Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GAPATVTEQGEDITSKKDRGVLKIVKRVGNGEETPMIGDKVYVHYKGKLSNGKKFDSSHDRNEPFVFSLGKGQVIKAWDI
GVATMKKGEICHLLCKPEYAYGSAGSLPKIPSNATLFFEIELLDFKG

The query sequence (length=127) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5njx:A 413 124 0.9685 0.2978 0.9919 5.17e-86 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
2 5njx:A 413 123 0.3071 0.0944 0.3171 2.31e-08 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
3 4lax:A 237 118 0.6378 0.3418 0.6864 2.64e-56 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
4 4lax:A 237 122 0.3071 0.1646 0.3197 1.60e-09 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
5 6mke:A 117 114 0.4646 0.5043 0.5175 3.50e-36 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
6 6tz8:C 111 95 0.4094 0.4685 0.5474 1.67e-33 6tz8:F
7 3pa7:A 124 119 0.4646 0.4758 0.4958 3.17e-32 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
8 7u0s:A 124 104 0.4331 0.4435 0.5288 1.34e-31 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
9 4qt3:A 125 122 0.4724 0.4800 0.4918 5.61e-30 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
10 1c9h:A 107 98 0.3858 0.4579 0.5000 3.55e-29 5hkg:A
11 6vrx:A 108 101 0.4094 0.4815 0.5149 5.17e-29 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
12 8p3c:B 126 87 0.3858 0.3889 0.5632 5.39e-29
13 4nnr:A 102 86 0.3780 0.4706 0.5581 4.56e-28 4nnr:B
14 8xi9:A 201 98 0.3858 0.2438 0.5000 1.86e-27 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
15 4giv:A 192 96 0.4016 0.2656 0.5312 6.72e-27 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
16 5hua:A 113 95 0.3780 0.4248 0.5053 1.10e-26 1yat:A
17 5hw8:B 122 101 0.3543 0.3689 0.4455 3.73e-21 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
18 1q6i:A 210 107 0.3937 0.2381 0.4673 2.55e-19 1q6i:B
19 5d75:A 120 111 0.3465 0.3667 0.3964 1.62e-18 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
20 5b8i:C 119 112 0.3543 0.3782 0.4018 3.27e-18
21 7f2j:A 117 90 0.3150 0.3419 0.4444 2.94e-17 7f2j:B, 6j2m:A
22 8bk4:A 163 98 0.2913 0.2270 0.3776 1.93e-16 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
23 8z38:B 113 96 0.2835 0.3186 0.3750 2.29e-13 8z38:A
24 4msp:A 189 92 0.2913 0.1958 0.4022 1.70e-12 4msp:B
25 5mgx:G 266 93 0.2677 0.1278 0.3656 2.74e-11 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 8bjd:A 208 98 0.2598 0.1587 0.3367 7.60e-08 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
27 1qz2:A 285 119 0.2913 0.1298 0.3109 5.06e-06 1qz2:B
28 7v9a:I 134 92 0.2205 0.2090 0.3043 0.27 7bgb:I, 8oue:I, 8ouf:I, 7trc:I
29 7ml1:X 156 49 0.1181 0.0962 0.3061 1.4
30 5xwd:A 611 15 0.0630 0.0131 0.5333 4.0
31 8squ:A 372 91 0.1496 0.0511 0.2088 5.8
32 5sy1:A 582 27 0.1102 0.0241 0.5185 6.4 5sy1:B
33 7bkb:B 296 43 0.1102 0.0473 0.3256 9.1 7bkb:b, 7bkc:B, 7bkc:b, 7bkd:B, 7bkd:b, 7bke:B, 7bke:b
34 7ufs:A 1040 69 0.1339 0.0163 0.2464 9.7 7ufs:B, 7ufs:C, 7ufs:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218