Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GAPATVTEQGEDITSKKDRGVLKIVKRVGNGEETPMIGDKVYVHYKGKLSNSKKFDSSHDRNEPFVFSLGKGQVIKAWDI
GVATMKKGEIAHLLIKPEYAYGSAGSLPKIPSNATLFFEIELLDFKG

The query sequence (length=127) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5njx:A 413 124 0.9449 0.2906 0.9677 2.34e-83 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
2 5njx:A 413 123 0.2913 0.0896 0.3008 4.41e-07 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
3 4lax:A 237 118 0.6142 0.3291 0.6610 9.72e-53 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
4 4lax:A 237 122 0.3071 0.1646 0.3197 6.15e-10 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
5 6mke:A 117 110 0.4567 0.4957 0.5273 6.45e-36 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
6 6tz8:C 111 95 0.4016 0.4595 0.5368 3.45e-32 6tz8:F
7 7u0s:A 124 104 0.4409 0.4516 0.5385 6.59e-32 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
8 3pa7:A 124 119 0.4488 0.4597 0.4790 3.35e-31 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
9 4qt3:A 125 119 0.4646 0.4720 0.4958 3.95e-29 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
10 8p3c:B 126 87 0.3858 0.3889 0.5632 4.38e-29
11 4nnr:A 102 86 0.3780 0.4706 0.5581 9.26e-29 4nnr:B
12 8xi9:A 201 98 0.3937 0.2488 0.5102 3.91e-28 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
13 1c9h:A 107 98 0.3780 0.4486 0.4898 8.39e-28 5hkg:A
14 6vrx:A 108 101 0.4016 0.4722 0.5050 1.02e-27 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
15 5hua:A 113 95 0.3858 0.4336 0.5158 2.20e-27 1yat:A
16 4giv:A 192 96 0.4016 0.2656 0.5312 7.02e-27 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
17 5hw8:B 122 101 0.3622 0.3770 0.4554 6.80e-22 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
18 5b8i:C 119 112 0.3622 0.3866 0.4107 4.09e-19
19 1q6i:A 210 107 0.3937 0.2381 0.4673 4.67e-19 1q6i:B
20 5d75:A 120 111 0.3543 0.3750 0.4054 4.89e-19 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
21 7f2j:A 117 90 0.3150 0.3419 0.4444 3.57e-17 7f2j:B, 6j2m:A
22 8bk4:A 163 98 0.2913 0.2270 0.3776 2.99e-16 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
23 8z38:B 113 96 0.2992 0.3363 0.3958 2.13e-14 8z38:A
24 4msp:A 189 92 0.2913 0.1958 0.4022 1.03e-12 4msp:B
25 5mgx:G 266 93 0.2677 0.1278 0.3656 2.97e-11 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 8bjd:A 208 98 0.2520 0.1538 0.3265 5.37e-07 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
27 1qz2:A 285 119 0.2913 0.1298 0.3109 1.94e-06 1qz2:B
28 5u9j:A 152 75 0.1496 0.1250 0.2533 0.40 5u9i:A, 5u9j:B, 5v35:A
29 7ml1:X 156 49 0.1181 0.0962 0.3061 2.0
30 7ufs:A 1040 69 0.1417 0.0173 0.2609 3.4 7ufs:B, 7ufs:C, 7ufs:D
31 5a2q:g 314 35 0.0709 0.0287 0.2571 4.4 7a01:a3, 7a09:V, 5aj0:Bg, 9bdl:ARAC, 9bdn:ARAC, 9bdp:ARAC, 8bhf:h3, 9bkd:c, 9bln:c, 8btk:AF, 7cpu:Sg, 7cpv:Sg, 4d5l:g, 4d61:g, 6d90:hh, 6d9j:hh, 9f1b:AF, 9f1c:AF, 9f1d:AF, 6fec:m, 5flx:g, 6g18:g, 6g51:g, 6g53:g, 6g5h:g, 6g5i:g, 8g5y:Sg, 8g5z:Sg, 8g60:Sg, 8g61:Sg, 8g6j:Sg, 8glp:Sg, 6gz3:Bg, 6gz4:Bg, 6gz5:Bg, 6hcf:h1, 6hcj:h2, 6hcm:h1, 6hcq:h2, 8ifd:3F, 8ife:3F, 6ip5:3F, 6ip6:3F, 6ip8:3F, 3j7p:Sg, 3j7r:Sg, 3jag:gg, 3jah:gg, 3jai:gg, 3jaj:Sg, 3jan:Sg, 8jdj:AR, 8jdk:AR, 8jdl:AR, 8jdm:AR, 7jqb:h, 7jqc:h, 5k0y:m, 8k2c:Sg, 7k5i:g, 4kzx:g, 4kzy:g, 4kzz:g, 5lks:Sg, 7ls1:I3, 7ls2:I3, 5lzs:gg, 5lzt:gg, 5lzu:gg, 5lzv:gg, 5lzw:gg, 5lzx:gg, 5lzy:gg, 5lzz:gg, 7mdz:gg, 6mtb:gg, 6mtc:gg, 6mtd:gg, 6mte:gg, 7nwg:h2, 7nwh:gg, 7nwi:gg, 7o7y:AF, 7o7z:AF, 7o80:AF, 7o81:AF, 5oa3:g, 6ole:Sg, 6olf:Sg, 6olg:Bg, 6oli:Sg, 6olz:Bg, 6om0:Sg, 6om7:Sg, 7oya:g2, 7oyb:g2, 7oyc:g2, 7oyd:Gg, 8oz0:k, 8p03:g, 8p09:g, 8p2k:AF, 6p4g:h, 6p4h:h, 6p5i:h, 6p5j:h, 6p5k:h, 6p5n:h, 8pj1:c, 8pj2:c, 8pj3:c, 8pj4:c, 8pj5:c, 8pj6:c, 8ppk:g, 8ppl:Ag, 8q7z:AF, 8q87:AF, 7qgg:Sg, 8qoi:Sg, 7qp6:c, 7qp7:c, 7qvp:Sg, 6qzp:Sg, 7r4x:g, 6r5q:6, 6r6g:6, 6r6p:6, 6r7q:6, 8scb:gg, 6sgc:h1, 7syg:h, 7syh:h, 7syi:h, 7syj:h, 7syk:h, 7syl:h, 7sym:h, 7syn:h, 7syo:h, 7syp:h, 7syq:h, 7syr:h, 7sys:h, 7syt:h, 7syu:h, 7syv:h, 7syw:h, 7syx:h, 5t2c:AI, 8t4s:g, 7toq:ARAC, 7tor:ARAC, 7tql:j, 7ucj:Gg, 7uck:Gg, 4ug0:Sg, 4ujc:Cg, 4ujd:Cg, 4uje:Bg, 4v5z:Aa, 4v6x:Ag, 5vyc:g1, 5vyc:g2, 5vyc:g3, 5vyc:g4, 5vyc:g5, 5vyc:g6, 6w2s:h, 6w2t:h, 6xa1:Sg, 7xnx:Sg, 7xny:Sg, 8xsx:Sg, 8xsy:Sg, 8xsz:Sg, 8xxl:Sg, 8xxm:Sg, 8xxn:Sg, 6y0g:Sg, 8y0w:Sg, 8y0x:Sg, 6y2l:Sg, 6yal:g, 6yam:g, 6yan:g, 6ybs:c, 8yoo:Sg, 8yop:Sg, 6z6l:Sg, 6z6m:Sg, 6z6n:Sg, 7zjw:SG, 7zjx:SG, 6zlw:j, 6zm7:Sg, 6zme:Sg, 6zmi:Sg, 6zmo:Sg, 6zmt:j, 6zmw:c, 6zn5:j, 6zoj:g, 6zol:g, 6zon:V, 6zp4:V, 6zuo:g, 6zv6:g, 6zvh:g, 6zvj:V, 6zvk:a3, 6zxd:g, 6zxe:g, 6zxf:g, 6zxg:g, 6zxh:g
32 5sy1:A 582 27 0.1102 0.0241 0.5185 6.4 5sy1:B
33 8wt1:C 651 69 0.1496 0.0292 0.2754 6.6 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
34 3mkh:A 426 43 0.0945 0.0282 0.2791 6.7 3mkh:B, 3mkh:C, 3mkh:D
35 7bkb:B 296 43 0.1102 0.0473 0.3256 6.8 7bkb:b, 7bkc:B, 7bkc:b, 7bkd:B, 7bkd:b, 7bke:B, 7bke:b
36 7olc:A 312 49 0.0866 0.0353 0.2245 8.8 7old:A, 8oo0:A, 7r81:h2, 7z3n:A, 7z3o:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218