Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EININNYNDDAIQVLEGLDAVRKRPGMYIGSTDGAGLHHLVWEIVDNAVDEALSGFGDRIDVTINKDGSLTVQDHGRGMP
TGMHAMGIPTVEVIFTILHAGGKFGQGGYKTSGGLHGVGSSVVNALSSWLEVEITRDGAVYKQRFENGGKPVTTLKKIGT
APKSKTGTKVTFMPDATIFSTTDFKYNTISERLNESAFLLKNVTLSLTDKRTDEAIEFHYENGVQDFVSYLNEDKEILTP
VLYFEGEDNGFQVEVALQYNDGFSDNILSFVNNVRTKDGGTHETGLKSAITKVMNDYARKTGLLKEKDKNLEGSDYREGL
AAVLSILVPEEHLQFEGQTKDKLGSPLARPVVDGIVADKLTFFLMENGELASNLIRKAIKARDAREAARKARDESR

The query sequence (length=396) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5j5p:A 397 396 1.0000 0.9975 1.0000 0.0 5boc:A, 5bod:A, 4em7:A, 4emv:A, 5j5p:B, 5j5q:B, 5j5q:A, 5j5q:C, 5j5q:D, 4lp0:A, 4lpb:A, 4mb9:A, 4mbc:A, 4mot:A, 5yig:A, 5yig:B
2 4i3h:A 1037 373 0.8636 0.3298 0.9169 0.0 3foe:D, 3foe:C, 3fof:C, 3fof:D, 4i3h:B, 4juo:A, 4juo:C, 3k9f:A, 3k9f:C, 3k9f:D, 3k9f:B, 4koe:A, 4koe:C, 4koe:D, 4koe:B, 4kpe:A, 4kpe:C, 4kpe:D, 4kpe:B, 4kpf:A, 4kpf:C, 4kpf:D, 4kpf:B, 3ksa:A, 3ksa:C, 3ksa:D, 3ksa:B, 3ksb:A, 3ksb:B, 3ksb:C, 3ksb:D, 3ltn:A, 3ltn:C, 3ltn:D, 3ltn:B, 3rad:A, 3rad:C, 3rad:D, 3rad:B, 3rae:A, 3rae:C, 3rae:D, 3rae:B, 3raf:A, 3raf:C, 3raf:D, 3raf:B, 4z3o:B, 4z3o:A, 4z4q:A, 4z4q:B, 4z53:A, 4z53:B
3 4url:A 364 384 0.5909 0.6429 0.6094 1.00e-156 4url:B, 4urn:A, 4urn:B, 4urn:C
4 3zkb:D 392 395 0.4823 0.4872 0.4835 1.61e-124 3zkb:A, 3zkb:B, 3zkb:C, 3zkb:E, 3zkb:F, 3zkb:G, 3zkb:H, 3zkb:I, 3zkb:J, 3zkb:K, 3zkb:L, 3zkb:M, 3zkb:N, 3zkb:O, 3zkb:P, 3zkd:A, 3zkd:B, 3zkd:C, 3zkd:D, 3zkd:E, 3zkd:F, 3zkd:G, 3zkd:H
5 6zt3:A 394 388 0.4848 0.4873 0.4948 1.09e-121 4bae:A, 4bae:B, 4bae:C, 4bae:D
6 3zm7:A 359 383 0.4545 0.5014 0.4700 3.62e-114 3zm7:B, 3zm7:C, 3zm7:D, 3zm7:E, 3zm7:F
7 1kij:A 384 370 0.4318 0.4453 0.4622 1.28e-99 6enh:A, 1kij:B
8 9gbv:B 782 373 0.4343 0.2199 0.4611 3.26e-96 1aj6:A, 7c7n:A, 7c7o:A, 7dor:A, 7dor:B, 7dpr:A, 7dpr:B, 7dps:A, 7dps:B, 7dqf:A, 7dqf:B, 7dqh:A, 7dqh:B, 7dqi:A, 7dqi:B, 7dqj:A, 7dqj:B, 7dql:A, 7dql:B, 7dqm:A, 7dqm:B, 7dqs:A, 7dqs:B, 7dqu:A, 7dqu:B, 7dqw:A, 7dqw:B, 4duh:A, 4duh:B, 1ei1:A, 1ei1:B, 6eng:A, 6eng:B, 6f86:A, 6f8j:A, 6f94:A, 6f96:A, 3g7e:A, 9gbv:D, 9ggq:D, 9ggq:B, 4hyp:A, 4hyp:B, 4hyp:C, 4hyp:D, 6j90:A, 4kfg:A, 4kfg:B, 1kzn:A, 6kzv:A, 6kzx:A, 6kzz:A, 6l01:A, 5l3j:A, 5mmn:A, 5mmo:A, 5mmp:A, 7p2m:A, 7p2n:A, 7p2w:A, 7p2x:A, 4prv:A, 4prx:A, 4pu9:A, 8qdx:B, 8qdx:D, 8qqi:D, 8qqi:B, 8qqs:B, 8qqs:D, 8qqu:D, 6rku:D, 6rku:B, 6rkv:D, 6rkv:B, 6rkw:D, 6rkw:B, 4wub:A, 4wuc:A, 4wud:A, 4xtj:A, 6yd9:A, 5z4h:A, 5z4h:B, 5z4o:A, 5z4o:B, 5z9b:A, 5z9b:B, 5z9e:A, 5z9e:B, 5z9f:A, 5z9f:B, 5z9l:A, 5z9l:B, 5z9m:A, 5z9m:B, 5z9n:A, 5z9q:A, 5z9q:B, 7z9c:D, 7z9c:B, 7z9g:D, 7z9g:B, 7z9k:B, 7z9k:D, 7z9m:B, 7z9m:D, 4zvi:A, 5zxm:A, 5zxm:B
9 4hz5:A 191 207 0.3485 0.7225 0.6667 1.64e-90 4hz5:B, 4hz5:C, 4hz5:D, 4hz5:E, 4hz5:F, 4hz5:G, 4hz5:J
10 6gau:A 1088 402 0.4192 0.1526 0.4129 8.29e-87 5bs8:A, 5bs8:B, 5bs8:C, 5bs8:D, 5bta:A, 5bta:B, 5bta:C, 5bta:D, 5btc:A, 5btc:B, 5btc:C, 5btc:D, 5btd:A, 5btd:B, 5btd:C, 5btd:D, 5btf:A, 5btf:B, 5btf:C, 5btf:D, 5btg:A, 5btg:B, 5btg:C, 5btg:D, 5bti:A, 5bti:B, 5bti:C, 5bti:D, 5btl:A, 5btl:B, 5btl:C, 5btl:D, 5btn:A, 5btn:B, 5btn:C, 5btn:D, 9foy:A, 9foy:B, 6gau:B, 7ugw:A, 7ugw:B, 7ugw:C, 7ugw:D
11 1s16:A 380 387 0.3838 0.4000 0.3928 7.13e-76 4hz0:A, 4hz0:B, 1s16:B
12 7cmp:A 374 378 0.3561 0.3770 0.3730 5.37e-70 7cmp:B, 7cmp:C, 7cmp:D, 3lps:A
13 7ptf:A 212 213 0.2677 0.5000 0.4977 1.11e-61 8bn6:A, 6m1j:A, 6m1j:B, 6m1s:A, 6m1s:B, 7ptf:B, 7ptf:C, 7ptg:B
14 4hxz:A 366 378 0.3359 0.3634 0.3519 1.04e-60 4hxz:B, 4hy1:A, 4hy1:B, 4hym:A, 4kqv:A, 4kqv:B
15 4urm:B 195 209 0.2626 0.5333 0.4976 5.98e-59 5cph:A, 5cph:B, 5ctu:A, 5ctu:B, 5ctw:A, 5ctw:B, 5ctx:B, 5cty:B, 5d6p:A, 5d6p:B, 5d6q:B, 5d7c:A, 5d7c:B, 5d7d:A, 5d7d:B, 5d7r:A, 5d7r:B, 3g75:A, 3g75:B, 3g7b:A, 3g7b:B, 4p8o:A, 4p8o:B, 6tck:A, 6tck:B, 3ttz:A, 3ttz:B, 6ttg:A, 6ttg:B, 3u2d:A, 3u2d:B, 3u2k:A, 3u2k:B, 4urm:A, 4urm:C, 4urm:D, 4uro:A, 4uro:B, 4uro:C, 4uro:D, 5z9p:A, 5z9p:B
16 6y8o:A 188 212 0.2576 0.5426 0.4811 1.31e-57 4b6c:A, 4b6c:B, 6y8o:B
17 7pqi:A 198 207 0.2702 0.5404 0.5169 2.59e-57 7pql:A, 7pql:B, 7pqm:A, 7pqm:B
18 4gee:A 193 209 0.2551 0.5233 0.4833 2.53e-54 4gfn:A, 4ggl:A, 4hxw:A, 4k4o:A, 4ksg:A, 4ksh:A, 4ktn:A
19 6y8l:A 184 206 0.2475 0.5326 0.4757 2.06e-53 6y8l:B, 6y8n:A, 6y8n:B
20 7ptg:A 183 206 0.2197 0.4754 0.4223 7.24e-43
21 3fv5:B 181 205 0.2096 0.4586 0.4049 1.35e-38 3fv5:A, 1s14:A, 1s14:B
22 8yon:C 605 369 0.2803 0.1835 0.3008 1.15e-26 9imj:A, 8ylu:C, 8ylu:D, 8yo1:C, 8yo1:D, 8yo7:D, 8yo7:C, 8yod:C, 8yod:D, 8yon:D
23 4gfh:A 1102 305 0.2020 0.0726 0.2623 2.71e-15 4gfh:F, 3l4j:A, 3l4k:A, 1pvg:A, 1pvg:B, 1qzr:A, 1qzr:B, 2rgr:A
24 7l6s:A 396 384 0.2222 0.2222 0.2292 3.81e-10
25 6zy7:B 1160 365 0.2096 0.0716 0.2274 2.01e-05 4fm9:A, 5gwk:A, 5gwk:B, 4r1f:B, 4r1f:C, 4r1f:D, 1zxm:A, 1zxm:B, 1zxn:B, 1zxn:C, 1zxn:D, 6zy5:B, 6zy5:A, 6zy6:A, 6zy6:B, 6zy7:A, 6zy8:A, 6zy8:B
26 4r1f:A 366 304 0.1843 0.1995 0.2401 3.96e-05 1zxn:A
27 7qfo:A 379 364 0.1944 0.2032 0.2115 4.24e-04 7qfn:A, 7zbg:A
28 6z1p:Bv 465 66 0.0556 0.0473 0.3333 4.3
29 2ism:B 333 53 0.0455 0.0541 0.3396 4.6 2ism:A
30 4r3a:B 278 42 0.0429 0.0612 0.4048 6.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218