Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
ERDCRVSSFRVKENFDKARFAGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDENGHMSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDT
EDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIIDTDYETFAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFARDPSGFSPEVQKIVRQRQEELC
LARQYRLIPHNGYC

The query sequence (length=174) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1fem:A 176 174 1.0000 0.9886 1.0000 1.56e-132 1aqb:A, 1brp:A, 3bsz:E, 3bsz:F, 1erb:A, 1fel:A, 1fen:A, 3fmz:A, 3fmz:B, 1hbp:A, 1kt3:A, 1kt4:A, 1kt5:A, 1kt6:A, 1kt7:A, 5nu7:A, 5nua:A, 5nub:A, 4o9s:A, 4o9s:B, 4psq:B, 4psq:A, 6qba:A, 1rbp:A, 1rlb:E, 1rlb:F, 2wr6:A
2 1qab:E 180 171 0.8966 0.8667 0.9123 2.53e-119 1qab:F
3 1iiu:A 174 172 0.8103 0.8103 0.8198 2.53e-111
4 5ez2:A 169 141 0.2126 0.2189 0.2624 6.51e-07 5ez2:B, 5f6z:A, 5f6z:D, 5f6z:B, 5f6z:C, 7o2y:AAA, 7o3k:A, 7vnl:A, 7vnl:B, 7vns:A, 7vns:B, 7yx1:A, 7yx1:B
5 2hzq:A 166 147 0.2414 0.2530 0.2857 5.67e-06
6 2qos:C 173 124 0.1954 0.1965 0.2742 6.36e-04 2ovd:A
7 1gka:B 174 174 0.2414 0.2414 0.2414 0.005
8 2aco:A 168 82 0.1264 0.1310 0.2683 0.022 2aco:B, 6ubo:A, 6ubo:B, 6ukl:E, 6ukl:D, 6ukl:F, 6vri:D, 6vri:E, 6vri:F
9 6gr0:A 173 126 0.1494 0.1503 0.2063 0.085 6gr0:B, 6gr0:C
10 1gm6:A 158 172 0.2069 0.2278 0.2093 0.10
11 2kt4:B 157 139 0.1724 0.1911 0.2158 0.27 2lbv:A
12 3kl0:A 397 49 0.0920 0.0403 0.3265 0.37 3kl3:A, 3kl3:B, 3kl5:A, 3kl5:B, 3kl5:C
13 1z24:A 189 109 0.1724 0.1587 0.2752 0.46
14 1bso:A 162 107 0.1839 0.1975 0.2991 0.50 1b0o:A, 7bf7:AAA, 7bf8:BBB, 7bf9:AAA, 4dq3:A, 4dq4:A, 7er3:A, 7er3:B, 7er3:C, 7er3:D, 6ge7:A, 6gf9:A, 6gfs:A, 6ghh:A, 2gj5:A, 4gny:A, 1gx8:A, 1gx9:A, 1gxa:A, 4ib6:A, 4ib7:A, 4ib8:A, 4ib9:A, 4iba:A, 4kii:A, 7kot:A, 7kp5:AA1, 7kp5:BA1, 5lke:A, 5lkf:A, 4lzu:A, 4lzv:A, 6nkq:B, 3nq9:A, 5nuj:A, 5nuk:A, 5num:A, 5nun:A, 4omw:C, 4omw:D, 4omx:A, 7q19:AAA, 7q2n:AAA, 7q2n:BBB, 7q2o:AAA, 7q2o:BBB, 7q2p:AAA, 7q2p:BBB, 6t42:AAA, 6t44:AAA, 6t44:BBB, 3uew:A, 7wql:A, 7wql:B, 4y0p:A, 4y0q:A, 4y0r:A, 4y0s:A, 5y5c:A, 5y5c:B, 7z9z:AAA, 7za0:AAA, 7zcd:AAA
15 6qmu:A 184 126 0.1437 0.1359 0.1984 1.3 3by0:A, 3by0:B, 3by0:C, 3cbc:A, 3cbc:B, 3cbc:C, 3cmp:A, 3cmp:B, 3cmp:C, 1dfv:A, 1dfv:B, 3fw4:A, 3fw4:C, 3fw5:A, 3fw5:B, 3fw5:C, 3hwe:A, 3hwe:B, 3hwe:C, 3hwf:A, 3hwf:B, 3hwf:C, 3hwg:A, 3hwg:B, 3hwg:C, 3i0a:A, 3i0a:B, 3i0a:C, 4k19:A, 4k19:B, 4k19:C, 3k3l:A, 3k3l:C, 5khp:A, 5khp:B, 5khp:C, 5kic:A, 5kic:B, 5kic:C, 5kid:A, 5kid:B, 5kid:C, 1l6m:A, 1l6m:B, 1l6m:C, 4mvi:A, 4mvk:A, 4mvl:A, 4mvl:B, 4mvl:C, 4mvl:D, 3pec:C, 3ped:A, 3ped:B, 3ped:C, 6qmu:B, 3t1d:A, 3t1d:B, 3t1d:C, 3tf6:A, 3tf6:B, 3tf6:C, 3tzs:A, 3tzs:B, 3tzs:C, 3u0d:A, 3u0d:B, 3u0d:C, 3u0d:D, 8uyn:A, 8uyn:B, 8uyn:C, 8uz9:A, 8uz9:B, 8uz9:C, 1x71:A, 1x71:B, 1x71:C, 1x89:A, 1x89:B, 1x89:C, 1x8u:A, 1x8u:B, 1x8u:C, 4zfx:A, 4zfx:C, 4zhc:A, 4zhc:B, 4zhc:C, 4zhd:A, 4zhd:B, 4zhd:C, 4zhf:A, 4zhf:B, 4zhf:C, 4zhf:D, 4zhf:E, 4zhf:F, 4zhg:A, 4zhg:B, 4zhg:C, 4zhg:D, 4zhg:E, 4zhg:F, 4zhh:A, 4zhh:B, 4zhh:C, 4zhh:D, 4zhh:E, 4zhh:F
16 7qwt:A 352 71 0.1207 0.0597 0.2958 2.2 7qwt:B, 7qwt:C, 7qwt:D, 7qwt:E, 7qwt:F, 7qwt:G, 7qwt:H, 7qwt:I
17 4iaw:A 180 123 0.1494 0.1444 0.2114 2.4 3dsz:A, 3dsz:B, 4iaw:B, 4iaw:C, 4iax:A
18 6fyx:o 529 83 0.1092 0.0359 0.2289 2.9 6fyy:o
19 8aej:A 160 177 0.2414 0.2625 0.2373 3.4
20 1gka:A 180 34 0.0862 0.0833 0.4412 4.5
21 1epb:B 164 109 0.1552 0.1646 0.2477 6.1 1epb:A
22 7lm0:A 449 66 0.1034 0.0401 0.2727 8.0 7lm0:B
23 6fz1:A 392 62 0.0920 0.0408 0.2581 8.8 6a12:A, 3auk:A, 7buk:A, 7buk:B, 5ce5:A, 2dsn:A, 2dsn:B, 7ey3:A, 7ey3:B, 4fdm:A, 4fkb:A, 4fkb:B, 4fmp:A, 4fmp:B, 6fz7:A, 6fz8:A, 6fz9:A, 6fza:A, 6fzc:A, 6fzd:A, 1ji3:A, 1ji3:B, 1ku0:A, 1ku0:B, 6s3g:A, 6s3j:A, 6s3v:A, 3umj:A, 3umj:B, 2w22:A, 4x6u:A, 4x71:A, 4x7b:A, 4x85:A, 5xpx:A, 5xpx:E, 2z5g:A, 2z5g:B
24 6wvj:C 1117 40 0.0805 0.0125 0.3500 10.0
25 7f75:C 1133 40 0.0805 0.0124 0.3500 10.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218