Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EMVETVCGPVPVEQLGKTLIHEHFLFGYPGFQGDVTRGTFREDESLRVAVEAAEKMKRHGIQTVVDPTPNDCGRNPAFLR
RVAEETGLNIICATGYYYPPYFQFRRLLGTAEDDIYDMFMAELTEGIADTGIKAGVIKLASSKGRITEYEKMFFRAAARA
QKETGAVIITHTQEGTMGPEQAAYLLEHGADPKKIVIGHMCGNTDPDYHRKTLAYGVYIAFDCFGIQGMVGAPTDEERVR
TLLALLRDGYEKQIMLSHDTVNVWLGRPFTLPEPFAEMMKNWHVEHLFVNIIPALKNEGIRDEVLEQMFIGNPAALFS

The query sequence (length=318) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5ch9:A 328 327 0.9969 0.9665 0.9694 0.0 5ch9:B, 3f4c:A, 3f4c:B, 3f4d:A, 3f4d:B, 4h9t:A, 4h9t:B, 4h9u:A, 4h9u:B, 4h9v:A, 4h9v:B, 4h9x:A, 4h9x:B, 4h9y:A, 4h9y:B, 4h9z:A, 4h9z:B, 4ha0:A, 4ha0:B, 6jss:A, 6jss:B, 6jss:C, 6jss:D, 6jst:A, 6jst:B, 6jst:C, 6jst:D, 6jsu:A, 6jsu:B, 3ojg:A, 3orw:A, 3orw:B, 3tn3:A, 3tn3:B, 3tn4:A, 3tn4:B, 3tn5:A, 3tn5:B, 3tn6:A, 3tn6:B, 3tnb:A, 3tnb:B, 4wvx:A, 4wvx:B
2 3gtx:A 333 320 0.5786 0.5526 0.5750 5.17e-130 3fdk:A, 3gtf:A, 3gth:A, 3gti:A, 3gu1:A, 3gu2:A, 3gu9:A, 3htw:A, 4j2m:A, 4j35:A, 4j5n:A, 2zc1:A
3 4g2d:A 314 325 0.3553 0.3599 0.3477 2.81e-54 4ker:A, 4ker:B, 4ker:C, 4ker:D, 4kes:A, 4kes:B, 4kes:C, 4kes:D, 4ket:A, 4ket:B, 4ket:C, 4ket:D, 4keu:A, 4keu:B, 4keu:C, 4keu:D, 4kev:A, 4kev:B, 4kev:C, 4kev:D, 4kez:A, 4kez:B, 4kez:C, 4kez:D, 4kf1:A, 4kf1:B, 4kf1:C, 4kf1:D, 8sf2:D, 8sfa:D, 8sfa:S, 8sfa:b, 8sfa:t
4 8sfb:D 314 320 0.3553 0.3599 0.3531 6.14e-53 8sfc:D, 8sfd:D, 8sfk:D, 8sfm:D, 3uf9:A, 3uf9:B, 3uf9:C, 3uf9:D, 2vc5:A, 2vc5:B, 2vc5:C, 2vc5:D, 2vc7:A, 2vc7:B, 2vc7:C, 2vc7:D, 5vri:A, 5vri:B, 5vri:C, 5vri:D, 5vrk:A, 5vrk:B, 5vsa:A, 5vsa:B, 5vsa:C, 5vsa:D, 5w3u:B, 5w3w:A, 5w3w:B, 5w3w:C, 5w3w:D, 5w3z:B, 5w3z:C, 5w3z:D
5 4if2:A 324 331 0.3774 0.3704 0.3625 4.48e-50
6 5w3u:D 294 317 0.3428 0.3707 0.3438 3.58e-49 8sf9:D, 5w3u:A, 5w3u:C, 5w3z:A
7 4rdz:B 316 314 0.3113 0.3133 0.3153 2.52e-42 4rdy:A, 4rdy:B, 4rdz:A, 4re0:A
8 3a3w:A 329 344 0.3459 0.3343 0.3198 4.10e-38 3a3x:A, 3a4j:A, 3c86:A, 2d2g:A, 2d2h:A, 2d2j:A, 4np7:A, 3ood:A, 3oqe:A, 2r1k:A, 2r1l:A, 2r1m:A, 2r1n:A, 2r1p:A, 3so7:A, 5vej:A, 5w7h:A, 5w7h:B, 3wml:A
9 1bf6:A 291 303 0.2987 0.3265 0.3135 2.70e-37 1bf6:B, 4lef:C, 4lef:D, 4lef:A, 4lef:B, 4lef:E, 4lef:F, 4lef:G, 4lef:H
10 6bh7:A 308 327 0.3176 0.3279 0.3089 3.67e-37 6fee:A, 8p7f:A
11 6fqe:B 340 340 0.3208 0.3000 0.3000 5.76e-34 6aml:A, 6aml:G, 6b2f:A, 6b2f:G, 6bh7:G, 6bhk:A, 6bhk:G, 6bhk:B, 6bhk:E, 6bhl:A, 6bhl:G, 3cak:A, 3cak:B, 3cs2:A, 3cs2:B, 3cs2:K, 3cs2:P, 1dpm:A, 1dpm:B, 3e3h:A, 3e3h:B, 4e3t:A, 4e3t:B, 1eyw:A, 1ez2:A, 1ez2:B, 6fef:A, 6fei:A, 6fei:B, 6ffw:A, 6ffw:B, 6for:A, 6fqe:A, 6frz:A, 6frz:B, 6fs3:A, 6fs3:B, 6fu0:A, 6fu0:B, 6fu0:C, 6fu0:D, 6fu6:A, 6fu6:B, 6fvk:A, 6fvp:A, 6fw1:A, 6fwe:A, 6g0m:A, 6g1j:A, 6g23:A, 6g3l:A, 6g3m:A, 6gbj:A, 6gbk:A, 6gbk:B, 6gbl:A, 6gbl:B, 4gy0:A, 4gy0:B, 4gy1:A, 4gy1:B, 1hzy:A, 1hzy:B, 1i0b:A, 1i0b:B, 1i0d:A, 1i0d:B, 1jgm:A, 1jgm:B, 2o4m:A, 2o4m:B, 2o4m:C, 2o4m:P, 2o4q:A, 2o4q:B, 2o4q:K, 2o4q:P, 2ob3:A, 2ob3:B, 2oql:A, 2oql:B, 1p6b:A, 1p6b:B, 1p6c:A, 1p6c:B, 8p7h:A, 8p7i:A, 8p7i:B, 8p7k:A, 8p7k:B, 8p7m:A, 8p7n:A, 8p7n:B, 8p7n:C, 8p7n:D, 8p7q:A, 8p7r:A, 8p7s:A, 8p7t:A, 8p7u:A, 8p7v:A, 7p85:A, 4pbe:A, 4pbe:G, 4pbf:A, 4pbf:B, 4pcn:A, 4pcn:B, 4pcp:A, 4pcp:G, 1psc:A, 1psc:B, 1qw7:A, 1qw7:B, 3upm:A, 3upm:B, 8uqy:A, 8uqz:A, 3ur2:A, 3ur2:B, 3ur5:A, 3ur5:B, 3ura:A, 3ura:B, 3urb:A, 3urb:B, 3urn:A, 3urn:B, 3urq:A, 3urq:B, 5w6b:A, 5w6b:G, 5wcp:A, 5wcp:G, 5wcq:A, 5wcq:G, 5wcr:A, 5wcr:G, 5wcw:A, 5wcw:G, 5wiz:A, 5wiz:G, 5wj0:A, 5wj0:G, 5wms:A, 5wms:G, 5wms:Q, 5wms:S, 4xaf:A, 4xaf:G, 4xag:A, 4xag:G, 4xay:A, 4xay:G, 4xaz:A, 4xaz:G, 4xd3:A, 4xd3:G, 4xd4:A, 4xd4:G, 4xd5:A, 4xd5:G, 4xd6:A, 4xd6:G, 4zst:A, 4zst:B, 4zsu:A, 4zsu:B
12 3k2g:B 358 355 0.3239 0.2877 0.2901 1.18e-30 3k2g:A, 3k2g:C, 3k2g:D
13 3pnz:A 329 341 0.2956 0.2857 0.2757 3.94e-29 3pnz:B, 3pnz:C, 3pnz:D, 3pnz:E, 3pnz:F
14 3ovg:A 351 337 0.3113 0.2821 0.2938 6.19e-29 3ovg:B, 3ovg:C, 3ovg:D, 3ovg:E, 3ovg:F
15 3rhg:A 363 353 0.3270 0.2865 0.2946 5.44e-24 4qsf:A
16 5ot1:A 572 72 0.0723 0.0402 0.3194 0.69
17 2nto:A 201 76 0.0755 0.1194 0.3158 1.2 2pvq:A
18 3wrg:A 658 104 0.0849 0.0410 0.2596 1.2 7bzl:A, 7dif:A, 7exu:A, 7exv:A, 7exw:A, 8qf2:A, 3wkx:A, 3wre:A
19 4kx7:A 875 42 0.0503 0.0183 0.3810 1.4 4kx8:A, 4kx9:A, 4kxa:A, 4kxb:A, 4kxc:A, 4kxd:A
20 2p57:A 124 31 0.0314 0.0806 0.3226 2.2
21 5k3o:A 328 57 0.0692 0.0671 0.3860 3.1 5k3o:B, 5k3o:C, 5k3o:D, 5k45:A, 5k45:B, 5k45:C, 5k45:D, 5k4g:A, 5k4g:B, 5k4g:C, 5k4g:D, 5k4h:A, 5k4h:B, 5k4h:C, 5k4h:D, 5k4h:E, 5k4h:F, 5k4h:G, 5k4h:H, 6rue:A, 6rue:B, 6rue:C, 6rue:D, 6ruf:A, 6ruf:B, 6ruf:C, 6ruf:D
22 2ref:A 203 26 0.0409 0.0640 0.5000 3.3 2ref:B
23 7vtl:A 373 26 0.0346 0.0295 0.4231 7.9 7vtm:A
24 3dhh:E 102 44 0.0440 0.1373 0.3182 8.7 3q14:E, 3q3m:E, 3q3m:H
25 8v9q:B 449 55 0.0377 0.0267 0.2182 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218