Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EPEWTYPRLSCQGSTFQKALLISPHRFGEIKGNSAPLIIREPFVACGPKECRHFALTHYAAQPGGYYNGTRKDRNKLRHL
VSVKLGKIPTVENSIFHMAAWSGSACHDGREWTYIGVDGPDNDALVKIKYGEAYTDTYHSYAHNILRTQESACNCIGGDC
YLMITDGSASGISKCRFLKIREGRIIKEILPTGRVEHTEECTCGFASNKTIECACRDNSYTAKRPFVKLNVETDTAEIRL
MCTKTYLDTPRPDDGSIAGPCESNGDKWLGGIKGGFVHQRMASKIGRWYSRTMSKTNRMGMELYVRYDGDPWTDSDALTL
SGVMVSIEEPGWYSFGFEIKDKKCDVPCIGIEMVHDGGKDTWHSAATAIYCLMGSGQLLWDTVTGVDMAL

The query sequence (length=390) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6v4n:M 391 387 0.9179 0.9156 0.9251 0.0 1a4g:A, 1a4g:B, 1a4q:A, 1a4q:B, 1b9s:A, 1b9t:A, 1b9v:A, 4cpl:A, 4cpl:B, 4cpm:A, 4cpm:B, 4cpn:A, 4cpn:B, 4cpo:A, 4cpo:B, 4cpy:A, 4cpy:B, 4cpz:A, 4cpz:B, 4cpz:C, 4cpz:D, 4cpz:E, 4cpz:F, 4cpz:G, 4cpz:H, 8g3z:A, 8g3z:B, 8g3z:C, 8g3z:D, 1inf:A, 1inv:A, 1ivb:A, 3k36:A, 3k36:B, 3k37:A, 3k37:B, 3k38:A, 3k38:B, 3k38:C, 3k38:D, 3k38:E, 3k38:F, 3k38:G, 3k38:H, 3k38:I, 3k38:J, 3k38:K, 3k38:L, 3k38:M, 3k38:N, 3k38:O, 3k38:P, 3k39:A, 3k39:B, 3k39:C, 3k39:D, 3k39:E, 3k39:F, 3k39:G, 3k39:H, 3k39:I, 3k39:J, 3k39:K, 3k39:L, 3k39:M, 3k39:N, 3k39:O, 3k39:P, 3k3a:A, 3k3a:B, 3k3a:C, 3k3a:D, 3k3a:E, 3k3a:F, 3k3a:G, 3k3a:H, 3k3a:I, 3k3a:J, 3k3a:K, 3k3a:L, 3k3a:M, 3k3a:N, 3k3a:O, 3k3a:P, 1nsb:A, 1nsb:B, 1nsc:A, 1nsc:B, 1nsd:A, 1nsd:B, 6v4n:I, 6v4n:N, 6v4n:W, 6v4o:I, 6v4o:M, 6v4o:N, 6v4o:W, 1vcj:A
2 7xvr:A 389 386 0.4590 0.4602 0.4637 1.26e-115 7xvr:B, 7xvu:A, 7xvu:B, 7xvv:A, 7xvv:B, 7xvw:A, 7xvw:B
3 5hug:A 388 363 0.3333 0.3351 0.3581 3.92e-70 3b7e:A, 3b7e:B, 4b7j:A, 4b7m:A, 4b7m:B, 4b7n:A, 4b7q:A, 4b7q:B, 4b7q:C, 4b7q:D, 4b7r:A, 4b7r:B, 4b7r:C, 4b7r:D, 3beq:A, 3beq:B, 3ckz:A, 3cl0:A, 3cl2:A, 3cl2:B, 3cl2:C, 3cl2:D, 3cl2:E, 3cl2:F, 3cl2:G, 3cl2:H, 3cye:A, 3cye:B, 6d96:A, 6d96:B, 6d96:C, 6d96:D, 6d96:E, 6d96:F, 6d96:G, 6d96:H, 6g01:A, 6g01:B, 6g02:A, 6g02:B, 6hp0:C, 6hp0:A, 6hp0:B, 6hp0:D, 2hty:A, 2hty:B, 2hty:C, 2hty:D, 2hty:E, 2hty:F, 2hty:G, 2hty:H, 2hu0:B, 2hu4:A, 2hu4:B, 2hu4:C, 2hu4:D, 2hu4:E, 2hu4:F, 2hu4:G, 2hu4:H, 6lxi:A, 6lxi:B, 6lxk:A, 6lxk:B, 6lxk:C, 6lxk:D, 3nss:A, 3nss:B, 5nwe:A, 5nwe:B, 5nwe:C, 5nwe:D, 5nz4:A, 5nz4:B, 5nze:A, 5nze:B, 5nzf:A, 5nzf:B, 5nzf:C, 5nzf:D, 5nzn:A, 5nzn:B, 5nzn:C, 5nzn:D, 6q23:C, 6q23:B, 6q23:A, 6q23:D, 4qnp:A, 4qnp:B, 7s0i:A, 3ti3:A, 3ti3:B, 3ti4:A, 3ti4:B, 3ti5:A, 3ti5:B, 3ti6:A, 3ti6:B
4 4m3m:A 390 341 0.3256 0.3256 0.3724 1.43e-69 4d8s:A, 4gb1:A, 2ht5:A, 2ht7:A, 2ht8:A, 2htq:A, 2htr:A, 2htu:A, 5hun:A, 4ks1:A, 4ks2:A, 4ks3:A, 4ks4:A, 4ks5:A, 4mju:A, 4mjv:A, 3o9j:A, 3o9k:A
5 4wa3:A 388 341 0.3154 0.3170 0.3607 3.23e-69 4wa4:A, 4wa5:A
6 7e6q:A 394 330 0.3231 0.3198 0.3818 6.81e-62 7e6q:B, 4qn5:A, 4qn5:B, 3sal:A, 3sal:B, 3san:A, 3san:B, 3ti8:A, 3ti8:B
7 4hzv:A 388 353 0.3179 0.3196 0.3513 2.11e-59 4hzw:A, 4hzx:A, 4hzy:A, 4hzz:A, 4i00:A
8 2htv:A 388 356 0.3333 0.3351 0.3652 4.08e-58 2htv:B, 2htw:A
9 7cm1:B 387 388 0.3359 0.3385 0.3376 2.43e-54 7cm1:A, 7fgb:A, 7fgb:B, 7fgc:A, 7fgc:B, 7fgd:A, 7fgd:B, 7fge:A, 7fge:B, 7fge:C, 7fge:D, 7fge:E, 7fge:F, 7fge:G, 7fge:H
10 2bat:A 388 380 0.3128 0.3144 0.3211 2.54e-53 4h52:A, 4h52:B, 4h53:B, 4h53:A, 4h53:D, 4h53:C, 5huk:D, 5huk:A, 5huk:B, 5huk:C, 1ing:B, 1ing:A, 1inh:A, 1inh:B, 1inw:A, 1inx:A, 1ivc:B, 1ivc:A, 1ivd:B, 1ivd:A, 1ive:B, 1ive:A, 1ivf:B, 1ivf:A, 1ivg:B, 1ivg:A, 4k1h:B, 4k1h:A, 4k1i:B, 4k1i:A, 4k1j:A, 4k1j:B, 4k1k:B, 4k1k:A, 1nn2:A, 6q20:A, 3tia:D, 3tia:A, 3tia:B, 3tia:C, 3tib:C, 3tib:D, 3tib:B, 3tib:A, 3tic:D, 3tic:A, 3tic:B, 3tic:C, 7u4e:B, 7u4e:D, 7u4e:A, 7u4e:C
11 6n4d:D 388 382 0.3179 0.3196 0.3246 7.94e-53 6n4d:C, 6n4d:A, 6n4d:B
12 6crd:B 438 278 0.2590 0.2306 0.3633 2.96e-52 1a14:N, 2b8h:D, 2b8h:A, 2b8h:B, 2b8h:C, 1bji:A, 2c4a:A, 2c4l:A, 6crd:E, 6crd:D, 6crd:G, 6crd:H, 6crd:C, 6crd:F, 6crd:A, 6d3b:A, 4dgr:A, 1f8b:A, 1f8c:A, 1f8d:A, 1f8e:A, 6hcx:A, 6heb:A, 6hfc:A, 6hg0:A, 1iny:A, 5jr5:D, 5jr5:B, 5jyy:A, 5l14:A, 5l15:A, 5l17:A, 5l18:A, 1l7f:A, 1l7g:A, 1l7h:A, 6lxj:B, 6lxj:C, 6lxj:D, 6lxj:A, 6mcx:A, 1mwe:A, 4mwj:A, 4mwl:A, 4mwq:A, 4mwr:A, 4mwu:A, 4mwv:A, 4mww:A, 4mwx:A, 4mwy:A, 4mx0:A, 1nca:N, 1ncb:N, 1ncc:N, 1ncd:N, 1nma:N, 1nmb:N, 1nmc:N, 1nmc:A, 1nna:A, 1nnb:A, 1nnc:A, 3nn9:A, 4nn9:A, 5nn9:A, 6nn9:A, 7nn9:A, 6pzd:A, 6pze:A, 6pzf:B, 6pzf:A, 6pzw:D, 6pzw:C, 6pzw:B, 6pzw:A, 6pzy:B, 6pzy:E, 6pzy:F, 6pzy:A, 6q1z:A, 6q1z:B, 2qwa:A, 2qwb:A, 2qwc:A, 2qwd:A, 2qwe:A, 2qwf:A, 2qwg:A, 2qwh:A, 2qwi:A, 2qwj:A, 2qwk:A, 7r6h:C, 7r6h:D, 6u02:J, 6u02:A, 6u02:B, 6u02:E, 5vh0:A, 5vh0:B, 5vh0:C, 5vh0:D, 3w09:A, 5w26:A, 5w2u:A, 5w2w:A, 5w2y:A, 4weg:A, 1xoe:A, 1xog:A, 1ybk:C
13 2cml:A 389 352 0.3026 0.3033 0.3352 1.39e-51 2cml:C, 2cml:B, 2cml:D, 6hfy:C, 6hfy:A, 6hfy:D, 6hfy:B, 6hg5:C, 6hg5:A, 6hg5:D, 6hg5:B, 6hgb:C, 6hgb:A, 6hgb:D, 6hgb:B, 5hum:A, 5hum:B, 5hum:C, 5hum:D, 4qn4:A, 4qn4:B, 4qn6:A, 4qn6:B, 1v0z:A, 1v0z:C, 1v0z:B, 1v0z:D, 1w1x:A, 1w1x:B, 1w1x:C, 1w1x:D, 1w20:C, 1w20:A, 1w20:B, 1w20:D, 1w21:C, 1w21:A, 1w21:B, 1w21:D
14 4qn3:A 390 281 0.2667 0.2667 0.3701 1.63e-50 4qn3:B, 4qn7:A, 4qn7:B
15 2aep:A 388 380 0.3051 0.3067 0.3132 5.38e-50 6br5:A, 6br6:A, 8dwb:AAA, 8g30:N, 8g30:P, 8g30:M, 8g30:O, 8g3m:J, 8g3m:G, 8g3m:K, 8g3m:L, 8g3n:J, 8g3n:K, 8g3n:L, 8g3n:G, 8g3o:J, 8g3o:G, 8g3o:H, 8g3o:B, 8g3p:E, 8g3p:B, 8g3p:A, 8g3p:D, 8g3q:F, 8g3q:H, 8g3q:E, 8g3q:G, 8g3r:F, 8g3r:E, 8g3r:H, 8g3r:G, 8g3v:J, 8g3v:G, 8g3v:H, 8g3v:I, 8g40:J, 8g40:G, 8g40:H, 8g40:I, 4gzo:A, 4gzp:A, 4gzq:A, 4gzs:D, 4gzs:A, 4gzs:B, 4gzs:C, 4gzt:D, 4gzt:A, 4gzt:B, 4gzt:C, 4gzw:A, 4gzw:B, 4gzw:C, 4gzw:D, 4gzx:A, 4gzx:B, 4gzx:D, 4gzx:C, 6n6b:A, 7u4f:A, 7u4g:A
16 4mc7:A 363 323 0.2462 0.2645 0.2972 6.34e-29 4k3y:A, 4k3y:B, 4k3y:C, 4k3y:D, 4mc7:B, 4mc7:C, 4mc7:D
17 4fvk:A 367 270 0.1897 0.2016 0.2741 4.40e-22 4fvk:B, 4gdi:A, 4gdi:B, 4gdi:C, 4gdi:D, 4gdi:E, 4gdi:F, 4gdj:A, 4gez:A, 4gez:B, 4gez:C, 4gez:D, 4gez:E, 4gez:F, 4gez:G, 4gez:H, 4gez:I, 4gez:J, 4gez:K, 4gez:L
18 4gdj:B 321 291 0.1949 0.2368 0.2612 2.20e-21 4gdj:C, 4gdj:D
19 5dnu:A 267 71 0.0538 0.0787 0.2958 2.8
20 8gwh:A 295 51 0.0385 0.0508 0.2941 3.1
21 3igy:B 549 185 0.1026 0.0729 0.2162 3.5 3igz:B
22 7e5a:B 471 45 0.0359 0.0297 0.3111 7.1 7e5a:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218