Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EGIDVKKQENFSEWYSQVITKSEFLDYYDVSGCYIFRPNCWFVWESVQKFFDAEIKKLGVQNVMFPLFVTKRALETEKDH
VEGFSPEVAWVTKSGNSDLQEPIALRPTSETIMYPSYAKWIQSHRDLPLKLNQWTNVVRWEFKHAVPFIRSREFYWQEGH
SAFKSKEEADEEVFTILELYKRVYEELLAVPVIKGTKTENEKFAGADYTTTVETFIATNGRAVQGGTSHHLGQNFSKMFK
IQFEAENKETQFAYQNSWGLSTRTLGVMIMVHGDDKGMVLPPRVAFCQVVVIPLINATLVEKTKEIYNELEKAGIRVKLD
DRLERTPGWKYNYWELRGVPLRIEVGPKDLEKQQIMLCRRDTGEKWTMPLSEFSGDSIKAVLDKIHDSMLNKARKEMNER
IVVTRTWPEFIKALNSGNMCLIPWHESKAAEEYIKEKSKLESVQSQSDANTGLTGAAKSLCVPLDQSSFPSLEGLENFYP
EEAHKKPNCWALFGRSY

The query sequence (length=497) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6nab:B 497 497 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6nab:A, 6uyh:A, 6uyh:B
2 7f9a:A 499 508 0.5594 0.5571 0.5472 0.0 7bbu:A, 7f98:A, 7f98:B, 7f99:A, 7f99:B, 7f9a:B, 7f9b:A, 7f9b:B, 7f9c:A, 7f9c:B, 7f9d:A, 7f9d:B, 4hvc:A, 4hvc:B, 4k86:A, 4k87:A, 4k88:A, 7osy:A, 7osy:B, 7osz:A, 7osz:B, 7ot0:A, 7ot0:B, 7ot1:A, 7ot1:B, 7ot2:A, 7ot2:B, 7ot3:A, 7ot3:B, 5v58:A, 5vad:A, 5vad:B, 7x09:A, 7x09:B, 7x1o:A, 7x1o:B, 7y1h:A, 7y1h:B, 7y1w:A, 7y1w:B, 7y28:A, 7y28:B, 7y3s:A, 7y3s:B
3 6t7k:A 494 500 0.5392 0.5425 0.5360 0.0 7f96:A, 7f97:A, 7f97:B, 7f97:C, 7f97:D, 4olf:A, 4q15:A, 4q15:B, 7qb7:A, 7qc1:A, 7qc1:D, 7qc1:I, 7qc2:A, 7v9d:A, 4ydq:A, 4ydq:B
4 7evv:A 489 501 0.5392 0.5481 0.5349 0.0 6a88:A, 6a88:B, 6a88:C, 6a88:D, 7evu:A, 7evu:B, 7f9p:A, 7f9q:A, 7f9q:B, 7f9r:A, 7f9s:A, 7f9t:A, 7f9t:B, 7f9u:A, 7f9u:B, 7f9u:C, 7f9u:D, 7f9v:A, 7f9v:B, 7fak:A, 7fal:A, 7fal:B, 7fam:A, 7fan:A, 7v8j:A, 7v8j:B, 7v8k:A, 7v8k:B, 7vc1:A, 7vc2:A, 7vc2:B, 7vc3:A, 7vc5:A, 5xig:A, 5xig:B, 5xig:C, 5xig:D, 5xih:A, 5xih:B, 5xih:C, 5xih:D, 5xii:A, 5xii:B, 5xii:C, 5xii:D, 5xij:A, 5xij:B, 5xij:C, 5xij:D, 5xik:A, 5xik:B, 5xik:C, 5xik:D, 5xiq:A, 5xiq:B, 5xiq:C, 5xiq:D
5 5f9z:A 493 503 0.5453 0.5497 0.5388 0.0 5f9y:A, 5f9y:B, 5f9z:B, 5xio:A, 5xio:B
6 5xip:B 475 500 0.5231 0.5474 0.5200 0.0 5xip:A, 5xip:C, 5xip:D
7 6mn8:A 399 397 0.4588 0.5714 0.5743 8.73e-172
8 5ifu:B 445 497 0.4688 0.5236 0.4688 1.16e-156 5ifu:A, 4wi1:A, 4wi1:B
9 5xil:A 445 507 0.4326 0.4831 0.4241 2.76e-138
10 1h4s:A 473 436 0.3984 0.4186 0.4541 1.09e-126 1h4q:A, 1h4q:B, 1h4s:B, 1h4t:A, 1h4t:B, 1h4t:C, 1h4t:D, 1hc7:A, 1hc7:B, 1hc7:C, 1hc7:D
11 1nj1:A 463 397 0.3119 0.3348 0.3904 3.20e-94 1nj2:A, 1nj5:A, 1nj6:A
12 3ial:B 505 462 0.3018 0.2970 0.3247 4.65e-84 3ial:A
13 2i4n:B 442 408 0.1730 0.1946 0.2108 3.51e-14 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
14 8w8j:A 572 179 0.0986 0.0857 0.2737 1.17e-11 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
15 8w8j:A 572 157 0.0664 0.0577 0.2102 0.005 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
16 1qf6:A 641 414 0.1771 0.1373 0.2126 9.45e-10 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
17 1nyq:B 645 95 0.0543 0.0419 0.2842 1.42e-05 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
18 1nyq:B 645 158 0.0724 0.0558 0.2278 0.76 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
19 3ugt:C 427 189 0.0946 0.1101 0.2487 2.01e-05 4eo4:A, 4eo4:B, 4eo4:C, 4eo4:D, 3ugq:A, 3ugt:A, 3ugt:B, 3ugt:D, 3uh0:A, 4yye:A, 4yye:B
20 2j3l:B 570 155 0.0724 0.0632 0.2323 8.96e-05 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
21 2j3l:B 570 134 0.0684 0.0596 0.2537 1.47e-04 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
22 5znj:A 563 137 0.0805 0.0710 0.2920 4.54e-04 5znk:A
23 5znj:A 563 165 0.0704 0.0622 0.2121 6.81e-04 5znk:A
24 6vu9:A 631 381 0.1509 0.1189 0.1969 0.001
25 4ttv:A 403 193 0.0885 0.1092 0.2280 0.005 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D
26 8hg7:A 590 86 0.0443 0.0373 0.2558 0.21 8hb0:A, 8hdh:A, 8hez:A, 8hin:A, 7vsi:A, 7ynj:A, 7ynk:A
27 7l3o:B 401 66 0.0443 0.0549 0.3333 0.31 7l3o:A, 7l3o:C, 7l3o:D
28 6b9o:B 937 38 0.0342 0.0181 0.4474 0.45 6b9o:A, 6b9p:A, 6b9p:B
29 5t2n:A 291 72 0.0423 0.0722 0.2917 2.3
30 5zy9:C 400 287 0.1127 0.1400 0.1951 3.1 5zy9:D, 5zy9:E
31 7nfe:A 3585 58 0.0302 0.0042 0.2586 3.8
32 8bot:A 3528 58 0.0302 0.0043 0.2586 3.8
33 7tbl:e 313 120 0.0563 0.0895 0.2333 7.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218