Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLEEYSNT
RAYYFVKFKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKGSPAVTLLISEKISVDITLALESKSSWP
ASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENKEEKCCRKDCLKLMKYLLE
QLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKLENYFIPEFNLFSSNLIDK
RSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDE

The query sequence (length=343) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4lev:A 369 361 1.0000 0.9295 0.9501 0.0 7c0m:K, 7c0m:k, 6ct9:A, 6cta:A, 6edb:A, 6edc:A, 7ftf:A, 7ftg:A, 7ftg:B, 7fth:A, 7fti:A, 7ftj:A, 7ftk:A, 7ftk:B, 7ftl:A, 7ftm:A, 7ftn:A, 7fto:A, 7ftp:A, 7ftq:A, 7ftr:A, 7fts:A, 7ftt:A, 7ftt:B, 7ftu:A, 7ftv:A, 7ftw:A, 7ftx:A, 7fty:A, 7ftz:A, 7ftz:B, 7fu0:A, 7fu1:A, 7fu2:A, 7fu3:A, 7fu4:A, 7fu5:A, 7fu5:B, 7fu6:A, 7fu7:A, 7fu8:A, 7fu9:A, 7fua:A, 7fub:A, 7fuc:A, 7fud:A, 7fud:B, 7fue:A, 7fuf:A, 7fug:A, 7fuh:A, 7fui:A, 7fuj:A, 7fuk:A, 7ful:A, 7fum:A, 7fun:A, 7fuo:A, 7fup:A, 7fuq:A, 7fur:A, 8imf:B, 8img:A, 8img:B, 4km5:A, 4lev:B, 4lew:B, 4lew:A, 6lrc:B, 6lrc:A, 6lre:B, 6lrk:A, 6lrk:B, 6nao:A, 6nao:B, 6nfg:A, 6nfg:B, 6nfo:A, 6nfo:B, 6o47:A, 4o67:A, 4o67:B, 4o68:A, 4o69:A, 8okx:A, 8ol1:K, 5v8o:A, 5v8o:B, 5vdo:A, 5vdo:B, 5vdp:A, 5vdp:B, 5vdq:A, 5vdq:B, 5vdr:A, 5vdr:B, 5vds:B, 5vdt:A, 5vdt:B, 5vdu:A, 5vdu:B, 5vdv:A, 5vdv:B, 5vdw:A, 5vdw:B, 6y5d:K, 6y5d:L, 6y5e:K
2 5vds:A 342 350 0.9738 0.9766 0.9543 0.0 7fug:B, 8ime:B, 8imf:A, 6lre:A, 6lri:A, 6lri:B, 6lrj:A, 6lrj:B, 6lrl:A, 6mju:A, 6mjw:A, 6mjx:A, 4mkp:A, 8shz:A, 8si0:A, 8sj8:A
3 6lrl:B 316 342 0.9125 0.9905 0.9152 0.0 8ime:A
4 4jlz:A 363 362 0.7434 0.7025 0.7044 1.64e-173 4jlx:A, 4jlz:B, 4kb6:A
5 7buj:B 362 360 0.6939 0.6575 0.6611 1.58e-160 7a08:a, 7buj:A, 7bum:A, 7bum:B, 7buq:A, 7buq:B, 8eae:A, 8eae:C, 8ecc:A, 8ecc:C, 8g10:A, 8g10:C, 8g1j:A, 8g1j:C, 8g23:A, 8g23:C, 8g2p:A, 8g2p:C, 8g2q:A, 8g2q:C, 8gim:A, 8gim:C, 8gin:A, 8gin:C, 8gio:A, 8gio:C, 8gip:A, 8gip:C, 8gir:A, 8gir:C, 8gis:A, 8gis:C, 8git:A, 8git:C, 7jo9:K, 7joa:K, 4k8v:C, 4k8v:A, 4k8v:B, 4k8v:D, 4k96:A, 4k96:B, 4k97:A, 4k98:A, 4k99:A, 4k9a:A, 4k9b:A, 7kxs:A, 7kxs:B, 4ley:A, 4ley:C, 4ley:B, 4ley:D, 4lez:A, 4lez:C, 7lz3:A, 5n6i:A, 5n6i:B, 5n6i:C, 5n6i:D, 5n6i:E, 5n6i:F, 4o6a:A, 4o6a:B, 8shk:C, 8shu:C, 8shy:C, 8sj0:A, 8sj0:C, 8sj1:A, 8sj1:C, 8sj2:A, 8sj2:C, 8skt:A, 8skt:C, 7utt:A, 7utt:C, 7uux:A, 7uux:C, 7uxw:A, 7uxw:C, 7uyq:A, 7uyq:C, 7uyz:A, 7uyz:C, 7uzr:A, 7uzr:C, 7v0c:A, 7v0c:C, 7v0r:A, 7v0r:C, 7v0w:A, 7v0w:C, 6x59:K, 6xjd:K, 6xjd:L, 5xzb:A, 5xze:A, 5xzg:A
6 7lz3:B 339 344 0.6501 0.6578 0.6483 2.98e-149
7 5eom:C 353 221 0.1603 0.1558 0.2489 1.89e-16 5eom:A, 5eom:B, 5eom:D, 5eom:E, 5eom:F, 5eom:G, 5eom:H, 5eom:I
8 5eom:J 286 222 0.1458 0.1748 0.2252 6.41e-10
9 7lt2:A 387 318 0.2187 0.1938 0.2358 1.89e-06
10 8a22:AA 50 30 0.0350 0.2400 0.4000 0.42 8apn:AA, 8apo:AA
11 5fkv:A 1145 72 0.0612 0.0183 0.2917 1.6 5fkw:A, 4jom:A, 5m1s:A
12 6aay:A 1199 107 0.0729 0.0209 0.2336 1.6
13 7pkt:z 53 20 0.0262 0.1698 0.4500 2.7
14 4un1:B 159 50 0.0496 0.1069 0.3400 4.6 4un1:D
15 6m7y:A 952 96 0.0787 0.0284 0.2812 6.6 6m7y:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218