Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPGSTLVRVKKSAATLGIAIEGGANTRQPLPRIVTIQRGGSAHNCGQLKVGHVILEVNGLTLRGKEHREAARIIAEAFKT
KDRDYIDFLVTEFNVML

The query sequence (length=97) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6kz1:A 97 97 1.0000 1.0000 1.0000 7.22e-68 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
2 7weg:B 96 87 0.3196 0.3229 0.3563 2.12e-10 7weg:A
3 4e34:A 87 91 0.3505 0.3908 0.3736 3.49e-09 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
4 7pc5:A 405 85 0.2887 0.0691 0.3294 7.59e-08
5 2qt5:A 194 68 0.2784 0.1392 0.3971 2.76e-06 2qt5:B
6 2qt5:A 194 74 0.2680 0.1340 0.3514 1.68e-04 2qt5:B
7 7p70:A 407 71 0.2784 0.0663 0.3803 4.74e-06 7pc4:A, 7qql:A
8 1n7f:A 86 76 0.2577 0.2907 0.3289 3.65e-05 1n7f:B
9 2pdz:A 86 70 0.2680 0.3023 0.3714 9.60e-05
10 2r4h:C 98 68 0.1959 0.1939 0.2794 1.50e-04
11 4wsi:A 372 82 0.2474 0.0645 0.2927 3.36e-04 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
12 7pc3:A 405 69 0.2371 0.0568 0.3333 4.37e-04 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
13 8bv7:A 95 51 0.1959 0.2000 0.3725 5.99e-04 8buw:A, 8buw:B
14 2m0z:A 97 72 0.2474 0.2474 0.3333 6.80e-04 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
15 8bq8:C 93 74 0.2474 0.2581 0.3243 7.38e-04 8bq8:A, 8bq8:B
16 7qqn:C 414 77 0.2165 0.0507 0.2727 7.56e-04 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
17 5heb:A 119 72 0.2577 0.2101 0.3472 8.52e-04 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
18 2ka9:A 189 84 0.2577 0.1323 0.2976 0.002 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
19 2ka9:A 189 75 0.2371 0.1217 0.3067 0.044 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
20 3jxt:A 96 69 0.2474 0.2500 0.3478 0.002 3jxt:B
21 4wyu:A 201 73 0.2784 0.1343 0.3699 0.003 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
22 4wyu:A 201 71 0.2371 0.1144 0.3239 0.15 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
23 1u38:A 89 81 0.2371 0.2584 0.2840 0.003
24 1ihj:B 95 58 0.2062 0.2105 0.3448 0.006 1ihj:A
25 6xa7:B 96 45 0.1649 0.1667 0.3556 0.007 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
26 7d6f:A 87 39 0.1546 0.1724 0.3846 0.009
27 7pcb:A 415 83 0.2474 0.0578 0.2892 0.011 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
28 2koh:A 111 83 0.2371 0.2072 0.2771 0.015 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
29 8cn1:H 101 75 0.2268 0.2178 0.2933 0.022 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
30 2kaw:A 90 62 0.1959 0.2111 0.3065 0.023 6lcb:A, 2mx6:A
31 6ar4:B 87 76 0.2887 0.3218 0.3684 0.023 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
32 8b82:A 108 61 0.2474 0.2222 0.3934 0.028 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
33 5wou:A 95 74 0.2165 0.2211 0.2838 0.029
34 4xh7:A 110 64 0.2268 0.2000 0.3438 0.039
35 1l6o:A 95 62 0.1856 0.1895 0.2903 0.079 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
36 6gbe:A 119 38 0.1443 0.1176 0.3684 0.099
37 6zbq:A 89 61 0.1856 0.2022 0.2951 0.45 6zc4:A
38 1rzx:A 98 62 0.2165 0.2143 0.3387 0.76 5i7z:A, 1x8s:A
39 7qqm:A 413 83 0.2577 0.0605 0.3012 0.86
40 7p73:A 420 75 0.2062 0.0476 0.2667 1.2 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
41 2exg:A 101 65 0.1856 0.1782 0.2769 1.4 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
42 5zys:A 90 64 0.1959 0.2111 0.2969 1.9
43 7x2e:A 163 59 0.1856 0.1104 0.3051 2.1 2kbs:A
44 2ejy:A 85 50 0.1753 0.2000 0.3400 2.6
45 6nid:B 88 44 0.1340 0.1477 0.2955 2.7 6nid:A, 6nid:C
46 6yx0:B 112 46 0.1443 0.1250 0.3043 3.1 7a00:A, 7a00:B, 1q3p:A, 1q3p:B, 3qjm:A, 3qjm:B, 3qjn:A, 3qjn:B, 3qjn:C, 3qjn:D, 3qjn:E, 3qjn:F, 3qjn:G, 3qjn:H, 8s1r:AAA, 8s1r:BBB, 8s1r:CCC, 8s1r:DDD, 6ywz:B, 6ywz:A, 6yx0:A, 6yx1:A, 6yx1:B, 6yx2:A, 6yx2:B
47 2egn:A 83 27 0.1340 0.1566 0.4815 4.2
48 3j6b:K 195 35 0.1340 0.0667 0.3714 4.2 5mrc:K, 5mre:K, 5mrf:K
49 1p5j:A 319 32 0.1443 0.0439 0.4375 4.3
50 4xhv:A 94 73 0.2268 0.2340 0.3014 4.3
51 1b8q:A 127 37 0.1237 0.0945 0.3243 4.6
52 2w2m:E 49 25 0.1031 0.2041 0.4000 4.8 2w2n:E, 2w2o:E, 2w2p:E, 2w2q:E
53 2m0v:A 128 69 0.1856 0.1406 0.2609 5.2
54 3vqg:A 85 71 0.2165 0.2471 0.2958 5.6
55 7z2u:A 263 21 0.1134 0.0418 0.5238 6.8 7z2u:B, 7z2v:A, 7z2v:B
56 6u3j:A 876 23 0.1031 0.0114 0.4348 6.9 5rvw:A, 5rvw:B, 5rvx:A, 5rvx:B, 5rvy:A, 5rvy:B, 5rvz:A, 5rvz:B, 5rw0:A, 5rw0:B, 5rw1:A, 5rw1:B, 6sy1:A, 6sy1:B, 6u3j:B
57 7bss:A 816 39 0.1340 0.0159 0.3333 7.9 7bsu:A, 7bsv:A, 7bsw:A, 7vsg:A
58 7bsp:A 1028 39 0.1340 0.0126 0.3333 8.0 7bsq:A, 7vsh:A
59 6lkn:A 1064 39 0.1340 0.0122 0.3333 8.0 6lkn:E, 6lkn:I, 6lkn:M
60 2i0i:A 81 57 0.1959 0.2346 0.3333 9.2 2i0i:B, 2i0i:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218