Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPHMQAISEKDRGNGFFKEGKYERAIECYTRGIAADGANALLPANRAMAYLKIQKYEEAEKDCTQAILLDGSYSKAFARR
GTARTFLGKLNEAKQDFETVLLLEPGNKQAVTELSKIKKK

The query sequence (length=120) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6fdp:A 120 120 1.0000 1.0000 1.0000 4.49e-86 4cgw:B, 6fdt:A
2 4cgw:A 115 101 0.8417 0.8783 1.0000 6.06e-71
3 4cgv:C 126 122 0.5167 0.4921 0.5082 8.40e-39 4cgv:D, 4cgv:A, 4cgv:B
4 6hpg:A 121 110 0.3833 0.3802 0.4182 6.58e-25 6hpg:B, 6hpg:C, 6hpg:D, 6hpg:E, 6hpg:F, 6q3q:A, 6q3q:B
5 7obe:A 480 110 0.3583 0.0896 0.3909 1.74e-19 7obe:B
6 1wao:1 471 114 0.3667 0.0934 0.3860 2.29e-17 2bug:A, 8gae:E, 8gft:E, 3h60:A, 3h60:B, 3h61:A, 3h61:D, 3h62:C, 3h62:B, 3h63:A, 3h63:C, 3h64:A, 3h64:D, 3h66:A, 3h66:B, 3h67:A, 3h67:D, 3h68:A, 3h68:D, 3h69:A, 3h69:D, 5hpe:A, 4ja7:A, 4ja9:A, 1s95:A, 1s95:B, 5ui1:A, 5ui1:B, 5ui1:C, 5ui1:D, 1wao:2, 1wao:3, 1wao:4, 5wg8:A, 4zvz:A, 4zvz:B, 4zvz:C, 4zvz:D, 4zx2:A
7 4i2w:A 904 115 0.3833 0.0509 0.4000 5.14e-15 4i2z:A
8 1qz2:A 285 126 0.3750 0.1579 0.3571 3.55e-14 1qz2:B
9 5njx:A 413 131 0.3917 0.1138 0.3588 1.13e-13 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
10 1elw:A 117 100 0.2750 0.2821 0.3300 1.52e-13 1elw:B
11 3kd7:A 102 100 0.2917 0.3431 0.3500 3.69e-13 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
12 5lyn:B 133 98 0.3083 0.2782 0.3776 1.08e-12 5lyn:A
13 1na0:B 119 108 0.3000 0.3025 0.3333 1.82e-12 1na3:A, 1na3:B
14 1na0:B 119 70 0.1833 0.1849 0.3143 0.010 1na3:A, 1na3:B
15 2c2l:A 281 84 0.2667 0.1139 0.3810 4.20e-10 2c2l:B, 2c2l:C, 2c2l:D, 6efk:B, 6efk:A, 8ehz:A, 8ehz:B, 8ei0:A, 8f14:A, 8f15:A, 8f15:B, 8f15:C, 8f16:A, 8f16:B, 8f17:A, 8f17:B, 8fyu:B, 8fyu:A, 8gck:B, 8gck:A, 6nsv:A, 6nsv:B, 3q47:B, 3q49:B, 3q4a:B, 8suv:A, 8suv:B, 8suv:C, 8suv:D, 7tb1:B, 7tb1:A
16 6hft:A 312 125 0.3333 0.1282 0.3200 1.70e-09
17 4cgu:A 112 59 0.1833 0.1964 0.3729 3.11e-09 4cgq:A, 2l6j:A, 2lsv:A
18 4j8f:A 551 81 0.2167 0.0472 0.3210 1.95e-08 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
19 8chy:A 272 102 0.2667 0.1176 0.3137 3.43e-08 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
20 8chy:A 272 102 0.2667 0.1176 0.3137 3.43e-08 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
21 8chy:A 272 102 0.2667 0.1176 0.3137 3.43e-08 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
22 8chy:A 272 102 0.2667 0.1176 0.3137 3.43e-08 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
23 8chy:A 272 102 0.2667 0.1176 0.3137 3.43e-08 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
24 8chy:A 272 93 0.2500 0.1103 0.3226 1.35e-07 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
25 8chy:A 272 70 0.1750 0.0772 0.3000 0.68 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
26 3uq3:A 258 72 0.1917 0.0891 0.3194 2.34e-05 3upv:A
27 3uq3:A 258 92 0.2583 0.1202 0.3370 0.15 3upv:A
28 5mgx:G 266 76 0.2167 0.0977 0.3421 2.84e-04 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
29 5l0y:C 150 126 0.2917 0.2333 0.2778 0.002 5l0y:F, 5l0y:G, 5l0y:D, 5l0y:B
30 7yeh:A 1020 105 0.2167 0.0255 0.2476 0.003 4ay5:A, 4ay5:B, 4ay5:C, 4ay5:D, 4ay6:A, 4ay6:B, 4ay6:C, 4ay6:D, 5c1d:A, 4cdr:A, 4cdr:B, 4cdr:C, 4cdr:D, 8cm9:A, 8cm9:B, 8cm9:D, 8cm9:C, 8fe7:A, 8fe7:C, 8fe7:E, 8fe7:G, 8fuf:A, 8fuf:C, 8fuf:E, 8fuf:G, 4gyw:C, 4gz3:C, 4gz5:A, 4gz5:B, 4gz5:C, 4gz5:D, 4gz6:A, 4gz6:B, 4gz6:C, 4gz6:D, 5hgv:C, 6ibo:A, 5lvv:A, 6ma1:A, 6ma2:A, 6ma3:A, 6ma4:A, 6ma5:A, 4n39:A, 4n3a:A, 4n3b:A, 4n3c:A, 5npr:A, 3pe3:A, 3pe3:B, 3pe3:C, 3pe3:D, 3pe4:A, 3pe4:C, 6q4m:A, 3tax:A, 3tax:C, 1w3b:A, 4xi9:A, 4xi9:B, 4xi9:C, 4xi9:D, 4xif:A, 4xif:B, 4xif:C, 4xif:D
31 4apo:B 154 118 0.2583 0.2013 0.2627 0.004 4aif:A, 4aif:B, 4apo:A
32 7y4i:A 822 101 0.2167 0.0316 0.2574 0.005 8dti:A, 8dti:B
33 7y4i:A 822 107 0.2250 0.0328 0.2523 1.2 8dti:A, 8dti:B
34 1elr:A 128 86 0.1917 0.1797 0.2674 0.014 3esk:A, 3fwv:A, 3fwv:B
35 1elr:A 128 22 0.0917 0.0859 0.5000 1.4 3esk:A, 3fwv:A, 3fwv:B
36 4gyo:B 359 16 0.0917 0.0306 0.6875 0.86 4gyo:A
37 4iix:A 338 60 0.1667 0.0592 0.3333 2.6 4iix:B, 4iiy:A, 4iiy:B, 3tlb:A, 3tlb:B, 3tlc:A, 3tlc:B, 3tle:A, 3tle:B, 3tlz:A, 3tlz:B
38 1fch:A 302 101 0.2000 0.0795 0.2376 2.7 1fch:B, 9gag:A
39 7w5m:A 227 23 0.0583 0.0308 0.3043 3.3
40 5fjy:A 267 40 0.1417 0.0637 0.4250 3.7 6f9i:A, 6f9i:B, 5fjy:B, 3zfw:A, 3zfw:B
41 7qe7:K 531 63 0.1500 0.0339 0.2857 5.3 5a31:J, 5a31:K, 5g04:J, 5g04:K, 5g05:J, 5g05:K, 9gaw:Q, 9gaw:K, 3hym:B, 3hym:D, 3hym:F, 3hym:H, 3hym:J, 3hym:L, 5lcw:J, 5lcw:K, 8pkp:Q, 8pkp:K, 6q6g:Q, 6q6g:K, 6q6h:Q, 6q6h:K, 7qe7:Q, 8s4g:Q, 8s4g:K, 6tlj:J, 6tlj:K, 6tm5:J, 6tm5:K, 6tnt:J, 6tnt:K, 4ui9:J, 4ui9:K
42 7czh:A 481 39 0.1083 0.0270 0.3333 7.5 7czh:B, 7drq:A, 7drq:B
43 3dff:A 266 29 0.0833 0.0376 0.3448 8.1 3dfk:A, 3dfm:A, 2x9l:A, 2xad:A, 2xad:B, 2xad:C, 2xad:D
44 6iiy:A 237 29 0.0833 0.0422 0.3448 8.3
45 2j3l:B 570 90 0.2167 0.0456 0.2889 8.3 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
46 7mxw:Z 350 55 0.1417 0.0486 0.3091 8.9 7mxq:Z, 7mxr:Z, 7mxs:Z, 7mxt:Z, 7mxu:Z, 7mxv:Z, 7mxx:Z, 3qe9:Y, 3qe9:Z, 3qea:Z, 3qeb:Z, 5uzv:Z, 5v04:Z, 5v05:Z, 5v06:Z, 5v07:Z, 5v08:Z, 5v09:Z, 5v0a:Z, 5v0b:Z, 5v0c:Z, 5v0d:Z, 5v0e:Z
47 5dgr:A 573 35 0.1083 0.0227 0.3714 9.9 5dgr:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218