Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DYEYEEITLERGNSGLGFSIAGGTDNDSSIFITKIITGGAAAQDGRLRVNDCILRVNEVDVRDVTHSKAVEALKEAGSIV
RLYVKRRKP

The query sequence (length=89) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8cn1:H 101 94 1.0000 0.8812 0.9468 4.16e-58 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
2 2ka9:A 189 92 0.8989 0.4233 0.8696 2.14e-49 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
3 2ka9:A 189 89 0.5393 0.2540 0.5393 1.18e-21 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
4 8c1t:A 90 89 0.5843 0.5778 0.5843 1.57e-27 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
5 8bq8:C 93 85 0.4944 0.4731 0.5176 1.58e-21 8bq8:A, 8bq8:B
6 7pc3:A 405 89 0.5169 0.1136 0.5169 8.11e-20 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
7 7p73:A 420 88 0.4944 0.1048 0.5000 2.88e-19 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
8 5heb:A 119 87 0.4494 0.3361 0.4598 2.90e-17 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
9 2r4h:C 98 84 0.3258 0.2959 0.3452 1.31e-16
10 3jxt:A 96 78 0.4045 0.3750 0.4615 3.30e-16 3jxt:B
11 4wyu:A 201 94 0.4719 0.2090 0.4468 1.49e-15 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
12 4wyu:A 201 78 0.3371 0.1493 0.3846 2.79e-09 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
13 7p70:A 407 71 0.4382 0.0958 0.5493 1.70e-15 7pc4:A, 7qql:A
14 6xa7:B 96 84 0.3933 0.3646 0.4167 6.05e-14 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
15 2pdz:A 86 74 0.4157 0.4302 0.5000 6.57e-14
16 8b82:A 108 94 0.4494 0.3704 0.4255 2.57e-13 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
17 2i0i:A 81 80 0.4157 0.4568 0.4625 3.14e-13 2i0i:B, 2i0i:C
18 5wou:A 95 90 0.4045 0.3789 0.4000 4.04e-13
19 5zys:A 90 89 0.3596 0.3556 0.3596 8.46e-12
20 8bp4:A 93 77 0.3258 0.3118 0.3766 1.31e-11 8bp4:C, 8bp4:B
21 2m0z:A 97 84 0.3034 0.2784 0.3214 1.59e-10 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
22 2koh:A 111 87 0.3708 0.2973 0.3793 1.68e-10 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
23 4e34:A 87 69 0.3146 0.3218 0.4058 2.36e-10 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
24 8bv7:A 95 60 0.2921 0.2737 0.4333 4.74e-10 8buw:A, 8buw:B
25 4xhv:A 94 86 0.3483 0.3298 0.3605 2.61e-09
26 2l4t:A 124 85 0.3708 0.2661 0.3882 4.37e-09 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
27 2kaw:A 90 62 0.2809 0.2778 0.4032 4.78e-09 6lcb:A, 2mx6:A
28 7qct:A 90 86 0.3371 0.3333 0.3488 1.49e-08 7qct:B
29 6zbq:A 89 60 0.2697 0.2697 0.4000 3.10e-08 6zc4:A
30 7qqn:C 414 77 0.3034 0.0652 0.3506 3.51e-08 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
31 6x23:A 89 82 0.2921 0.2921 0.3171 3.89e-08
32 1l6o:A 95 71 0.2809 0.2632 0.3521 4.13e-08 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
33 2kpl:A 129 89 0.2921 0.2016 0.2921 4.28e-08
34 6gbe:A 119 90 0.3034 0.2269 0.3000 7.59e-08
35 1n7f:A 86 81 0.2697 0.2791 0.2963 2.03e-07 1n7f:B
36 7x2e:A 163 68 0.2921 0.1595 0.3824 2.16e-07 2kbs:A
37 5n7d:A 423 66 0.2360 0.0496 0.3182 2.48e-07 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
38 2exg:A 101 88 0.3258 0.2871 0.3295 1.19e-06 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
39 2qt5:A 194 84 0.2809 0.1289 0.2976 1.46e-06 2qt5:B
40 2qt5:A 194 81 0.2697 0.1237 0.2963 5.89e-06 2qt5:B
41 7qqm:A 413 82 0.3258 0.0702 0.3537 5.02e-06
42 7pc5:A 405 76 0.2809 0.0617 0.3289 6.52e-06
43 1ihj:B 95 86 0.3258 0.3053 0.3372 7.67e-06 1ihj:A
44 7weg:B 96 72 0.2809 0.2604 0.3472 1.11e-05 7weg:A
45 1b8q:A 127 81 0.2809 0.1969 0.3086 1.27e-05
46 4ydp:A 83 75 0.2360 0.2530 0.2800 1.62e-04 4ydp:B
47 1rzx:A 98 65 0.2247 0.2041 0.3077 3.67e-04 5i7z:A, 1x8s:A
48 6kz1:A 97 71 0.2472 0.2268 0.3099 6.97e-04 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
49 4xh7:A 110 75 0.2584 0.2091 0.3067 0.001
50 2m0u:A 117 77 0.2472 0.1880 0.2857 0.002
51 3vqg:A 85 62 0.2022 0.2118 0.2903 0.002
52 7ykg:A 188 68 0.2135 0.1011 0.2794 0.005 7ykf:A, 7ykf:C, 7ykg:C, 7ykh:A, 7ykh:C, 7yki:A, 7yki:C
53 3bpu:A 86 88 0.2809 0.2907 0.2841 0.015
54 2ejy:A 85 82 0.2360 0.2471 0.2561 0.015
55 5ez0:D 95 65 0.1910 0.1789 0.2615 0.037 5eyz:A, 5eyz:B, 5eyz:C, 5eyz:D, 5ez0:A, 5ez0:C, 5ez0:B, 3nfk:A, 3nfk:B, 3nfl:A, 3nfl:B, 3nfl:C, 3nfl:D, 7vze:A, 7vze:B, 7vze:C, 7vze:D
56 6ar4:B 87 82 0.2247 0.2299 0.2439 0.074 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
57 3cyy:B 81 59 0.1573 0.1728 0.2373 0.31 3cyy:A
58 4ynn:A 400 51 0.1461 0.0325 0.2549 1.9 4ynn:B, 4ynn:C, 4ynn:D, 4ynn:E, 4ynn:F, 4ynn:G, 4ynn:H
59 1u38:A 89 30 0.1011 0.1011 0.3000 2.1
60 7jro:e 94 28 0.1124 0.1064 0.3571 2.7 7jrp:e
61 6nid:B 88 50 0.1798 0.1818 0.3200 3.1 6nid:A, 6nid:C
62 2qag:B 246 38 0.1124 0.0407 0.2632 3.2
63 4g7e:B 833 39 0.1461 0.0156 0.3333 3.5
64 4rwn:A 349 26 0.1124 0.0287 0.3846 4.8 4rwo:A, 4rwp:A
65 1gvr:A 364 34 0.1461 0.0357 0.3824 5.7 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
66 8rpl:B 630 63 0.1910 0.0270 0.2698 7.1 8rpk:A, 8rpk:B, 8rpk:C, 8rpk:D, 8rpl:A, 8rpl:C, 8rpl:D
67 4s3n:A 343 25 0.1124 0.0292 0.4000 8.8
68 4kva:B 258 62 0.1573 0.0543 0.2258 9.6 4kv9:A, 4kv9:B, 4kva:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218