Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GGGSVTCPGGQSTSNSQCCVWFDVLDDLQTNFYQGSKCESPVRKSLRIAFHDAIGFSPALTAAGQFGGGGADGSIIAHSN
IELAFPANGGLTDTVEALRAVGINHGVSFGDLIQFAAAVGMSNCPGSPRLEFLTGRSNSSQPSPPSLIPGPGNTVTAILD
RFGDAGFSPDEVVDLLAAHSLASQEGLNSAIFRSPLDSTPQVFDTQFYIETLLKGTTQPGPSLGFAEELSPFPGGFRIRS
DALLARDSRTACRWQSMTSSNEVMGQRFRAAMAKMSVLGFDRNALTDCSDVIPSAVSNNAAPVIPGGLTVDDIEVSCPSE
PFPEIATASGPLPSLAPAP

The query sequence (length=339) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1ly8:A 339 339 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1arp:A, 1aru:A, 1arv:A, 1arw:A, 1arx:A, 1ary:A, 1c8i:A, 1ck6:A, 2e39:A, 2e3a:A, 2e3b:A, 1gza:A, 1gzb:A, 1h3j:A, 1h3j:B, 1hsr:A, 1ly8:B, 1ly9:A, 1ly9:B, 1lyc:A, 1lyc:B, 1lyk:A, 1lyk:B
2 4bm1:A 337 333 0.5398 0.5430 0.5495 2.89e-121 4bm1:B, 4bm2:A, 4bm3:A, 4bm4:A
3 3fjw:A 331 334 0.4808 0.4924 0.4880 2.56e-109 5abn:A, 5abo:A, 5abq:A, 4blk:A, 4bll:A, 4bln:A, 4blx:A, 4bly:A, 4blz:A, 4blz:B, 4bm0:A, 2boq:A, 4fcn:A, 4fcs:A, 4fdq:A, 4fef:A, 3fjw:B, 3fkg:A, 3fm1:A, 3fm4:A, 3fm6:A, 3fmu:A, 5fnb:A, 5fnb:B, 5fne:A, 4g05:A, 2vka:A, 2w23:A
4 3q3u:A 338 336 0.4985 0.5000 0.5030 4.06e-105
5 8qwt:A 331 335 0.4336 0.4441 0.4388 1.05e-91
6 1b80:A 349 338 0.4454 0.4327 0.4467 2.34e-91 6a6q:A, 1b80:B, 1b82:A, 1b82:B, 1b85:A, 1b85:B, 6iss:A, 6iss:G, 1lga:A, 1lga:B, 1llp:A
7 1qpa:B 344 338 0.4543 0.4477 0.4556 2.97e-89 1qpa:A
8 3m5q:A 357 340 0.4395 0.4174 0.4382 1.02e-85 3m8m:A, 1mn1:A, 1mn2:A, 1mnp:A, 1yyd:A, 1yyg:A, 1yzp:A, 1yzr:A
9 7oo5:A 331 337 0.4248 0.4350 0.4273 1.28e-81
10 8qx0:A 335 337 0.3923 0.3970 0.3947 2.37e-77 8qwx:A
11 4czo:A 367 348 0.4041 0.3733 0.3937 1.54e-73 4czn:A, 4czp:A, 4czq:A, 4czr:A
12 2cl4:X 250 237 0.1858 0.2520 0.2658 3.23e-11 1apx:A, 1apx:B, 1apx:C, 1apx:D, 7bi1:A, 2ggn:X, 2ghc:X, 2ghd:X, 2ghe:X, 2ghh:X, 2ghk:X, 5jpr:A, 5jqr:A, 5l86:A, 5l86:B, 1oaf:A, 1oag:A, 7s10:A, 6tae:A, 1v0h:X, 2vcf:X, 2vcn:A, 2vcs:A, 2vnx:X, 2vnz:X, 2vo2:X, 2wd4:A, 2xi6:A, 2xif:A, 2xih:A, 2xj6:A, 6xv4:A, 2y6a:A, 2y6b:A, 3zcg:A, 3zch:A, 3zcy:A
13 8djr:A 250 237 0.1829 0.2480 0.2616 1.42e-09 8djs:A, 8djt:A, 8dju:A, 8djw:A, 8djx:A, 8ff6:A, 8ff6:B, 8ff6:C, 8ff6:D, 8ff6:E, 8ff6:F, 8ff7:A, 8ff7:B, 8ff7:C, 8ff7:D, 8ff7:E, 8ff7:F
14 1iyn:A 275 165 0.1386 0.1709 0.2848 4.45e-09
15 7oqr:A 274 172 0.1298 0.1606 0.2558 3.40e-06 7opt:A, 7opt:B, 7oqr:B
16 4ged:A 268 171 0.1209 0.1530 0.2398 1.99e-05 5al9:A, 5ala:A, 5ala:B, 5amm:A, 5amm:B, 3riv:A, 3riv:B, 3riw:A, 3riw:B
17 5twt:A 291 205 0.1445 0.1684 0.2390 0.099
18 1sch:A 294 129 0.0973 0.1122 0.2558 0.14 1sch:B
19 3hdl:A 304 78 0.0678 0.0757 0.2949 0.66
20 4usc:A 303 185 0.1386 0.1551 0.2541 1.0 4usc:B
21 4nu0:A 212 50 0.0472 0.0755 0.3200 1.0 4nu0:B, 4w5j:A, 4w5j:B, 4w5j:C, 4w5j:D
22 5w10:A 173 83 0.0560 0.1098 0.2289 1.3 5w10:B, 5w10:C, 5w10:D
23 7p0h:A 411 34 0.0354 0.0292 0.3529 1.6 7p0h:B, 7p0h:C, 7p0h:D
24 6wby:A 1250 48 0.0531 0.0144 0.3750 4.4
25 6w98:A 1312 48 0.0531 0.0137 0.3750 5.2 6wbx:A
26 1pa2:A 306 78 0.0649 0.0719 0.2821 6.1 1qo4:A
27 3fb4:A 215 71 0.0531 0.0837 0.2535 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218