Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EVAIGIDLGTTYSCVGICRNGVVDIIANDQGNRTTPSYVAFTDTERLIGDAAKNQASRNPENTVFDAKRLIGRKFSETTV
QSDMKHWPFTVKGGSDGKPMIEVSYQGEKKTFHPEEISSMVLKKMKEVAETYLGKPVKNAVITVPAYFNDSQRQATKDAG
AIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDKKGKGEQNILIFDLGGGTFDVSLLTLEDGIFEVKATSGDTHLGGEDFDNKLVNFCV
QDFKKKNDVSKNSKSLRRLRTQCEKAKRVLSSSAQATIEVDSLFDGIDYNVNITRAKFEELCMDQFRNTLIPVEKVLKDA
KMDKSQVHEIVLVGGSTRIPKIQQLIKDFFNGKEPCKAINPDEAVAYGAAVQAAILSGD

The query sequence (length=379) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7nqr:A 386 382 1.0000 0.9819 0.9921 0.0 7nqr:B, 7nqs:A, 7nqs:B, 7nqu:A, 7nqu:B, 7nqz:A, 7nqz:B, 7ooe:A, 7ooe:B, 7oog:A, 7oog:B, 7ooh:A, 7ooh:B, 7p31:A, 7p31:B, 6rzq:A, 6rzq:B, 6s02:A, 6s02:B
2 3kvg:B 382 380 0.7968 0.7906 0.7947 0.0 3kvg:A, 3l4i:A, 3l4i:B
3 3fe1:B 387 381 0.7546 0.7390 0.7507 0.0 3fe1:A, 3fe1:C
4 7kw7:C 511 379 0.7625 0.5656 0.7625 0.0
5 4j8f:A 551 378 0.7599 0.5227 0.7619 0.0 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
6 3c7n:B 540 379 0.7520 0.5278 0.7520 0.0 5aqf:A, 5aqf:C, 5aqg:A, 5aqg:C, 5aqg:E, 5aqh:A, 5aqi:A, 5aqi:C, 5aqj:A, 5aqj:C, 5aqj:E, 5aqk:A, 5aqn:A, 5aqn:C, 5aqn:E, 5aqo:A, 5aqo:C, 5aqo:E, 5aqp:A, 5aqp:C, 5aqp:E, 5aqq:A, 5aqq:C, 5aqq:E, 5aqr:A, 5aqr:C, 5aqr:E, 5aqs:A, 5aqs:C, 5aqt:A, 5aqu:A, 5aqv:A, 1atr:A, 1ats:A, 6b1i:A, 6b1i:B, 6b1m:B, 6b1m:A, 6b1n:A, 6b1n:B, 1ba0:A, 1ba1:A, 1bup:A, 2bup:A, 4fl9:A, 5fpd:A, 5fpd:B, 5fpe:A, 5fpe:B, 5fpm:A, 5fpm:B, 5fpn:A, 5fpn:B, 3fzf:A, 3fzh:A, 3fzk:A, 3fzl:A, 3fzm:A, 4h5n:A, 4h5n:B, 4h5r:A, 4h5r:B, 4h5t:A, 4h5v:A, 4h5w:A, 4h5w:B, 6h54:A, 1hpm:A, 3hsc:A, 3i33:A, 1kax:A, 1kay:A, 1kaz:A, 3ldq:A, 3m3z:A, 1nga:A, 1ngb:A, 1ngc:A, 1ngd:A, 1nge:A, 1ngf:A, 1ngg:A, 1ngh:A, 1ngi:A, 1ngj:A, 7o6r:A, 7odb:A, 7odd:A, 7odi:A, 7plk:A, 1qqm:A, 1qqn:A, 1qqo:A, 2qwl:A, 2qwl:B, 2qwm:A, 2qwm:B, 2qwn:A, 2qwo:A, 2qwp:A, 2qwq:A, 2qwr:A, 2v7z:A, 2v7z:B, 6zyj:A, 6zyj:B
7 6asy:A 606 380 0.6807 0.4257 0.6789 0.0 7a4v:A, 6asy:B, 6cz1:A, 6cz1:B, 6dfm:A, 6dfm:B, 6dfo:A, 6dfo:B, 6do2:A, 6do2:B, 6dws:A, 6dws:B, 5e84:A, 5e84:B, 5e84:C, 5e84:D, 5e84:E, 5e84:F, 6eoe:A, 6eof:A, 5evz:A, 5evz:B, 5ex5:A, 5ex5:B, 5exw:A, 5exw:B, 5ey4:A, 5ey4:B, 5f0x:A, 5f0x:B, 5f1x:A, 5f1x:B, 5f2r:A, 5f2r:B, 3iuc:A, 3iuc:C, 3ldl:A, 3ldl:B, 3ldo:A, 3ldo:B, 3ldp:A, 3ldp:B, 7n1r:A, 7n1r:B, 6zmd:A, 6zyh:A, 6zyh:B
8 3qfu:A 379 376 0.6623 0.6623 0.6676 0.0
9 5tky:A 597 379 0.6675 0.4238 0.6675 0.0 5tky:B
10 5umb:A 378 377 0.6042 0.6058 0.6074 2.52e-166 8d1p:A, 8d1q:A, 8d1s:A, 8d1w:A, 8d1y:A, 8d20:A, 8d22:A, 8d24:A, 5umb:B, 5umb:C, 5umb:D
11 6p2u:A 379 382 0.5303 0.5303 0.5262 2.68e-135 6nhk:A, 6nhk:B, 6pmt:A
12 7krw:A 608 387 0.5198 0.3240 0.5090 4.83e-124 4b9q:A, 4b9q:B, 4b9q:C, 4b9q:D, 1dkx:A, 1dky:A, 1dky:B, 1dkz:A, 3dpo:B, 3dpo:A, 3dpp:A, 3dpp:B, 3dpq:B, 3dpq:A, 3dpq:F, 3dpq:E, 4e81:A, 4e81:B, 4ezn:A, 4ezn:B, 4ezo:A, 4ezo:B, 4ezp:A, 4ezp:B, 4ezq:A, 4ezr:A, 4ezs:A, 4ezt:A, 4ezu:A, 4ezv:A, 4ezv:B, 4ezw:A, 4ezw:B, 4ezw:C, 4ezw:D, 4ezx:A, 4ezx:B, 4ezy:A, 4ezz:A, 4f00:A, 4hy9:A, 4hy9:B, 4hyb:A, 4hyb:B, 7jmm:A, 4jn4:A, 4jn4:B, 4jne:A, 4jne:B, 7jn8:A, 7jn9:A, 7jne:A, 4jwc:A, 4jwc:B, 4jwd:B, 4jwd:A, 4jwe:A, 4jwe:B, 4jwi:A, 4jwi:B, 7ko2:A, 7ko2:B, 7ko2:C, 7ko2:D, 7krt:A, 7krt:B, 7krt:C, 7krt:D, 7kru:B, 7kru:A, 7krv:B, 7krv:A, 7krw:C, 7krw:B, 7krw:D, 7kzi:A, 7kzi:B, 7kzu:A, 7n46:A, 7n6j:A, 7n6k:A, 7n6l:A, 7n6m:A, 5nro:A, 5oow:A, 5oow:B, 1q5l:A, 3qnj:A, 3qnj:B, 4r5g:B, 4r5i:A, 4r5j:A, 4r5j:C, 4r5j:B, 4r5j:D, 4r5k:A, 4r5k:B, 7rax:A
13 2v7y:A 504 382 0.4960 0.3730 0.4921 4.68e-119
14 4rtf:D 349 383 0.4776 0.5186 0.4726 4.02e-109
15 5obv:A 520 383 0.4459 0.3250 0.4413 7.71e-105 5obu:A, 5obw:A, 5oby:A
16 6gfa:A 378 378 0.3615 0.3624 0.3624 3.56e-78
17 3d2e:A 629 381 0.3430 0.2067 0.3412 3.56e-69 3d2e:C, 3d2f:A, 3d2f:C, 2qxl:A, 2qxl:B
18 3c7n:A 649 381 0.3430 0.2003 0.3412 9.03e-69
19 6sr6:C 524 393 0.3298 0.2385 0.3181 5.59e-54 4gni:A, 4gni:B, 5mb9:B, 5mb9:A, 6sr6:A, 7z3n:D, 7z3o:D
20 1jcg:A 335 163 0.1135 0.1284 0.2638 1.25e-06
21 4czm:A 336 156 0.0976 0.1101 0.2372 5.43e-06 4czf:A, 4czg:A, 4czh:A, 4czj:A, 4czj:B, 4czk:A, 4czl:A, 4czm:B
22 8azg:M 328 378 0.2269 0.2622 0.2275 1.90e-05 8aam:M, 8ab4:M, 7zpu:M
23 3h1q:B 272 154 0.1055 0.1471 0.2597 1.53e-04 3h1q:A
24 7bvy:A 333 133 0.0871 0.0991 0.2481 0.020 7bvz:A
25 8d6s:A 818 129 0.0818 0.0379 0.2403 0.95 8d6s:B, 8d6t:B, 8d6t:A, 8d6u:A, 8d6u:B, 6o0e:B, 6o0f:A, 6o0f:B
26 6iv6:A 1209 109 0.0818 0.0256 0.2844 1.3
27 4s2a:A 594 74 0.0607 0.0387 0.3108 4.3 3epm:A, 3epm:B, 3epn:A, 3epn:B, 3epo:A, 3epo:B
28 8d6m:A 822 129 0.0765 0.0353 0.2248 4.9 8d6o:A
29 3cvg:A 270 35 0.0396 0.0556 0.4286 5.1 3cvg:B, 3cvg:C, 3cvg:D
30 1n2z:A 245 62 0.0449 0.0694 0.2742 5.3 5m29:A, 5m29:B, 5m2q:A, 5m2q:B, 5m34:A, 5m34:B, 5m3b:A, 5m3b:B, 1n2z:B, 1n4a:A, 1n4a:B
31 2x5r:A 124 89 0.0580 0.1774 0.2472 6.7
32 4mdx:A 115 58 0.0528 0.1739 0.3448 7.0 4mdx:B
33 4hp8:B 246 74 0.0501 0.0772 0.2568 7.8 4hp8:A
34 7oj1:A 401 26 0.0237 0.0224 0.3462 8.6
35 7pao:9 682 77 0.0580 0.0323 0.2857 8.6 7paq:9, 7par:9, 7pib:9, 7pis:9, 7pit:9
36 3beo:A 375 113 0.0818 0.0827 0.2743 8.8 8ahe:A, 8ahe:B, 8ahf:A, 8ahf:B, 3beo:B
37 4ccz:A 611 60 0.0475 0.0295 0.3000 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218