Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GIQGLAKLIADVAPSAIRENDIKSYFGRKVAIDASMSIYQFLITTSHLMGMFYRTIRMMENGIKPVYVFDGKPPQLKSGE
VKVTKQHNDECKHLLSLMGIPYLDAPSEAEASCAALVKAGKVYAAATEDMDCLTFGSPVLMRHLTKLPIQEFHLSRILQE
LGLNQEQFVDLCILLGSDYCESIRGIGPKRAVDLIQKHKSIEEIVRRLDPNKYPVPENWLHKEAHQLFLEPEVLDPESVE
LKWSEPNEEELIKFMCGEKQFSEERIRSGVKRLSKSRQGSTLE

The query sequence (length=283) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5fv7:A 283 283 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 5fv7:B
2 5k97:A 341 337 0.9965 0.8270 0.8368 0.0 5kse:A, 3q8k:A, 3q8l:A, 3q8m:B, 3q8m:A, 5um9:A
3 5zog:A 316 305 0.9788 0.8766 0.9082 0.0 1ul1:X, 5zoe:A, 5zof:A
4 5zod:A 260 281 0.9011 0.9808 0.9075 0.0
5 1rxv:A 305 304 0.3640 0.3377 0.3388 5.03e-52 1rxv:B, 1rxw:A
6 1a76:A 315 301 0.3357 0.3016 0.3156 1.05e-47 1a77:A
7 4q0w:B 301 285 0.2933 0.2757 0.2912 5.54e-39 4q0r:A, 4q10:A, 4q10:B
8 4q0z:A 322 298 0.2898 0.2547 0.2752 4.07e-33 4q0w:A, 4q0z:B, 4q0z:E, 4q0z:F
9 5t9j:B 391 226 0.2403 0.1739 0.3009 1.64e-23 5t9j:A
10 6tux:A 330 234 0.2367 0.2030 0.2863 2.91e-23 6tuw:A, 6tux:B
11 6grd:A 407 255 0.2544 0.1769 0.2824 9.56e-17 5cnq:A, 5co8:C, 5co8:A, 6grb:A, 6grc:A
12 7mxw:Z 350 296 0.3004 0.2429 0.2872 8.33e-16 7mxq:Z, 7mxr:Z, 7mxs:Z, 7mxt:Z, 7mxu:Z, 7mxv:Z, 7mxx:Z, 3qe9:Y, 3qe9:Z, 3qea:Z, 3qeb:Z, 5uzv:Z, 5v04:Z, 5v05:Z, 5v06:Z, 5v07:Z, 5v08:Z, 5v09:Z, 5v0a:Z, 5v0b:Z, 5v0c:Z, 5v0d:Z, 5v0e:Z
13 1taq:A 807 159 0.1449 0.0508 0.2579 0.002 4bwj:A, 4bwm:A, 4c8k:A, 4c8l:A, 4c8m:A, 4c8n:A, 4c8o:A, 4cch:A, 4df4:A, 4df8:A, 4dfj:A, 4dfk:A, 4dfm:A, 4dfp:A, 4dle:A, 4dlg:A, 5e41:A, 4elt:A, 4elu:A, 4elv:A, 6fbc:A, 6fbd:A, 6fbe:A, 6fbf:A, 6fbg:A, 6fbh:A, 6fbi:A, 2ktq:A, 3ktq:A, 4ktq:A, 5ktq:A, 3lwl:A, 3lwm:A, 3m8r:A, 3m8s:A, 4n5s:A, 5nkl:A, 5o7t:A, 3ojs:A, 3oju:A, 7owf:A, 5oxj:A, 3po4:A, 3po5:A, 3py8:A, 6q4u:A, 6q4v:A, 1qss:A, 1qsy:A, 1qtm:A, 3rr7:A, 3rr8:A, 3rrg:A, 3rrh:A, 3rtv:A, 3sv3:A, 3sv4:A, 3syz:A, 3sz2:A, 5szt:A, 3t3f:A, 1tau:A, 5w6k:A, 5w6q:C, 5w6q:G, 4xiu:A, 5ytc:A, 5ytd:A, 5yte:A, 5ytf:A, 5ytg:A, 5yth:A, 5z3n:A
14 3zd9:A 249 170 0.1625 0.1847 0.2706 0.017 3zd8:A, 3zd8:B, 3zda:A, 3zdb:A, 3zdc:A, 3zdd:A
15 3k9t:A 422 48 0.0565 0.0379 0.3333 0.49
16 4hec:B 163 85 0.0883 0.1534 0.2941 0.50 4hec:A, 4hvj:A, 4hvj:B, 4oke:A, 4oke:B, 4okj:A, 4okj:B, 4okk:A, 4okk:B, 6s0m:B
17 3skd:A 230 96 0.0989 0.1217 0.2917 0.69
18 6yjo:A 475 37 0.0459 0.0274 0.3514 1.5
19 3bm3:A 259 42 0.0495 0.0541 0.3333 1.7 3bm3:B
20 6c33:A 317 40 0.0530 0.0473 0.3750 2.0 6c34:A, 6c35:A, 6c36:A
21 1dq3:A 454 51 0.0530 0.0330 0.2941 2.0
22 5xvu:A 321 32 0.0424 0.0374 0.3750 5.8 5xvu:B, 5xvu:C
23 9av7:A 304 212 0.1590 0.1480 0.2123 6.4
24 8ovo:A 503 102 0.0777 0.0437 0.2157 7.0 8ovo:B, 8ovp:A, 8ovp:B, 2vha:A, 2vha:B
25 7xn7:m 1187 49 0.0565 0.0135 0.3265 7.7 7xse:m, 7xsx:m, 7xsz:m, 7xt7:m, 7xtd:m, 7xti:m
26 3ox6:E 118 88 0.0919 0.2203 0.2955 8.1
27 7v3x:O 461 36 0.0495 0.0304 0.3889 8.3 7dy2:D, 7dy2:G, 7dy2:H, 7dy2:L, 7dye:A, 7dye:B, 7dyi:A, 7dyi:B, 7dyj:A, 7dyj:B, 7dyk:A, 7dyk:B, 7v3x:N, 7v3x:P, 7v3x:X, 7v3x:S, 7wdc:A, 7wdc:B, 8wv8:A, 8wv8:B, 8wve:A, 8wve:B
28 8fvu:A 1361 35 0.0424 0.0088 0.3429 9.3 2vm5:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218