Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FRLYWDDLKRKLSEKLDSTDFTSTIKLLNENSYVPREAGSQKDENLALYVENQFREFKLSKVWRDQHFVKIQVKDSAQNS
VIIVDKNGRLVYLVENPGGYVAYSKAATVTGKLVHANFGTKKDFEDLYTPVNGSIVIVRAGKITFAEKVANAESLNAIGV
LIYMDQTKFPIVNAELSFFGHAHLGTGDPYTPGFPSFNHTQFPPSRSSGLPNIPVQTISRAAAEKLFGNMEGDCPSDWKT
DSTCRMVTSESKNVKLTVSNVLKEIKILNIFGVIKGFVEPDHYVVVGAQRDAWGPGAAKSGVGTALLLKLAQMFSDMVLK
DGFQPSRSIIFASWSAGDFGSVGATEWLEGYLSSLHLKAFTYINLDKAVLGTSNFKVSASPLLYTLIEKTMQNVKHPVTG
QFLYQDSNWASKVEKLTLDNAAFPFLAYSGIPAVSFCFCEDTDYPYLGTTMDTYKELIERIPELNKVARAAAEVAGQFVI
KLTHDVELNLDYERYNSQLLSFVRDLNQYRADIKEMGLSLQWLYSARGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDRFVMKKLNDRVM
RVEYHFLSPYVSPKESPFRHVFWGSGSHTLPALLENLKLRKQNNGAFNETLFRNQLALATWTIQGAANALSGDVWDIDNE
F

The query sequence (length=641) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6d03:A 641 641 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6d03:B, 6d04:A, 6d04:B, 6d05:A, 6d05:B, 1de4:C, 1de4:F, 1de4:I, 3s9l:A, 3s9l:B, 3s9m:A, 3s9m:B, 3s9n:A, 3s9n:B, 6wrv:A, 6wrv:B, 6wrv:E, 6wrw:A, 6wrw:B, 6wrx:A, 6wrx:B, 7zqs:B, 7zqs:D
2 6ety:A 696 699 0.2886 0.2658 0.2647 3.02e-66 7bfz:A, 3bhx:A, 3bi0:A, 3bi1:A, 8bo8:A, 8bol:A, 8bow:A, 3bxm:A, 2c6c:A, 2c6g:A, 2c6p:A, 2cij:A, 5d29:A, 3d7d:A, 3d7f:A, 3d7g:A, 3d7h:A, 5ely:A, 6ez9:A, 5f09:A, 6f5l:A, 6fe5:A, 6h7y:A, 6h7z:A, 6hkj:A, 6hkz:A, 3iww:A, 2jbj:A, 2jbk:A, 4jyw:A, 4jz0:A, 4lqg:A, 4mcp:A, 4mcq:A, 4mcr:A, 4mcs:A, 4ngm:A, 4ngn:A, 4ngp:A, 4ngq:A, 4ngr:A, 4ngs:A, 4ngt:A, 5o5r:A, 5o5t:A, 5o5u:A, 4oc0:A, 4oc1:A, 4oc2:A, 4oc3:A, 4oc4:A, 4oc5:A, 5of0:A, 4ome:A, 2oot:A, 2or4:A, 4p44:A, 4p45:A, 4p4b:A, 4p4d:A, 4p4e:A, 4p4f:A, 4p4i:A, 4p4j:A, 2pvv:A, 2pvw:A, 3rbu:A, 6rbc:A, 6rti:A, 6s1x:A, 6sgp:A, 3sje:A, 3sjf:A, 3sjg:A, 3sjx:A, 6skh:A, 4w9y:A, 4x3r:A, 2xef:A, 2xeg:A, 2xei:A, 2xej:A, 1z8l:A, 1z8l:B, 1z8l:C, 1z8l:D
3 3fed:A 690 695 0.2793 0.2594 0.2576 6.95e-61 3fec:A, 3fee:A, 3ff3:A
4 4twe:A 706 675 0.2839 0.2578 0.2696 7.87e-60 4twe:B
5 6hc6:C 408 361 0.1388 0.2181 0.2465 4.31e-10 6hc6:A, 6hc6:B, 6hc7:A, 6hc7:B, 6hc7:C
6 2ek8:A 412 504 0.1778 0.2767 0.2262 5.05e-07 2ek9:A, 5ib9:A
7 7bj3:A 936 59 0.0421 0.0288 0.4576 8.34e-06 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
8 8acr:A 486 124 0.0546 0.0720 0.2823 2.54e-05 8ac7:B, 8ac7:A, 8ac9:A, 8ac9:B, 8acg:F, 8acg:D, 8acg:A, 8acg:E, 8acg:B, 8acg:C, 8ack:B, 8ack:A
9 1f2o:A 277 120 0.0546 0.1264 0.2917 6.10e-04 1cp7:A, 1f2p:A, 1qq9:A, 1tf8:A, 1tf9:A, 1tkf:A, 1tkh:A, 1tkj:A, 1xbu:A, 1xjo:A
10 3iib:A 442 90 0.0390 0.0566 0.2778 0.001
11 1amp:A 291 95 0.0390 0.0859 0.2632 0.012 2anp:A, 3b35:A, 3b3c:A, 3b3s:A, 3b3t:A, 3b3v:A, 3b3w:A, 3b7i:A, 1cp6:A, 2dea:A, 3fh4:A, 1ft7:A, 1igb:A, 2iq6:A, 1lok:A, 2nyq:A, 2prq:A, 1rtq:A, 1txr:A, 3vh9:A, 1xry:A
12 6fhj:A 979 65 0.0296 0.0194 0.2923 0.24 6fhn:A
13 3sdi:F 242 29 0.0218 0.0579 0.4828 3.6 3mg6:F, 3mg7:F, 3mg8:F, 3oeu:F, 3oev:F, 3sdi:T, 3sdk:F
14 6gg3:F 524 129 0.0546 0.0668 0.2713 8.7 1a49:A, 1a49:B, 1a49:C, 1a49:D, 1a49:E, 1a49:F, 1a49:G, 1a49:H, 1a5u:A, 1a5u:B, 1a5u:C, 1a5u:D, 1a5u:E, 1a5u:F, 1a5u:G, 1a5u:H, 1aqf:A, 1aqf:B, 1aqf:C, 1aqf:D, 1aqf:F, 1aqf:G, 1aqf:H, 4b2d:A, 4b2d:B, 4b2d:C, 4b2d:D, 6b6u:A, 6b6u:B, 3bjf:A, 3bjf:B, 3bjf:C, 3bjf:D, 3bjt:A, 3bjt:B, 3bjt:C, 3bjt:D, 1f3w:A, 1f3w:B, 1f3w:C, 1f3w:D, 1f3w:E, 1f3w:F, 1f3w:G, 1f3w:H, 1f3x:A, 1f3x:B, 1f3x:C, 1f3x:D, 1f3x:E, 1f3x:F, 1f3x:G, 1f3x:H, 8f5t:A, 8f5t:B, 8f5t:C, 8f5t:D, 8f5t:E, 8f5t:F, 8f5t:G, 8f5t:H, 8f5u:A, 8f5u:B, 8f5u:C, 8f5u:D, 8f6m:A, 8f6m:B, 8f6m:C, 8f6m:D, 8f6m:E, 8f6m:F, 8f6m:G, 8f6m:H, 4fxf:A, 4fxf:D, 4fxf:C, 4fxf:B, 4fxj:A, 4fxj:C, 4fxj:D, 4g1n:A, 4g1n:B, 4g1n:C, 4g1n:D, 8g2e:A, 2g50:A, 2g50:B, 2g50:C, 2g50:D, 2g50:E, 2g50:F, 2g50:G, 2g50:H, 6gg3:A, 6gg3:C, 6gg3:D, 6gg3:G, 6gg3:H, 6gg3:K, 6gg3:L, 6gg4:A, 6gg4:B, 6gg5:A, 6gg5:B, 6gg6:A, 6gg6:B, 6gg6:C, 6gg6:D, 6gg6:E, 6gg6:F, 6gg6:G, 6gg6:H, 3gqy:A, 3gqy:B, 3gqy:C, 3gqy:D, 3gr4:A, 3gr4:B, 3gr4:C, 3gr4:D, 3h6o:B, 3h6o:D, 8hmq:B, 8hmr:A, 8hmr:B, 8hmr:C, 8hmr:D, 8hms:A, 8hms:B, 8hms:C, 8hmu:A, 8hmu:C, 8hmu:D, 6jfb:A, 6jfb:B, 6jfb:C, 6jfb:D, 4jpg:A, 4jpg:B, 4jpg:C, 4jpg:D, 7l21:A, 7l21:B, 7l21:C, 7l21:D, 3me3:A, 3me3:C, 3me3:D, 3n25:A, 3n25:B, 3n25:C, 3n25:D, 3n25:E, 3n25:F, 3n25:G, 3n25:H, 6nu1:C, 6nu1:D, 6nu5:A, 6nu5:B, 6nub:A, 6nub:B, 1pkn:A, 4qg6:B, 4qg6:D, 4qg8:B, 4qg8:C, 4qg9:A, 4qg9:B, 7r6y:A, 7r6y:B, 3srd:A, 3srd:B, 3srd:C, 3srd:D, 3srf:C, 3srf:A, 3srf:B, 3srf:D, 3srf:E, 3srf:F, 3srf:G, 3srf:H, 1t5a:A, 1t5a:B, 1t5a:C, 1t5a:D, 6ttf:A, 6ttf:B, 6ttf:C, 6ttf:D, 6ttq:A, 6ttq:B, 6ttq:C, 6ttq:D, 3u2z:A, 3u2z:B, 3u2z:C, 3u2z:D, 6v74:A, 6v74:B, 6v75:C, 6v75:A, 6v75:B, 6v76:C, 6v76:A, 6v76:B, 4wj8:A, 4wj8:B, 4wj8:C, 4wj8:D, 6wp3:A, 6wp4:A, 6wp4:B, 6wp4:C, 6wp4:D, 6wp5:B, 6wp5:A, 6wp5:C, 6wp6:C, 6wp6:A, 5x0i:A, 5x0i:B, 5x0i:C, 5x0i:D, 5x1v:A, 5x1v:B, 5x1v:C, 5x1v:D, 5x1w:A, 5x1w:B, 5x1w:C, 5x1w:D, 4yj5:A, 4yj5:B, 4yj5:C, 4yj5:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218