Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GEGPELHLASQFVNEACRALVFGGCVEKSSVSRNPEVPFESSAYRISASARGKELRLILSPLPGAQPQQEPLALVFRFGM
SGSFQLVPREELPRHAHLRFYTAPPGPRLALCFVDIRRFGRWDLGGKWQPGRGPCVLQEYQQFRENVLRNLADKAFDRPI
CEALLDQRFFNGIGNYLRAEILYRLKIPPFEKARSVLEALQNPDLLELCHSVPKEVVQLGGRGYEEDFAAFRAWLRCYGM
PGMSSLQDRHGRTIWFQGDPGPLAP

The query sequence (length=265) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5itt:A 271 269 0.9962 0.9742 0.9814 0.0 8ftj:A, 5itr:A, 5itr:B, 5itr:C, 5itt:B, 5itt:C, 5itu:A, 5itu:B, 5itu:C, 5itx:A, 5itx:B, 5itx:E, 5ity:A, 5ity:B, 5ity:C, 6lwa:A, 6lwa:D, 6lwb:A, 6lwb:D, 6lwc:A, 6lwc:D, 6lwd:A, 6lwd:D, 6lwf:A, 6lwf:D, 6lwg:A, 6lwg:D, 6lwh:A, 6lwh:D, 6lwi:A, 6lwi:D, 6lwj:A, 6lwj:D, 6lwk:A, 6lwk:D, 6lwl:A, 6lwl:D, 6lwm:A, 6lwm:D, 6lwn:A, 6lwn:D, 6lwo:A, 6lwo:D, 6lwp:A, 6lwp:D, 6lwq:A, 6lwq:D, 6lwr:A, 6lwr:E
2 6lwn:G 237 263 0.8830 0.9873 0.8897 1.96e-158 6lwa:G, 6lwb:G, 6lwd:G, 6lwh:G, 6lwi:G, 6lwj:G, 6lwk:G, 6lwl:G, 6lwm:G, 6lwo:G, 6lwp:G, 6lwq:G
3 6lwg:G 205 264 0.7698 0.9951 0.7727 1.33e-126
4 1ee8:A 266 248 0.2868 0.2857 0.3065 3.37e-09 1ee8:B
5 3twm:A 261 234 0.2453 0.2490 0.2778 1.04e-07 3twm:B
6 4pd2:A 272 188 0.1887 0.1838 0.2660 1.52e-06 3c58:A, 4cis:A, 4cis:B, 6fl1:A, 6h0s:A, 1kfv:A, 1kfv:B, 1nnj:A, 4pcz:A, 4pdg:A, 4pdi:A, 1pji:A, 1pjj:A, 1pm5:A, 6rnm:A, 6rno:A, 6rnr:A, 6ro2:A, 6rok:A, 6rp0:A, 6rp7:A, 1tdz:A, 1xc8:A, 2xzf:A, 2xzu:A
7 6vji:A 255 143 0.1736 0.1804 0.3217 3.14e-05 8th9:A, 6vji:B
8 4mb7:A 273 87 0.1094 0.1062 0.3333 1.22e-04
9 3a46:A 288 119 0.1396 0.1285 0.3109 2.96e-04 3a46:B, 4nrw:A, 4nrw:B, 3vk7:A, 3vk7:B, 3vk8:A, 3vk8:B
10 1k82:A 260 177 0.1849 0.1885 0.2768 0.001 1k82:B, 1k82:C, 1k82:D
11 1q3b:A 259 64 0.0943 0.0965 0.3906 0.004 2ea0:A, 6fbu:A, 1k3w:A, 1k3x:A, 2opf:A, 2oq4:A, 2oq4:B, 1q39:A, 1q3c:A
12 7z5a:A 264 125 0.1283 0.1288 0.2720 0.005 3w0f:A
13 8b9n:A 239 40 0.0604 0.0669 0.4000 0.017 8b9n:C
14 8tjg:A 250 59 0.0830 0.0880 0.3729 0.035
15 6tc9:A 259 78 0.0792 0.0811 0.2692 0.31 6tc6:A, 6tc6:C, 6tc9:C
16 2f5q:A 273 182 0.1887 0.1832 0.2747 0.52 2f5p:A, 2f5s:A, 4g4q:A, 3gpy:A, 3gq4:A, 3jr4:A, 3jr5:A, 1l1t:A, 1l1z:A, 1l2b:A, 1l2c:A, 1l2d:A, 1r2y:A, 1r2z:A
17 8ro4:A 339 92 0.0906 0.0708 0.2609 1.5 8ro4:C, 8ro4:D, 8ro4:B, 8ro4:E, 8ro4:F
18 2rca:A 282 74 0.0943 0.0887 0.3378 2.5 2rca:B, 2rcb:A, 2rcb:B
19 4g4n:A 253 136 0.1321 0.1383 0.2574 2.5 2f5n:A, 2f5o:A, 4g4o:A, 4g4r:A, 3go8:A, 3gp1:A, 3gpp:A, 3gpu:A, 3gpx:A, 3gq3:A, 3gq5:A, 3sar:A, 3sas:A, 3sat:A, 3sau:A, 3sav:A, 3saw:A, 3sbj:A, 3u6c:A, 3u6d:A, 3u6e:A, 3u6l:A, 3u6m:A, 3u6o:A, 3u6p:A, 3u6q:A, 3u6s:A
20 1yfr:A 448 55 0.0642 0.0379 0.3091 6.7 1yfr:B, 1yfs:A, 1yfs:B, 1ygb:A
21 4ymx:A 224 45 0.0604 0.0714 0.3556 8.3 4ymx:B
22 6eri:BD 199 34 0.0528 0.0704 0.4118 8.6 5mmj:d, 5mmm:d, 4v61:AD, 5x8p:d, 5x8r:d

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218