Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EPARVRCSHLLVKHSQSRRPSSWRQEQITRTQEEALELINGYIQKIKSGEEDFESLASQFSDCSSAKARGDLGAFSRGQM
QKPFEDASFALRTGEMSGPVFTDSGIHIILRTE

The query sequence (length=113) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8sg2:A 163 113 0.9823 0.6810 0.9823 1.44e-79 6dun:A, 6dun:B, 7efj:A, 7efx:A, 7ekv:A, 7f0m:A, 7f0m:C, 7f0m:B, 7f0m:D, 1f8a:B, 4gwv:A, 3i6c:A, 3i6c:B, 1i8g:B, 1i8h:B, 3ikd:A, 3ikd:B, 3ikg:A, 3ikg:B, 9inr:A, 9inr:B, 2itk:A, 3jyj:A, 3jyj:B, 3kab:A, 3kac:A, 3kac:B, 3kad:A, 3kaf:A, 3kag:A, 3kah:A, 3kai:A, 3kce:A, 2lb3:A, 2n1o:A, 1nmw:A, 3ntp:A, 6o33:A, 6o34:A, 3odk:A, 3oob:A, 1pin:A, 2q5a:A, 3tc5:A, 3tcz:A, 3tdb:A, 4tns:A, 4tyo:A, 4tyo:B, 5uy9:A, 6vaj:A, 3wh0:A, 2xp3:A, 2xp4:A, 2xp5:A, 2xp6:A, 2xp7:A, 2xp8:A, 2xp9:A, 2xpa:A, 2xpb:A
2 6vj6:A 258 111 0.3451 0.1512 0.3514 4.24e-11 6vj6:B
3 5ez1:B 232 87 0.2832 0.1379 0.3678 1.10e-06 5ez1:A
4 4bay:A 670 62 0.1681 0.0284 0.3065 0.24 3abt:A, 3abu:A, 8bop:A, 8box:A, 7cdc:A, 7cdd:A, 7cde:A, 7cdf:A, 7cdg:A, 4czz:A, 7e0g:A, 2ejr:A, 8f2z:A, 8f30:A, 8f59:A, 8f6s:A, 8fdv:A, 8fj4:A, 8fj6:A, 8fj7:A, 8fqj:A, 8fri:A, 8frq:A, 8frv:A, 8fsk:A, 9fwg:A, 5h6q:A, 5h6r:A, 2h94:A, 2hko:A, 8inl:A, 2iw5:A, 8jf5:A, 6k3e:A, 6kgk:A, 6kgl:A, 6kgm:A, 6kgn:A, 6kgo:A, 6kgp:A, 6kgq:A, 6kgr:A, 4kum:A, 5l3b:A, 5l3c:A, 5l3d:A, 5l3e:A, 5l3f:A, 5l3g:A, 5lbq:A, 5lgn:A, 5lgt:A, 5lgu:A, 5lhg:A, 5lhh:A, 5lhi:A, 6nqm:A, 6nqu:A, 6nr5:A, 8q1g:A, 8q1h:A, 8q1j:A, 6s35:A, 6te1:A, 6tuy:A, 4uv8:A, 4uv9:A, 4uva:A, 4uvb:A, 4uvc:A, 2uxn:A, 2uxx:A, 4uxn:A, 2v1d:A, 7vqs:A, 7vqt:A, 7vqu:A, 6vyp:k, 6vyp:m, 6vyp:M, 6vyp:K, 7w3l:A, 6w4k:A, 6wc6:A, 2x0l:A, 5x60:A, 2xaf:A, 2xag:A, 2xah:A, 2xaj:A, 2xaq:A, 2xas:A, 4xbf:A, 7xw8:A, 2y48:A, 5yjb:A, 8ym7:A, 2z3y:A, 2z5u:A, 3zms:A, 3zmt:A, 3zmu:A, 3zmv:A, 3zmz:A, 3zn0:A, 3zn1:A, 7zry:A
5 6bve:A 242 90 0.2389 0.1116 0.3000 1.1 6bve:B
6 4cej:B 1156 45 0.1416 0.0138 0.3556 3.1 4ceh:B, 4cei:B, 3u44:B, 3u4q:B
7 7d98:Q 288 54 0.1681 0.0660 0.3519 3.8 7d98:A, 7d98:B, 7d98:P, 5xxp:A, 5xxp:B
8 7nyx:A 1467 45 0.1416 0.0109 0.3556 4.6 7nyx:B, 7nyz:A, 7nyz:B, 7nz0:B, 7nz0:A, 7nz2:A3, 7nz2:B3, 7nz2:A4, 7nz2:B4, 7nz2:A1, 7nz2:B1, 7nz2:A2, 7nz2:B2, 7nz3:A1, 7nz3:B1, 7nz3:A2, 7nz3:B2
9 3cu0:A 250 30 0.0885 0.0400 0.3333 4.7 3cu0:B, 1fgg:A, 1fgg:B, 1kws:A, 1kws:B
10 2pv3:A 284 105 0.2035 0.0810 0.2190 5.9 2pv1:A, 2pv2:A, 2pv2:B, 2pv2:C, 2pv2:D, 2pv3:B
11 2dw4:A 634 77 0.1681 0.0300 0.2468 6.3
12 1amk:A 250 18 0.0708 0.0320 0.4444 7.8 7abx:A, 7az3:A, 7az4:A, 7az9:A, 7aza:A, 1if2:A, 1n55:A, 1qds:A, 2vxn:A, 2y61:A, 2y62:A, 2y63:A
13 4fha:A 307 48 0.1416 0.0521 0.3333 8.8 4fha:B
14 8qeo:A 2146 69 0.1504 0.0079 0.2464 9.0
15 8qen:A 2363 69 0.1504 0.0072 0.2464 9.0 9bja:A, 9bja:B, 2bvl:A, 2bvm:A, 6c0b:A, 7lou:A, 7lou:B, 7lov:A, 7lov:B, 3pa8:A, 3pa8:B, 3pee:B, 3pee:A, 7s0y:A, 5uqm:A, 5uqn:A, 5uqt:A, 5uqt:B
16 7ml7:A 1216 69 0.1504 0.0140 0.2464 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218