Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GGFRSVVYFVNWAIYGRGHNPQDLKADQFTHILYAFANIRPSGEVYLSDTWADTDKHYPGDKWDEPGNNVYGCIKQMYLL
KKNNRNLKTLLSIGGWTYSPNFKTPASTEEGRKKFADTSLKLMKDLGFDGIDIDWEYPEDEKQANDFVLLLKACREALDA
YSAKHPNGKKFLLTIASPAGPQNYNKLKLAEMDKYLDFWNLMAYDFSGSWDKVSGHMSNVFPSTTKPESTPFSSDKAVKD
YIKAGVPANKIVLGMPLYGRAFASTDGIGTSFNGVGGGSWENGVWDYKDMPQQGAQVTELEDIAASYSYDKNKRYLISYD
TVKIAGKKAEYITKNGMGGGMWWESSSDKTGNESLVGTVVNGLGGTGKLEQRENELSYPESVYDNLKNGMPS

The query sequence (length=392) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1ll4:A 392 392 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1ll4:B, 1ll4:C, 1ll4:D
2 2a3c:A 395 390 0.6607 0.6557 0.6641 0.0 2a3a:A, 2a3a:B, 2a3b:A, 2a3b:B, 2a3c:B, 2a3e:A, 2a3e:B, 3ch9:A, 3ch9:B, 3chc:A, 3chc:B, 3chd:A, 3chd:B, 3che:A, 3che:B, 3chf:A, 3chf:B, 2iuz:A, 2iuz:B, 1w9u:A, 1w9u:B, 1w9v:A, 1w9v:B
3 3g6m:A 388 389 0.5383 0.5438 0.5424 6.83e-158
4 7akq:A 389 389 0.5230 0.5270 0.5270 2.40e-150 6epb:A, 6ylj:A, 6yn4:A
5 6kst:B 372 385 0.3393 0.3575 0.3455 1.90e-65 6kxl:A, 6kxl:B, 6kxm:A, 6kxm:B, 6kxn:A, 6kxn:B
6 6bt9:B 626 450 0.3597 0.2252 0.3133 6.27e-56 6bt9:A
7 5nr8:A 377 357 0.2832 0.2944 0.3109 2.18e-46 1hki:A, 1hkj:A, 1hkk:A, 1hkm:A, 6jjr:A, 6jk6:A, 5nra:A, 5nrf:A, 1waw:A, 1wb0:A, 6ze8:A, 6ze8:B, 6ze8:C, 6ze8:D, 6ze8:E, 6ze8:F
8 8c6z:A 573 409 0.3061 0.2094 0.2934 2.39e-46 8ovr:A
9 8fr9:B 374 366 0.2908 0.3048 0.3115 6.84e-44 8frb:D
10 6jmb:A 374 370 0.3036 0.3182 0.3216 9.15e-43
11 5df0:A 528 388 0.3061 0.2273 0.3093 4.35e-41 5df0:B
12 3fy1:A 377 389 0.2959 0.3077 0.2982 5.03e-41 3fy1:B, 3rm4:A, 3rm4:B, 3rm8:A, 3rm8:B, 3rm9:A, 3rm9:B, 3rme:A, 3rme:B, 2ybt:A, 2ybt:B, 2ybt:C, 2ybt:D, 2ybt:E, 2ybt:F, 2ybu:A, 2ybu:B, 2ybu:C, 2ybu:D, 2ybu:E, 2ybu:F
13 2aos:A 361 358 0.2679 0.2909 0.2933 7.90e-40 2fdm:A, 4mav:A, 4ml4:A, 4nsb:A, 2olh:A, 4q7n:A, 5z05:A, 5z3s:A, 5z4w:A, 1zbc:A, 1zbk:A, 1zbv:A, 1zbw:A, 1zl1:A
14 8r42:B 362 355 0.2704 0.2928 0.2986 2.03e-39 8r41:A, 8r41:B, 8r42:A, 8r4x:A, 8r4x:B, 8r4x:C, 8r4x:D
15 8ose:A 563 409 0.2883 0.2007 0.2763 3.25e-38 8owf:A
16 7vrg:A 540 408 0.2985 0.2167 0.2868 5.92e-38 5gqb:A, 6jmn:A, 7vrg:B
17 6le7:A 381 352 0.2781 0.2861 0.3097 2.27e-37 6le8:A
18 1e6z:B 498 400 0.2934 0.2309 0.2875 1.58e-36 7c34:A, 7c34:B, 7c92:A, 7c92:B, 7cb1:A, 7cb1:B, 1e6r:A, 1e6r:B, 1e6z:A, 1h0g:B, 1h0g:A, 1h0i:A, 1h0i:B, 6jk9:A, 6jk9:B, 6jkf:A, 6jkf:B, 1o6i:A, 1o6i:B, 1ogg:A, 1ogg:B, 1ur8:A, 1ur8:B, 1ur9:A, 1ur9:B, 1w1p:A, 1w1p:B, 1w1t:A, 1w1t:B, 1w1v:A, 1w1v:B, 1w1y:A, 1w1y:B, 3wd1:A, 3wd2:A, 3wd3:A, 3wd4:A, 4z2g:A, 4z2h:A, 4z2i:A, 4z2j:A, 4z2k:A, 4z2l:A
19 1ffq:A 540 390 0.2934 0.2130 0.2949 2.33e-36 7fd6:A, 2wk2:A, 2wly:A, 2wlz:A, 2wm0:A, 1x6n:A
20 3arq:A 575 436 0.3061 0.2087 0.2752 1.93e-35 3arp:A, 3arr:A, 3art:A, 3aru:A, 3arv:A, 3arw:A, 3arx:A, 3ary:A, 3arz:A, 3as0:A, 3as1:A, 3as2:A, 3as3:A, 8hrf:A, 8hrf:B
21 6jav:A 377 386 0.2679 0.2785 0.2720 4.29e-30 6jaw:A, 6jax:A, 6jay:A
22 4r5e:A 343 340 0.2245 0.2566 0.2588 1.76e-28
23 6t9m:AAA 350 344 0.2500 0.2800 0.2849 1.35e-26
24 1e9l:A 372 368 0.2526 0.2661 0.2690 6.34e-25
25 6hm1:A 386 396 0.2755 0.2798 0.2727 2.63e-24
26 3wqv:A 383 376 0.2372 0.2428 0.2473 4.36e-23 3wqw:A
27 8hw8:A 326 276 0.1888 0.2270 0.2681 2.64e-18
28 1jne:A 400 276 0.1658 0.1625 0.2355 3.01e-08
29 3co4:A 311 293 0.1837 0.2315 0.2457 7.70e-07
30 4axn:A 316 187 0.1250 0.1551 0.2620 5.86e-04 4axn:B
31 4wiw:D 349 211 0.1250 0.1404 0.2322 0.003 4wiw:A, 4wiw:B, 4wiw:C, 4wiw:E, 4wiw:F
32 4hmd:A 528 194 0.1301 0.0966 0.2629 0.005 4mb4:A, 4mb5:A
33 5jh8:A 317 174 0.1097 0.1356 0.2471 0.086
34 5kz6:A 327 98 0.0791 0.0948 0.3163 0.29 3n13:A, 3n15:A, 3n17:A, 3n18:A, 3n1a:A
35 6ve1:C 268 144 0.0995 0.1455 0.2708 0.42 1c8y:A, 6ve1:B, 6ve1:D
36 7puk:A 425 158 0.1097 0.1012 0.2722 0.72 7puj:A, 7puk:C
37 6kpm:A 295 93 0.0587 0.0780 0.2473 1.2 6kpn:A, 6kpo:A
38 4rxm:A 291 99 0.0714 0.0962 0.2828 1.2 4rxm:B
39 3oix:A 310 144 0.0893 0.1129 0.2431 1.3 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
40 4ofj:A 465 75 0.0561 0.0473 0.2933 1.9 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
41 2zu8:A 373 39 0.0332 0.0349 0.3333 2.4 2zu8:B, 2zu9:B, 2zu9:A
42 7mkk:B 73 49 0.0383 0.2055 0.3061 3.5 7mkk:A, 7mkk:E, 7mkk:G
43 2r5w:B 345 47 0.0434 0.0493 0.3617 3.7 2qjt:B, 2qjt:A, 2r5w:A
44 4tx8:A 374 49 0.0383 0.0401 0.3061 8.0
45 6o8c:A 636 42 0.0332 0.0204 0.3095 8.8 4iwo:A, 4iwp:A, 4iwq:A, 6rsr:A, 6rst:A, 6rsu:A
46 6m20:B 478 123 0.0791 0.0649 0.2520 9.2 6m20:A, 6m20:C, 6m20:D, 6m2l:A, 6m2l:B, 6rw3:A, 6rw3:B, 6rw3:C, 6rw3:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218