Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GPDQRAQKKGDIILGGLFPIHFGVAAKDQDLKSRPESVECIRYNFRGFRWLQAMIFAIEEINSSPALLPNLTLGYRIFDT
CNTVSKALEATLSFVAQNKIDSTIAVVGATGSGVSTAVANLLGLFYIPQVSYASSSRLLSNKNQFKSFLRTIPNDEHQAT
AMADIIEYFRWNWVGTIAADDDYGRPGIEKFREEAEERDICIDFSELISQYSDEEEIQHVVEVIQNSTAKVIVVFSSGPD
LEPLIKEIVRRNITGKIWLASEAWASSSLIAMPQYFHVVGGTIGFALKAGQIPGFREFLKKVHPRKSVHNGFAKEFWEET
FNCHLQFRPLCTGDENISSVETPYIDYTHLRISYNVYLAVYSIAHALQDIYTCLPGRGLFTNGSCADIKKVEAWQVLKHL
RHLNFTNNMGEQVTFDECGDLVGNYSIINWHLSPEDGSIVFKEVGYYNVYAKKGERLFINEEKILWSGFS

The query sequence (length=470) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8szi:B 802 471 0.9957 0.5835 0.9936 0.0 9avg:Q, 9axf:Q, 9ayf:Q, 7dd6:A, 7dd6:B, 7dd7:A, 7dd7:B, 7m3j:A, 7m3j:B, 7sil:A, 7sil:B, 7sim:A, 7sim:B, 7sin:A, 7sin:B, 8szf:A, 8szf:B, 8szg:B
2 8szh:A 835 481 1.0000 0.5629 0.9771 0.0 9asb:Q, 9asb:R, 9avg:R, 9avl:Q, 9avl:R, 9axf:R, 9ayf:R, 7dd5:A, 7dd5:B, 7e6t:B, 7e6t:A, 5fbh:B, 5fbh:A, 5fbk:A, 5fbk:B, 5k5s:A, 5k5s:B, 7m3e:A, 7m3e:B, 7m3f:A, 7m3f:B, 7m3g:A, 7m3g:B, 8szg:A, 8szh:B, 8szi:A, 8wpg:B, 8wpg:A, 8wpu:B, 8wpu:A
3 7dtv:A 779 486 1.0000 0.6033 0.9671 0.0 7dtu:A, 7dtu:B, 7dtv:B
4 5k5t:A 578 509 0.9979 0.8114 0.9214 0.0
5 8jd6:R 774 461 0.3298 0.2003 0.3362 1.35e-73 7e9h:R, 7e9h:S, 8jd4:4, 8jd5:4, 8jd6:S
6 8jcu:3 765 482 0.3638 0.2235 0.3548 1.04e-70 6b7h:A, 5cnk:A, 5cnm:A, 8jcv:3, 8jcw:3, 8jcx:3, 8jcy:3, 8jcz:3, 8jd0:3, 8jd1:3, 8jd2:3, 8jd3:3, 3sm9:A, 8tr0:A, 7wih:A, 7wih:B, 4xar:A
7 8tr2:A 745 473 0.3489 0.2201 0.3467 1.27e-70 2e4u:A, 2e4u:B, 2e4v:A, 2e4v:B, 2e4w:A, 2e4w:B, 2e4x:A, 2e4x:B, 2e4y:A, 2e4y:B, 8tqb:A, 8tqb:B, 8tr0:B, 8tr2:B, 8trc:A, 8trc:B, 8trd:A, 8trd:B, 7wi6:A, 7wi6:B, 7wi8:A, 7wi8:B
8 5c5c:A 432 448 0.3106 0.3380 0.3259 1.52e-70
9 6e5v:B 447 470 0.3213 0.3378 0.3213 3.58e-69 6bsz:A, 6bsz:B, 6bt5:A, 6bt5:B, 6e5v:A
10 7mtq:B 744 470 0.3298 0.2083 0.3298 4.03e-66 8jd4:2
11 8jd5:2 785 470 0.3362 0.2013 0.3362 4.77e-66 5cni:A, 5cni:B, 5cnj:A, 5cnj:B, 7e9g:R, 7e9g:S, 8jcu:2, 8jcv:2, 8jcw:2, 8jcx:2, 8jcy:2, 8jcz:2, 8jd0:2, 8jd1:2, 8jd2:2, 8jd3:2, 5kzn:A, 5kzq:A, 7mtr:B, 7mtr:A, 7mts:A, 7mts:B, 4xaq:A, 4xaq:B, 4xas:A, 4xas:B
12 5x2n:C 433 472 0.3128 0.3395 0.3114 1.59e-63 5x2m:A, 5x2m:C, 5x2n:A, 5x2o:A, 5x2o:C, 5x2p:A, 5x2p:C, 5x2q:A, 5x2q:C
13 7epb:A 779 492 0.3383 0.2041 0.3232 1.14e-62 7epb:B, 7mtq:A
14 8tao:B 771 477 0.3064 0.1868 0.3019 4.04e-62 7fd8:A, 7fd8:B, 7fd9:A, 7fd9:B, 3lmk:A, 3lmk:B, 8t8m:A
15 6n51:B 793 484 0.3064 0.1816 0.2975 4.66e-61 6n4x:B, 6n4y:C, 6n50:A, 6n50:B, 6n50:C, 6n51:A, 8t6j:B, 8t6j:A, 8t7h:A, 8t7h:B, 8t8m:B, 8tao:A
16 7dge:A 784 440 0.2957 0.1773 0.3159 1.18e-60 1ewk:A, 1ewk:B, 1isr:A, 1iss:A, 1iss:B, 3ks9:A, 3ks9:B
17 3mq4:A 386 428 0.2915 0.3549 0.3201 4.66e-59
18 5x2n:B 459 477 0.3043 0.3115 0.2998 4.15e-56 5x2m:B, 5x2n:D, 5x2o:B, 5x2o:D, 5x2p:B, 5x2q:B, 5x2q:D
19 5x2m:D 422 480 0.2894 0.3223 0.2833 3.66e-39 5x2p:D
20 7lzh:A 798 220 0.1149 0.0677 0.2455 4.84e-12 7lzh:B, 7lzh:C, 7lzh:D, 7lzi:A, 7lzi:B, 7lzi:C, 7lzi:D
21 4tlm:C 750 178 0.0979 0.0613 0.2584 6.74e-10 4tll:C
22 4tlm:A 796 178 0.0979 0.0578 0.2584 8.29e-10 6e7r:A, 6e7r:C, 6e7s:A, 6e7s:C, 6e7t:A, 6e7t:C, 6e7u:A, 6e7u:C, 6e7v:A, 6e7v:C, 6e7w:A, 6e7w:C, 6e7x:A, 6e7x:C, 5ewj:A, 5ewj:C, 5ewl:A, 5ewl:C, 5ewm:A, 5ewm:C, 8g18:A, 8g18:C, 3qel:A, 3qem:A, 3qem:C, 4tll:A, 5tq2:A, 5un1:G, 5un1:A, 5un1:C
23 7yfr:A 691 149 0.0809 0.0550 0.2550 2.75e-09 7yfr:C
24 6uo8:B 696 130 0.0766 0.0517 0.2769 3.23e-09 7ca3:B, 7eb2:D
25 7cum:B 675 130 0.0766 0.0533 0.2769 3.51e-09 7c7q:B, 6w2x:B, 6wiv:B
26 7yfg:C 659 179 0.0915 0.0653 0.2402 8.00e-09 2a5t:A, 5dex:A, 5h8f:B, 5h8h:B, 5h8n:B, 5h8q:B, 5i2k:B, 5i2n:B, 5i56:A, 5i57:A, 5i59:A, 5kcj:B, 5kdt:B, 4kfq:A, 4kfq:B, 4nf4:A, 4nf5:A, 4nf6:A, 4nf8:A, 6ovd:A, 6ove:A, 1pb7:A, 1pb8:A, 1pb9:A, 1pbq:A, 5tp9:B, 5tpa:B, 5u8c:A, 6usu:A, 6usv:A, 6uz6:A, 6uzg:A, 6uzr:A, 6uzw:A, 6uzx:A, 5vih:A, 5vii:A, 5vij:A, 1y1m:A, 1y1z:A, 1y20:A, 7yfg:A, 7yfh:A, 7yfh:C
27 7eor:B 770 150 0.0787 0.0481 0.2467 1.03e-08 8e96:A, 8e96:C, 7eor:D, 4pe5:A, 4pe5:C, 8usw:A, 8usw:C
28 7yfl:A 708 150 0.0787 0.0523 0.2467 1.27e-08 7yfl:C
29 9arh:A 802 181 0.0872 0.0511 0.2265 1.01e-07 9are:A, 9are:C, 9arf:A, 9arf:C, 9arh:C, 9bib:A, 9bib:C, 7eot:B, 7eot:D, 7eou:B, 7eou:D, 7eu7:A, 7eu7:C, 7saa:A, 7saa:C, 7sac:A, 7sac:C, 5uow:C, 6whu:A, 6whu:C, 6whv:C, 6why:A, 6why:C, 6wi0:A, 6wi0:C, 7yff:A, 7yff:C, 7yfi:A, 7yfi:C
30 6uo8:A 689 204 0.1043 0.0711 0.2402 2.71e-07 7c7q:A, 7c7s:A, 7ca3:A, 7cum:A, 7eb2:C, 4mqf:A, 4mr7:A, 4mr8:A, 4mr9:A, 4mrm:A, 4ms1:A, 4ms3:A, 4ms4:A, 6uo9:A, 6w2x:A, 6w2y:A, 6w2y:B, 6wiv:A
31 5kuh:A 636 247 0.1255 0.0928 0.2389 1.61e-06 4bdl:A, 4bdl:B, 4bdm:A, 4bdm:B, 4bdm:C, 4bdm:D, 4bdn:A, 4bdn:B, 4bdn:C, 4bdn:D, 4bdo:A, 4bdo:B, 4bdo:C, 4bdo:D, 4bdq:A, 4bdq:B, 4bdr:A, 4bdr:B, 5cmk:A, 5cmk:B, 5cmm:A, 3g3f:A, 3g3f:B, 3g3g:A, 3g3g:B, 3g3h:A, 3g3h:B, 3g3i:A, 3g3i:B, 3g3j:A, 3g3j:B, 3g3k:A, 3g3k:B, 4h8i:A, 2i0b:A, 2i0b:B, 2i0b:C, 2i0c:A, 2i0c:B, 5kuh:B, 5kuh:C, 5kuh:D, 3qxm:A, 3qxm:B, 8r32:A, 8r32:B, 1s50:A, 1s7y:A, 1s7y:B, 1s9t:A, 1s9t:B, 1sd3:A, 1sd3:B, 1tt1:A, 1tt1:B, 2xxr:A, 2xxr:B, 2xxt:A, 2xxt:B, 2xxu:A, 2xxu:B, 2xxv:A, 2xxv:B, 2xxw:A, 2xxw:B, 2xxx:A, 2xxx:B, 2xxx:C, 2xxx:D, 2xxy:A, 2xxy:B, 2xxy:C, 2xxy:D, 1yae:A, 1yae:B, 1yae:C, 1yae:D, 1yae:E
32 4uqq:A 693 247 0.1255 0.0851 0.2389 2.94e-06 9b38:A, 9b38:B, 9b38:C, 9b38:D, 4uqq:B, 4uqq:C, 4uqq:D
33 9b36:A 842 247 0.1255 0.0701 0.2389 3.20e-06 9b35:A, 9b35:B, 9b35:C, 9b35:D, 9b36:C, 9b36:D, 9b36:B, 9b37:A, 9b37:D, 9b37:B, 9b37:C, 9b39:A, 9b39:B, 9b39:C, 9b39:D, 8fwq:A, 8fwq:D, 8fwq:B, 8fwq:C, 8fws:A, 8fws:D, 8fws:B, 8fws:C, 8fwu:A, 8fwu:B, 8fwu:C, 8fwu:D, 8fww:A, 8fww:D, 8fww:B, 8fww:C, 3h6g:A, 3h6g:B, 3h6h:A, 3h6h:B
34 8gc2:D 760 170 0.0809 0.0500 0.2235 5.18e-06 8f0o:B, 8gc2:A, 8gc2:B, 8gc2:C, 8gc3:B, 8gc3:C, 8gc3:D, 8gc3:A, 8gc4:A, 8gc4:B, 8gc4:C, 8gc4:D, 8gc5:A, 8gc5:B, 8gc5:C, 8gc5:D, 5kuf:A, 5kuf:B, 5kuf:C, 5kuf:D
35 4dqd:A 361 185 0.0787 0.1025 0.2000 0.037 3sg0:A
36 6so5:A 313 293 0.1277 0.1917 0.2048 0.25 7ru9:A, 7ru9:B, 7rua:A, 7rua:B, 7ruc:A, 7ruc:B
37 5uow:B 795 80 0.0426 0.0252 0.2500 2.0
38 3l43:B 246 47 0.0319 0.0610 0.3191 2.3 3l43:A, 3l43:C, 3l43:D
39 8xfc:D 517 23 0.0298 0.0271 0.6087 2.4 8wdb:D
40 7pkq:b 241 72 0.0362 0.0705 0.2361 2.6
41 6raf:A 588 26 0.0298 0.0238 0.5385 4.6 6rag:A, 6rah:A, 6rai:A, 6raj:A, 6rak:A, 6ral:A, 6ram:A
42 8fpf:D 666 38 0.0404 0.0285 0.5000 4.8 8fhk:D, 8fmv:D, 7m33:D, 8szc:D, 8t1p:D, 8t3k:D
43 8sxz:c 699 69 0.0426 0.0286 0.2899 5.3 8sxz:b, 8sxz:f, 8sxz:g, 8sz8:b, 8sz8:c, 8sz8:f, 8sz8:g, 8t0k:b, 8t0k:c, 8t0k:f, 8t0k:g, 8t0r:b, 8t0r:c, 8t0r:f, 8t0r:g, 8tym:c, 8tym:f, 8tym:B, 8tym:C, 8tyn:c, 8tyn:f, 8tyn:C, 8tyn:F
44 8dzg:A 420 24 0.0277 0.0310 0.5417 5.4 8dze:A, 8dze:B, 8dze:C, 8dze:D, 8dze:E, 8dze:F, 8dzf:A, 8dzf:B, 8dzf:C, 8dzf:D, 8dzf:E, 8dzf:F, 8dzg:B, 8dzg:C, 8dzg:D, 8dzg:E, 8dzg:F
45 5m3c:B 426 96 0.0638 0.0704 0.3125 6.3 5m3c:A
46 7l6s:A 396 71 0.0468 0.0556 0.3099 6.6
47 5hvn:A 354 49 0.0340 0.0452 0.3265 7.6
48 3td9:A 350 63 0.0404 0.0543 0.3016 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218