Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FNVAHGLAWSYYIGYLRLILPELQARIRTYNQHYNNLLRGAVSQRLYILLPLDCGVPDNLSMADPNIRFLDKLPQQVYSN
SIYELLENGQRAGTCVLEYATPLQTLFAMSQYSQAGFSREDRLEQAKLFCRTLEDILADAPESQNNCRLIAYQEPAFSLS
QEVLRHLRQEEKEEVTV

The query sequence (length=177) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4f9g:A 170 176 0.9548 0.9941 0.9602 1.69e-119 6mx3:A
2 8ik3:A 328 185 0.9661 0.5213 0.9243 1.21e-118 8a2h:A, 8a2h:B, 8a2i:A, 8a2i:B, 8a2j:A, 8a2j:B, 8a2k:A, 8a2k:B, 8a2x:A, 7a90:A, 8b2j:A, 8b2j:B, 5bqx:A, 6cff:A, 6cy7:A, 6dnk:A, 6dxg:A, 6dxl:A, 6dxl:B, 4ef4:A, 4ef4:B, 4emt:A, 4emt:B, 4emu:B, 4f5d:A, 4f5d:B, 4f5w:A, 4f5y:A, 4f5y:B, 4f9g:C, 8flk:A, 8flk:B, 8flk:C, 8flk:D, 8flm:A, 8flm:B, 8flm:C, 8flm:D, 8gjx:A, 8gjx:B, 8gt6:A, 8gt6:B, 8ik3:C, 8ik3:E, 8ik3:G, 8ik3:F, 8ik3:H, 4ksy:A, 7kvx:A, 7kvz:A, 7kw1:A, 4loh:A, 4loh:B, 4loi:A, 4loi:B, 7mhc:A, 6mx0:B, 6mx3:B, 6mxe:A, 6mxe:B, 7ob3:A, 8orw:A, 8p01:A, 8p45:A, 7q3b:A, 7q85:A, 4qxo:A, 4qxp:A, 4qxp:B, 4qxq:A, 4qxq:B, 4qxr:A, 4qxr:B, 6s26:A, 6s26:B, 6s27:A, 6s86:A, 6s86:B, 7sho:B, 7shp:A, 7shp:B, 7shp:C, 7shp:D, 7sii:A, 7sii:B, 7sii:C, 7sii:D, 7ssm:A, 8sth:A, 8sti:A, 8t5k:B, 8t5l:B, 7t9u:A, 7t9v:A, 7t9v:B, 6ukm:A, 6uku:A, 6ukv:A, 6ukv:B, 6ukw:A, 6ukw:B, 6ukx:A, 6ukx:B, 6uky:A, 6ukz:A, 6ukz:B, 6ul0:A, 7x9p:A, 7x9q:A, 6xf3:A, 6xf3:B, 6xf4:A, 6xf4:B, 6xnp:A, 6xnp:B, 6y99:A, 6ydb:A, 6ydz:A, 6yea:A, 6ywa:A, 6ywa:B, 6ywb:A, 6z0z:A, 6z15:A, 7zku:A, 7zku:B, 7zv0:A, 7zvk:A, 7zvk:B, 7zwl:A, 7zwl:B, 7zxb:A
3 6a06:A 188 186 0.8023 0.7553 0.7634 1.53e-99 6a03:A, 6a03:B, 6a04:A, 6a04:B, 6a05:A, 6a05:B, 6a06:B, 6iyf:A, 6iyf:B
4 5grm:B 190 187 0.8023 0.7474 0.7594 1.57e-99 5grm:A, 4jc5:A, 4jc5:B, 4kby:A, 4kby:B, 4loj:A, 4loj:B, 4lok:A, 4lok:B, 4lol:A, 4lol:B, 6xnn:A, 6xnn:B, 4yp1:A, 4yp1:B
5 6nt7:A 294 180 0.4689 0.2823 0.4611 3.21e-43 6nt7:B, 6nt8:A, 6nt8:B, 6nt8:D, 6nt8:E
6 5cfl:A 187 186 0.3559 0.3369 0.3387 4.00e-27 5cfl:B, 5cfm:A, 5cfm:B, 5cfn:A, 5cfn:B, 5cfp:A, 5cfp:B, 5cfq:A, 5cfq:B, 5cfr:A, 5cfr:B
7 8efn:A 175 159 0.2994 0.3029 0.3333 5.33e-27 8efn:D
8 8gjz:B 182 166 0.3051 0.2967 0.3253 1.33e-26 8efm:A, 8efm:B, 8gjz:A
9 6wt7:A 331 186 0.2938 0.1571 0.2796 5.55e-21
10 7mwz:D 301 166 0.2881 0.1694 0.3072 3.05e-06
11 7mwz:B 352 166 0.2881 0.1449 0.3072 3.86e-06 7mwz:A, 7mwz:C
12 1ecx:B 365 53 0.0791 0.0384 0.2642 0.45 1ecx:A, 1eg5:A, 1eg5:B
13 6bea:A 433 101 0.1243 0.0508 0.2178 2.7
14 4xhc:A 513 140 0.1864 0.0643 0.2357 4.3 4xhc:B
15 7khs:A 449 68 0.1243 0.0490 0.3235 4.3 7khs:B, 7khs:D, 2xsb:A
16 8ay6:A 190 134 0.1864 0.1737 0.2463 4.6 7avw:A, 8ay3:A, 8ay7:A, 8ay8:A, 8ay9:A, 8aya:A, 5mmx:B, 5mmx:A, 5mn0:A, 6zuc:A
17 5c3m:B 411 37 0.0734 0.0316 0.3514 6.7 5c3m:A, 5c3m:C, 5c3m:D
18 6xux:A 879 59 0.1073 0.0216 0.3220 7.3
19 4whb:A 459 97 0.1356 0.0523 0.2474 8.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218