Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFL
GRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNSYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVG
ELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESP
FVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIK

The query sequence (length=315) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6wuu:B 321 315 0.9968 0.9782 0.9968 0.0 9brv:A, 9brv:B, 9brw:A, 9brw:B, 9brw:C, 9brw:D, 9brx:AA, 7cjd:D, 7cjd:A, 7cjd:B, 7cjd:C, 7cjm:B, 7cmd:A, 7cmd:B, 7cmd:C, 7cmd:D, 8cx9:B, 8cx9:A, 8cx9:C, 8cx9:D, 7d47:A, 7d47:B, 7d6h:A, 7d7k:A, 7d7k:B, 7d7l:A, 7d7l:B, 7e35:B, 7e35:A, 8eua:A, 8fwn:A, 8fwo:A, 8g62:A, 8g62:B, 8g62:C, 8iho:A, 8iho:C, 7jir:A, 7jit:A, 7jiv:A, 7jiw:A, 7jn2:A, 7jrn:A, 7jrn:J, 8jux:A, 8jux:B, 7koj:A, 7kok:A, 7kol:A, 7krx:A, 7lbr:A, 7lbr:B, 7lbs:A, 7lbs:B, 7llf:A, 7llf:B, 7llz:A, 7llz:B, 7los:A, 7los:B, 7m1y:A, 7m1y:B, 7nfv:AAA, 7nt4:A, 7nt4:B, 7ofs:A, 7oft:A, 7ofu:AAA, 7qcg:A, 7qch:A, 7qci:A, 7qcj:A, 7qck:A, 7qcm:A, 7rbr:A, 7rbs:A, 7rbs:C, 7rbs:E, 7rbs:G, 7rbs:I, 7rzc:A, 7rzc:B, 7rzc:C, 7sdr:A, 7sdr:B, 7sdr:C, 7sgu:A, 7sgv:A, 7sgw:A, 7sqe:A, 7sqe:B, 7sqe:C, 7tzj:A, 7tzj:B, 8uob:A, 8uuf:A, 8uug:A, 8uuh:A, 8uuu:A, 8uuv:A, 8uuw:A, 8uuy:A, 7uv5:A, 8uvm:A, 8uvm:B, 8uvm:C, 8uvm:D, 8vec:A, 6w9c:A, 6w9c:C, 6wrh:A, 6wuu:A, 6wuu:C, 6wuu:D, 6wx4:D, 6wzu:A, 6xa9:A, 6xa9:C, 6xa9:E, 6xaa:A, 6xg3:A, 7ybg:A
2 3e9s:A 317 314 0.8222 0.8170 0.8248 0.0 2fe8:A, 2fe8:B, 2fe8:C, 7lfu:D, 7lfv:A, 7lfv:B, 4m0w:A, 3mj5:A, 3mj5:B, 4mm3:B, 4ovz:A, 4ovz:B, 4ow0:A, 4ow0:B, 7skq:A, 7skq:B, 7skr:A, 5tl6:B, 5tl6:D, 5tl7:B, 5tl7:D, 5y3e:A, 5y3q:A
3 5v69:A 322 317 0.3048 0.2981 0.3028 9.67e-47 6bi8:A, 6bi8:B, 5ko3:A, 4p16:A, 4pt5:A, 4r3d:B, 4r3d:A, 4rez:A, 4rf0:A, 4rf1:A, 4rna:A, 5v6a:A, 5w8t:A, 5w8t:C, 5w8u:A, 5w8u:C, 4wur:A
4 4ypt:A 378 304 0.2952 0.2460 0.3059 1.66e-37 5wfi:A, 5wfi:B
5 7wfc:A 309 305 0.2889 0.2945 0.2984 2.16e-32
6 4x2z:A 301 243 0.1778 0.1860 0.2305 8.43e-12 5bz0:A
7 6ln0:A 425 110 0.1079 0.0800 0.3091 2.41e-06
8 3mp2:A 211 206 0.1587 0.2370 0.2427 3.42e-05
9 6noz:A 248 229 0.1683 0.2137 0.2314 0.007 7f0u:A, 7f0u:B, 7mc9:A, 7mc9:C, 7mc9:E, 7mc9:G, 7mc9:I, 7mc9:K, 7mc9:M, 7mc9:O
10 6l5t:A 234 123 0.0952 0.1282 0.2439 0.008
11 1g0d:A 666 61 0.0508 0.0240 0.2623 1.9
12 8fl2:NU 833 73 0.0603 0.0228 0.2603 4.4 8fl3:NU, 8fl4:NU
13 8a0e:A 356 65 0.0603 0.0534 0.2923 5.3 8a0e:B, 8a0e:C, 8a0e:D, 8a0f:A, 8a0f:B, 8a0g:A, 8a0g:B, 7a6t:A, 7a6t:B, 1dhs:A, 6p4v:A, 6p4v:B, 6pgr:A, 6pgr:B, 1rlz:A, 1roz:A, 1roz:B, 1rqd:A, 1rqd:B, 6xxi:A, 6xxi:B, 6xxj:A, 6xxj:B, 6xxk:A, 6xxk:B, 6xxl:A, 6xxl:B, 6xxm:A, 6xxm:B
14 7wtb:B 1147 60 0.0508 0.0139 0.2667 8.8 3bg3:A, 3bg3:B, 3bg3:C, 3bg3:D, 3bg9:A, 3bg9:B, 3bg9:C, 3bg9:D, 8j7o:A, 8j7o:B, 8j7o:C, 8j7o:E, 7wta:C, 7wta:B, 7wta:D, 7wta:A, 7wtb:C, 7wtb:A, 7wtb:D, 7wtc:C, 7wtc:A, 7wtc:B, 7wtc:D, 7wtd:C, 7wtd:D, 7wte:C, 7wte:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218