Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GHMVNSFSGYLKLTDNVYIKNADIVEEAKKVKPTVVVNAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDDYIATNGPLKVGG
SCVLSGHNLAKHCLHVVGPNVNKGEDIQLLKSAYENFNQHEVLLAPLLSAGIFGADPIHSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKN
LYDKLVSSFLEMK

The query sequence (length=173) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6z5t:A 174 170 0.9827 0.9770 1.0000 3.65e-123 8azd:A, 8azd:B, 8azi:A, 8azi:B, 8azl:A, 8azl:B, 8azm:A, 8azm:B, 8azn:A, 8azo:A, 8azo:B, 8azp:A, 8azp:B, 9azx:A, 9azx:B, 9azx:C, 7bf3:A, 7bf3:B, 7bf3:C, 7bf4:A, 7bf5:A, 7bf5:B, 7bf5:C, 7bf5:E, 7bf6:A, 7bf6:B, 7bf6:C, 8c19:A, 8c1a:A, 7c33:A, 7c33:B, 7c33:C, 7c33:D, 7cz4:A, 7cz4:B, 8ers:A, 7fr0:A, 7fr1:A, 7fr2:A, 7fr3:A, 7fr4:A, 7fr5:A, 7fr6:B, 7fr7:A, 7fr8:B, 7fr9:A, 7fra:A, 7frb:A, 7frc:A, 7frd:A, 8gia:C, 8gia:A, 7gyy:A, 7gyz:A, 7gz0:A, 7gz1:A, 7gz2:A, 7gz3:A, 7gz4:A, 7gz5:A, 7gz6:A, 7gz7:A, 7gz8:A, 7gz9:A, 7gza:A, 7gzb:A, 7gzc:A, 7gzd:A, 7gze:A, 7gzf:A, 7gzg:A, 7gzh:A, 7gzi:A, 7gzj:A, 7gzk:A, 7gzl:A, 7gzm:A, 7gzn:A, 7gzo:A, 7gzq:A, 7gzr:A, 7gzs:A, 7gzt:A, 7gzu:A, 7gzv:A, 7gzw:A, 7gzx:A, 7gzy:A, 7gzz:A, 7h00:A, 7h01:A, 7h02:A, 7h03:A, 7h04:A, 7h05:A, 7h06:A, 7h07:A, 7h08:A, 7h09:A, 7h09:B, 7h0a:A, 7h0a:B, 7h0b:A, 7h0b:B, 7h0c:A, 7h0c:B, 7h0d:A, 7h0e:A, 7h0e:B, 7h0f:A, 7h0f:B, 7h0g:A, 7h0g:B, 7h0h:A, 7h0h:B, 7h0i:A, 7h0j:A, 7h0j:B, 7h0k:A, 7h0l:A, 7h0l:B, 7h0m:A, 7h0m:B, 7h0n:A, 7h0n:B, 7h0o:A, 7h0p:A, 7h0q:A, 7h0q:B, 7h0r:A, 7h0s:A, 7h0s:B, 7h0t:A, 7h0u:A, 7h0v:A, 7h0w:A, 7h0x:A, 7h0x:B, 7h0y:A, 7h0y:B, 7h0z:A, 7h10:A, 7h11:A, 7h12:A, 7h13:A, 7h14:A, 7h15:A, 7h16:A, 7h17:A, 7h18:A, 7h19:A, 7h19:B, 7h1a:A, 7h1a:B, 7h1b:A, 7h1c:A, 7h1d:A, 7h1e:A, 7h1f:A, 7h1g:A, 7jme:A, 7kqp:A, 7kxb:A, 7lg7:A, 7qg7:A, 7qg7:B, 5rs7:A, 5rs8:A, 5rs9:A, 5rsb:A, 5rsc:A, 5rsd:A, 5rse:A, 5rsf:A, 5rsg:A, 5rsh:A, 5rsi:A, 5rsj:A, 5rsk:A, 5rsl:A, 5rsm:A, 5rsn:A, 5rso:A, 5rsp:A, 5rsq:A, 5rsr:A, 5rss:A, 5rst:A, 5rsu:A, 5rsv:A, 5rsw:A, 5rsx:A, 5rsy:A, 5rsz:A, 5rt0:A, 5rt1:A, 5rt2:A, 5rt3:A, 5rt4:A, 5rt5:A, 5rt6:A, 5rt7:A, 5rt8:A, 5rt9:A, 5rta:A, 5rtb:A, 5rtc:A, 5rtd:A, 5rte:A, 5rtf:B, 5rtg:A, 5rth:A, 5rti:A, 5rtk:A, 5rtl:A, 5rtm:A, 5rtn:A, 5rto:B, 5rtp:A, 5rtq:A, 5rtr:A, 5rts:A, 5rtt:A, 5rtu:A, 5rtv:A, 5rtw:A, 5rty:A, 5rtz:A, 5ru0:A, 5ru0:B, 5ru1:A, 5ru2:A, 5ru3:B, 5ru4:A, 5ru5:A, 5ru6:B, 5ru7:A, 5ru8:A, 5ru9:A, 5rua:A, 5ruc:A, 5rud:A, 5rue:A, 5ruf:A, 5rug:A, 5ruh:A, 5rui:A, 5ruj:A, 5ruk:A, 5rul:A, 5rum:A, 5run:A, 5ruo:A, 5rup:A, 5rur:A, 5rus:A, 5rut:A, 5ruu:A, 5ruv:B, 5ruw:A, 5ruy:A, 5ruz:B, 5rv0:A, 5rv1:A, 5rv2:A, 5rv3:A, 5rv4:A, 5rv5:A, 5rv6:A, 5rv7:A, 5rv8:A, 5rv9:A, 5rv9:B, 5rva:A, 5rvb:A, 5rvd:A, 5rve:A, 5rvf:A, 5rvg:A, 5rvh:A, 5rvi:A, 5rvi:B, 5rvj:A, 5rvk:A, 5rvl:A, 5rvm:A, 5rvn:A, 5rvo:A, 5rvp:A, 5rvq:A, 5rvs:A, 5rvt:A, 5rvu:A, 5rvv:A, 5s18:A, 5s1a:A, 5s1a:B, 5s1c:A, 5s1e:A, 5s1g:A, 5s1i:A, 5s1k:A, 5s1m:A, 5s1o:A, 5s1q:A, 5s1s:A, 5s1u:A, 5s1w:A, 5s1y:A, 5s20:A, 5s22:A, 5s24:A, 5s26:A, 5s27:B, 5s28:A, 5s29:A, 5s2a:A, 5s2b:A, 5s2c:A, 5s2d:B, 5s2e:A, 5s2f:A, 5s2g:A, 5s2h:B, 5s2i:B, 5s2j:B, 5s2k:A, 5s2k:B, 5s2l:A, 5s2l:B, 5s2m:A, 5s2n:A, 5s2n:B, 5s2o:A, 5s2p:A, 5s2q:A, 5s2r:A, 5s2r:B, 5s2s:A, 5s2t:A, 5s2u:B, 5s2v:B, 5s2w:A, 5s2x:B, 5s2y:B, 5s2z:A, 5s30:A, 5s31:B, 5s32:A, 5s33:A, 5s34:A, 5s35:A, 5s36:A, 5s36:B, 5s37:A, 5s38:A, 5s39:A, 5s3a:A, 5s3b:A, 5s3c:A, 5s3d:A, 5s3e:A, 5s3f:A, 5s3g:B, 5s3h:A, 5s3i:B, 5s3j:A, 5s3k:A, 5s3l:A, 5s3m:A, 5s3n:A, 5s3o:A, 5s3p:A, 5s3q:A, 5s3q:B, 5s3r:B, 5s3s:A, 5s3t:A, 5s3t:B, 5s3u:A, 5s3v:B, 5s3w:B, 5s3x:A, 5s3y:B, 5s3z:A, 5s40:A, 5s41:A, 5s42:A, 5s43:B, 5s44:A, 5s45:A, 5s46:A, 5s47:A, 5s48:A, 5s48:B, 5s49:A, 5s49:B, 5s4a:A, 5s4a:B, 5s4b:A, 5s4c:A, 5s4c:B, 5s4e:A, 5s4e:B, 5s4f:A, 5s4g:A, 5s4h:A, 5s4i:A, 5s4j:A, 5s4k:B, 8sh8:A, 5soi:A, 5soj:A, 5sok:A, 5sol:A, 5som:A, 5soo:A, 5sop:A, 5soq:A, 5sor:A, 5sos:A, 5sot:A, 5sou:A, 5sov:A, 5sow:A, 5sox:A, 5soy:A, 5soz:A, 5sp0:A, 5sp1:A, 5sp2:A, 5sp3:A, 5sp4:A, 5sp6:A, 5sp7:A, 5sp8:A, 5sp9:B, 5spa:A, 5spb:A, 5spc:A, 5spd:A, 5spe:A, 5spf:A, 5spg:A, 5sph:A, 5spi:A, 5spj:A, 5spk:A, 5spl:A, 5spm:A, 5spn:A, 5spo:B, 5spp:A, 5spq:A, 5spr:A, 5sps:A, 5spt:A, 5spu:A, 5spv:A, 5spw:A, 5spx:A, 5spy:A, 5spz:A, 5sq0:A, 5sq1:A, 5sq2:A, 5sq3:A, 5sq4:A, 5sq5:A, 5sq6:A, 5sq7:A, 5sq8:A, 5sq9:A, 5sqa:A, 5sqb:A, 5sqc:A, 5sqd:A, 5sqe:A, 5sqf:A, 5sqg:A, 5sqh:A, 5sqi:A, 5sqj:A, 5sqk:A, 5sql:A, 5sql:B, 5sqm:A, 5sqn:A, 5sqo:A, 5sqp:A, 5sqq:A, 5sqr:A, 5sqs:A, 5sqt:A, 5sqt:B, 5squ:A, 5sqv:A, 5sqw:A, 5sqx:A, 5sqy:A, 5sqz:A, 5sr0:A, 5sr1:A, 5sr1:B, 5sr2:A, 5sr3:A, 5sr4:A, 5sr5:A, 5sr6:A, 5sr7:A, 5sr8:A, 5sr9:A, 5sra:A, 5srb:A, 5src:A, 5srd:A, 5sre:A, 5srf:A, 5srg:A, 5srh:A, 5sri:A, 5srj:A, 5srk:A, 5srl:A, 5srm:A, 5srn:A, 5sro:A, 5srp:A, 5srq:A, 5srr:A, 5srs:A, 5srt:A, 5sru:A, 5srv:A, 5srw:A, 5srx:A, 5sry:A, 5srz:A, 5ss0:A, 5ss1:A, 5ss2:A, 5ss3:A, 5ss4:A, 5ss5:A, 5ss6:A, 5ss8:A, 5ss9:A, 5ssa:A, 5ssb:A, 5ssc:A, 5ssd:A, 5sse:A, 5ssf:A, 5ssg:A, 5ssh:A, 5ssi:A, 5ssj:A, 5ssk:A, 5ssl:A, 5ssm:A, 5ssn:A, 5sso:A, 5ssp:A, 5ssq:A, 5ssr:A, 8tv6:B, 8tv7:A, 7twt:A, 7twv:A, 7tww:A, 7twx:A, 7twy:A, 7tx0:A, 7tx1:A, 7tx5:A, 6w02:A, 6w02:B, 6w6y:A, 6woj:A, 6woj:B, 6woj:C, 6woj:D, 6ywk:C, 6ywk:E, 6ywl:A, 6ywl:B, 6ywl:C, 6ywl:D, 6ywl:E, 6ywm:B, 6z5t:B, 6z6i:A, 6z6i:B, 6z6i:C, 6z6i:D, 6z72:A, 6z72:B, 6z72:C, 6z72:D
2 2fav:B 171 168 0.7168 0.7251 0.7381 2.42e-89
3 5hol:A 167 153 0.3931 0.4072 0.4444 4.75e-41 5dus:A, 5zu7:A, 5zu9:A, 5zua:A, 5zub:A
4 6mea:A 162 115 0.3468 0.3704 0.5217 2.06e-37 6mea:B, 6meb:A, 6meb:B, 6men:A, 6men:B
5 3ewr:A 167 136 0.2832 0.2934 0.3603 1.51e-14
6 3gqo:A 161 142 0.2659 0.2857 0.3239 1.15e-11 3gqo:B, 3gqo:C, 3gqo:D, 5mqx:A
7 5cb5:R 173 174 0.2890 0.2890 0.2874 1.63e-09 5cb3:A, 5cb5:A, 5cb5:B, 5cb5:C, 5cb5:D, 5cb5:E, 5cb5:F, 5cb5:G, 5cb5:H, 5cb5:I, 5cb5:J, 5cb5:K, 5cb5:L, 5cb5:M, 5cb5:N, 5cb5:O, 5cb5:P, 5cb5:Q, 5cms:R, 5cms:A, 5cms:B, 5cms:C, 5cms:D, 5cms:E, 5cms:F, 5cms:G, 5cms:H, 5cms:I, 5cms:J, 5cms:K, 5cms:L, 5cms:M, 5cms:N, 5cms:O, 5cms:P, 5cms:Q
8 3vfq:A 375 124 0.2312 0.1067 0.3226 2.59e-09 4d86:A, 5o2d:A, 3q6z:A, 3q71:A
9 6ln0:A 425 117 0.2254 0.0918 0.3333 3.25e-09
10 8p0e:B 186 154 0.2486 0.2312 0.2792 1.03e-08 8p0e:A
11 3ew5:A 168 130 0.2370 0.2440 0.3154 7.35e-07 3ew5:B, 3ew5:C, 3jzt:B, 3jzt:C, 3jzt:D
12 3ewp:A 177 129 0.2197 0.2147 0.2946 1.76e-06 3ewp:B
13 6lh4:A 235 136 0.2312 0.1702 0.2941 4.75e-05 6lh4:B, 6lh4:C, 6lh4:D
14 4gua:A 662 167 0.2717 0.0710 0.2814 2.18e-04 4gua:B, 4gua:C
15 7ny7:A 176 91 0.1676 0.1648 0.3187 4.80e-04
16 4iqy:A 221 132 0.2254 0.1765 0.2955 5.15e-04 4iqy:B
17 6fx7:A 194 152 0.2486 0.2216 0.2829 7.12e-04 2bfq:A, 2bfr:A, 7wr6:B
18 4etj:A 164 54 0.1329 0.1402 0.4259 0.001 4jll:A
19 5fsx:A 233 122 0.2023 0.1502 0.2869 0.002 5fsx:B, 5fsy:A
20 5lw0:B 204 117 0.1965 0.1667 0.2906 0.025 5lw0:A
21 5iit:C 357 82 0.1445 0.0700 0.3049 0.095 3iid:A, 3iif:A, 3iif:B, 3iif:C, 5iit:B
22 2vpw:A 734 63 0.1272 0.0300 0.3492 0.55 2vpw:E, 2vpx:A, 2vpx:E, 2vpy:A, 2vpy:E, 2vpz:A, 2vpz:E
23 8rsj:A 262 91 0.1272 0.0840 0.2418 1.6 8rsi:A, 8rsi:B, 8rsj:B, 8rsk:A, 8rsk:B, 8rsk:C
24 4dec:A 284 36 0.0925 0.0563 0.4444 2.4 4de7:A, 3e25:A, 5jsx:A, 5jt0:A, 5juc:A, 5jud:A, 4y6n:A, 4y6u:A, 4y7f:A, 4y7g:A, 4y9x:A
25 2e5a:A 329 80 0.1272 0.0669 0.2750 4.2
26 4ff7:A 247 64 0.1098 0.0769 0.2969 4.8 4ff7:B, 7tim:A, 7tim:B, 2ypi:A, 2ypi:B, 3ypi:A, 3ypi:B
27 8rsm:A 254 84 0.1040 0.0709 0.2143 5.9
28 4xhz:A 333 64 0.1214 0.0631 0.3281 7.0
29 8rsl:A 271 99 0.1676 0.1070 0.2929 7.7 5kiv:A, 8rsl:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218