BioLiP

>protein
GGNLPDVASHYPVAYEQTLDGTVGFVIDEMTPERATASVEVTDTLRQRWGLVHGGAYCALAEMLATEATVAVVHEKGMMA
VGQSNHTSFFRPVKEGHVRAEAVRIHAGSTTWFWDVSLRDDAGRLCAVSSMSIAVRPRRD

The query sequence (length=140) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

#	Hit	Hit length	Aligned length	Identity (normalized by query)	Identity (normalized by hit)	Identity (normalized by aligned length)	E-value	Homologs to hit
1	1q4s:A	142	140	1.0000	0.9859	1.0000	1.28e-102	1q4s:B, 1q4t:A, 1q4t:B, 1q4u:A, 1q4u:B, 3r32:A, 3r32:B, 3r34:A, 3r34:B, 3r35:A, 3r35:B, 3r37:A, 3r37:B, 3r3a:A, 3r3a:B, 3r3b:A, 3r3b:B, 3r3c:A, 3r3c:B, 3r3d:A, 3r3d:B, 3r3f:A, 3r3f:B, 3tea:A, 3tea:B
2	5hmc:A	125	107	0.2857	0.3200	0.3738	8.47e-15
3	4qd8:C	139	133	0.2929	0.2950	0.3083	9.48e-15	4qd8:E, 4qd8:F, 4qd8:D, 4qd9:C, 4qd9:D, 4qd9:F, 4qd9:E
4	4m20:A	121	111	0.2286	0.2645	0.2883	9.86e-14	4m20:B, 4m20:D, 4m20:C
5	4k4c:A	137	120	0.2643	0.2701	0.3083	2.58e-12	4k4c:B, 4k4c:D, 4k4c:C, 4k4d:A, 4k4d:B
6	4k49:C	136	116	0.2500	0.2574	0.3017	1.29e-10	4k49:B, 4k49:D, 4k49:A, 4k4a:A, 4k4a:B, 4k4a:D, 4k4a:C, 4k4b:A, 4k4b:B, 4k4b:C, 4k4b:D, 4k4b:E, 4k4b:F, 4k4b:G, 4k4b:H
7	7ljm:A	348	52	0.1143	0.0460	0.3077	0.12	7ljm:B
8	5kc1:F	61	37	0.1071	0.2459	0.4054	0.34	5kc1:D, 5kc1:B, 5kc1:L, 5kc1:J
9	6c7n:D	389	55	0.1357	0.0488	0.3455	0.52
10	1wlv:A	117	112	0.2071	0.2479	0.2589	0.81	1wlv:C, 1wlv:D, 1wlv:B, 1wlv:E, 1wlv:F, 1wlv:G, 1wlv:H, 1wn3:A, 1wn3:C, 1wn3:D, 1wn3:B, 1wn3:E, 1wn3:G, 1wn3:H, 1wn3:F
11	6rxd:A	509	56	0.1214	0.0334	0.3036	3.3	6rxd:B, 6rxe:A, 6rxe:B, 6rxf:A, 6rxf:B, 6rxg:A, 6rxg:B
12	4tvm:A	380	31	0.0857	0.0316	0.3871	5.1
13	2zan:A	312	31	0.0786	0.0353	0.3548	7.5	7l9x:A, 2zao:A
14	7to3:C	357	52	0.1000	0.0392	0.2692	7.8	7d4j:A, 7d4o:A, 7d4o:B, 7d4s:A, 7d4u:A, 7ljl:A, 7ljl:B, 7to3:D, 7tqd:C
15	8a1r:A	593	21	0.0714	0.0169	0.4762	9.6	8a1r:B, 7b02:A, 6fmu:A, 6fmz:A, 6fp4:A, 6ftc:A, 3h4k:A, 4la1:A, 4la1:B, 7npx:A, 7npx:B, 8pdd:A, 8pdd:B, 8pl0:A, 8pl0:B, 8pl1:A, 8pl1:B, 8pl2:A, 8pl2:B, 8pl3:A, 8pl3:B, 8pl4:A, 8pl4:B, 8pl5:A, 8pl5:B, 8pl6:A, 8pl7:A, 8pl7:B, 8pl8:A, 8pl9:A, 8pl9:B, 8pla:A, 8pla:B, 8plb:A, 8plb:B, 8plc:A, 8plc:B, 8pld:A, 8pld:B, 8ple:A, 8ple:B, 8plf:A, 8plf:B, 8plg:A, 8plh:A, 8pli:A, 8pli:B, 8plj:A, 8plj:B, 8plk:A, 8plk:B, 8pll:A, 8plm:A, 8pln:A, 8plo:A, 8plo:B, 8plp:A, 8plp:B, 8plq:A, 8plq:B, 8plr:A, 8plr:B, 8pls:A, 8pls:B, 8plt:A, 8plt:B, 8plu:A, 8plu:B, 8plv:A, 8plv:B, 8plw:A, 8plw:B, 8plx:A, 8plx:B, 8ply:A, 8ply:B, 6rtj:A, 6rtm:A, 6rto:A, 2v6o:A, 2x8c:A, 2x8c:B, 2x8g:A, 2x8h:A, 2x99:A, 6zlb:A, 6zlp:A, 6zp3:A, 6zst:A

[Back]