Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EFEKVELTADGGVIKTILKKGDEGEENIPKKGNEVTVHYVGKLESTGKVFDSSFDRNVPFKFHLEQGEVIKGWDICVSSM
RKNEKCLVRIESMYGYGDEGCGESIPGNSVLLFEIELLSFREL

The query sequence (length=123) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4qt3:A 125 123 1.0000 0.9840 1.0000 1.26e-86 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
2 3pa7:A 124 121 0.8049 0.7984 0.8182 2.51e-70 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
3 6mke:A 117 117 0.4553 0.4786 0.4786 1.37e-30 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
4 5njx:A 413 119 0.4797 0.1429 0.4958 1.24e-27 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
5 5njx:A 413 122 0.3171 0.0944 0.3197 1.96e-08 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
6 7u0s:A 124 92 0.3902 0.3871 0.5217 1.37e-26 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
7 5hua:A 113 111 0.3902 0.4248 0.4324 4.55e-24 1yat:A
8 4lax:A 237 112 0.3984 0.2068 0.4375 1.83e-23 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
9 7f2j:A 117 90 0.3415 0.3590 0.4667 2.89e-23 7f2j:B, 6j2m:A
10 6vrx:A 108 93 0.3496 0.3981 0.4624 5.14e-21 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
11 4nnr:A 102 89 0.3496 0.4216 0.4831 5.75e-21 4nnr:B
12 8p3c:B 126 117 0.3984 0.3889 0.4188 1.11e-20
13 8xi9:A 201 94 0.3415 0.2090 0.4468 1.99e-20 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
14 6tz8:C 111 90 0.3496 0.3874 0.4778 4.38e-20 6tz8:F
15 1c9h:A 107 95 0.3171 0.3645 0.4105 1.15e-18 5hkg:A
16 4giv:A 192 96 0.3577 0.2292 0.4583 1.27e-18 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
17 5d75:A 120 112 0.3577 0.3667 0.3929 4.34e-18 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
18 5hw8:B 122 113 0.3496 0.3525 0.3805 1.84e-15 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
19 5b8i:C 119 114 0.3415 0.3529 0.3684 2.57e-13
20 8z38:B 113 95 0.3089 0.3363 0.4000 3.75e-13 8z38:A
21 8bk4:A 163 97 0.2927 0.2209 0.3711 3.34e-12 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
22 4msp:A 189 94 0.3171 0.2063 0.4149 1.06e-11 4msp:B
23 8bjd:A 208 94 0.2602 0.1538 0.3404 2.70e-09 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
24 1q6i:A 210 114 0.3252 0.1905 0.3509 3.44e-09 1q6i:B
25 5mgx:G 266 115 0.2846 0.1316 0.3043 3.14e-07 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 4qsh:C 1081 79 0.1870 0.0213 0.2911 0.21 4qsh:A, 4qsh:D, 4qsh:B, 4qsk:A, 4qsk:B
27 8fun:D 370 19 0.0650 0.0216 0.4211 3.4 8ful:B, 8ful:D, 8ful:F, 8ful:H, 8fum:B, 8fum:D, 8fum:F, 8fum:H, 8fun:B, 8fuo:B, 8fuo:D, 6m2i:B
28 6m1w:B 346 20 0.0650 0.0231 0.4000 4.4
29 4pa5:A 242 33 0.0813 0.0413 0.3030 6.6
30 3qph:A 335 47 0.1057 0.0388 0.2766 9.3 2f5t:X

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218