Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ESNFGVDFVIHYKVPAAERDEAEAGFVQLIRALTTVGLATEVRHGENESLLVFVKVASPDLFAKQVYRARLGDWLHGVRV
SAPHNDIAQALQDEPVVEAERLRLIYLMITKPHNEGGAGVTPTNAKWKHVESIFPLHSHSFNKEWIKKWSSKYTLEQTDI
DNIRDKFGESVAFYFAFLRSYFRFLVIPSAFGFGAWLLLGQFSYLYALLCGLWSVVFFEYWKKQEVDLAVQWGVRGVSSI
QQSRPEFEWEHEAEDPITGEPVKVYPPMKRVKTQLLQIPFALACVVALGALIVTCNSLEVFINEVYSGPGKQYLGFLPTI
FLVIGTPTISGVLMGAAEKLNAMENYATVDAHDAALIQKQFVLNFMTSYMALFFTAFVYIPFGHILHPFLNFWRATAQTF
QINPARISNQMFYFTVTAQIVNFATEVVVPYIKQQAFQKAKEDHEEEAEFLQRVREECTLEEYDVSGDYREMVMQFGYVA
MFSVAWPLAACCFLVNNWVELRSDALKIAISSRRPIPWRTDSIGPWLTALSFLSWLGSITSSAIVYLCSNSPLKAWGLLL
SILFAEHFYLVVQLAVRFVLSKLDSPGLQKERKERFQTHSEKITREALEEEARQASIRGTPEEMFWQRQRGMQETIEIGR
RMIEQQLAA

The query sequence (length=649) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6qm5:A 673 673 0.9985 0.9629 0.9629 0.0 6qm5:B, 6qm9:A, 6qm9:B, 6qma:A, 6qma:B, 6qmb:A, 6qmb:B, 8toi:A, 8toi:B, 8tok:A, 8tok:B, 8tol:A, 8tol:B, 4wis:A, 4wis:B, 4wit:A, 4wit:B
2 8tpm:B 615 649 0.9368 0.9886 0.9368 0.0 8tpm:A, 8tpo:B, 8tpo:A, 8tpp:A, 8tpp:B, 8tpr:A, 8tpr:B
3 6oy3:B 594 648 0.8968 0.9798 0.8981 0.0 6oy3:A, 8tpn:A, 8tpn:B, 8tpq:A, 8tpq:B, 8tps:A, 8tps:B, 8tpt:A
4 8tpt:B 571 645 0.8706 0.9895 0.8760 0.0
5 7rxg:B 650 664 0.4992 0.4985 0.4880 0.0 7rxg:A, 7rxh:A
6 7rx2:B 615 654 0.4869 0.5138 0.4832 0.0 6e0h:B, 6e0h:A, 6e1o:B, 6e1o:A, 7rwj:B, 7rwj:A, 7rx2:A
7 7rx3:B 591 646 0.4746 0.5212 0.4768 0.0 7rx3:A, 7rxa:A, 7rxa:B
8 7rxb:A 548 637 0.4530 0.5365 0.4615 0.0 7rxb:B
9 6r7x:A 629 472 0.2003 0.2067 0.2754 2.88e-42 5oc9:A, 5oc9:B, 6r65:A, 6r65:B, 6r7x:B, 6r7y:A, 6r7y:B
10 8sun:B 743 683 0.2203 0.1925 0.2094 1.86e-20 8b8k:A, 8b8k:B, 8b8m:A, 6qp6:A, 6qp6:B, 8sur:B, 8tag:B, 8tai:B, 8tal:B
11 8bc1:A 527 458 0.1495 0.1841 0.2118 3.62e-18 8bc1:B
12 7zk3:A 721 486 0.1587 0.1429 0.2119 8.32e-18 7b5c:A, 7b5c:B, 7b5e:A, 7b5e:B, 5oyb:A, 5oyb:B, 7zk3:B
13 8qzc:A 701 489 0.1649 0.1526 0.2188 1.62e-17 8qzc:B
14 8b8j:A 709 618 0.1972 0.1805 0.2071 1.66e-15 8b8j:B, 8b8q:A, 8b8q:B, 8bc0:A, 6p46:A, 6p46:B, 8sun:A, 8sur:A, 8tag:A, 8tai:A, 8tal:A
15 8b8m:B 682 618 0.1941 0.1848 0.2039 6.29e-13
16 6bgi:A 510 456 0.1433 0.1824 0.2039 1.85e-12 6bgi:B
17 8bc0:B 636 209 0.0817 0.0833 0.2536 1.60e-11 6p48:A, 6p48:B, 6p49:A, 6p49:B, 6qpc:A, 6qpc:B
18 8bc0:B 636 188 0.0539 0.0550 0.1862 8.70e-05 6p48:A, 6p48:B, 6p49:A, 6p49:B, 6qpc:A, 6qpc:B
19 6bgj:A 490 453 0.1402 0.1857 0.2009 4.24e-11 6bgj:B
20 6kzd:A 282 40 0.0216 0.0496 0.3500 3.1 6kzc:A, 3v5q:A, 3v5q:B, 4ymj:A, 4ymj:B
21 4nf9:A 216 53 0.0277 0.0833 0.3396 4.7 4nf9:B
22 4o56:A 244 100 0.0370 0.0984 0.2400 4.8 6ax4:A, 3bzi:A, 3c5l:A, 8crc:A, 4dfw:A, 5dms:A, 5dms:C, 5dmv:C, 5dnj:A, 4e67:A, 4e9c:A, 4e9d:A, 3fvh:A, 6gy2:B, 6gy2:A, 4h71:A, 4hab:A, 4hab:B, 4hab:C, 4hco:A, 3hik:A, 4hy2:A, 5j19:B, 5j19:A, 8joq:A, 8joy:A, 4lkl:A, 4lkm:A, 4lkm:C, 7mso:A, 7mso:B, 7mx1:A, 7mx1:B, 5nei:A, 5nfu:A, 5nje:A, 5nmm:A, 5nn2:A, 4o6w:A, 4o9w:A, 2ojx:A, 3p2z:A, 3p34:A, 3p35:A, 3p35:B, 3p36:A, 3p37:A, 3p37:B, 3p37:C, 3q1i:A, 1q4k:A, 1q4k:B, 1q4k:C, 4rcp:A, 3rq7:A, 8s30:A, 8s31:A, 8s31:B, 1umw:A, 1umw:B, 8wfp:A, 8wfp:B, 4whh:A, 4whk:A, 4whl:A, 5x3s:B, 5x3s:A, 4x9r:A, 4x9v:A, 4x9w:A
23 1t8h:A 272 47 0.0247 0.0588 0.3404 5.4 6t0y:A, 6t1b:A
24 8ovs:AAA 276 73 0.0370 0.0870 0.3288 7.1 8ovs:BBB
25 3ktc:A 330 51 0.0247 0.0485 0.3137 7.5 3ktc:B
26 4ic7:A 355 34 0.0200 0.0366 0.3824 7.8 4b99:A, 5byy:A, 5byz:A, 6hkm:A, 6hkn:A, 4ic7:D, 5o7i:A, 7pus:AAA, 4zsg:A, 4zsj:A, 4zsl:A
27 1j9j:A 247 158 0.0555 0.1457 0.2278 8.1 1j9j:B, 1j9k:A, 1j9k:B, 1j9l:A, 1j9l:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218