Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FTVSTTEDLQRYRTECVSSLNIPADYVEKFKKWEFPEDDTTMCYIKCVFNKMQLFDDTEGPLVDNLVHQLAHGRDAEEVR
TEVLKCVDKNTDNNACHWAFRGFKCFQKNNLSLIKASIKKD

The query sequence (length=121) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6nbn:A 123 121 1.0000 0.9837 1.0000 1.77e-89 6ogh:A, 6oii:A, 6oii:B, 6opb:E, 6opb:F, 6opb:I
2 3r72:A 122 101 0.2066 0.2049 0.2475 5.88e-05
3 3l4l:A 119 84 0.1736 0.1765 0.2500 7.52e-05 3qme:A
4 7tx8:A 295 92 0.2149 0.0881 0.2826 2.75e-04 7tx8:B, 7tx8:C, 7tx8:D
5 6mt7:A 230 48 0.1240 0.0652 0.3125 0.002 6mt7:B, 6mtf:A, 6mtf:B
6 3k1e:B 116 104 0.1818 0.1897 0.2115 0.020
7 5el2:A 125 51 0.1157 0.1120 0.2745 0.021 5el2:B, 4fqt:A, 4fqt:B, 3n7h:A, 3n7h:B, 3ogn:A, 3ogn:B
8 3nhi:A 295 35 0.1074 0.0441 0.3714 0.099 3nht:A
9 6v4c:A 294 31 0.0992 0.0408 0.3871 0.16
10 1ooh:A 126 110 0.2231 0.2143 0.2455 0.34 3b6x:A, 3b6x:B, 3b7a:A, 3b86:A, 3b86:B, 2gte:A, 2gte:B, 1oog:A, 1oog:B, 1ooh:B
11 3r1v:A 124 81 0.1570 0.1532 0.2346 0.45 3r1v:B
12 4bqf:B 827 52 0.1488 0.0218 0.3462 0.81 4bqe:A, 4bqe:B, 4bqf:A, 4bqi:A, 4bqi:B
13 3d73:A 119 97 0.1570 0.1597 0.1959 0.87 3bfa:A, 3bfb:A, 3bjh:A, 3cyz:A, 3cyz:B, 3cz0:A, 3cz0:B, 3cz1:A, 3cz1:B, 3d73:B, 3d74:A, 3d74:B, 3d75:A, 3d76:A, 3d77:A, 3d78:A, 3d78:B
14 7yyp:A 597 45 0.1157 0.0235 0.3111 1.3 7yzn:A, 7zag:7, 7zah:7, 7zki:7
15 4hcy:A 352 40 0.1240 0.0426 0.3750 2.2 4hcy:B, 4hcy:C, 4hcy:D, 4hcy:E, 4hcy:F
16 5v13:A 268 46 0.1322 0.0597 0.3478 3.1 5v13:B, 5v13:C
17 5yqz:R 558 43 0.0826 0.0179 0.2326 5.4 5xez:A, 5xf1:A
18 8ddr:A 968 53 0.1074 0.0134 0.2453 6.1 8ddq:A, 8ddq:B, 8ddq:C, 8ddq:D, 8ddr:B, 8ddr:C, 8ddr:D, 8dds:A, 8dds:B, 8dds:C, 8dds:D, 8ddt:A, 8ddt:B, 8ddt:C, 8ddt:D, 8ddu:A, 8ddu:B, 8ddu:C, 8ddu:D, 8ddv:A, 8ddv:B, 8ddv:C, 8ddv:D, 8ddx:A, 8ddx:B, 8ddx:C, 8ed7:A, 8ed7:B, 8ed7:C, 8ed7:D, 8ed8:A, 8ed8:B, 8ed8:C, 8ed8:D, 8ed9:A, 8ed9:B, 8ed9:C, 8ed9:D
19 8ddx:D 992 53 0.1074 0.0131 0.2453 6.1
20 6a73:A 290 43 0.0826 0.0345 0.2326 6.5 6a73:B
21 7mwz:B 352 43 0.0826 0.0284 0.2326 6.9 7mwz:A, 7mwz:C
22 8ddw:A 695 53 0.1074 0.0187 0.2453 6.9 8ddw:B, 8ddw:C
23 8ddw:D 719 53 0.1074 0.0181 0.2453 7.1
24 2qb0:B 241 43 0.0826 0.0415 0.2326 7.3 2qb0:D
25 6zx9:C 257 43 0.0826 0.0389 0.2326 8.6
26 5evo:A 213 26 0.0826 0.0469 0.3846 9.0
27 6p5v:A 373 43 0.0826 0.0268 0.2326 9.3 6b5q:A, 6b5q:B, 6bg3:A, 6bg5:A, 4i7p:A, 7kwa:A, 6p5w:A, 3tdu:B, 3tdu:A, 3tdz:A, 3tdz:B, 5ufi:A, 5ufi:B, 5ufi:C, 5ufi:D, 5v83:A, 5v86:A, 5v88:A, 6xol:A, 6xom:A, 6xon:A, 6xoo:A, 6xop:A, 6xoq:A
28 6d9m:A 326 43 0.0826 0.0307 0.2326 9.5
29 6xi2:A 528 46 0.1157 0.0265 0.3043 9.8 7e9j:A, 7e9j:B, 7e9k:A, 7e9k:B, 7e9k:D, 7e9k:E, 7e9l:A, 7e9l:B, 8kb7:A, 8kb7:B, 8kb7:C, 8kb7:D, 6xfi:A, 6xi2:D
30 4w8f:B 2609 43 0.0826 0.0038 0.2326 9.9 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218