Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWK
TAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIY
DDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNIS
ALTQTEIKDIILG

The query sequence (length=253) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5gan:A 2196 251 0.9881 0.1138 0.9960 4.40e-168 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
2 7dco:A 2205 251 0.9881 0.1134 0.9960 7.72e-168 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
3 6j6g:A 1913 248 0.9763 0.1291 0.9960 2.65e-166 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
4 5lqw:A 2130 247 0.9644 0.1146 0.9879 9.44e-164
5 5nrl:A 2216 251 0.9723 0.1110 0.9801 1.06e-162 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
6 8h6k:5B 2253 251 0.6877 0.0772 0.6932 7.46e-121 8h6l:5B, 8i0u:A, 8i0v:A, 8q7n:A, 8qo9:A, 8qpe:A, 7qtt:a, 8qzs:A
7 5z56:A 2232 251 0.6877 0.0780 0.6932 8.67e-121 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
8 8c6j:A 2261 251 0.6877 0.0770 0.6932 9.16e-121 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
9 8y6o:C 2227 251 0.6877 0.0781 0.6932 1.11e-120 8h6e:5B, 8h6j:5B, 8qp9:A, 6qw6:5A, 6qx9:5A, 8qxd:A, 8r08:A
10 7abg:A 2174 245 0.6719 0.0782 0.6939 1.05e-117 7abi:A, 8q91:A, 8rc0:A
11 8ro0:A 2231 250 0.6561 0.0744 0.6640 2.97e-116 8ro1:A
12 3jb9:A 1964 244 0.6482 0.0835 0.6721 1.79e-115
13 8i0p:A 2149 235 0.6561 0.0772 0.7064 3.52e-115 8q7q:A, 8q7v:A, 8q7w:A
14 4ohf:B 458 93 0.0909 0.0502 0.2473 0.40 4ohf:A, 4ohf:C, 4ohf:D
15 6zyw:C 4433 166 0.1621 0.0092 0.2470 1.0
16 8bwy:C 4264 166 0.1621 0.0096 0.2470 1.1
17 7moq:C 4159 166 0.1621 0.0099 0.2470 1.1 6zyy:C
18 2lau:A 81 20 0.0356 0.1111 0.4500 4.4
19 3l2k:A 352 27 0.0395 0.0284 0.3704 7.9 3l2k:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218