Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EIEMRICDYLRRHGRSTVQDIFKELKLEKSTVNRHLYSLQASKQVFKTVKRPVWNLV

The query sequence (length=57) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4lb5:B 63 60 1.0000 0.9048 0.9500 7.46e-36 4lb5:A, 4lb6:B
2 4kmf:A 62 58 0.5439 0.5000 0.5345 3.20e-16
3 4wcg:B 61 56 0.3333 0.3115 0.3393 2.49e-05 4wcg:A
4 1cf7:B 82 54 0.2632 0.1829 0.2778 0.017
5 7c0i:B 67 49 0.2456 0.2090 0.2857 0.027 7c0i:A, 7c0i:C
6 3f21:A 67 59 0.3158 0.2687 0.3051 0.047 2acj:B, 2acj:C, 2acj:D, 3f21:B, 3f21:C, 3f22:A, 3f22:B, 3f22:C, 3f23:A, 3f23:B, 3f23:C, 2gxb:A, 2gxb:B, 3irq:B, 3irq:A, 3irq:D, 3irq:C, 3irr:C, 3irr:D, 3irr:A, 3irr:B, 1qbj:A, 1qbj:B, 1qbj:C, 5zu1:C, 5zu1:A, 5zu1:B, 5zuo:B, 5zuo:C, 5zuo:D, 5zup:B, 5zup:C, 5zup:D
7 6pas:B 576 22 0.1930 0.0191 0.5000 0.73 6pat:B
8 2e7w:A 150 40 0.1930 0.0733 0.2750 0.80 2e7x:A, 2efp:A, 2efq:A, 2pmh:A, 2pn6:A, 2yx4:A, 2yx7:A
9 2acj:A 53 57 0.2807 0.3019 0.2807 0.95 5zuo:A, 5zup:A
10 8cou:A 413 41 0.2281 0.0315 0.3171 1.4 4b7v:A, 4b7v:B, 8cn2:B, 8cn2:A, 8cn4:A, 8cn4:B, 8cn5:B, 8cn5:A, 8cn7:A, 8cn7:B, 8cne:A, 8cne:B, 8cng:A, 8cng:B, 8cou:B, 8cov:A, 8cov:B, 4jb6:A, 4jb6:B, 4jpf:A, 7oc0:A, 7oc0:B, 7oc1:A, 7oc1:B, 8pd1:A, 8pd1:B, 8pfz:A, 8pfz:B, 8pj0:A, 8pj0:B, 8pj0:C, 8pj0:D, 8qer:A, 8qer:B, 8qm1:A, 8qm1:B, 8r0i:A, 8r0i:B, 8r1v:A, 8r1v:B, 5sn5:A, 5sn6:A, 5sn7:A, 5sn7:B, 5sn8:A, 5sn9:A, 5sna:B, 5snb:A, 5snc:A, 5snd:A, 5snd:B, 5sne:A, 5sne:B, 5snf:A, 5sng:A, 5snh:A, 5snh:B, 5sni:A, 5sni:B, 5snj:A, 5snj:B, 5snk:A, 5snl:B, 5snm:A, 5snn:A, 5snn:B, 5sno:A, 5sno:B, 5snp:A, 5snp:B, 5snq:B, 5sns:B, 5snt:A, 5snu:A, 5snu:B, 5snv:A, 5snv:B, 5snw:A, 5snx:A, 5snx:B, 5sny:A, 5snz:B, 5so0:A, 5so0:B, 5so1:A, 5so1:B, 5so2:A, 5so2:B, 5so3:A, 5so4:A, 5so4:B, 5so5:A, 5so5:B, 5so6:A, 5so7:A, 5so7:B, 5so8:A, 5so8:B, 5so9:B, 5soa:A, 5sob:A, 5sob:B, 5soc:A, 5soc:B, 5sod:A, 5soe:A, 5soe:B, 5sof:A, 5sog:A, 5sog:B, 5soh:A
11 7c0j:B 62 56 0.3158 0.2903 0.3214 1.4 7c0j:A
12 2cyy:A 151 47 0.2281 0.0861 0.2766 7.5 2e1c:A, 2zny:A, 2zny:C, 2zny:E, 2zny:B, 2zny:D, 2zny:F, 2zny:H, 2zny:G, 2znz:A, 2znz:B, 2znz:C, 2znz:D, 2znz:E, 2znz:F, 2znz:G, 2znz:H
13 7l7b:D 1148 38 0.1404 0.0070 0.2105 8.9
14 6f4n:B 243 33 0.2105 0.0494 0.3636 9.6 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
15 4are:A 678 42 0.2456 0.0206 0.3333 9.9 2y50:A, 2y6i:A, 7z5u:A, 7zbv:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218