Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EKLPAPTGKPVLTISGKIGNMNVGDKAVFDLAMLEKLGMKTIETTTPWYTGKVRFDGIPLNKLMDLVGAKGTSARVLALN
DYTTIIPIDDFYKFPVIMALKMNGQYMRIRDKGPLFIVYPYDSSAELQNQIYYSRSAWQVSKMIIE

The query sequence (length=146) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7rkb:A 146 146 1.0000 1.0000 1.0000 3.93e-106
2 7kos:A 149 141 0.6301 0.6174 0.6525 7.09e-69 7kos:D
3 7kp2:A 138 137 0.3425 0.3623 0.3650 2.70e-26
4 4pw3:A 365 108 0.1986 0.0795 0.2685 0.004 5k3x:A, 5k3x:B, 4pw3:B, 4pw3:C, 4pw3:D, 4pw9:A, 5wa0:A, 5wa0:B, 5wa0:C, 5wa0:D
5 6y0k:AAA 377 89 0.1507 0.0584 0.2472 0.25
6 8b6f:A8 217 74 0.1438 0.0968 0.2838 1.6 8bqs:A8
7 1m0w:A 481 45 0.0890 0.0270 0.2889 2.0 1m0w:B
8 5vo3:A 380 37 0.0753 0.0289 0.2973 3.5 3ic1:A, 3ic1:B, 3isz:A, 3isz:B
9 5abm:A 494 51 0.1164 0.0344 0.3333 4.2 5abm:B, 5abm:C, 5abm:D, 5ac0:A, 5ac0:B, 5ac1:A, 5ac1:B, 5ac1:C, 5ac1:D, 5ac2:A, 1bxs:A, 1bxs:B, 1bxs:C, 1bxs:D, 6dum:A, 8ene:A, 8ene:B, 8ene:C, 8ene:D, 7jws:A, 7jwt:A, 7jwu:A, 7jwv:A, 7jww:A, 5l2m:A, 5l2n:A, 5l2o:A, 5l2o:B, 5l2o:C, 5l2o:D, 5l2o:E, 5l2o:F, 5l2o:G, 5l2o:H, 8t0n:A, 8t0t:A, 5tei:A, 7um9:A, 4wb9:A, 8wfq:A, 8wfq:B, 8wfq:C, 8wfq:D, 8wfq:E, 8wfq:F, 8wfq:G, 8wfq:H, 4wp7:A, 4wpn:A, 4x4l:A
10 8p94:B 394 52 0.1096 0.0406 0.3077 4.2 6dec:B, 3dxk:B, 4jd2:B, 7jpn:B, 2p9n:B, 2p9p:B, 2p9s:B, 2p9u:B, 7t5q:B, 8tah:B, 7tpt:B, 1tyq:B, 1u2v:B, 6uhc:B, 3ukr:B, 3ule:B
11 2jal:B 444 105 0.1781 0.0586 0.2476 4.6 2cbu:A, 2cbu:B, 2cbv:A, 2cbv:B, 2ces:A, 2ces:B, 2cet:A, 2cet:B, 2j75:A, 2j75:B, 2j77:A, 2j77:B, 2j78:A, 2j78:B, 2j79:A, 2j79:B, 2j7b:A, 2j7b:B, 2j7c:A, 2j7c:B, 2j7d:A, 2j7d:B, 2j7e:A, 2j7e:B, 2j7f:A, 2j7f:B, 2j7g:A, 2j7g:B, 2j7h:A, 2j7h:B, 2jal:A, 5n6s:A, 5n6s:B, 5n6s:C, 5n6s:D, 5n6t:A, 5n6t:B, 1oif:A, 1oif:B, 1oim:A, 1oim:B, 1oin:A, 1oin:B, 5oss:B, 1uz1:A, 1uz1:B, 2vrj:A, 2vrj:B, 1w3j:A, 1w3j:B, 2wbg:A, 2wbg:B, 2wbg:C, 2wbg:D, 2wc3:A, 2wc3:B, 2wc3:C, 2wc3:D, 2wc4:A, 2wc4:B, 2wc4:C, 2wc4:D
12 4h2k:A 258 33 0.0753 0.0426 0.3333 5.0 4h2k:B
13 8e9b:B 387 64 0.1233 0.0465 0.2812 6.3 8uxw:B, 8uxx:B, 6w17:B, 6w18:B
14 7nng:A 572 57 0.1301 0.0332 0.3333 7.5 5rl6:A, 5rl7:A, 5rl8:A, 5rl9:A, 5rlb:A, 5rlc:A, 5rld:A, 5rle:A, 5rlf:A, 5rlg:A, 5rlh:A, 5rli:A, 5rlj:A, 5rlk:A, 5rll:A, 5rlm:A, 5rln:A, 5rlo:A, 5rlp:A, 5rlq:A, 5rlr:A, 5rls:A, 5rlt:A, 5rlu:A, 5rlv:A, 5rlw:A, 5rly:A, 5rlz:A, 5rm0:A, 5rm1:A, 5rm2:A, 5rm3:A, 5rm4:A, 5rm5:A, 5rm6:A, 5rm7:A, 5rm8:A, 5rm9:A, 5rma:A, 5rmb:A, 5rmc:A, 5rmd:A, 5rme:A, 5rmf:A, 5rmg:A, 5rmh:A, 5rmi:A, 5rmj:A, 5rmk:A, 5rml:A, 5rmm:A, 5rob:A, 6zsl:A
15 6jyt:A 597 57 0.1301 0.0318 0.3333 7.5 7cxm:E, 7cxm:F, 7cxn:E, 7cxn:F, 7cyq:F, 7cyq:E, 7egq:E, 7egq:R, 7egq:F, 7egq:S, 7eiz:E, 7eiz:F, 8gw1:E, 8gw1:F, 8gwb:F, 8gwb:E, 8gwe:F, 8gwe:E, 8gwf:F, 8gwf:E, 8gwg:F, 8gwg:E, 8gwi:F, 8gwi:E, 8gwk:E, 8gwk:F, 8gwm:E, 8gwm:F, 8gwn:F, 8gwn:E, 8gwo:F, 8gwo:E, 6jyt:B, 7krn:E, 7kro:E, 7kro:F, 7nio:A, 7nio:E, 7nn0:A, 7nn0:B, 7nn0:C, 7nn0:D, 7nng:B, 7rdx:E, 7rdx:F, 7rdy:E, 7rdy:F, 7rdz:E, 7rdz:F, 7re0:E, 7re0:F, 7re1:E, 7re1:F, 7re2:E, 7re3:E, 7re3:F, 7re3:K, 7re3:L, 5rl6:B, 5rl7:B, 5rl8:B, 5rl9:B, 5rlb:B, 5rlc:B, 5rld:B, 5rle:B, 5rlf:B, 5rlg:B, 5rlh:B, 5rli:B, 5rlj:B, 5rlk:B, 5rll:B, 5rlm:B, 5rln:B, 5rlo:B, 5rlp:B, 5rlq:B, 5rlr:B, 5rls:B, 5rlt:B, 5rlu:B, 5rlv:B, 5rlw:B, 5rly:B, 5rlz:B, 5rm0:B, 5rm1:B, 5rm2:B, 5rm3:B, 5rm4:B, 5rm5:B, 5rm6:B, 5rm7:B, 5rm8:B, 5rm9:B, 5rma:B, 5rmb:B, 5rmc:B, 5rmd:B, 5rme:B, 5rmf:B, 5rmg:B, 5rmh:B, 5rmi:B, 5rmj:B, 5rmk:B, 5rml:B, 5rmm:B, 5rob:B, 6xez:E, 6xez:F, 6zsl:B
16 8bja:A 1563 89 0.1712 0.0160 0.2809 7.5
17 8xd5:A 419 35 0.1027 0.0358 0.4286 8.5 8hho:A, 8hiq:A, 8hiz:A, 8hj9:A, 8xco:A, 8xcp:A, 8xcq:A, 8xcr:A, 8xcs:A, 8xct:A, 8xcu:A, 8xcv:A, 8xcw:A, 8xcx:A, 8xcy:A, 8xcz:A, 8xd0:A, 8xd1:A, 8xd2:A, 8xd3:A, 8xd4:A, 8xd6:A, 8znb:A, 8znc:A, 8znd:A, 8zne:A, 8zng:A
18 8zj7:C 315 31 0.0822 0.0381 0.3871 8.8 8zhy:A, 8zhy:B, 8zhy:D, 8zi8:A, 8zi8:C, 8zi8:D, 8zj0:B, 8zj0:C, 8zj0:D, 8zj3:A, 8zj3:C, 8zj3:B, 8zj3:D, 8zj5:B, 8zj5:C, 8zj5:D, 8zj7:B, 8zj7:A, 8zj7:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218