Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDY
PTYEEALKLGWSSFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMI
ITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQE
AKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVV
DALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPR

The query sequence (length=383) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4rnu:C 385 385 1.0000 0.9948 0.9948 0.0 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
2 1bwk:A 399 291 0.7572 0.7268 0.9966 0.0 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
3 1bwk:A 399 91 0.2376 0.2281 1.0000 4.28e-59 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
4 4rnx:A 390 238 0.6162 0.6051 0.9916 2.61e-177 4rnx:B
5 4rnx:A 390 138 0.3603 0.3538 1.0000 3.79e-90 4rnx:B
6 5v4v:A 397 290 0.6084 0.5869 0.8034 5.18e-175 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
7 5v4v:A 397 91 0.1984 0.1914 0.8352 2.27e-48 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
8 4tmc:A 399 287 0.5457 0.5238 0.7282 1.60e-149 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
9 4tmc:A 399 90 0.1488 0.1429 0.6333 2.77e-33 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
10 6agz:A 386 283 0.3551 0.3523 0.4806 4.65e-81 6agz:B
11 6agz:A 386 86 0.0966 0.0959 0.4302 7.61e-14 6agz:B
12 4df2:A 404 288 0.3264 0.3094 0.4340 7.52e-73 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
13 4df2:A 404 80 0.0992 0.0941 0.4750 2.52e-17 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
14 4qnw:A 369 277 0.3133 0.3252 0.4332 1.16e-67
15 4qnw:A 369 87 0.0888 0.0921 0.3908 5.14e-09
16 2gou:A 365 281 0.3003 0.3151 0.4093 3.80e-63 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
17 2gou:A 365 75 0.0731 0.0767 0.3733 2.31e-07 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
18 6s32:D 352 282 0.3159 0.3438 0.4291 5.43e-62 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
19 6s32:D 352 80 0.0836 0.0909 0.4000 3.04e-09 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
20 1icp:A 358 277 0.2794 0.2989 0.3863 1.16e-54 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
21 1icp:A 358 75 0.0940 0.1006 0.4800 1.45e-11 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
22 2q3o:B 367 284 0.2820 0.2943 0.3803 3.15e-54 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
23 2q3o:B 367 74 0.0836 0.0872 0.4324 9.12e-08 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
24 8bpp:A 362 279 0.2872 0.3039 0.3943 9.11e-54 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
25 8bpp:A 362 84 0.0836 0.0884 0.3810 1.13e-07 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
26 7tmb:A 362 279 0.2872 0.3039 0.3943 1.89e-53 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
27 7tmb:A 362 44 0.0601 0.0635 0.5227 8.67e-08 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
28 7tnb:AAA 353 271 0.2768 0.3003 0.3911 2.97e-53
29 7tnb:AAA 353 53 0.0627 0.0680 0.4528 1.62e-06
30 5dy2:A 378 279 0.2768 0.2804 0.3799 5.19e-53 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
31 5dy2:A 378 49 0.0679 0.0688 0.5306 1.59e-09 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
32 2q3r:A 351 277 0.2742 0.2991 0.3791 5.87e-53 1vji:A
33 2q3r:A 351 76 0.0966 0.1054 0.4868 2.95e-10 1vji:A
34 1gvr:A 364 278 0.2820 0.2967 0.3885 9.23e-53 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
35 1gvr:A 364 44 0.0548 0.0577 0.4773 2.97e-06 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
36 6uff:A 362 277 0.2794 0.2956 0.3863 1.13e-52 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
37 6uff:A 362 44 0.0627 0.0663 0.5455 6.81e-08 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
38 9em0:A 376 282 0.2768 0.2819 0.3759 1.35e-52 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
39 9em0:A 376 74 0.0914 0.0931 0.4730 9.57e-10 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
40 1gwj:A 374 288 0.2872 0.2941 0.3819 2.09e-52 3gx9:A, 2r14:A
41 1gwj:A 374 71 0.0705 0.0722 0.3803 3.12e-06 3gx9:A, 2r14:A
42 4b5n:A 354 274 0.2794 0.3023 0.3905 6.10e-52 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
43 4jic:A 370 280 0.2872 0.2973 0.3929 9.15e-52 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
44 4jic:A 370 47 0.0601 0.0622 0.4894 3.26e-07 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
45 4ab4:A 349 268 0.2794 0.3066 0.3993 1.09e-51 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
46 4ab4:A 349 47 0.0574 0.0630 0.4681 2.92e-05 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
47 7bn6:B 381 291 0.2872 0.2887 0.3780 1.56e-50 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
48 7bn6:B 381 78 0.0862 0.0866 0.4231 5.72e-11 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
49 3gka:B 351 275 0.2715 0.2963 0.3782 1.07e-47 3gka:A
50 3gka:B 351 76 0.0679 0.0741 0.3421 6.18e-06 3gka:A
51 8e5i:A 357 274 0.2507 0.2689 0.3504 1.29e-43
52 8e5i:A 357 47 0.0601 0.0644 0.4894 6.31e-07
53 4a3u:A 355 234 0.2245 0.2423 0.3675 1.41e-41 4a3u:B
54 4a3u:A 355 43 0.0522 0.0563 0.4651 3.69e-04 4a3u:B
55 8fw1:A 362 249 0.2454 0.2597 0.3775 3.62e-40 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
56 8fw1:A 362 48 0.0548 0.0580 0.4375 3.15e-06 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
57 3aty:A 379 288 0.2428 0.2454 0.3229 2.98e-37 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
58 3aty:A 379 45 0.0574 0.0580 0.4889 6.98e-07 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
59 4ot7:A 308 239 0.2115 0.2630 0.3389 1.32e-36
60 4ot7:A 308 43 0.0522 0.0649 0.4651 3.68e-04
61 3kru:A 335 216 0.1880 0.2149 0.3333 8.77e-28 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
62 1z41:A 337 218 0.1932 0.2196 0.3394 1.07e-27 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
63 5ocs:A 369 234 0.2037 0.2114 0.3333 9.75e-26 5ocs:C
64 7qfx:C 413 273 0.2115 0.1961 0.2967 4.89e-25 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
65 3gr7:A 340 223 0.1775 0.2000 0.3049 7.00e-24 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
66 8e5h:A 368 288 0.2324 0.2418 0.3090 1.66e-21
67 8e5h:A 368 60 0.0444 0.0462 0.2833 0.062
68 8auh:A 365 222 0.1671 0.1753 0.2883 4.77e-21 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
69 8pun:A 356 232 0.1697 0.1826 0.2802 8.65e-21 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
70 7blf:A 406 266 0.1854 0.1749 0.2669 6.28e-20 7blf:B
71 1ps9:A 671 262 0.1984 0.1133 0.2901 3.02e-18
72 6qkg:B 664 242 0.1697 0.0979 0.2686 1.04e-17 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
73 8j59:B 388 233 0.1828 0.1804 0.3004 4.06e-17 8j59:A
74 7fev:A 443 85 0.1044 0.0903 0.4706 1.54e-16
75 1djn:A 729 225 0.1775 0.0933 0.3022 3.69e-16 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
76 8uat:F 351 232 0.1802 0.1966 0.2974 4.79e-16 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
77 7o0t:A 354 220 0.1697 0.1836 0.2955 8.21e-15 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
78 6de6:B 652 96 0.1044 0.0613 0.4167 7.49e-13
79 6de6:A 689 96 0.1044 0.0581 0.4167 7.86e-13
80 3k30:A 684 242 0.1802 0.1009 0.2851 2.35e-12 3k30:B
81 6l6j:A 669 78 0.0757 0.0433 0.3718 9.31e-07
82 6l6j:A 669 55 0.0444 0.0254 0.3091 2.0
83 3zxs:A 508 81 0.0679 0.0512 0.3210 0.13 3zxs:B, 3zxs:C
84 2vqx:A 322 42 0.0339 0.0404 0.3095 2.9
85 6aa8:E 281 30 0.0339 0.0463 0.4333 4.0 6aa8:F
86 6ohh:B 128 27 0.0235 0.0703 0.3333 4.5 6ohh:A
87 6cxs:B 599 61 0.0496 0.0317 0.3115 5.5 6cxs:A
88 8fhw:A 432 107 0.0731 0.0648 0.2617 5.7 8fhw:B, 8fhw:C, 8fhw:D
89 2vbi:A 554 95 0.0653 0.0451 0.2632 6.0 2vbi:B, 2vbi:C, 2vbi:D, 2vbi:E, 2vbi:F, 2vbi:G, 2vbi:H
90 4wzf:B 241 61 0.0444 0.0705 0.2787 7.3 4wzf:A
91 2gdz:A 266 53 0.0470 0.0677 0.3396 9.5 8cvn:A, 8cvn:B, 8cwl:A, 8cwl:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218