Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
FKIHAYTEGGKPLRTIYLPKLLKKVFLDVVKPNTKKNLETCGILCGKLRQNAFFITHLVIPLQEATSDTCGTTDEASLFE
FQDKHNLLTLGWIHTHPTQTCFMSSVDLHTHCSYQLMLPEAIAIVMAPSKNTSGIFRLLDPEGLQTIVKCRKPGLFHPHE
GKVYTMVAQPGHVREINSKLQVVDLR

The query sequence (length=186) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4msj:A 190 186 1.0000 0.9789 1.0000 7.07e-140 4jxe:A, 4jxe:B, 4k1r:A, 4k1r:C, 7lm3:A, 7lm3:B, 4ms7:A, 4ms7:B, 4msd:A, 4msd:B, 4msj:B, 4msj:C, 4msm:A, 4msm:C, 4msq:A, 4msq:C, 4nql:A, 4pqt:A, 4zd4:A, 4zd4:B, 4zd5:A, 4zd5:B, 4zfr:A, 4zft:A, 4zft:C
2 2znr:A 178 176 0.5000 0.5225 0.5284 3.86e-57 7l97:A, 2znv:A, 2znv:D
3 3rzv:A 179 174 0.4785 0.4972 0.5115 1.37e-56 3rzu:A, 3rzu:B, 3rzu:C, 3rzu:D, 3rzu:E, 3rzu:F, 3rzu:G
4 6fju:A 176 95 0.1667 0.1761 0.3263 1.80e-07 6fju:B, 6fnn:A, 6fnn:B, 6fno:A, 6fno:B
5 3jck:G 257 114 0.1559 0.1128 0.2544 3.56e-07 3j47:V, 4o8x:B, 4ocl:B, 4ocl:E, 4ocm:B, 4ocm:E, 4owp:B, 5u4p:B, 5w83:B
6 6msb:c 287 58 0.1022 0.0662 0.3276 1.22e-06 8cvt:c, 6msd:c, 6mse:c, 6msg:c, 6msh:c, 6msj:c, 6msk:c, 7qxn:c, 7qxp:c, 7qxu:c, 7qxw:c, 7qxx:c, 7qy7:c, 7qya:c, 7qyb:c, 5t0c:Ac, 5t0c:Bc, 5t0g:c, 5vfp:c, 5vfq:c, 5vfr:c, 5vfs:c, 7w37:c, 7w38:c, 7w39:c, 7w3a:c, 7w3b:c, 7w3c:c, 7w3f:c, 7w3g:c, 7w3h:c, 7w3i:c, 7w3j:c, 7w3k:c, 7w3m:c, 6wjd:c, 6wjn:c
7 4f7o:A 235 130 0.1667 0.1319 0.2385 3.93e-04 4f7o:B
8 6r6h:E 310 130 0.1667 0.1000 0.2385 5.24e-04 4d10:E, 4d10:M, 4d18:E, 4d18:M, 8h38:E, 8h3a:E, 8h3f:E, 5jog:A, 5joh:A, 5m5q:A, 6r7i:E, 4wsn:E, 4wsn:M, 4wsn:U, 4wsn:c, 4wsn:k, 4wsn:s
9 6gvw:B 262 92 0.1344 0.0954 0.2717 0.007 5cw6:A, 6gvw:G, 6h3c:B, 6h3c:G, 6r8f:A, 6r8f:C
10 5cw3:A 248 93 0.1237 0.0927 0.2473 0.034 5cw3:C, 5cw4:A
11 5gan:A 2196 30 0.0645 0.0055 0.4000 0.93 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
12 5nrl:A 2216 30 0.0645 0.0054 0.4000 0.99 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
13 5lqw:A 2130 30 0.0645 0.0056 0.4000 0.99
14 7dco:A 2205 30 0.0645 0.0054 0.4000 1.0 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
15 8y6o:C 2227 23 0.0591 0.0049 0.4783 1.9 8h6e:5B, 8h6j:5B, 8qp9:A, 6qw6:5A, 6qx9:5A, 8qxd:A, 8r08:A
16 5z56:A 2232 23 0.0591 0.0049 0.4783 1.9 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
17 8c6j:A 2261 23 0.0591 0.0049 0.4783 1.9 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
18 8h6k:5B 2253 23 0.0591 0.0049 0.4783 1.9 8h6l:5B, 8i0u:A, 8i0v:A, 8q7n:A, 8qo9:A, 8qpe:A, 7qtt:a, 8qzs:A
19 5z57:A 1978 23 0.0591 0.0056 0.4783 1.9
20 8i0p:A 2149 23 0.0591 0.0051 0.4783 2.0 8q7q:A, 8q7v:A, 8q7w:A
21 8q7x:A 1914 23 0.0591 0.0057 0.4783 2.0
22 3mm5:B 363 62 0.1129 0.0579 0.3387 2.0 3mm5:E, 3mm6:B, 3mm6:E, 3mm7:B, 3mm7:E, 3mm8:B, 3mm8:E, 3mm9:B, 3mm9:E, 3mma:B, 3mma:E, 3mmb:B, 3mmb:E, 3mmc:B, 3mmc:E
23 8qp8:A 1918 23 0.0591 0.0057 0.4783 2.1
24 7abg:A 2174 23 0.0591 0.0051 0.4783 2.1 7abi:A, 8q91:A, 8rc0:A
25 4q5o:A 282 32 0.0699 0.0461 0.4062 2.6 4mhu:A, 4mhu:B, 4q5o:B
26 7xs3:B 307 29 0.0538 0.0326 0.3448 6.2 7xs3:A
27 3sky:A 261 66 0.1075 0.0766 0.3030 7.1
28 5nd2:C 280 53 0.0806 0.0536 0.2830 7.5
29 7msk:A 421 31 0.0538 0.0238 0.3226 9.5 7msk:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218