Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DVNTLTRFVMEEGRKARGTGELTQLLNSLCTAVKAISSAVRKAGIAHLYGIAGKLDVLSNDLVMNMLKSSFATCVLVSEE
DKHAIIVEPEKRGKYVVCFDPLDGSSNIDCLVSVGTIFGIYRKKSTDEPSEKDALQPGRNLVAAGYALYGSATMLVLAMD
CGVNCFMLDPAIGEFILVDKDVKIKKKGKIYSLNEGYAKDFDPAVTEYIQRKKFPPDNSAPYGARYVGSMVADVHRTLVY
GGIFLYPANKKSPNGKLRLLYECNPMAYVMEKAGGMATTGKEAVLDVIPTDIHQRAPVILGSPDDVLEFLKVYEKHS

The query sequence (length=317) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7ezf:D 329 327 0.9968 0.9605 0.9664 0.0 3a29:A, 3a29:B, 3a29:C, 3a29:D, 7c9q:C, 7cvh:A, 7cvh:C, 7cvh:B, 7cvh:D, 7cvn:A, 7cvn:C, 7cvn:B, 7cvn:D, 7cwe:A, 7cwe:B, 7ezf:A, 7ezf:B, 7ezf:C, 7ezp:A, 7ezp:B, 7ezp:C, 7ezp:D, 7ezr:A, 7ezr:B, 7ezr:C, 7ezr:D, 2fie:A, 2fie:L, 2fie:D, 2fie:H, 2fix:A, 2fix:L, 2fix:D, 2fix:H, 1fta:A, 1fta:B, 1fta:C, 1fta:D, 2jjk:A, 2jjk:C, 2jjk:B, 2jjk:D, 3kbz:A, 3kbz:B, 3kbz:C, 3kbz:D, 3kc0:A, 3kc0:B, 3kc0:C, 3kc0:D, 3kc1:A, 3kc1:B, 3kc1:C, 3kc1:D, 5ldz:A, 5ldz:B, 5ldz:C, 5ldz:D, 5ldz:E, 5ldz:F, 6ls5:C, 6lw2:A, 6lw2:B, 6lw2:C, 6lw2:D, 4mjo:A, 4mjo:B, 4mjo:C, 4mjo:D, 4mjo:E, 4mjo:F, 4mjo:G, 4mjo:H, 5pzq:A, 5pzq:B, 5pzq:C, 5pzq:D, 5pzr:A, 5pzr:C, 5pzr:B, 5pzr:D, 5pzs:A, 5pzs:C, 5pzs:B, 5pzs:D, 5pzt:A, 5pzt:B, 5pzt:C, 5pzt:D, 5pzt:E, 5pzt:F, 5pzt:G, 5pzt:H, 5pzu:A, 5pzu:B, 5pzu:C, 5pzu:D, 5pzv:A, 5pzv:B, 5pzv:C, 5pzv:D, 5pzw:A, 5pzw:C, 5pzw:B, 5pzw:D, 5pzx:A, 5pzx:B, 5pzx:C, 5pzx:D, 5pzx:E, 5pzx:F, 5pzx:G, 5pzx:H, 5pzy:A, 5pzy:B, 5pzy:C, 5pzy:D, 5pzy:E, 5pzy:F, 5pzy:G, 5pzy:H, 5pzz:A, 5pzz:B, 5pzz:C, 5pzz:D, 5pzz:E, 5pzz:F, 5pzz:G, 5pzz:H, 5q00:A, 5q00:B, 5q00:C, 5q00:D, 5q00:E, 5q00:F, 5q00:G, 5q00:H, 5q01:A, 5q01:B, 5q01:C, 5q01:D, 5q01:E, 5q01:F, 5q01:G, 5q01:H, 5q02:A, 5q02:B, 5q02:C, 5q02:D, 5q03:A, 5q03:B, 5q03:C, 5q03:D, 5q03:E, 5q03:F, 5q03:G, 5q03:H, 5q04:A, 5q04:B, 5q04:C, 5q04:D, 5q04:E, 5q04:F, 5q04:G, 5q04:H, 5q05:A, 5q05:B, 5q05:C, 5q05:D, 5q05:E, 5q05:F, 5q05:G, 5q05:H, 5q06:A, 5q06:B, 5q06:C, 5q06:D, 5q07:A, 5q07:C, 5q07:B, 5q07:D, 5q07:E, 5q07:F, 5q07:G, 5q07:H, 5q08:A, 5q08:B, 5q08:C, 5q08:D, 5q08:E, 5q08:F, 5q08:G, 5q08:H, 5q09:A, 5q09:B, 5q09:D, 5q09:C, 5q09:E, 5q09:F, 5q09:G, 5q09:H, 5q0a:A, 5q0a:C, 5q0a:B, 5q0a:D, 5q0b:B, 5q0b:C, 5q0b:D, 2vt5:A, 2vt5:B, 2vt5:C, 2vt5:D, 2vt5:E, 2vt5:F, 2vt5:G, 2vt5:H, 2wbb:A, 2wbb:H, 2wbb:B, 2wbb:C, 2wbb:D, 2wbb:E, 2wbb:F, 2wbb:G, 2wbd:A, 2wbd:B, 2wbd:C, 2wbd:D, 2wbd:E, 2wbd:F, 2wbd:G, 2wbd:H, 7wjv:D, 2y5k:A, 2y5k:C, 2y5k:B, 2y5k:D, 2y5l:A, 2y5l:B, 2y5l:C, 2y5l:D, 2y5l:E, 2y5l:F, 2y5l:G, 2y5l:H, 5zwk:A, 5zwk:B, 5zwk:C, 5zwk:D
2 1fsa:A 337 327 0.8927 0.8398 0.8654 0.0 7c9q:A, 7c9q:D, 7c9q:B, 1cnq:A, 1eyi:A, 1eyj:A, 1eyj:B, 1eyk:A, 1eyk:B, 2f3b:A, 2f3d:A, 1fbc:A, 1fbc:B, 1fbd:A, 1fbd:B, 1fbe:A, 1fbe:B, 1fbf:A, 1fbf:B, 1fbg:A, 1fbg:B, 1fbh:A, 1fbh:B, 1fbp:A, 1fbp:B, 3fbp:A, 3fbp:B, 4fbp:A, 4fbp:B, 4fbp:D, 4fbp:C, 5fbp:A, 5fbp:B, 2fhy:A, 2fhy:L, 2fhy:D, 2fhy:H, 1fj6:A, 1fj9:A, 1fj9:B, 1fpb:A, 1fpb:B, 1fpd:A, 1fpd:B, 1fpe:A, 1fpe:B, 1fpf:A, 1fpf:B, 1fpg:A, 1fpg:B, 1fpi:A, 1fpi:B, 1fpj:A, 1fpj:B, 1fpk:A, 1fpk:B, 1fpl:A, 1fpl:B, 1frp:A, 1frp:B, 1fsa:B, 4gbv:A, 4gbw:A, 4gws:A, 4gws:B, 4gwu:A, 4gww:A, 4gwx:A, 4gwy:A, 4gwz:A, 4gwz:B, 4gx3:A, 4gx3:B, 4gx4:A, 4gx4:B, 4gx6:A, 4gx6:B, 4h45:A, 4h46:A, 4kxp:A, 4kxp:B, 1kz8:A, 1kz8:F, 1lev:A, 1lev:F, 6ls5:B, 6ls5:A, 6ls5:D, 1nuw:A, 1nux:A, 1nuy:A, 1nuz:A, 1nv0:A, 1nv1:A, 1nv2:A, 1nv3:A, 1nv4:A, 1nv5:A, 1nv6:A, 1nv7:A, 1nv7:B, 5q0b:A, 1q9d:A, 1q9d:B, 2qvu:A, 2qvu:B, 2qvv:A, 2qvv:B, 1rdx:A, 1rdx:B, 1rdy:A, 1rdy:B, 1rdz:A, 1rdz:B, 7wjv:A, 7wjv:B, 7wjv:C, 1yxi:A, 1yyz:A, 1yz0:A, 1yz0:B
3 1bk4:A 314 317 0.8864 0.8949 0.8864 0.0
4 5q0c:A 328 327 0.7792 0.7530 0.7554 1.03e-175 5et6:A, 5et6:C, 5et6:B, 5et6:D, 4he0:A, 4he1:A, 4he2:A, 3ifa:A, 3ifa:B, 3ifa:C, 3ifa:D, 3ifc:A, 3ifc:B, 3ifc:C, 3ifc:D, 5k56:A, 5l0a:A, 5q0c:B, 5q0c:C, 5q0c:D, 5q0c:E, 5q0c:F, 5q0c:G, 5q0c:H
5 5k55:A 290 316 0.7066 0.7724 0.7089 2.05e-148 5et8:A
6 7ns5:A 319 314 0.4606 0.4577 0.4650 1.39e-92 7ns5:D, 7ns5:B, 7ns5:C
7 2qvr:A 332 329 0.4511 0.4307 0.4347 3.70e-87 2owz:A, 2ox3:A
8 5oey:C 326 319 0.4669 0.4540 0.4639 6.33e-85 5oey:A, 5oey:B, 5ofu:A, 5ofu:B, 5ofu:C, 5ofu:D
9 5oey:D 301 304 0.4416 0.4651 0.4605 1.25e-83
10 2gq1:A 310 319 0.4353 0.4452 0.4326 3.87e-83 2q8m:A, 2q8m:B
11 5iz3:A 316 315 0.3218 0.3228 0.3238 1.68e-31 5iz3:B
12 1i3q:I 122 43 0.0505 0.1311 0.3721 5.3 4a3b:I, 4a3c:I, 4a3d:I, 4a3e:I, 4a3f:I, 4a3g:I, 4a3i:I, 4a3j:I, 4a3k:I, 4a3l:I, 4a3m:I, 4a93:I, 2b8k:I, 4bbr:I, 4bbs:I, 6blo:I, 6blp:I, 6bm2:I, 6bm4:I, 6bqf:I, 4bxx:I, 4bxz:I, 4by1:I, 4by7:I, 5c3e:I, 5c4a:I, 5c4j:I, 5c4x:I, 8cen:I, 8ceo:I, 3cqz:I, 2e2h:I, 2e2i:I, 2e2j:I, 3fki:I, 5fmf:I, 5fyw:I, 5fz5:I, 3gtg:I, 3gtj:I, 3gtk:I, 3gtl:I, 3gtm:I, 3gto:I, 3gtp:I, 3gtq:I, 6gyk:I, 6gyl:I, 6gym:I, 3h3v:J, 3hou:I, 3hou:U, 3hov:I, 3how:I, 3hox:I, 3hoy:I, 3hoz:I, 3i4m:I, 3i4n:I, 1i50:I, 1i6h:I, 6i84:I, 5ip7:I, 5ip9:I, 3j0k:I, 2ja5:I, 2ja6:I, 2ja7:I, 2ja7:U, 2ja8:I, 8jch:I, 3k1f:I, 8k5p:I, 3k7a:I, 1k83:I, 7ked:I, 7kee:I, 7kef:I, 3m3y:I, 3m4o:I, 7mei:i, 7mei:I, 7mk9:I, 7mka:i, 7ml0:I, 7ml1:I, 7ml2:I, 7ml4:I, 1nik:I, 7nkx:I, 7nky:I, 2nvq:I, 2nvt:I, 2nvx:I, 2nvy:I, 2nvz:I, 7o4i:I, 7o4j:I, 6o6c:G, 7o72:I, 7o73:I, 7o75:I, 5oqj:I, 5oqm:I, 5ot2:I, 3po2:I, 3po3:I, 1r5u:I, 1r9s:I, 1r9t:I, 2r92:I, 7rim:I, 7rip:I, 7riq:I, 7riw:I, 7rix:I, 7riy:I, 3rzd:I, 3rzo:I, 3s14:I, 3s15:I, 3s16:I, 3s17:I, 3s1m:I, 3s1n:I, 3s1q:I, 3s1r:I, 3s2d:I, 3s2h:I, 1sfo:I, 5sva:I, 8tug:I, 8tvp:I, 8tvq:I, 8tvs:I, 8tvv:I, 8tvw:I, 8tvx:I, 8tvy:I, 1twa:I, 1twc:I, 1twf:I, 1twg:I, 1twh:I, 5u5q:I, 8u9r:I, 8u9x:I, 8ukq:I, 8ukr:I, 8uks:I, 8ukt:I, 8uku:I, 6upx:I, 6upy:I, 6upz:I, 6uq0:I, 6uq1:I, 6uq2:I, 6uq3:I, 4v1m:I, 4v1n:I, 4v1o:I, 2vum:I, 5vvr:I, 5vvs:I, 5w4u:I, 5w51:I, 1wcm:I, 4x67:I, 4x6a:I, 1y1v:I, 1y1w:I, 4y52:I, 1y77:I, 4y7n:I, 2yu9:I, 7zs9:I, 7zsa:I, 7zsb:I
13 5ktn:A 304 76 0.0820 0.0855 0.3421 7.7 5ktm:A, 5kto:A, 5ktp:A, 5ktr:A, 5kts:A, 5ktt:A, 6nso:A, 6nsu:A, 6or8:A, 6ora:A, 6ora:B, 4zk6:A, 4zk6:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218