A, 6qyo:A, 6qyp:A, 6qz5:A, 6qz6:A, 6qz7:A, 6qz8:A, 6qzb:A, 8svy:A, 8t6f:A, 6u63:A, 6u63:B, 6u63:C, 6u63:D, 6u64:A, 6u65:A, 6u65:B, 6u65:C, 6u65:D, 6u67:A, 6u67:B, 6u6f:A, 6u6f:B, 6u6f:C, 6ua3:A, 6uab:A, 6ud2:A, 6udi:A, 6udt:A, 6udu:A, 6udv:A, 6udx:A, 6udx:B, 6udy:A, 6udy:B, 5uum:A, 5uum:B, 6vbx:A, 8vjp:A, 5vkc:A, 5vkc:B, 5vx2:A, 5vx2:C, 5w89:A, 5w8f:A, 4wgi:A, 3wix:A, 3wix:B, 3wix:C, 3wix:D, 3wiy:A, 3wiy:B, 3wiy:C, 3wiy:D, 3wiy:E, 3wiy:F, 4wmr:A, 4wms:A, 4wmt:A, 4wmu:A, 4wmv:A, 4wmw:A, 4wmx:A, 6ybg:A, 6ybg:B, 6ybj:A, 6ybk:A, 6ybl:A, 4zbf:A, 4zbf:B, 4zbf:C, 4zbf:D, 4zbf:E, 4zbf:F, 4zbf:G, 4zbf:H, 4zbf:I, 4zbf:J, 4zbf:K, 4zbf:L, 4zbi:A, 4zbi:B, 4zbi:C, 4zbi:D, 4zbi:E, 4zbi:F, 4zbi:G, 4zbi:H, 4zbi:I, 4zbi:J, 4zbi:K, 4zbi:L, 6zie:B
7 2jm6:B 162 75 0.3562 0.1605 0.3467 9.54e-07 8av9:A, 2roc:A, 2rod:A
8 5vwx:A 148 78 0.3425 0.1689 0.3205 4.89e-06 7m5c:G, 7m5c:I, 5vww:B
9 6lhd:B 332 76 0.3151 0.0693 0.3026 1.97e-05 4a1w:A, 4a1w:B, 4a1w:C, 4a1w:D, 8a31:A, 8a31:B, 8a32:A, 8a32:B, 5a7b:A, 5a7b:B, 8a92:A, 8a92:B, 5ab9:A, 5ab9:B, 5aba:A, 5aba:B, 2ac0:A, 2ac0:B, 2ac0:C, 2ac0:D, 2ady:A, 2ady:B, 4agl:A, 4agl:B, 4agm:A, 4agm:B, 4agn:A, 4agn:B, 4ago:A, 4ago:B, 4agp:A, 4agp:B, 4agq:A, 4agq:B, 2ahi:A, 2ahi:B, 2ahi:C, 2ahi:D, 5aoi:A, 5aoi:B, 5aoj:A, 5aoj:B, 5aok:A, 5aok:B, 5aol:A, 5aol:B, 5aom:A, 5aom:B, 2ata:A, 2ata:B, 2ata:C, 2ata:D, 5b1z:A, 5b1z:B, 7b46:B, 7b46:A, 7b46:C, 7b46:D, 7b47:A, 7b47:B, 7b47:C, 7b47:D, 7b48:A, 7b48:B, 7b48:C, 7b48:D, 7b49:A, 7b49:B, 7b4a:A, 7b4a:B, 7b4b:A, 7b4b:B, 7b4b:C, 7b4b:D, 7b4c:A, 7b4c:B, 7b4c:C, 7b4c:D, 7b4d:A, 7b4e:A, 7b4f:A, 7b4g:A, 7b4h:A, 7b4n:A, 2bim:A, 2bim:B, 2bin:A, 2bio:A, 2bip:A, 2biq:A, 4bpk:A, 4bpk:B, 5bua:A, 2bzw:A, 5c3g:A, 4c52:A, 4c52:B, 4c5d:A, 4c5d:B, 8cg7:A, 8cg7:B, 4cin:A, 4cin:B, 3d05:A, 3d06:A, 3d07:A, 3d07:B, 3d08:A, 3d09:A, 3d0a:A, 3d0a:B, 3d0a:C, 3d0a:D, 6dcn:A, 6dcn:B, 6dco:A, 6dco:B, 8dc4:B, 8dc4:A, 8dc4:C, 8dc4:D, 8dc6:A, 8dc6:B, 8dc6:C, 8dc6:D, 8dc7:A, 8dc8:A, 7dhy:A, 7dhy:B, 7dhy:C, 7dhy:D, 7dhz:A, 7dhz:B, 7dvd:B, 7dvd:A, 7dvd:C, 7dvd:D, 8e7a:A, 8e7b:A, 8e7b:B, 7eax:A, 7eax:B, 7eax:C, 7eax:D, 5ecg:A, 5ecg:B, 7eds:A, 7eeu:A, 7eeu:B, 7eeu:C, 7eeu:D, 7eeu:E, 7eeu:F, 7eeu:G, 7eeu:H, 4ehr:A, 3fdl:A, 3fdm:A, 3fdm:C, 3fdm:B, 2fej:A, 6ff9:A, 6ff9:B, 6ff9:C, 6ff9:D, 6fj5:A, 6fj5:B, 6fj5:C, 6fj5:D, 8fy0:D, 5g4m:A, 5g4m:B, 5g4n:A, 5g4n:B, 5g4o:A, 5g4o:B, 8gcr:B, 6gga:A, 6gga:B, 6ggb:A, 6ggb:B, 6ggc:A, 6ggc:B, 6ggd:A, 6ggd:B, 6gge:A, 6gge:B, 6ggf:A, 6ggf:B, 1gzh:A, 1gzh:C, 2h1l:M, 2h1l:N, 2h1l:O, 2h1l:P, 2h1l:Q, 2h1l:R, 2h1l:S, 2h1l:T, 2h1l:U, 2h1l:V, 2h1l:W, 2h1l:X, 4hje:A, 4hje:C, 4hje:D, 4hje:B, 8hll:A, 8hlm:A, 8hln:A, 4hnj:A, 4ibq:A, 4ibq:B, 4ibq:C, 4ibq:D, 4ibs:A, 4ibs:B, 4ibs:C, 4ibs:D, 4ibt:A, 4ibt:B, 4ibt:C, 4ibt:D, 4ibu:A, 4ibu:B, 4ibu:C, 4ibu:D, 4ibv:A, 4ibw:A, 4iby:A, 4iby:B, 4ibz:A, 4ibz:B, 4ibz:C, 4ibz:D, 3igk:A, 3igl:A, 4ijt:A, 3inq:A, 3inq:B, 3io8:A, 3io8:C, 8iqk:A, 8iqk:C, 8iqk:E, 8iqk:G, 2j1w:A, 2j1w:B, 2j1x:A, 2j1x:B, 2j1y:A, 2j1y:B, 2j1y:C, 2j1y:D, 2j1z:A, 2j1z:B, 2j20:A, 2j20:B, 2j21:A, 2j21:B, 8j8n:A, 8j8n:B, 8j8n:C, 8j8n:D, 7jgv:A, 7jgv:B, 7jgw:A, 3kmd:A, 3kmd:B, 3kmd:D, 3kmd:C, 4kvp:A, 4kvp:B, 4kvp:C, 4kvp:D, 1kzy:A, 1kzy:B, 3kz8:A, 3kz8:B, 5lap:A, 5lap:B, 5lgy:A, 5lgy:B, 5lgy:C, 5lgy:D, 6lhd:A, 7lh7:B, 4lo9:A, 4lo9:B, 4lo9:C, 4lo9:D, 4loe:A, 4loe:B, 4loe:C, 4loe:D, 4lof:A, 5mct:A, 5mct:B, 5mcu:A, 5mcu:B, 5mcv:A, 5mcv:B, 5mcw:A, 5mcw:B, 2mej:B, 5mf7:A, 5mf7:B, 5mg7:A, 5mg7:B, 4mzi:A, 5o1a:A, 5o1a:B, 5o1b:A, 5o1b:B, 5o1c:A, 5o1c:B, 5o1d:A, 5o1d:B, 5o1e:A, 5o1e:B, 5o1f:A, 5o1f:B, 5o1g:A, 5o1g:B, 5o1h:A, 5o1h:B, 5o1i:A, 5o1i:B, 2o2m:A, 2o2n:A, 2ocj:A, 2ocj:B, 2ocj:C, 2ocj:D, 2p1l:A, 2p1l:C, 2p1l:E, 2p1l:G, 2pcx:A, 3pl7:A, 3pl7:B, 3qkd:A, 3qkd:B, 4qnq:A, 4qnq:B, 4qnq:C, 4qnq:G, 4qnq:D, 4qnq:J, 4qnq:E, 4qnq:F, 4qnq:H, 4qnq:I, 4qnq:K, 4qnq:L, 4qo1:B, 4qve:A, 4qvf:A, 4qvx:A, 4qvx:B, 8qwk:A, 8qwl:A, 8qwm:A, 8qwm:B, 8qwn:A, 8qwo:A, 8qwo:B, 8qwp:A, 8qwp:B, 8r1f:C, 8r1g:C, 8r1g:F, 3r85:A, 3r85:B, 3r85:C, 3r85:D, 6rnu:B, 6rnu:A, 6rz3:A, 6shz:A, 6shz:B, 6si0:A, 6si0:B, 6si1:A, 6si1:B, 6si2:A, 6si2:B, 6si3:A, 6si3:B, 6si4:A, 6si4:B, 6sl6:A, 3sp7:A, 3spf:A, 1tsr:A, 1tsr:B, 1tsr:C, 1tup:A, 1tup:B, 1tup:C, 4tuh:A, 4tuh:B, 4tuh:C, 4tuh:D, 4tuh:E, 4tuh:F, 4tuh:G, 4tuh:H, 1uol:A, 1uol:B, 6uvc:A, 6uvc:B, 6uvd:A, 6uvd:B, 6uve:A, 6uve:B, 6uvf:A, 6uvf:B, 6uvf:C, 6uvf:D, 6uvf:K, 6uvf:E, 6uvf:F, 6uvf:I, 6uvf:G, 6uvf:H, 6uvf:J, 6uvf:L, 6uvg:A, 6uvg:B, 6uvg:C, 6uvg:K, 6uvg:D, 6uvg:E, 6uvg:F, 6uvg:G, 6uvg:H, 6uvg:I, 6uvg:J, 6uvg:L, 6uvh:A, 6uvh:B, 6uvh:C, 6uvh:D, 7v97:A, 7v97:B, 7v97:C, 7v97:D, 2vuk:A, 2vuk:B, 6vwc:A, 6vwc:B, 5vx3:A, 5vx3:C, 5vx3:E, 5vx3:G, 8wd2:A, 8wd2:B, 2wgx:B, 2wgx:A, 3wiz:A, 3wiz:B, 2x0u:A, 2x0u:B, 2x0v:A, 2x0v:B, 2x0w:A, 2x0w:B, 8xp5:B, 4xr8:C, 4xr8:D, 2xwr:A, 2xwr:B, 7xzx:K, 7xzx:L, 7xzx:M, 7xzx:N, 7xzz:K, 7xzz:L, 7xzz:M, 7xzz:N, 7y8d:A, 7y99:A, 7yaa:A, 2ybg:A, 2ybg:B, 2ybg:C, 2ybg:D, 1ycs:A, 7ygi:A, 7ygi:B, 2yj1:C, 4yj4:A, 4yk9:A, 4yk9:F, 6yli:C, 2yq6:A, 2yq7:A, 2yxj:A, 2yxj:B, 6zhc:DDD, 3zk6:A, 3zk6:B, 3zln:A, 3zlo:A, 3zlr:A, 3zme:A, 3zme:B, 6znc:A
10 2lp8:A 185 79 0.3288 0.1297 0.3038 3.60e-05 4a1u:A, 1bxl:A, 5fmj:A, 5fmk:A, 1g5j:A, 6ijq:B, 7lh7:A, 2m04:A, 2o1y:A, 2pon:B, 6uve:C, 7wjh:A, 8wls:A, 2yj1:A, 6yli:A, 1ysg:A, 1ysi:A, 1ysn:A, 4z9v:A, 4z9v:B, 3zlr:B
11 6wh0:A 524 69 0.3151 0.0439 0.3333 4.24e-05 6wgz:B
12 1zy3:A 170 80 0.3151 0.1353 0.2875 6.16e-05 4cim:A, 4cim:B
13 6e3i:A 152 57 0.2466 0.1184 0.3158 1.34e-04 6e3j:A, 3i1h:A, 6mbb:A, 6mbc:A, 3mqp:A, 6rjp:A, 6rjp:B, 8rpo:A, 5uuk:A, 5uul:A, 5uup:A, 2vm6:A, 5whh:A, 4zeq:A
14 8u27:A 177 79 0.3014 0.1243 0.2785 0.001 5agx:B, 5agx:A, 5fcg:A, 8fy1:D, 8fy2:D, 6gl8:A, 8hog:A, 8hoh:A, 8hts:A, 8iql:C, 8iql:A, 4lvt:A, 4lvt:B, 4lxd:A, 6o0k:A, 6o0l:A, 6o0l:C, 6o0m:A, 6o0p:A, 2o21:A, 2o22:A, 5vau:A, 5vau:C, 5vau:B, 5vau:D, 5vax:A, 5vax:B, 5vay:A, 5vay:C, 5vay:B, 2w3l:A, 2w3l:B, 7ya5:A, 1ysw:A
15 2voh:A 155 37 0.2055 0.0968 0.4054 0.002 2vof:A, 2vof:C, 2vog:A, 2voi:A
16 6fbx:A 148 39 0.1781 0.0878 0.3333 0.004
17 6qgh:A 154 77 0.2603 0.1234 0.2468 0.007 6qg8:A, 6qgg:A, 6qgj:A, 6qgk:A, 7yb7:A, 7yb7:B
18 8htr:A 140 66 0.2603 0.1357 0.2879 0.008 5agw:B, 5agw:A, 4aq3:A, 4aq3:E, 4aq3:B, 4aq3:D, 4aq3:C, 4aq3:F, 8hoi:A, 8hoi:B, 8hoi:C, 8hoi:D, 4ieh:A, 7lhb:A, 7lhb:B, 7lhb:C, 4man:A, 4man:B, 6o0o:A, 6o0o:C, 2o2f:A, 5vax:C, 5vax:D, 5vay:D, 2xa0:A, 2xa0:B, 7y90:A
19 5vmo:A 115 23 0.1233 0.0783 0.3913 0.12
20 7jmt:C 165 19 0.1507 0.0667 0.5789 0.22 7jmt:A, 7jmt:B, 7jmt:D, 7jmt:E, 7jmt:F, 3qbr:A, 3qbr:X
21 7qtw:A 146 17 0.1370 0.0685 0.5882 0.26 7qtx:A
22 6tzc:B 144 74 0.2877 0.1458 0.2838 0.31 5ua5:A
23 5k6o:A 795 46 0.2055 0.0189 0.3261 0.94 5k6m:A, 5k6n:A
24 4m59:A 687 37 0.1781 0.0189 0.3514 5.0 4m59:B, 4oe1:A, 4oe1:B
25 3lre:B 300 39 0.1918 0.0467 0.3590 5.9 3lre:A, 7rsi:C
26 3wqv:A 383 38 0.1507 0.0287 0.2895 7.1 3wqw:A
27 3klo:A 217 49 0.1507 0.0507 0.2245 7.2 3klo:B, 3klo:C
28 3klo:D 173 49 0.1507 0.0636 0.2245 7.6
29 8hpd:C 221 29 0.1370 0.0452 0.3448 8.0
30 4je5:B 497 16 0.1370 0.0201 0.6250 8.3 4je5:A, 4je5:C, 4je5:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218