Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GFKQDIATIRGDLRTYAQDIFLAFLNKYPDERRYFKNYVGKSDQELKSMAKFGDHTEKWFNLMMEVADRATDCVPLASDA
NTLVQMKQHSSLTTGNFEKLFVALVEYMRASGQSFDSQSWDRFGKNLVSALSSAGMK

The query sequence (length=137) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7acp:A 137 137 0.9562 0.9562 0.9562 1.59e-96 7acp:B, 7adf:A, 7adf:B, 7adq:A, 7adq:B, 7adx:A, 7adx:B, 5chq:A, 5chq:B, 5chr:A, 5chr:B, 6ch5:A, 6ch5:B, 6ch6:A, 6ch6:B, 6cke:A, 6cke:B, 6co5:A, 6co5:B, 6cre:A, 6cre:B, 8dog:A, 8dog:B, 8doh:A, 8doh:B, 8doi:A, 8doi:B, 8doj:A, 8doj:B, 3dr9:A, 3dr9:B, 4dwt:A, 4dwt:B, 4dwu:A, 4dwu:B, 8ejn:A, 8ejn:B, 1ew6:A, 1ew6:B, 1ewa:A, 1ewa:B, 4fh6:A, 4fh6:B, 4fh7:A, 4fh7:B, 4gzg:A, 4gzg:B, 4hsw:A, 4hsw:B, 4hsx:A, 4hsx:B, 6i6g:A, 6i6g:B, 6i7f:A, 6i7f:B, 4ilz:A, 4ilz:B, 3ixf:A, 3ixf:B, 4jac:A, 4jac:B, 7jor:A, 7jor:B, 4jyq:A, 4jyq:B, 5k1l:A, 5k1l:B, 3k3u:A, 3k3u:B, 7kcu:A, 7kcu:B, 7kfm:A, 7kfm:B, 4kjt:A, 4kjt:B, 4kmv:A, 4kmv:B, 4kmw:A, 4kmw:B, 4kn3:A, 4kn3:B, 3kun:A, 3kun:B, 3kuo:A, 3kuo:B, 3lb1:A, 3lb1:B, 3lb2:A, 3lb2:B, 3lb3:A, 3lb3:B, 3lb4:A, 3lb4:B, 5lk9:A, 5lk9:B, 5lkv:A, 5lkv:B, 5llz:A, 5llz:B, 7lzk:A, 7lzk:B, 7lzn:A, 7lzn:B, 7lzo:A, 7lzo:B, 7m0f:A, 7m0f:B, 7m0h:A, 7m0h:B, 7m1i:A, 7m1i:B, 7m1j:A, 7m1j:B, 7m1k:A, 7m1k:B, 7mnh:A, 7mnh:B, 3mou:A, 3mou:B, 3mym:A, 3mym:B, 3myn:A, 3myn:B, 3o7n:A, 3o7n:B, 3oj1:A, 3oj1:B, 3ok5:A, 3ok5:B, 6ong:A, 6ong:B, 6onk:A, 6onk:B, 6onr:A, 6onr:B, 6onx:A, 6onx:B, 6onz:A, 6onz:B, 6oo1:A, 6oo1:B, 6oo6:A, 6oo6:B, 6oo8:A, 6oo8:B, 3ord:A, 3ord:B, 2qfk:A, 2qfk:B, 2qfn:A, 2qfn:B, 7sjb:A, 7sjb:B, 7sjc:A, 7sjc:B, 7sjd:A, 7sjd:B, 7sje:A, 7sje:B, 7sjf:A, 7sjf:B, 7sjg:A, 7sjg:B, 7sjh:A, 7sjh:B, 7sji:A, 7sji:B, 7t9c:A, 7t9c:B, 7t9d:A, 7t9d:B, 7t9e:AAA, 7t9e:BBB, 5v5j:A, 5v5j:B, 5v5q:A, 5v5q:B, 5v5r:B, 5v5r:A, 6vd3:A, 6vd3:B, 6vd4:A, 6vd4:B, 6vd5:A, 6vd5:B, 6vd6:A, 6vd6:B, 6vdr:A, 6vdr:B, 6vds:A, 6vds:B, 6vdt:A, 6vdt:B, 6vdu:A, 6vdu:B, 6vdv:A, 6vdv:B, 6vdw:A, 6vdw:B, 6vdx:A, 6vdx:B, 6vdy:A, 6vdy:B, 8vkc:AAA, 8vkc:BBB, 8vkd:AAA, 8vkd:BBB, 5vlx:A, 5vlx:B, 8vsk:AAA, 8vsk:BBB, 5vts:A, 5vts:B, 5vtt:A, 5vtt:B, 8vzr:A, 8vzr:B
2 1dm1:A 146 124 0.2336 0.2192 0.2581 3.79e-04 2fal:A, 2fam:A, 1mba:A, 3mba:A, 4mba:A, 5mba:A
3 1x46:A 150 143 0.2409 0.2200 0.2308 0.002
4 3a5a:A 152 46 0.1241 0.1118 0.3696 0.007 3a5b:A, 3a5g:A, 3a9m:A, 3arj:A, 3ark:A, 3arl:A, 1x3k:A, 2zwj:A
5 1ith:A 141 100 0.1825 0.1773 0.2500 0.056 1ith:B
6 8oup:B 151 50 0.1022 0.0927 0.2800 0.070 8oup:A, 8oup:C, 8oup:D
7 1hlm:A 158 112 0.1898 0.1646 0.2321 0.14
8 6tmf:d 582 72 0.1606 0.0378 0.3056 1.0 3ozx:A, 3ozx:B
9 7t3n:A 452 34 0.0949 0.0288 0.3824 1.7
10 4zs9:B 378 43 0.1095 0.0397 0.3488 3.2 4zs9:A, 4zza:A, 4zza:B, 4zze:A, 4zze:B
11 3c4a:A 365 45 0.0949 0.0356 0.2889 3.2
12 4nf9:A 216 40 0.1022 0.0648 0.3500 5.5 4nf9:B
13 8ouw:K 656 43 0.1095 0.0229 0.3488 6.6
14 8xvg:L 3485 41 0.1022 0.0040 0.3415 6.7 8xvv:L
15 2atj:A 308 46 0.1095 0.0487 0.3261 9.4 1atj:A, 1atj:B, 1atj:C, 1atj:D, 1atj:E, 1atj:F, 2atj:B, 3atj:A, 3atj:B, 4atj:A, 4atj:B, 6atj:A, 7atj:A, 1gw2:A, 1gwo:A, 1gwt:A, 1gwu:A, 1gx2:A, 1gx2:B, 1h55:A, 1h57:A, 1h58:A, 1h5a:A, 1h5c:A, 1h5d:A, 1h5e:A, 1h5f:A, 1h5g:A, 1h5h:A, 1h5i:A, 1h5j:A, 1h5k:A, 1h5l:A, 1h5m:A, 1hch:A, 1kzm:A, 1w4w:A, 1w4y:A, 2ylj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218