Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EPECNDITARLQYVKVGSCKSEVEVDIHYCQGKCASKAMYSIDINDVQDQCSCCSPTRTEPMQVALHCTNGSVVYHEVLN
AMECKCSPRKCSK

The query sequence (length=93) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4nt5:A 93 93 1.0000 1.0000 1.0000 2.10e-65
2 4zdr:A 243 34 0.1505 0.0576 0.4118 0.47 1a38:A, 1a38:B, 8a9g:A, 8a9g:B, 4bg6:A, 4bg6:B, 2c1j:A, 2c1j:B, 2c1n:A, 2c1n:B, 3cu8:A, 3cu8:B, 5d2d:A, 5d2d:B, 5d3f:A, 5d3f:B, 7d8h:A, 7d8p:A, 7d8p:B, 7d9v:A, 7d9v:B, 6ef5:D, 6ef5:C, 6ef5:A, 6ef5:B, 6ejl:A, 6ejl:B, 5ewz:A, 5ewz:B, 6eww:A, 6eww:B, 6eww:C, 6eww:D, 5exa:B, 5exa:A, 7exe:A, 7exe:B, 6f08:B, 6f08:I, 6f08:A, 6f08:J, 6f09:P, 6f09:Q, 6f09:R, 6f09:S, 4fj3:A, 4fj3:B, 6fn9:A, 6fn9:B, 6fna:A, 6fna:B, 6fnb:A, 6fnb:B, 6fnc:A, 6fnc:B, 4hkc:A, 4ihl:A, 4ihl:B, 5j31:A, 5j31:B, 5jm4:A, 5jm4:B, 5m35:A, 5m35:B, 5m36:B, 5m36:A, 5m37:B, 5m37:A, 4n7g:A, 4n7y:A, 4n7y:B, 4n84:A, 4n84:B, 5nas:A, 5nas:B, 3nkx:A, 3nkx:B, 2o02:A, 2o02:B, 8p1h:A, 8qdv:A, 8qdv:B, 8qdv:E, 8qdv:G, 1qja:B, 1qja:A, 1qjb:A, 1qjb:B, 3rdh:A, 3rdh:B, 3rdh:C, 3rdh:D, 6rlz:A, 6rlz:B, 5ulo:A, 5ulo:B, 2v7d:A, 2v7d:B, 2v7d:C, 2v7d:D, 8we2:B, 8we2:A, 8wf6:B, 8wf6:A, 8wf6:D, 8wf6:C, 2wh0:A, 2wh0:B, 2wh0:C, 2wh0:D, 4wrq:A, 4wrq:B, 5wxn:A, 5wxn:B, 5xy9:A, 5xy9:B, 6ymo:A, 6ymo:B, 6yo8:A, 6yo8:B, 6yo8:C, 6yo8:D, 6yos:A, 6yos:B, 6zfg:A, 6zfg:B, 7zit:A, 7zit:B
3 5n10:B 236 34 0.1505 0.0593 0.4118 0.52 6a5q:C, 6a5q:B, 6a5q:A, 6byk:B, 6byk:D, 6byk:A, 6byk:C, 2c23:A, 8dp5:C, 5f74:A, 4gnt:A, 6hep:A, 6hep:B, 6hep:C, 6hep:D, 5n10:A, 7qi1:A, 7qi1:D, 7qi1:B, 7qi1:C, 6ygj:A, 6ygj:F
4 4my2:A 474 75 0.2043 0.0401 0.2533 0.54 5bpu:A, 5bpu:D, 5bpu:C, 5bpu:E, 5bqc:A
5 2btp:A 248 34 0.1398 0.0524 0.3824 1.0 6bcr:A, 6bcr:B, 6bcr:E, 6bcr:F, 6bcy:A, 6bcy:B, 6bcy:E, 6bcy:F, 6bd1:A, 6bd1:B, 6bd1:E, 6bd1:F, 6bd2:A, 6bd2:B, 6bqt:A, 6bqt:B, 6bqt:D, 6bqt:E, 6bqt:G, 6bqt:H, 6bqt:J, 6bqt:K, 2btp:B, 6kzg:A, 6kzg:B, 6kzh:A, 6kzh:B
6 6y6n:A 116 79 0.2151 0.1724 0.2532 1.8 6y6o:A
7 6nd4:N 678 41 0.1613 0.0221 0.3659 1.9 7ajt:UD, 7aju:UD, 7d4i:A4, 7d5s:A4, 7d63:A4, 6ke6:A4, 6lqp:A4, 6lqq:A4, 6lqr:A4, 6lqs:A4, 6lqt:A4, 6lqu:A4, 6lqv:A4, 7suk:LN, 5wlc:LN, 6zqa:UD, 6zqb:UD, 6zqc:UD, 6zqd:UD
8 2v5d:A 722 46 0.1505 0.0194 0.3043 3.3 2cbi:A, 2cbi:B, 2cbj:A, 2cbj:B, 2j1a:A, 2j1e:A, 2j62:A, 2j62:B, 2j7m:A, 7khv:A, 7khv:B, 7khv:C, 7khv:D, 7khv:E, 7khv:F, 5oxd:A, 6rhe:A, 2v5c:A, 2v5c:B, 2vur:A, 2vur:B, 2wb5:A, 2wb5:B, 2x0y:A, 2x0y:B, 2xpk:A, 2xpk:B, 2ydq:A, 2ydr:A, 2yds:A, 4zxl:A
9 4dx0:A 229 32 0.1290 0.0524 0.3750 3.9
10 8dgp:A 236 34 0.1290 0.0508 0.3529 4.9 2br9:A, 7c8e:A, 7c8e:B, 8dgm:A, 8dgn:A, 8dgp:B, 8dgp:C, 8dgp:D, 8dp5:D, 6eih:A, 8q1s:B, 8q1s:A, 3ual:A, 3ubw:A, 7v9b:A
11 8qtc:A 238 32 0.1290 0.0504 0.3750 5.7 8qtf:A, 8qtf:D, 8qtf:B, 8qtf:C, 8qtf:E, 8qtf:F, 8qtf:G, 8qtf:H, 8qtf:I, 8qtf:J, 8qtt:A, 8qtt:B, 8qtt:C, 8qtt:D, 8qtt:E, 8qtt:F, 8qtt:G, 8qtt:H, 8qtt:I, 8qtt:J
12 5nwk:B 245 32 0.1290 0.0490 0.3750 7.9 3e6y:A, 3e6y:B, 8hew:A, 3m50:A, 3m51:A, 5nwi:A, 5nwj:A, 5nwk:A, 5nwk:C, 5nwk:D, 5nwk:E, 5nwk:F, 5nwk:G, 1o9d:A, 1o9e:A, 1o9f:A, 2o98:A, 2o98:B
13 3axy:C 235 32 0.1290 0.0511 0.3750 8.2 3axy:D, 3axy:I, 3axy:J

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218