Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
EEFVEEFNRLKTFANFPSGSPVSASTLARAGFLYTGEGDTVRCFSCHAAVDRWQYGDSAVGRHRKVSPNCRFINGFYL

The query sequence (length=78) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2pop:D 80 78 1.0000 0.9750 1.0000 5.16e-55 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
2 3m1d:A 78 75 0.4359 0.4359 0.4533 2.86e-23 3m1d:B
3 3m0d:D 75 71 0.4359 0.4533 0.4789 3.63e-23 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
4 8fvu:A 1361 71 0.3846 0.0220 0.4225 4.80e-16 2vm5:A
5 8fvu:A 1361 72 0.3718 0.0213 0.4028 3.25e-13 2vm5:A
6 8fvu:A 1361 73 0.2949 0.0169 0.3151 3.37e-05 2vm5:A
7 1c9q:A 117 70 0.3974 0.2650 0.4429 6.36e-16 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
8 3t6p:A 330 65 0.3590 0.0848 0.4308 1.76e-14 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
9 4kmn:A 103 65 0.3462 0.2621 0.4154 4.88e-14 7trl:A
10 2i3h:B 95 65 0.3333 0.2737 0.4000 2.13e-13 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
11 2uvl:B 95 65 0.3462 0.2842 0.4154 2.38e-13 2uvl:A
12 3f7g:B 101 65 0.3333 0.2574 0.4000 3.64e-13 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
13 7qgj:A 79 52 0.3205 0.3165 0.4808 3.70e-13 7qgj:B
14 1jd5:A 105 73 0.3718 0.2762 0.3973 7.90e-13 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
15 5yud:A 1238 70 0.3590 0.0226 0.4000 1.13e-12
16 5yud:A 1238 74 0.3205 0.0202 0.3378 1.46e-07
17 3sip:F 108 68 0.3205 0.2315 0.3676 1.80e-11 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
18 7rav:A 773 72 0.3590 0.0362 0.3889 1.97e-11
19 7rav:A 773 48 0.2949 0.0298 0.4792 6.67e-11
20 7rav:A 773 70 0.2949 0.0298 0.3286 4.49e-07
21 1f9x:A 117 52 0.2564 0.1709 0.3846 5.21e-09 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
22 1m4m:A 112 70 0.2949 0.2054 0.3286 7.13e-09
23 3ued:C 139 72 0.2821 0.1583 0.3056 7.31e-08 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
24 1xb0:F 103 65 0.2821 0.2136 0.3385 8.72e-08 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
25 8atu:A 2837 75 0.2949 0.0081 0.3067 2.30e-06 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
26 8auw:A 2900 75 0.2949 0.0079 0.3067 2.30e-06
27 7x11:A 564 34 0.1795 0.0248 0.4118 1.8 7x11:B, 7x11:C, 7x11:D, 7x12:A, 7x12:B, 7x12:C, 7x12:D
28 1dd1:B 249 28 0.1795 0.0562 0.5000 2.4 1dd1:A, 1dd1:C
29 1gq2:A 555 29 0.1538 0.0216 0.4138 2.7 1gq2:B, 1gq2:C, 1gq2:D, 1gq2:E, 1gq2:F, 1gq2:G, 1gq2:H, 1gq2:I, 1gq2:J, 1gq2:K, 1gq2:L, 1gq2:M, 1gq2:N, 1gq2:O, 1gq2:P
30 2mpr:A 421 30 0.1282 0.0238 0.3333 3.4 2mpr:B, 2mpr:C
31 8c0t:A 281 47 0.1667 0.0463 0.2766 3.5
32 4e84:A 313 26 0.1538 0.0383 0.4615 3.9 4e84:B, 4e8w:A, 4e8w:B, 4e8y:A, 4e8y:B, 4e8z:A, 4e8z:B
33 7k4o:A 554 28 0.1282 0.0181 0.3571 4.0
34 1af6:A 421 30 0.1282 0.0238 0.3333 5.0 1af6:B, 1af6:C, 1mpm:A, 1mpm:B, 1mpm:C, 1mpn:A, 1mpn:B, 1mpn:C, 1mpo:A, 1mpo:B, 1mpo:C, 1mpq:A, 1mpq:B, 1mpq:C
35 5g4i:A 423 24 0.1282 0.0236 0.4167 6.6 5g4i:B, 5g4j:A, 5g4j:B
36 6h5l:A 506 31 0.1538 0.0237 0.3871 7.6
37 4b2o:A 264 29 0.1282 0.0379 0.3448 7.9 4b2o:B, 4b2o:C, 4b2o:D
38 5myi:D 165 37 0.1795 0.0848 0.3784 8.3 5myd:A, 5myd:B, 5myd:C, 5myd:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218