Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
GAMDYSLVKALQTAQQNFVISDPSIPDNPIVYASQGFLTLTGYALSEVLGRNCRFLQGPETDPKAVEKVRKGLERGEDTT
VVLLNYRKDGSTFWNQLFIAALRDGEGNVVNYLGVQCKVSEDYAKAFLKNEENEK

The query sequence (length=135) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6i21:A 135 135 1.0000 1.0000 1.0000 7.77e-99 6i20:A, 6i20:B, 6i20:C, 6i20:D, 6i22:A, 6i22:B, 6i22:C, 6i22:D, 6i23:A, 6i23:B, 6i24:A, 6i25:A
2 6t74:B 141 129 0.6815 0.6525 0.7132 3.93e-71 5a8b:A, 5a8b:B, 5a8b:C, 5a8b:D, 5dkk:A, 5dkk:B, 5dkl:A, 5dkl:B, 6t73:A, 6t73:B, 6t73:C, 6t74:A
3 3ue6:E 138 130 0.7037 0.6884 0.7308 1.64e-70 3ue6:A, 3ue6:B, 3ue6:C, 3ue6:D, 3ue6:F, 3ulf:A, 3ulf:B, 3ulf:C, 3ulf:D, 3ulf:E, 3ulf:F
4 2z6d:A 118 115 0.4296 0.4915 0.5043 1.52e-40 2z6d:B
5 4hhd:A 152 110 0.4074 0.3618 0.5000 2.25e-38 4hhd:B
6 2z6c:A 121 115 0.4296 0.4793 0.5043 2.74e-38 2z6c:B
7 8qi8:A 110 106 0.4000 0.4909 0.5094 3.36e-38 1n9l:A, 1n9n:A, 1n9o:A, 8qi9:A, 8qia:A, 8qib:A, 8qif:A, 8qig:A, 8qih:A, 8qii:A, 8qik:A, 8qil:A, 8qim:A, 8qin:A, 8qio:A, 8qip:A, 8qiq:A, 8qir:A, 8qis:A, 8qit:A, 8qiu:A, 8qiv:A, 8qiw:A
8 6gb3:A 120 106 0.4370 0.4917 0.5566 9.85e-38 6gay:A, 6gay:B, 6gba:A, 6gbv:A, 4kuk:A, 4kuo:A, 7zqu:A
9 2wkp:A 320 120 0.4222 0.1781 0.4750 2.36e-36 6agp:A, 7ajk:BBB, 6bc1:A, 6bc1:B, 2c2h:A, 2c2h:B, 1ds6:A, 1e96:A, 2fju:A, 2g0n:A, 2g0n:B, 1g4u:R, 4gzl:A, 4gzl:B, 4gzm:A, 4gzm:B, 2h7v:A, 2h7v:B, 1he1:C, 1he1:D, 1hh4:A, 1hh4:B, 1i4d:D, 1i4l:D, 1i4t:D, 2ic5:A, 2ic5:B, 1mh1:A, 5n6o:A, 5n6o:B, 5o33:A, 2ov2:A, 2ov2:F, 2ov2:B, 2ov2:C, 2ov2:G, 2ov2:D, 2ov2:E, 2ov2:H, 2p2l:A, 2p2l:B, 2p2l:C, 8q0n:C, 2qme:A, 5qqd:A, 5qqe:A, 5qqf:A, 5qqg:A, 5qqh:A, 5qqi:A, 5qqj:A, 5qqk:A, 5qql:A, 5qqm:A, 5qqn:A, 2rmk:A, 1ryf:A, 1ryf:B, 1ryh:A, 1ryh:B, 3ryt:C, 3sbd:A, 3sbd:B, 3sbe:A, 3su8:A, 3sua:A, 3sua:B, 3sua:C, 3th5:A, 3th5:B, 7usd:F, 7use:F, 7use:G, 2w2t:A, 2w2v:A, 2w2v:B, 2w2v:C, 2w2v:D, 2w2x:A, 2w2x:B, 8wej:E, 2wkq:A, 2wkr:A
10 7tbq:A 375 115 0.4148 0.1493 0.4870 9.25e-36 7tal:A, 7tbn:A, 7tbq:B, 7tbq:C, 7tbq:D, 7tbq:E
11 7qf2:AAA 117 103 0.3852 0.4444 0.5049 2.10e-35 8a2v:A, 8a2w:A, 8a2w:B, 8a4e:A, 4eep:A, 4eer:A, 4ees:A, 4eet:B, 6gpu:A, 6gpv:A, 8q5f:A, 8q5f:B, 7qf3:AAA, 7qf4:AAA, 7qf5:AAA, 6qqh:A, 6qqi:A, 6qqj:A, 6qqk:A, 6qsa:A, 6s45:A, 6s46:A
12 4eeu:A 109 103 0.3778 0.4679 0.4951 4.63e-35 7aby:A, 4eet:D, 4nxb:A, 4nxb:B, 4nxe:A, 4nxe:B, 4nxf:A, 4nxf:B, 4nxg:A, 4nxg:B
13 5hzh:A 320 117 0.4074 0.1719 0.4701 2.34e-34
14 5hzi:A 476 119 0.4148 0.1176 0.4706 2.79e-34 5djt:A, 5dju:A, 5dju:C, 5efw:A, 5hzi:B, 5hzj:A, 5hzj:B, 5hzk:B, 5hzk:D, 7pgx:AAA, 7pgy:AAA, 7pgz:AAA, 7ph0:AAA, 2v0u:A, 2v0w:A, 2v1a:A, 2v1b:A
15 1g28:A 104 101 0.3852 0.5000 0.5149 2.22e-33 1g28:B, 1g28:C, 1g28:D, 1jnu:A, 1jnu:B, 1jnu:C, 1jnu:D
16 7tcd:A 436 111 0.4000 0.1239 0.4865 7.44e-33 4wf0:A, 4wf0:B
17 8pm1:A 109 97 0.3630 0.4495 0.5052 1.02e-31 7ab6:A, 7ab6:B, 7ab7:A, 7ab7:B, 8pky:A, 8pky:B, 8pm1:B, 6rhf:A, 6rhf:B, 6rhg:A, 6rhg:B, 6y7r:A, 6y7r:B, 6y7u:A, 6y7u:B, 6ywg:A, 6ywg:B, 6ywh:A, 6ywh:B, 6ywi:A, 6ywi:B, 6ywq:A, 6ywq:B, 6ywr:B, 6ywr:A, 6yx4:A, 6yx4:B, 6yx6:A, 6yx6:B, 6yxb:A, 6yxb:B, 6yxb:C, 6yxb:D, 6yxc:A, 6yxc:B
18 2mwg:A 261 113 0.3704 0.1916 0.4425 4.33e-31 2mwg:B, 2pr5:A, 2pr5:B, 2pr6:A, 2pr6:B
19 8j68:A 129 112 0.3556 0.3721 0.4286 7.07e-31 8i11:A, 8il9:A, 8iyn:A
20 4gcz:B 378 113 0.3778 0.1349 0.4513 9.07e-31 4gcz:A
21 6hmj:A 359 115 0.3556 0.1337 0.4174 1.00e-30 6hmj:B, 6hmj:C, 6hmj:D
22 8a5r:AAA 206 104 0.3185 0.2087 0.4135 1.56e-26 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
23 8c05:A 305 129 0.3704 0.1639 0.3876 2.28e-26
24 6ph4:B 460 107 0.3111 0.0913 0.3925 3.47e-26 5epv:A, 5epv:B, 5epv:C, 5epv:D, 6ph2:A, 6ph2:B, 6ph2:C, 6ph2:D, 6ph3:A, 6ph3:B, 6ph3:C, 6ph3:D, 6ph4:A, 6pps:A, 6pps:B, 6pps:C, 6pps:D, 3t50:A, 3t50:B
25 4r3a:A 318 105 0.3111 0.1321 0.4000 5.66e-25 4r38:A, 4r38:B, 4r38:C, 4r38:D, 4r39:A, 4r39:B, 4r39:C, 4r39:D
26 7oo9:A 106 95 0.3259 0.4151 0.4632 6.58e-25 7oo9:B
27 7wa4:B 107 100 0.3407 0.4299 0.4600 1.41e-23
28 4r3a:B 278 86 0.2889 0.1403 0.4535 4.70e-23
29 5svu:B 135 130 0.3407 0.3407 0.3538 1.58e-22 5svg:B, 5svg:A, 5svg:C, 5svg:D, 5svu:A, 5svu:C, 5svu:D, 5svv:D, 5svv:A, 5svv:B, 5svv:C, 5svw:B, 5svw:A, 5svw:C, 5svw:D, 6wle:B, 6wle:A, 6wle:C, 6wle:D, 6wle:E, 6wle:F, 6wle:G, 6wlp:B, 6wlp:A, 6wlp:C, 6wlp:D, 6wlp:E, 6wlp:F, 6wlp:G
30 7r5n:B 151 116 0.3111 0.2781 0.3621 3.38e-22 7r5n:A
31 3hjk:A 150 112 0.3333 0.3000 0.4018 4.00e-22 6cny:A, 6cny:B, 6cny:C, 6cny:D, 3d72:A, 3d72:B, 3hji:A, 3hji:B, 3hjk:B, 3is2:A, 3is2:B, 2pd7:A, 2pd7:B, 2pd8:A, 2pd8:B, 2pdr:A, 2pdr:B, 2pdr:C, 2pdr:D, 3rh8:B, 3rh8:D
32 7yx0:A 166 103 0.2889 0.2349 0.3786 1.14e-20 7yx0:C
33 4wuj:C 145 92 0.2889 0.2690 0.4239 2.09e-20 4wuj:A, 4wuj:B, 4wuj:D
34 7r56:A 137 114 0.2889 0.2847 0.3421 5.03e-20 8a33:A, 8a36:A, 8a36:B, 8a36:C, 8a36:D, 8a37:A, 6gg9:A, 6gg9:B, 6gg9:C, 6gg9:D, 5j3w:A, 5j3w:B, 5j3w:C, 5j3w:D, 5j4e:A, 5j4e:B, 5j4e:C, 5j4e:D, 8q5e:A, 8q5e:B, 7r4s:A, 7r4s:B, 7r4s:C, 7r4s:D, 3sw1:A, 3sw1:B
35 7a6p:A 149 103 0.2593 0.2349 0.3398 1.72e-19 7a6p:B
36 8a6x:B 368 104 0.2667 0.0978 0.3462 2.22e-18 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
37 4hj6:B 178 82 0.2444 0.1854 0.4024 3.20e-15 4hia:A, 4hia:B, 4hj3:A, 4hj3:B, 4hj4:A, 4hj4:B, 4hj6:A, 4hnb:A, 4hnb:B, 7ob0:A, 7ob0:B, 7ob0:C, 7ob0:D, 7obz:A, 7obz:B, 7obz:C, 7obz:D, 7obz:E, 7obz:F
38 7yid:A 660 104 0.2444 0.0500 0.3173 3.77e-14 7yid:B, 7yid:C, 7yid:D
39 2gj3:A 119 93 0.2444 0.2773 0.3548 1.73e-09 2gj3:B
40 8dik:A 127 94 0.1778 0.1890 0.2553 1.25e-06 8dik:B
41 3ewk:A 227 91 0.1556 0.0925 0.2308 6.70e-05
42 3ewk:A 227 93 0.1630 0.0969 0.2366 9.06e-05
43 1d06:A 130 97 0.2296 0.2385 0.3196 7.66e-04 1ew0:A
44 4p0d:A 471 57 0.1556 0.0446 0.3684 0.10
45 1s66:L 119 74 0.1704 0.1933 0.3108 0.16 1s66:U, 1s67:L, 1s67:U, 1v9y:A, 1v9y:B, 1v9z:A, 1v9z:B, 1vb6:A, 1vb6:B
46 1e6y:A 568 40 0.0963 0.0229 0.3250 0.35 1e6y:D, 8gf5:A, 8gf5:B
47 6pl0:B 608 84 0.1333 0.0296 0.2143 0.47 5akp:A, 5akp:B, 7l59:A, 6ndo:A, 6ndo:B, 6ndp:A, 6ndp:B, 6pl0:A, 5uyr:A, 5uyr:B
48 2bt1:A 254 93 0.1926 0.1024 0.2796 0.54 2bsy:A, 2we0:A, 2we1:A, 2we2:A, 2we3:A
49 1avc:A 642 32 0.0889 0.0187 0.3750 0.78
50 1m9i:A 664 31 0.0889 0.0181 0.3871 0.82
51 5yw5:A 178 46 0.1333 0.1011 0.3913 0.86 5yw5:B, 5yw5:C, 5yw5:D
52 1bih:A 391 51 0.1259 0.0435 0.3333 1.8 1bih:B
53 4ibp:A 205 49 0.0963 0.0634 0.2653 4.0 4id0:B, 4iji:A, 4iji:B, 4iji:C, 4iji:D, 4iji:E, 4iji:G
54 4f0l:B 449 46 0.1333 0.0401 0.3913 6.5 4f0l:A
55 7oyl:A 557 41 0.0963 0.0233 0.3171 6.6
56 4ntd:A 318 56 0.1333 0.0566 0.3214 8.6
57 7aor:ad 801 34 0.1111 0.0187 0.4412 8.9
58 4zpk:B 321 110 0.2222 0.0935 0.2727 8.9 8ck3:A, 8ck4:A, 8ck8:A, 6czw:A, 6d09:A, 6d0b:A, 6e3s:B, 6e3t:B, 6e3u:B, 3f1o:A, 4ghi:A, 4gs9:A, 3h7w:A, 3h82:A, 5tbm:A, 5ufp:A, 7w80:B, 6x21:A, 6x28:A, 6x2h:A, 6x37:A, 6x3d:A, 4xt2:C, 4zqd:B
59 7ane:ad 694 34 0.1037 0.0202 0.4118 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218