Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FRNMYDKYRDAFLSHLNEYSLEEEIKEHISKYYKLLFDYNCLGGKNNRGILVILIYEYVINSSEWEKAACLAWCIEILQA
AFLVADDIMDKGEMRRNKYCWYLLKDVETKNAVNDVLLLYNSIYKLIEIYLRNESCYVDVIATFRDATLKTIIGQHLDTN
IFSDKYSIDVNNIQPVIDINMINFGVYKNIVIHKTAYYSFFLPIVCGMLLAGIDNLIYKKIEDISMLMGEYFQIHDDYLD
ITGKVSDIQNNKLTWPLIKTFELCSEPDKIKIVKNYGKNNLACVKVIDSLYEQYKIRKHYESYEKAQKAKILSAINELHH
EGIEYVLKYLLEIL

The query sequence (length=334) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3rbm:B 362 355 1.0000 0.9227 0.9408 0.0 3cc9:A, 3cc9:B, 3cc9:D, 3ez3:A, 3ez3:B, 3ez3:C, 3ez3:D, 5hn7:A, 5hn7:B, 5hn7:C, 5hn7:D, 5hn7:G, 5hn7:E, 5hn7:F, 5hn7:H, 5hn8:C, 5hn9:A, 5hn9:B, 5hn9:D, 5hna:A, 5hna:B, 5hna:C, 5hna:D, 3ldw:A, 3ldw:B, 3ldw:C, 3ldw:D, 3ph7:A, 3ph7:B, 3ph7:D, 3rbm:A, 3rbm:C, 3rbm:D, 3ryw:A, 3ryw:D, 3ryw:B, 3ryw:C
2 5hn8:D 334 337 0.9760 0.9760 0.9674 0.0 3cc9:C, 5hn8:A, 5hn8:B, 5hn9:C, 3ph7:C
3 4dem:F 346 308 0.3263 0.3150 0.3539 1.11e-54 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
4 4jzb:A 362 348 0.3473 0.3204 0.3333 1.01e-53 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
5 6b04:A 341 314 0.3114 0.3050 0.3312 5.56e-52 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
6 1ubw:A 348 298 0.3054 0.2931 0.3423 5.45e-51 1ubx:A, 1uby:A
7 2ewg:A 367 343 0.3323 0.3025 0.3236 8.90e-48 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
8 4dxj:A 362 336 0.3054 0.2818 0.3036 6.75e-46 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
9 8a7l:A 346 303 0.2814 0.2717 0.3102 1.60e-45 8a6v:A, 8a6v:B, 8a6z:A, 8a6z:B, 8a6z:C, 8a6z:D, 8a6z:E, 8a6z:F, 8a70:A, 8a73:A, 8a73:B, 8a74:A, 8a74:B, 8a78:A, 8a7a:A, 8a7b:A, 8a7c:A, 8a7c:B, 8a7j:A, 8a7j:B, 8a7k:A, 8a7k:B, 8a7r:A, 8a7u:A
10 2o1o:A 335 342 0.3054 0.3045 0.2982 3.14e-41 2o1o:B, 2q58:A, 2q58:B
11 6r38:A 331 334 0.3054 0.3082 0.3054 6.41e-37 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
12 6kd7:A 327 229 0.1886 0.1927 0.2751 7.64e-10
13 2j1p:A 276 249 0.1796 0.2174 0.2410 4.70e-08
14 5h9d:A 318 332 0.2605 0.2736 0.2620 2.73e-07 5h9d:B
15 4lfg:A 290 229 0.1796 0.2069 0.2620 7.56e-07 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
16 2dh4:A 326 229 0.1677 0.1718 0.2445 2.34e-06 2dh4:B, 2e8t:A, 2e8t:B, 2e8u:A, 2e8u:B, 2e8v:A, 2e8v:B, 2e8w:A, 2e8w:B, 2e8x:A, 2e8x:B, 2e90:A, 2e90:B, 2e91:A, 2e91:B, 2e92:A, 2e92:B, 2e93:A, 2e93:B, 2e94:A, 2e94:B, 2e95:A, 2e95:B, 2z4v:A, 2z4v:B, 2z4w:A, 2z4w:B, 2z4x:A, 2z4x:B, 2z4y:A, 2z4y:B, 2z4z:A, 2z4z:B, 2z50:A, 2z52:A, 2z52:B, 2z78:A, 2z78:B, 2z7h:A, 2z7h:B, 2z7i:A, 2z7i:B, 2zeu:A, 2zeu:B, 2zev:A, 2zev:B
17 5ze6:A 315 238 0.1796 0.1905 0.2521 3.48e-06 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
18 3aqb:D 325 240 0.1826 0.1877 0.2542 4.45e-06 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
19 5zlf:A 293 223 0.1647 0.1877 0.2466 6.04e-06
20 3oyr:B 328 234 0.1647 0.1677 0.2350 9.38e-06
21 3krf:D 295 249 0.1856 0.2102 0.2490 1.78e-05 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
22 2z50:B 280 201 0.1347 0.1607 0.2239 2.81e-05
23 7my0:B 288 222 0.1677 0.1944 0.2523 1.18e-04 7my0:A, 7my1:AAA
24 3q1o:A 303 234 0.1647 0.1815 0.2350 5.64e-04 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
25 4gp2:A 342 208 0.1557 0.1520 0.2500 0.001 4gp1:A, 4gp2:B
26 8f8k:A 353 139 0.1078 0.1020 0.2590 0.002 8f8l:A
27 4lls:A 300 215 0.1617 0.1800 0.2512 0.003 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
28 3qqv:A 357 219 0.1707 0.1597 0.2603 0.004
29 7my6:A 287 219 0.1497 0.1742 0.2283 0.022 7my6:B
30 6c56:B 267 190 0.1467 0.1835 0.2579 0.034 6c57:B, 6g31:E
31 3exj:A 194 59 0.0599 0.1031 0.3390 0.083 3exj:B, 3exl:A, 2geq:A, 2geq:B, 1hu8:A, 1hu8:B, 1hu8:C, 2ioi:A, 2iom:A, 2ioo:A
32 6r4v:C 294 206 0.1467 0.1667 0.2379 0.23 6g31:A, 6g31:B, 6g31:C, 6g31:D, 6g31:F, 6g31:G, 6g31:H, 6g31:I, 6g31:J, 6g31:K, 6g31:L, 2q80:A, 2q80:B, 2q80:C, 2q80:D, 2q80:E, 2q80:F, 6r4v:A, 6r4v:F, 6r4v:E, 6r4v:B, 6r4v:D
33 4mzr:A 234 39 0.0419 0.0598 0.3590 0.25 4mzr:B, 4mzr:C, 4mzr:D, 3q01:A, 3q01:B, 3q05:A, 3q05:C, 3q05:B, 3q05:D, 3q06:A, 3q06:C, 3q06:D, 3q06:B, 3ts8:A, 3ts8:B, 3ts8:C, 3ts8:D
34 3aq0:C 327 242 0.1527 0.1560 0.2107 0.37 3aq0:A, 3aq0:B, 3aq0:E, 3aq0:F, 3aq0:G, 3aq0:H
35 4jxy:A 311 242 0.1587 0.1704 0.2190 0.43
36 3oyr:A 292 63 0.0629 0.0719 0.3333 0.67
37 4fp4:A 243 97 0.0719 0.0988 0.2474 3.4
38 5zlf:B 259 78 0.0659 0.0849 0.2821 4.3
39 3t0c:A 737 52 0.0479 0.0217 0.3077 4.5
40 3j7a:1 120 62 0.0659 0.1833 0.3548 4.9 3jbn:1, 3jbo:1, 3jbp:1, 6okk:a, 8tpu:S1
41 2rmn:A 233 42 0.0389 0.0558 0.3095 6.3 3qym:A, 3qym:B, 3qym:C, 3qym:D, 3qym:E, 3qym:F, 3qym:G, 3qym:H, 3qyn:A, 3qyn:B, 3qyn:D, 3qyn:C, 3us0:A, 3us0:B, 3us0:D, 3us0:C, 3us1:A, 3us1:D, 3us2:A, 3us2:C, 3us2:B, 3us2:D, 3us2:G, 3us2:I, 3us2:H, 3us2:J, 7z71:A, 7z71:C, 7z7e:A
42 7ezj:k 206 25 0.0299 0.0485 0.4000 7.9 4a63:C, 4a63:E, 4a63:G, 4a63:I, 4a63:K, 7ezj:A, 7ezj:B, 7ezj:C, 7ezj:D, 7ezj:I, 7ezj:J, 7ezj:K, 7ezj:L, 7ezj:a, 7ezj:b, 7ezj:c, 7ezj:d, 7ezj:i, 7ezj:j, 7ezj:l, 4g82:A, 4g82:B, 4g83:B, 4g83:A, 4guo:A, 4guo:B, 4guo:C, 4guo:D, 4guo:J, 4guo:I, 4guo:K, 4guo:L, 4guq:A, 4guq:B, 5kbd:A, 5kbd:B, 3vd0:A, 3vd0:B, 3vd0:C, 3vd0:D, 3vd0:I, 3vd0:J, 3vd0:K, 3vd0:L, 3vd1:A, 3vd1:B, 3vd1:C, 3vd1:D, 3vd1:J, 3vd1:I, 3vd1:K, 3vd1:L, 3vd2:A, 3vd2:B, 3vd2:C, 3vd2:D, 3vd2:I, 3vd2:J, 2xwc:A
43 5epo:A 261 31 0.0359 0.0460 0.3871 8.7 5epo:B, 5epo:C, 5epo:D
44 3q2q:A 314 224 0.1467 0.1561 0.2188 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218