Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EGPPKYTKSILKKGDKTNFPKKGDVVHCWYTGTLPDGTVFDTNIQTSSKKKKNAKPLSFKVGVGKVIRGWDEALLTMSKG
EKARLEIEPEWAYGKKGQPDAKIPPNTKLIFEVELVDID

The query sequence (length=119) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5d75:A 120 116 0.9328 0.9250 0.9569 9.77e-79 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
2 7u0s:A 124 119 0.4454 0.4274 0.4454 3.76e-28 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
3 5hua:A 113 109 0.4202 0.4425 0.4587 2.12e-26 1yat:A
4 6vrx:A 108 106 0.4118 0.4537 0.4623 2.01e-25 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
5 4nnr:A 102 99 0.3866 0.4510 0.4646 8.53e-25 4nnr:B
6 6tz8:C 111 109 0.3950 0.4234 0.4312 9.86e-24 6tz8:F
7 8xi9:A 201 106 0.3866 0.2289 0.4340 5.49e-23 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
8 1c9h:A 107 106 0.3782 0.4206 0.4245 1.58e-22 5hkg:A
9 4lax:A 237 111 0.4118 0.2068 0.4414 2.59e-22 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
10 4lax:A 237 111 0.2521 0.1266 0.2703 1.05e-06 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
11 5hw8:B 122 121 0.4202 0.4098 0.4132 2.81e-21 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
12 5b8i:C 119 122 0.4370 0.4370 0.4262 7.94e-21
13 3pa7:A 124 115 0.3782 0.3629 0.3913 6.57e-20 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
14 6mke:A 117 109 0.3613 0.3675 0.3945 2.73e-19 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
15 8p3c:B 126 122 0.4202 0.3968 0.4098 6.16e-19
16 4qt3:A 125 112 0.3782 0.3600 0.4018 4.30e-18 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
17 4giv:A 192 98 0.3529 0.2188 0.4286 2.53e-17 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
18 7f2j:A 117 98 0.3277 0.3333 0.3980 6.47e-17 7f2j:B, 6j2m:A
19 5njx:A 413 111 0.3529 0.1017 0.3784 1.26e-16 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
20 5njx:A 413 107 0.2689 0.0775 0.2991 1.28e-06 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
21 4msp:A 189 99 0.3277 0.2063 0.3939 3.33e-16 4msp:B
22 8z38:B 113 103 0.3361 0.3540 0.3883 4.24e-16 8z38:A
23 1q6i:A 210 103 0.3866 0.2190 0.4466 9.02e-15 1q6i:B
24 8bk4:A 163 108 0.3445 0.2515 0.3796 5.52e-14 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
25 8bjd:A 208 101 0.3361 0.1923 0.3960 5.10e-12 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
26 1qz2:A 285 111 0.2521 0.1053 0.2703 3.74e-07 1qz2:B
27 4odq:A 106 62 0.1849 0.2075 0.3548 0.001 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
28 7q9e:C 397 42 0.1261 0.0378 0.3571 0.63 7q9e:A, 7q9e:B, 7q9e:D, 7zzl:A, 7zzl:B, 7zzl:C, 7zzl:D
29 8wt1:C 651 75 0.1849 0.0338 0.2933 1.4 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
30 6evj:C 748 87 0.2017 0.0321 0.2759 2.6 6evj:F, 6evk:C, 9f2r:C, 9f37:C, 6fhh:C, 6fhi:C, 5m3h:C, 6szu:C, 6szv:C, 6t0n:C, 6t0r:C, 6t0s:C, 6t0u:C, 6t0v:C, 6tw1:C, 4wsb:C
31 3htp:A 324 53 0.1345 0.0494 0.3019 3.0 4gxx:A, 3htq:A, 3htt:A, 4juh:A, 4juj:A, 4juj:C, 5vmc:A, 5vmc:C, 5vmc:E, 5vmf:A, 5vmf:C, 5vmf:E, 5vmg:A, 5vmg:C, 5vmg:E, 5vmj:A, 5vmj:C, 5vmj:E, 2wrg:J, 2wrh:H, 2wrh:J, 2wrh:L
32 8oz1:A 373 46 0.1261 0.0402 0.3261 3.3 6ha9:A, 6ha9:B, 6haa:A, 6haa:B, 5oyd:A, 5oyd:B, 5oye:A, 5oye:B
33 8hg9:A 392 42 0.1176 0.0357 0.3333 3.8 8hg9:B
34 5xon:W 329 39 0.1092 0.0395 0.3333 4.4
35 6ir9:W 275 39 0.1092 0.0473 0.3333 4.8 6j4w:W, 6j4x:W, 6j4y:W, 6j4z:W, 6j50:W, 6j51:W, 8jh2:W, 7wbv:W, 7wbw:W, 7wbx:W
36 2mgz:A 94 38 0.1008 0.1277 0.3158 5.1
37 5bqy:A 324 48 0.1176 0.0432 0.2917 6.8 5bqy:E, 5bqz:A, 5bqz:E
38 5fql:A 507 34 0.1176 0.0276 0.4118 8.4 6ioz:A
39 6hqw:B 307 50 0.1176 0.0456 0.2800 8.6
40 3h0l:B 410 72 0.1513 0.0439 0.2500 8.7 3h0l:E, 3h0l:H, 3h0l:K, 3h0l:N, 3h0l:Q, 3h0l:T, 3h0l:W, 3h0m:B, 3h0m:E, 3h0m:H, 3h0m:K, 3h0m:N, 3h0m:Q, 3h0m:T, 3h0m:W, 3h0r:B, 3h0r:E, 3h0r:H, 3h0r:K, 3h0r:N, 3h0r:Q, 3h0r:T, 3h0r:W
41 4zke:A 473 23 0.0924 0.0233 0.4783 9.5 4zkd:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218